View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7110_low_1 (Length: 802)

Name: NF7110_low_1
Description: NF7110
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7110_low_1
NF7110_low_1
[»] chr5 (26 HSPs)
chr5 (12-787)||(30060198-30060973)
chr5 (12-787)||(30749472-30750247)
chr5 (24-761)||(30399932-30400666)
chr5 (48-779)||(30241919-30242638)
chr5 (43-564)||(29853363-29853884)
chr5 (43-635)||(30435797-30436389)
chr5 (48-787)||(29872015-29872742)
chr5 (24-762)||(30206379-30207114)
chr5 (43-635)||(30712958-30713550)
chr5 (43-635)||(30338058-30338647)
chr5 (52-635)||(30483385-30483965)
chr5 (320-780)||(30676978-30677435)
chr5 (134-551)||(17982972-17983389)
chr5 (46-519)||(30475472-30475945)
chr5 (315-628)||(30330936-30331249)
chr5 (47-486)||(30521162-30521601)
chr5 (47-486)||(30561502-30561941)
chr5 (43-177)||(30676821-30676955)
chr5 (497-638)||(17418150-17418291)
chr5 (736-787)||(30338748-30338799)
chr5 (736-787)||(30483233-30483284)
chr5 (736-787)||(30435651-30435702)
chr5 (448-485)||(15347065-15347102)
chr5 (447-480)||(16396737-16396770)
chr5 (448-485)||(17927655-17927692)
chr5 (736-765)||(30713645-30713674)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-564)||(26707387-26707934)
chr7 (729-787)||(26707173-26707231)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (14-761)||(20296086-20296839)
chr4 (43-525)||(52352049-52352532)
chr4 (44-563)||(13616650-13617168)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (43-563)||(7581252-7581772)
chr1 (12-563)||(7099474-7100025)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (209-414)||(25293623-25293828)
chr3 (662-760)||(25294018-25294116)
chr3 (448-485)||(8187165-8187202)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 30060973 - 30060198
Alignment:
Q  12 tggacatcacaaagaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060973 tggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagt 30060874  T
Q  112 ttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30060873 ttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggt 30060774  T
Q  212 tgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggct 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060773 tgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggct 30060674  T
Q  312 ttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060673 ttggatggctaatggattgatttcatctaggggtactacggaggttgaagatgttggcatcatggtgtgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaa 30060574  T
Q  412 gatataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatt 511  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060573 gatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgaccttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatt 30060474  T
Q  512 tggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagt 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060473 tggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagt 30060374  T
Q  612 tgaatccttgcgaacatggtttgagttttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30060373 tgaatccttgcgaacatggtttgagttttgtagtactttttcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacc 30060274  T
Q  712 tttatccgagagccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| | ||| ||||||    
T  30060273 tttatccgagagccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttggaacttcgttctcttgatataaaaaagt 30060198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 30750247 - 30749472
Alignment:
Q  12 tggacatcacaaagaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagt 111  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30750247 tggacattacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattgggaagt 30750148  T
Q  112 ttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30750147 ttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagatagtgaactttgggatttatcagatgaaaattccattttgcctgctttgaggt 30750048  T
Q  212 tgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggct 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30750047 tgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaaaaattgatttggct 30749948  T
Q  312 ttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30749947 ttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatatggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgtatcaaaaatcattctttcaa 30749848  T
Q  412 gatataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatt 511  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749847 gatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagattcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatt 30749748  T
Q  512 tggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagt 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30749747 tggagaatgcaaacttgactagtttgtcgaaaagcacacaccatattagttttgacaataacgactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagt 30749648  T
Q  612 tgaatccttgcgaacatggtttgagttttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacc 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||    
T  30749647 tgaatccttgcgaacatggtttgagttgtgtagtattttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttacgcacatcc 30749548  T
Q  712 tttatccgaga-gccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| | ||| ||||||    
T  30749547 tttatcc-agatgccatcactagggagtttaattcatttaaggtatttggaacttcgttctcttgatataaaaaagt 30749472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 30400666 - 30399932
Alignment:
Q  24 agaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactca 123  Q
    ||||||||||||  | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||    
T  30400666 agaagagcgtgcagaacttgtagcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattgggaggtttgatgagctca 30400567  T
Q  124 aggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttactttt 223  Q
    ||||| |  ||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||| |||| |||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  30400566 aggaatggagaaaaggaatggcttgatattaaagacactgagctttgggctttaccagaagaaaattatattttgcgttctttgaggttgagttactttt 30400467  T
Q  224 atttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaa 323  Q
    ||||| |  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| | || ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  30400466 atttaacaccgaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagggaaatcttgaaagaagaattgattcagctttggatggctaa 30400367  T
Q  324 tggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatg 423  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  30400366 tggattgatttcatcttggggtaatacggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagacaaaaaaatg 30400267  T
Q  424 gatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaa 523  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30400266 gatgaattttctggcaacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctaagtcagtaatggggcaagaatgtatatatttggagaatgcaa 30400167  T
Q  524 acttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcg 623  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  | |  | | |||||| |||||  ||| ||| |||| || |||||||||||||||    
T  30400166 acatgactagtttgtcaaaaagcacacaccacataagttttaactctgataatttgttatcattcgatgagggtgccttcagaaaagttgaatccttgcg 30400067  T
Q  624 aacatggtttgagttttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccgagag 723  Q
    ||||||||||||||||| |   |||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |    
T  30400066 aacatggtttgagttttct---acttttccaaaagaagaacaggattacttcccaacagacccttctcttcgggttttatgcacaacctttatccggggg 30399970  T
Q  724 ccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttgga 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399969 ccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttgga 30399932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 779
Target Start/End: Original strand, 30241919 - 30242638
Alignment:
Q  48 aataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggctt 147  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||    
T  30241919 aataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcgaaagcattgggaggtttaatgagctcaaggaatgaagaagaggaatggctt 30242018  T
Q  148 aaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaat 247  Q
     |||||||||| || || |||||||  ||  || | ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||    
T  30242019 gaaattaaagatagcgagctttgggccttgccacaagaaa------ttttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaactctaaaacaat 30242112  T
Q  248 gtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaa 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| ||| ||   || || ||    
T  30242113 gtttctctttttgtgctatatttcccaaagatggagaaatcctgaaggaagaattgattcagctctgaatggctaatggatttattgcaa--agaggaaa 30242210  T
Q  348 tacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacatttca 447  Q
    |  | ||||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  30242211 ttag-aggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattttttcaagacagcaaaatggatgaatattctggagacatttct 30242309  T
Q  448 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagca 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||    
T  30242310 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggccagaatgtatgtatttggagaacaaaaacatgaccagtttgtcaaaaagca 30242409  T
Q  548 cacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttgagttttgtagaac 647  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||  ||   |     
T  30242410 cacaccacattggttttgactacaaagacttgttatcctttgataagaatgctttcaaaaaagttgaatccttgagaacattgtttcagttgagt--tat 30242507  T
Q  648 tttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccgagagccattactaggtagtttaattcat 747  Q
    | || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||||    
T  30242508 tatgccaaaa-aaaaacatgataacttcccaacatacctttctcttcgggttttatgcacatcctttatccggatgccatcactagggagtttaattcat 30242606  T
Q  748 ttaaggtatttggaaatttgttatcttaacat 779  Q
    ||||||||||||||| || ||| |||| ||||    
T  30242607 ttaaggtatttggaacttcgttctcttgacat 30242638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 43 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 29853884 - 29853363
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| || ||||||||||    
T  29853884 gtggaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaaacattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaat 29853785  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  29853784 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaa 29853685  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  29853684 acaatgtttctccttttgcgctatatttcccaaggatggagaaatcctgaaagaagaattgattcaactttggatggctaatggatttatttcatctaag 29853585  T
Q  343 ggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgaca 442  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| || |  ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||    
T  29853584 ggtaatttggacgttgaagatgttggaaatatggtttggaaggaattgtaccaaaagtcattctttcaagatatcaagatggatgaatactctggagaca 29853485  T
Q  443 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29853484 tttttttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaagaatgtgtgtatttggagaatgcaaacatgactagtttgacaaa 29853385  T
Q  543 aagcacacaccacattagtttt 564  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  29853384 aagcacacaccacataagtttt 29853363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 43 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 30436389 - 30435797
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || ||||||||||    
T  30436389 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaat 30436290  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30436289 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcccgctttgagattgagttacttttatttaacaccaaccctaaa 30436190  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  30436189 gcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatgaatttatttcatctatg 30436090  T
Q  343 ggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgaca 442  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| || |  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| || ||| ||||    
T  30436089 ggtaatttggacgttgaagatgttggaaaaatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagcaagatggatgaatattttggagaca 30435990  T
Q  443 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  30435989 tttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaacggggaaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacatgactaatttgacaaa 30435890  T
Q  543 aagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttga 635  Q
    || |||||||||||| |||||| ||  | || | | |||||| |||||  ||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  30435889 aaacacacaccacataagttttaactctgaaaatttgttatcattcgatgagggtgccttcaaaaaagttgaatccttacgaacattgtttga 30435797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 48 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 29872742 - 29872015
Alignment:
Q  48 aataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggctt 147  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  29872742 aataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggctt 29872643  T
Q  148 aaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaat 247  Q
     | ||||| |||||||| ||||||| ||||||  | |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||    
T  29872642 gatattaaggacagtgagctttgggctttatcgcaagaaaattctattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaat 29872543  T
Q  248 gtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaa 347  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||  | ||||||| || ||||||||||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  29872542 gtttctctttttgcgctatatttcccaaggatagaaaaatcctgaaagaagaattgattcaactttggatggctaatgaatttatttcatctatgggtaa 29872443  T
Q  348 tacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacatttca 447  Q
    |  ||| ||||||||||| || | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||| |||||| ||||||||     
T  29872442 tttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatggcaagatggatgaatattctggagacatttct 29872343  T
Q  448 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagca 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||    
T  29872342 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcaataatggggcaagaatgtatgcatttggagaacaaaaacatgaccagtttgtcaaaaagca 29872243  T
Q  548 cacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttgagttttgtagaac 647  Q
    |||||||||||  | ||||| | ||||    ||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||      |      
T  29872242 cacaccacattgttgttgactacaaag---tgttatcctttgatgaaaatgctttcaaaaaagttgaatccttgagaacattg-ttgagtt------att 29872153  T
Q  648 tttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccgagagccattactaggtagtttaattcat 747  Q
     ||  ||||  ||||||||||| |||||||| || | |||||||| ||||||||||||  | ||||||||||   ||||| ||| || ||||||||||||    
T  29872152 cttaccaaa--aaaaacatgataacttcccagcatatctttctctccgggttttatgcgcatcctttatccggatgccatcactggggagtttaattcat 29872055  T
Q  748 ttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||||||||| | || ||| |||| ||||| ||||||    
T  29872054 ttaaggtatttgggacttcgttttcttgacataaaaaagt 29872015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 24 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 30207114 - 30206379
Alignment:
Q  24 agaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactca 123  Q
    ||||||||||||  | || |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||  |||    
T  30207114 agaagagcgtgcagagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtgatggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggtctaatgagttca 30207015  T
Q  124 aggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttactttt 223  Q
    ||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| || |||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  30207014 aggaatgaagaaaaagaatggcttgaaattaaagagagtgaactttgggctttaccacatgagaattatattttacctgctttgaggttgagctactttc 30206915  T
Q  224 atttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaa 323  Q
    ||||| |  || || |||| |  |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | | |||||||||||||   ||||||||||||||    
T  30206914 atttaactccaaccttaaagcggtgtttcgctttttgtgctatgtttcccaaagatacagaattcgtgagggaagaattgattcatctttggatggctaa 30206815  T
Q  324 tggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatg 423  Q
    || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||    
T  30206814 tgaatttattttatctagggaaaatatggaggttgaagatgttggcagcatggtttggaatgaattgtgccaaaaatctttctttcaagacatcaagatg 30206715  T
Q  424 gatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaa 523  Q
    ||  |   |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  30206714 gacaacggttctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatgggtcaagaatgtatgtatttggagaattcaa 30206615  T
Q  524 acttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcg 623  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || || | |||  |||||| |||||| ||| ||| ||||  | ||||||||||||| |    
T  30206614 acatgactactttgtcaaaaagcacacaccacataagttttcactatgatgacgtgttatcattcgacgagggtgccttcaggaaagttgaatccttgag 30206515  T
Q  624 aacatggtttgagttttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccgagag 723  Q
    ||||| |||| ||  ||| |  | ||   | |||  ||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||  |      
T  30206514 aacattgtttcag--ttgaatca-ttacaccaaaacaaaacatgattactcgccaacaaaccgttcccttcgggttttatgcacatcctttatccaggta 30206418  T
Q  724 ccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttggaa 762  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30206417 ccatcactagggagtttaattcatttaaggtatttggaa 30206379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 43 - 635
Target Start/End: Original strand, 30712958 - 30713550
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || ||||| ||||    
T  30712958 gtggaaataggaaaggagatagcaaagaaatgtaatggattgccacttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaatgaat 30713057  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30713058 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattctattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttatcaccaaccctaaa 30713157  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  30713158 gcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatggatttatttcatctatg 30713257  T
Q  343 ggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgaca 442  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| || | |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||   || |||||||||| ||||||  |||    
T  30713258 ggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattcttccaagattgcaagatggatgaatattctggaaaca 30713357  T
Q  443 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  30713358 tttcttttaaaatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaacggggaaagaatgtgtgtatttggagaatgcaaacatgactaatttgacaaa 30713457  T
Q  543 aagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttga 635  Q
    || |||||||||||| |||||| ||  | || | | |||||| |||||  ||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  30713458 aaacacacaccacataagttttcactctgaaaaattgttatcattcgatgagggtgccttcaaaaaagttgaatccttacgaacattgtttga 30713550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 43 - 635
Target Start/End: Original strand, 30338058 - 30338647
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||    
T  30338058 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaat 30338157  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    ||||| | |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  || |||||||    
T  30338158 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgagtttgagttacttttatttaacaccaaccctaaa 30338257  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||| ||   | |    
T  30338258 gcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttattgca---aag 30338354  T
Q  343 ggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgaca 442  Q
     | |||   |||||||||||||| || | |||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||    
T  30338355 aggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacaaaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagaca 30338454  T
Q  443 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||  ||||| |||||||||    
T  30338455 tttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtgtttggagaataaaaacacgactaatttgtcaaa 30338554  T
Q  543 aagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttga 635  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  ||  |||  |||||||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  30338555 aagcacacaccacattggttttgacagcaacaactttttatccttcgatgaaaatgctttcaaaaaagttgaatccttgcgaactttgtttga 30338647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 52 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 30483965 - 30483385
Alignment:
Q  52 ggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaa 151  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||||| | |    
T  30483965 ggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgata 30483866  T
Q  152 ttaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgttt 251  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||||    
T  30483865 ttaaagacagtgagctttgggatttaccacatgaaaaatctattttacctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgttt 30483766  T
Q  252 ctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacg 351  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||   | | | |||       
T  30483765 ctccttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcctgaaggaagaattgattcagctttggatggctaatggatttattgca---aagaggaattta 30483669  T
Q  352 gaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattca 451  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||  || |||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  30483668 gaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtacagaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagacatttctttca 30483569  T
Q  452 agatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacaca 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  30483568 agatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaatggggcaagaatgtacgtgtttggagaataaaaacacgactaatttgtcaaaaagcacaca 30483469  T
Q  552 ccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttga 635  Q
    ||||||| ||||| |||  ||  | |  |||||||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30483468 ccacattggttttaacagcaagaaatttttatccttcgatgaaaatgctttcaaaaaagttgaatccttgcgaacattgtttga 30483385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 320 - 780
Target Start/End: Original strand, 30676978 - 30677435
Alignment:
Q  320 ctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaa 419  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||||| ||||| || | || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30676978 ctaatggatttatttcatctatgggtaatttggacgttgatgatgttggaaacacggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaa 30677077  T
Q  420 aatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaat 519  Q
     |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  30677078 gatggatgaatattctggagacatttcttttaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaattagtaatggggccagaatgtatgtatttggagaaa 30677177  T
Q  520 gcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttgaatcct 619  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  30677178 aaaaacatgaccagtttgtcaaaaagcacacaccacattggttttgacctcaaagacttgttatcctttgataagaatgctttcaaaaaagttgaatcct 30677277  T
Q  620 tgcgaacatggtttgagttttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccg 719  Q
    || |||||| |||| ||||    ||   ||  || ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  30677278 tgagaacattgtttcagtt---gagttattattccaaaaaaaaacatgatttcttcccaacatacctttctcttcgggttttatgcacatcctttatccg 30677374  T
Q  720 agagccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacata 780  Q
       ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  30677375 gatgccatcactagggagtttaattcatttaaggtatttggaacttcgttctcttgacata 30677435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 134 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 17983389 - 17982972
Alignment:
Q  134 aaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggc 233  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || || || |||| |||| |  |||| ||||  ||||| || ||| | |||||||| |||||| ||||| |  |    
T  17983389 aaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctctgggctttaccgcatgagaattctattttcccagctctaaggttgagctactttcatttatcacc 17983290  T
Q  234 agccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatt 333  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||| | |||   |||||||||||||||  ||| ||     
T  17983289 aaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcccaaagaagcagaaatcatgaaagaagaactaattcatctttggatggctaataaatttatc 17983190  T
Q  334 tcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaatttt 433  Q
    ||||||||    |||  ||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | || ||||| | ||    
T  17983189 tcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttctttcaagacatccatattgatgattatt 17983090  T
Q  434 ctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactag 533  Q
    |  | |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||  ||| |||||||||    ||||||     
T  17983089 caagtgtgatttctttcaaaatgcacgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtagcggggcatgaatgtgtggttttagagaatgcatctgtgactaa 17982990  T
Q  534 tttgtcaaaaagcacaca 551  Q
     ||||||||||| |||||    
T  17982989 cttgtcaaaaagtacaca 17982972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 46 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 30475945 - 30475472
Alignment:
Q  46 gcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggc 145  Q
    |||||||| ||||  ||||||||||| |||   |||||||||||||||||| || |||||||| || |||||  ||||||||  |||||||| |||||||    
T  30475945 gcaataggtaaggcgatagtaaagaagtgtggaggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggtctaatgcgctcaaggagtgatgaaaatgaatggc 30475846  T
Q  146 ttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaaca 245  Q
    || |||||||||||||| | || |||   ||| || |||| |||| ||||||||| || |||||||| || |||||| ||||| |  |  || |||| |     
T  30475845 ttgaaattaaagacagtaatctctggaccttaccatatgagaattccattttgccagccttgaggttaagctactttcatttaacaccgaccttaaagcg 30475746  T
Q  246 atgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggt 345  Q
     |||||  |||||||||| |||||||||||||||   |||||  |||||||||| ||||||   || |||||||  |||||||| ||||  || | || |    
T  30475745 gtgttttgctttttgtgcgatatttcccaaagatatggaaattgtaaaggaagatttgattcatctatggatgggcaatggatttattttctcaaaggct 30475646  T
Q  346 aatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacattt 445  Q
    |||  ||| || |||  | | ||||  ||| ||||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||||| || || || ||||| | ||| || ||||||     
T  30475645 aatttggatgtagaattttttggcaatatgatttggaaggaactgtgccaaaaatcattcttccaagacatcaagatagatgattattcaggagacatta 30475546  T
Q  446 cattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaat 519  Q
    | |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||  ||||||||||    
T  30475545 ctttcaagatgcatgacctagtgcatgatcttgctcaatcagttatggggtcagagtgtatgattttggagaat 30475472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 315 - 628
Target Start/End: Original strand, 30330936 - 30331249
Alignment:
Q  315 gatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagat 414  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||  ||||||   |||||| |  | ||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||     
T  30330936 gatggctgatggatttatttcatctaggcgtaatttggaggtcctagatgttgctagcatggcttggaatggattgtgccaaaaaccattctttgaagac 30331035  T
Q  415 ataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttgg 514  Q
    || || ||  |||||| ||||   |||||||| || |||| || ||||||| || ||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||||| |||    
T  30331036 atcaagatctatgaatattctaaagacatttctttaaagacgcgtgatcttttcaatgatcttgctcaatcaatactggagcaacaatatatgtatctgg 30331135  T
Q  515 agaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttga 614  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||   ||  | | ||||||  ||||  | | ||| ||||||| ||||||    
T  30331136 agaatgcaaacatgactagtttgacaaaaagcacccatcacataagttttgactccaataatttgttatcaatcgatgacggtgccttcaaaaaagttga 30331235  T
Q  615 atccttgcgaacat 628  Q
    ||||||||||||||    
T  30331236 atccttgcgaacat 30331249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 486
Target Start/End: Original strand, 30521162 - 30521601
Alignment:
Q  47 caataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggct 146  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||   |||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||  ||||||||  |  ||||| ||||||||    
T  30521162 caataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggct 30521261  T
Q  147 taaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaa 246  Q
    | |||||||||| ||     |||||  |||| |  |||| ||||  |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    || || ||||||||    
T  30521262 tgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaa 30521361  T
Q  247 tgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggta 346  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||| | |||| ||| || |||   || ||||| || || ||||| || ||||| ||||  |    
T  30521362 tgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaa 30521461  T
Q  347 atacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacatttc 446  Q
    ||   ||||| |||||||| || |  ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||||| || || ||||  ||   ||| || | ||||||    
T  30521462 atttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttc 30521561  T
Q  447 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 486  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30521562 tttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30521601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 486
Target Start/End: Original strand, 30561502 - 30561941
Alignment:
Q  47 caataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggct 146  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||   |||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||  ||||||||  |  ||||| ||||||||    
T  30561502 caataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgcagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggct 30561601  T
Q  147 taaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaa 246  Q
    | |||||||||| ||     |||||  |||| |  |||| ||||  |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    || || ||||||||    
T  30561602 tgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattctattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaa 30561701  T
Q  247 tgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggta 346  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||  ||||||| | |||| ||| || |||   || ||||| || || ||||| || ||||| ||||  |    
T  30561702 tgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatgaagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaa 30561801  T
Q  347 atacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacatttc 446  Q
    ||   ||||| |||||||| || |  ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||||| || || ||||  ||   ||| || | ||||||    
T  30561802 atttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgtgccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttc 30561901  T
Q  447 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 486  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30561902 tttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30561941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 43 - 177
Target Start/End: Original strand, 30676821 - 30676955
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||||||| || || |||||||    
T  30676821 gtggaaattggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagagaaggaat 30676920  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggattta 177  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30676921 ggcttgatattaaagacagtgagctttgggcttta 30676955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 497 - 638
Target Start/End: Original strand, 17418150 - 17418291
Alignment:
Q  497 aagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaagga 596  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||  | | |||||| ||||  || |  ||||    
T  17418150 aagaatgtatgtatttagagaatgcaaacatgattattttgtcaaaaagcacacaccacatatgttttcactctgatgactcgctatcactcaatgagga 17418249  T
Q  597 tgctttcaaaatagttgaatccttgcgaacatggtttgagtt 638  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  17418250 tgccttcaaaaaagttgaatccttgcgaacattgtttcagtt 17418291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 736 - 787
Target Start/End: Original strand, 30338748 - 30338799
Alignment:
Q  736 agtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  30338748 agtttaattcatttaaggtatttggaacttacttatcttgacatagaaaagt 30338799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 736 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 30483284 - 30483233
Alignment:
Q  736 agtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
T  30483284 agtttaattcatttaaggtatttggaacttatttatcttgacatagaaaagt 30483233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 736 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 30435702 - 30435651
Alignment:
Q  736 agtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| ||||||    
T  30435702 agtttaattcatttaaggtatttggaactttgttctcttgatataaaaaagt 30435651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15347102 - 15347065
Alignment:
Q  448 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 485  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15347102 ttcacgatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaatc 15347065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 447 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 16396770 - 16396737
Alignment:
Q  447 attcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgct 480  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16396770 attcaagatgcatgatcttgttcatgatcttgct 16396737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 17927692 - 17927655
Alignment:
Q  448 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 485  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17927692 ttcaaaatgcatgatcttgttcatgatcttgctcaatc 17927655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 736 - 765
Target Start/End: Original strand, 30713645 - 30713674
Alignment:
Q  736 agtttaattcatttaaggtatttggaaatt 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30713645 agtttaattcatttaaggtatttggaaatt 30713674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 26707934 - 26707387
Alignment:
Q  14 gacatcacaaagaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagttt 113  Q
    ||||| ||| |||||||| | | || || |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26707934 gacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaaaaaatgtaatggattacctcttgcagcaaaagcattgggaggttt 26707835  T
Q  114 aatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttg 213  Q
    ||||  ||||| ||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| || | ||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  26707834 aatgttctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacaagaaaaatctattttgcctgctttgaggttg 26707735  T
Q  214 agttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggcttt 313  Q
    ||||||||||||||| |  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||   ||||    
T  26707734 agttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcttgaaggaagaattgattcaacttt 26707635  T
Q  314 ggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaaga 413  Q
    |||||||||||||||| ||| ||   | | | |||   |||||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26707634 ggatggctaatggatttattgca---aagaggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaaga 26707538  T
Q  414 tataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttg 513  Q
        || |||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26707537 ctgtaagatgggtgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttatccatgatctcgctcaatcagtaatgggacaagaatgcatgtatttg 26707438  T
Q  514 gagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagtttt 564  Q
    |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26707437 gagaatgcaaacatgagtagtttgacaaaaagcacacaccacataagtttt 26707387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 729 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 26707231 - 26707173
Alignment:
Q  729 actaggtagtttaattcatttaaggtatttggaaatttgttatcttaacatagaaaagt 787  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||    
T  26707231 actagggagcttaattcatttaaggtatttggaacttcgttatcttgatataaaaaagt 26707173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 14 - 761
Target Start/End: Original strand, 20296086 - 20296839
Alignment:
Q  14 gacatcacaaagaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagttt 113  Q
    ||||| ||| |||||||| | | || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  20296086 gacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaagcattgggaggttt 20296185  T
Q  114 aatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttg 213  Q
    ||||  ||||| ||| || ||||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||||| |||| || | ||||| |  |||||||||||||||||| ||    
T  20296186 aatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcgtgatattaaagacaatgacctttgggctttaccacaagaaaaatctattttgcctgctttgaggctg 20296285  T
Q  214 agttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggcttt 313  Q
    ||||||||||||||| |  || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||| | || ||||||||||||  |||||    
T  20296286 agttacttttatttaacaccaactctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcctaaggatagagaaatcttgaaagaagaattgattcagcttt 20296385  T
Q  314 ggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaaga 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| ||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20296386 ggatggctaatggattaatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaaga 20296485  T
Q  414 tataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttg 513  Q
     || ||||| ||||||| |||| | || ||||  ||||||||||||||||||||  |||||||   ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  20296486 aatcaaaatagatgaatattctagagatatttatttcaagatgcatgatcttgtttatgatctccttcattcagtagtggggaaagaatgtatgtatttg 20296585  T
Q  514 gagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttttgacaataaagactcgttatccttcgacaaggatgctttcaaaatagttg 613  Q
    ||| ||  |||| | |||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||| | | ||||| ||||||| || |||||| ||| ||||||  |||||    
T  20296586 gaggataaaaacgttactaatttgtcacgaagcacacaccacattggttttgactacacagacttgttatccatcaacaagggtgccttcaaagaagttg 20296685  T
Q  614 aatccttgcgaacatggtttgagtt------ttgtagaactttgtcaaaagaaaaacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcat 707  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||      || |     ||  || |||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  20296686 aatccttgcgaacattgtttcagttgagtgattatcatcattattccaaaatagatcatgattacatcccaacaaacctttctcttcgggttttgcgcac 20296785  T
Q  708 aacctttatccgagagccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttgga 761  Q
    | |||||| ||  | || || |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  20296786 atcctttacccatgtgcgatcactagagagtttaattcatttaaggtatttgga 20296839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 43 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 52352532 - 52352049
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||||| |||   |||||||||||||| ||| || |||| ||| || |||||  |||||| || |  ||||||||||    
T  52352532 gtggcaataggcaaagcgatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgctgcacaagcattaggaggtctaatgcgctcaagaaatggagaaaaggaat 52352433  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    || || |||||||||| ||  | ||||||  |||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| || || || ||||    
T  52352432 gggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctattttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaa 52352333  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||||||   || |||||||| |||||||| ||||| |||| |    
T  52352332 acaatgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaagacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaag 52352233  T
Q  343 ggtaatacggaggttg-aagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgac 441  Q
    |  |||  |||||| | |||| || ||||  ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  |||| | ||  || |||    
T  52352232 gaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtaccaaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagac 52352133  T
Q  442 atttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaac 525  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||||| ||| ||||||  | |||||||| |||||    
T  52352132 atttctttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatcaattgtggggccagagtgtatgattatggagaatacaaac 52352049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 44 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 13617168 - 13616650
Alignment:
Q  44 tggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatg 143  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || |||   |||||||||||||||| | || |||||||   | ||||  |||| ||||  |  |||||||||||    
T  13617168 tggcaataggaaaggagatagttaaaaagtgtggaggattgcctcttgcaggacaagcattggggtctctaatacactcgaggagtggagaaaaggaatg 13617069  T
Q  144 gcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaa 243  Q
    |  | |||||| ||| || || ||||||||||||    |||| ||||  ||||| |||| ||||||| ||||||||||  ||||| || || || | |||    
T  13617068 gtgtgaaattagagagagcgagctttgggatttacggtatgagaattctatttttcctgatttgaggctgagttacttc-atttatcgccaacctttaaa 13616970  T
Q  244 caatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggg 343  Q
    ||||| ||| |||| |||| | ||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||| ||||||| ||       
T  13616969 caatgattcgctttctgtgttgtatttcctaaagatacaaaaatcacaaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatgtaaaa 13616870  T
Q  344 gtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgacat 443  Q
      ||   ||||||||||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||  | ||| |||| | |||  | |  ||    
T  13616869 aaaaattggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttttttcaagacatccatatgaatgattattcaagagtgat 13616770  T
Q  444 ttcattcaagatgcatgatcttgt-ccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||||||||  ||||  |||| || ||||||||| ||||||| |||   ||||||||||||||||  ||| |||||||||  | || |||  || |||||    
T  13616769 ttcattcaaagtgcacaatctcgtcccatgatctcgctcaatgagt-ggggggcaagaatgtatggttttagagaatgcatccgtgcctaacttatcaaa 13616671  T
Q  543 aagcacacaccacattagttt 563  Q
    ||||||||| || ||||||||    
T  13616670 aagcacacatcatattagttt 13616650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 157; Significance: 5e-83; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 43 - 563
Target Start/End: Original strand, 7581252 - 7581772
Alignment:
Q  43 gtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaat 142  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||||| || |||||||  || ||||| |||||||||  || ||||||||||    
T  7581252 gtggcaataggcaaggagatagtaaaaaaatgtgcgggattgcctcttgcagcacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaat 7581351  T
Q  143 ggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaa 242  Q
    || || |||||||||| || || |||||||||||| |  |||| ||||  | |||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||| |  || || ||||    
T  7581352 ggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctactttgccagctctgagattgagctactttcatttatcaccaaccttaaa 7581451  T
Q  243 acaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctagg 342  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| | |||||||||||||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||||     
T  7581452 acaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctaga 7581551  T
Q  343 ggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaagatataaaaatggatgaattttctggcgaca 442  Q
       |||  ||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| ||  | ||||||||   |||  | ||||    
T  7581552 aaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagaca 7581651  T
Q  443 tttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaa 542  Q
    |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||  ||| ||||||| |   ||||| | | |||||||    
T  7581652 tttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgaatgtttgacaaatatgtcaaa 7581751  T
Q  543 aagcacacaccacattagttt 563  Q
    |||||| || || ||||||||    
T  7581752 aagcacccatcatattagttt 7581772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 7100025 - 7099474
Alignment:
Q  12 tggacatcacaaagaagagcgtgctaatctcgtggcaataggaaaggaaatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttgcagcaaaatcattgggaagt 111  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| | || |||  |||||| ||||| |||||||| || |||   |||||||||||||||||| || |||| ||  ||    
T  7100025 tggacattacagagaagagcgtgctgagcttgtgaaaataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttgcagcacaagcattagggtgt 7099926  T
Q  112 ttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaatttcattttgcctgctttgaggt 211  Q
     ||||| | ||||| |  || ||||| | |||| |  |||||||||| |||||  | |||| |||| |  | || ||||  |||||||| ||||||||||    
T  7099925 ctaatgcattcaagaagtgaagaaaaagcatggttagaaattaaagagagtgagatctgggctttaccgcacgagaattctattttgccagctttgaggt 7099826  T
Q  212 tgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttggct 311  Q
    |||| |||||  ||||| |  || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| | |||||||||||||||   ||    
T  7099825 tgagctacttccatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcgcaaagatacaaaaatcatgaaggaagaattgattcatct 7099726  T
Q  312 ttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattctttcaa 411  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||    |||  ||||||||||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7099725 ttggatggctaatggatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaattgtaccaaaaatctttctttcaa 7099626  T
Q  412 gatataaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaatggggcaagaatgtatgtatt 511  Q
    || ||  | |||||||| | |||  | |  ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||    
T  7099625 gacatccatatggatgattattcaagagtgatttctttcaaaatgcatgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtaggggggcaagaatgtatggttt 7099526  T
Q  512 tggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcacacaccacattagttt 563  Q
    | || |||||| |  ||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  7099525 tagataatgcatatgtgactaacttgtcaaaaagcacacatcatattagttt 7099474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 209 - 414
Target Start/End: Original strand, 25293623 - 25293828
Alignment:
Q  209 ggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatcctaaaggaagaattgatttg 308  Q
    ||||||| |||||||||||| |  |  || |||| | ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| || |||||   ||||||||||||| |      
T  25293623 ggttgagctacttttatttaactccgaccttaaagcgatgttttgctttttgtgctatgtttccaaaagatacaaaaatcgataaggaagaattgactca 25293722  T
Q  309 gctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatacggaggttgaagatgtcggcatcatggtttgggatgaattgtaccaaaaatcattcttt 408  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  25293723 tctttggatggctaatggatttatttcatctagggaaaatttggaggttgaagatgttggcagcatggtttggaatgaattgtgccaaaaatcattcttt 25293822  T
Q  409 caagat 414  Q
    ||||||    
T  25293823 caagat 25293828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 662 - 760
Target Start/End: Original strand, 25294018 - 25294116
Alignment:
Q  662 aacatgattacttcccaacaaacctttctcttcgggttttatgcataacctttatccgagagccattactaggtagtttaattcatttaaggtatttgg 760  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||| | ||||||||| ||  |||| | |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  25294018 aacatgatcacttctcaacaaaccgttgtcttcgagttttatgcacatcctttatccaagtaccatcaataggaagcttaattcatttaaggtatttgg 25294116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 448 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 8187202 - 8187165
Alignment:
Q  448 ttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatc 485  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8187202 ttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatc 8187165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University