View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7113_low_29 (Length: 332)

Name: NF7113_low_29
Description: NF7113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7113_low_29
NF7113_low_29
[»] scaffold0038 (5 HSPs)
scaffold0038 (13-332)||(43456-43775)
scaffold0038 (49-328)||(35264-35541)
scaffold0038 (49-328)||(27986-28264)
scaffold0038 (52-191)||(117331-117470)
scaffold0038 (13-48)||(27930-27965)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (13-332)||(28243294-28243613)
chr6 (49-328)||(28297108-28297387)
chr6 (49-328)||(28514686-28514965)
chr6 (52-328)||(28326016-28326292)
chr6 (62-328)||(28181665-28181931)
chr6 (49-328)||(28185928-28186207)
chr6 (49-328)||(28235102-28235379)
chr6 (49-328)||(28227488-28227766)
chr6 (195-328)||(28503795-28503928)
chr6 (90-180)||(26623847-26623937)
chr6 (90-180)||(26729824-26729914)
chr6 (263-327)||(26849461-26849525)
chr6 (4-48)||(28185863-28185907)
chr6 (244-327)||(26937759-26937842)
chr6 (57-109)||(28150442-28150494)
chr6 (13-48)||(28227432-28227467)
chr6 (273-327)||(27337464-27337518)
chr6 (273-327)||(27398204-27398258)
chr6 (57-109)||(28098030-28098082)
chr6 (245-309)||(28479852-28479916)
chr6 (242-306)||(28490949-28491013)
chr6 (251-327)||(29477437-29477513)
chr6 (245-309)||(29792307-29792371)
chr6 (242-306)||(29803359-29803423)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (51-328)||(57662-57940)
scaffold0019 (13-48)||(57963-57998)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (49-327)||(5090322-5090600)
chr4 (90-148)||(18731048-18731106)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (65-327)||(3280210-3280472)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (245-291)||(239239-239285)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (243-332)||(16691596-16691685)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (245-309)||(12589400-12589464)


Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 5)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Original strand, 43456 - 43775
Alignment:
Q  13 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  43456 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatatgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgag 43555  T
Q  113 aagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  43556 aagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaat 43655  T
Q  213 ttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43656 ttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccat 43755  T
Q  313 agctgatcaatttgattgtt 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  43756 agctgatcaatttgattgtt 43775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 35264 - 35541
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| |    
T  35264 tgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcat 35361  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||| ||||| |||||| |||     
T  35362 gttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttcagatgc 35461  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35462 tagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 35541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 27986 - 28264
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| |    
T  27986 tgtgatgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcat 28084  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| || |||||||  |||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||| ||  || |||     
T  28085 gttcctttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatga 28184  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  28185 tagggatctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgat 28264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 52 - 191
Target Start/End: Original strand, 117331 - 117470
Alignment:
Q  52 gatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgtt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||| ||||||| | |||||    
T  117331 gatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgtt 117430  T
Q  152 cctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtcta 191  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  117431 cctttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtcta 117470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 48
Target Start/End: Original strand, 27930 - 27965
Alignment:
Q  13 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27930 aatatttgaattgtatttatacaactattattaata 27965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 332
Target Start/End: Original strand, 28243294 - 28243613
Alignment:
Q  13 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  28243294 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatatgatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgag 28243393  T
Q  113 aagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  28243394 aagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattaccctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaat 28243493  T
Q  213 ttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28243494 ttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccat 28243593  T
Q  313 agctgatcaatttgattgtt 332  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28243594 agctgatcaatttgattgtt 28243613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 28297387 - 28297108
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  28297387 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgt 28297288  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||| |||||| |||     
T  28297287 gttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcagatgc 28297188  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28297187 tagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28297108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 28514686 - 28514965
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  28514686 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgt 28514785  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||| |||||| |||     
T  28514786 gttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcagatgc 28514885  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28514886 tagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28514965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 52 - 328
Target Start/End: Original strand, 28326016 - 28326292
Alignment:
Q  52 gatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgtt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||| ||||||| | |||||    
T  28326016 gatgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgtt 28326115  T
Q  152 cctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtag 251  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||  |||||| ||| |||    
T  28326116 cctttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtctaggatcctagaagtaaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctag 28326215  T
Q  252 ggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28326216 ggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28326292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 62 - 328
Target Start/End: Original strand, 28181665 - 28181931
Alignment:
Q  62 ctcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatg 161  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||  | ||||  ||||||||| |||||||| ||||||    
T  28181665 ctcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatatgagtttatcgaaaagatagtcaaatacgtttccaaaaagatcaattgtgttcctttatatg 28181764  T
Q  162 ttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgg 261  Q
    ||||  |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  28181765 ttgccgattactatgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatgtcggatctaatggtgaagttcagatgctagggatctatgg 28181864  T
Q  262 gactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    |||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28181865 gactggaggaatgggaaagacgacgcttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 28181931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 28185928 - 28186207
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| |    
T  28185928 tgtgatgcacttaatcaaacttattttattgggtaggaatggctatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcat 28186027  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || | ||| | ||||||| ||||| |||||| |||     
T  28186028 gttcctttatatgttgctgatttccctgttggtatcgagtctagggttctaaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggtgaagttcagatgc 28186127  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28186128 tagggatctatgggcctggaggaatgggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccctagctgatcaatttgat 28186207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 28235102 - 28235379
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| |    
T  28235102 tgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcat 28235199  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||| ||||| |||||| |||     
T  28235200 gttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttcagatgc 28235299  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28235300 tagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 28235379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 328
Target Start/End: Original strand, 28227488 - 28227766
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| |    
T  28227488 tgtgatgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcat 28227586  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
    |||||| || |||||||  |||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||| ||  || |||     
T  28227587 gttcctttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatga 28227686  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  28227687 tagggatctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgat 28227766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 195 - 328
Target Start/End: Original strand, 28503795 - 28503928
Alignment:
Q  195 tcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaag 294  Q
    ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28503795 tcctagaagtaaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaag 28503894  T
Q  295 agaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28503895 agcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28503928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 180
Target Start/End: Original strand, 26623847 - 26623937
Alignment:
Q  90 gatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattaccctgttgg 180  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||  | |||| ||||||||||||||| ||  || |||||||||| |||||||||||    
T  26623847 gatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26623937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 180
Target Start/End: Original strand, 26729824 - 26729914
Alignment:
Q  90 gatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattaccctgttgg 180  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||  | |||| ||||||||||||||| ||  || |||||||||| |||||||||||    
T  26729824 gatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26729914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 263 - 327
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849525
Alignment:
Q  263 actggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttga 26849525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 48
Target Start/End: Original strand, 28185863 - 28185907
Alignment:
Q  4 atgtcgaagaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 48  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28185863 atgtcgaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaata 28185907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 244 - 327
Target Start/End: Original strand, 26937759 - 26937842
Alignment:
Q  244 tatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| ||||||||||| ||| | |||||||||  || | ||||||||||||    
T  26937759 tatggtagggatctatgggattggcggaattggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttga 26937842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 109
Target Start/End: Original strand, 28150442 - 28150494
Alignment:
Q  57 atttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttatt 109  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28150442 atttactcaaacttatcttattgggcaggaatggatatgaattcgagtttatt 28150494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 48
Target Start/End: Original strand, 28227432 - 28227467
Alignment:
Q  13 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28227432 aatatttgaattgtatttatacaactattattaata 28227467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 273 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27337518 - 27337464
Alignment:
Q  273 tgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    |||||||| |||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27337518 tgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttga 27337464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 273 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27398258 - 27398204
Alignment:
Q  273 tgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    |||||||| |||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27398258 tgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttga 27398204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 57 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28098082 - 28098030
Alignment:
Q  57 atttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttatt 109  Q
    |||||||||||||||| | |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28098082 atttactcaaacttatcttattggccaggaatggatatgaattcgagtttatt 28098030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 28479916 - 28479852
Alignment:
Q  245 atggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattc 309  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||||||||    
T  28479916 atggtcgggatccatgggattggtggaataggaaaaactactcttgctctagaagtttataattc 28479852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 28491013 - 28490949
Alignment:
Q  242 catatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataa 306  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||| || |||||   ||||||||||||    
T  28491013 catatggtagggatccatgggattggtggaatagggaaaactactcttgctctagaagtttataa 28490949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 251 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 29477513 - 29477437
Alignment:
Q  251 gggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||  ||| |||||||||| | ||  | |||||||||||    
T  29477513 gggatctatgggattggcggaatagggaaaacaacacttgctcgagcagtttataatacgatttcggatcaatttga 29477437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 29792371 - 29792307
Alignment:
Q  245 atggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattc 309  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||||||||    
T  29792371 atggtcgggatccatgggattggtggaataggaaaaactactcttgctctagaagtttataattc 29792307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 242 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 29803423 - 29803359
Alignment:
Q  242 catatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataa 306  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||| || |||||   ||||||||||||    
T  29803423 catatggtagggatccatgggattggtggaatagggaaaactactcttgctctagaagtttataa 29803359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 57940 - 57662
Alignment:
Q  51 tgatgcatttactcaaacttatttgatt-gggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtg 149  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| | ||||||||||| ||    
T  57940 tgatgcatttactcaaacttatttcatttgggtaggaatggatatgaatgcgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatg 57841  T
Q  150 ttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggt 249  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||| |    
T  57840 ttcctttatatgttgccgattaccctgttggtatcgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttctggatgttagatctaatggtgaagttcagatgct 57741  T
Q  250 agggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 328  Q
    ||||||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  57740 agggatctacggaattggaggaatgggaaagacaacacttgctagagcagtttttaattccatagccgatcaatttgat 57662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 13 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 57998 - 57963
Alignment:
Q  13 aatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  57998 aatatttgaattgtatttatacaactattattaata 57963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 49 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 5090600 - 5090322
Alignment:
Q  49 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||| | |||| | |||| |||||||||||      
T  5090600 tgtgatgcatttattcaaatttatctgatttgataggactggatatgaatacgagtttattcagatgatagtcacatatgtctccaacaagatcaatcac 5090501  T
Q  149 gttcctctatatgttgctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 248  Q
      |||| || |||||||| ||||||| |||||  | ||| ||   || || ||| || ||||| | || ||| | || |||| || |  ||| || |||     
T  5090500 actcctttacatgttgctgattacccggttggattagagcctcgtgttctgaaattatattcactactggatattggttctaatgataaagtccaaatgc 5090401  T
Q  249 tagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| || || | |||| |||| ||| ||| ||||||||||    
T  5090400 tagggatctatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttga 5090322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 90 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 18731106 - 18731048
Alignment:
Q  90 gatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgt 148  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||    
T  18731106 gatatgaatacaagtttattgaaaagatagtcaaatatgtctccaacaagatcagtcgt 18731048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 327
Target Start/End: Original strand, 3280210 - 3280472
Alignment:
Q  65 aaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagcaagatcaatcgtgttcctctatatgttg 164  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||| |||| ||||| ||||||| |   | ||||| ||| || |||||| |||||| ||||||| |||| || ||||||    
T  3280210 aaacttatatgattgggcaggaatgaatatcaatacaagtttataggggatatagtcaaaaatgtatccaacaagataaatcgtgctcctttacatgttg 3280309  T
Q  165 ctaattaccctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggac 264  Q
       ||||||| |||||  |  |||||   ||||| |||||||||||| |||| || || | ||||| |  || |||  | ||| |||| ||||||||       
T  3280310 tcgattacccggttggcatgcagtctcgagtccttaaagtaaattcacttctagaagttgcatctaattatgaagtcaagatgataggtatctatggact 3280409  T
Q  265 tggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 327  Q
    ||| |||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  3280410 tggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttga 3280472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 239285 - 239239
Alignment:
Q  245 atggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgc 291  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  239285 atggtagggatccatgggattggtggaataggaaaaacaactcttgc 239239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 243 - 332
Target Start/End: Original strand, 16691596 - 16691685
Alignment:
Q  243 atatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgattgtt 332  Q
    ||||||| |||||| |||| | ||| ||||| || ||||||||||||||  ||| | |||||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  16691596 atatggttgggatccatggaattggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtt 16691685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 309
Target Start/End: Original strand, 12589400 - 12589464
Alignment:
Q  245 atggtagggatctatgggactggtggaatgggaaaaacaacacttgcaagagaagtttataattc 309  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| || ||||| || |||||   |||||||||||||||    
T  12589400 atggtagggatccatgggattggtggaatagggaaaactactcttgctctagaagtttataattc 12589464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University