View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7116_low_18 (Length: 356)

Name: NF7116_low_18
Description: NF7116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7116_low_18
NF7116_low_18
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (12-356)||(4845713-4846057)
chr7 (58-356)||(4630980-4631275)
chr7 (12-356)||(4711773-4712117)
chr7 (50-356)||(4666991-4667297)
chr7 (96-356)||(4663044-4663301)
chr7 (43-356)||(4636910-4637220)
chr7 (52-356)||(4863975-4864276)
chr7 (6-356)||(4815959-4816306)
chr7 (43-356)||(4783567-4783877)
chr7 (52-356)||(4696931-4697232)
chr7 (58-356)||(4653573-4653868)
chr7 (13-275)||(4672837-4673096)
chr7 (24-268)||(4643848-4644089)
chr7 (295-356)||(4672729-4672790)
chr7 (289-356)||(4643724-4643791)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (52-356)||(18925483-18925784)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 4845713 - 4846057
Alignment:
Q  12 tgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 111  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845713 tgacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaagctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 4845812  T
Q  112 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845813 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaa 4845912  T
Q  212 acaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattt 311  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4845913 acaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 4846012  T
Q  312 tgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
     ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4846013 cgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttg 4846057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 58 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4631275 - 4630980
Alignment:
Q  58 gtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 157  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631275 gtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 4631176  T
Q  158 aatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttac 257  Q
    ||||||||  |||||||||||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  4631175 aatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaac 4631079  T
Q  258 tgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  4631078 tgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttg 4630980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 356
Target Start/End: Original strand, 4711773 - 4712117
Alignment:
Q  12 tgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 111  Q
    ||||||||  |||||| ||||||  || || |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | |||||||||    
T  4711773 tgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggt 4711872  T
Q  112 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaa 211  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4711873 atgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaa 4711972  T
Q  212 acaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattt 311  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4711973 acaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 4712072  T
Q  312 tgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
      |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4712073 caaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttg 4712117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 50 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4667297 - 4666991
Alignment:
Q  50 tggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttactt 149  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4667297 tggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttactt 4667198  T
Q  150 ggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtt 249  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||||  || ||||  |||||||| |||||||||| | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||     
T  4667197 ggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtg 4667098  T
Q  250 tactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgc 349  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| || ||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  4667097 tacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgc 4666998  T
Q  350 atttttg 356  Q
    |||||||    
T  4666997 atttttg 4666991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 96 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4663301 - 4663044
Alignment:
Q  96 aagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgat 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| || ||||   |||    
T  4663301 aagtgatgatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gat 4663205  T
Q  196 catctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattaca 295  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||| | |||  ||||||||||| |    
T  4663204 catctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattata 4663105  T
Q  296 atgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  4663104 atgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttg 4663044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 43 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4637220 - 4636910
Alignment:
Q  43 aaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctc 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4637220 aaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctc 4637121  T
Q  143 gttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccaga 242  Q
     ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |   |   || | ||||  |||  |||||||  |||||| ||||||| |||||||||    
T  4637120 tttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgacttt---acacataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccaga 4637024  T
Q  243 agctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggta 342  Q
    || ||| ||||| ||||| |||||||| |||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  4637023 agttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggta 4636924  T
Q  343 aggttgcatttttg 356  Q
    ||||| ||||||||    
T  4636923 aggttacatttttg 4636910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 52 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4864276 - 4863975
Alignment:
Q  52 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 151  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864276 gagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 4864177  T
Q  152 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgttta 251  Q
    ||||| |||||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||| ||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  4864176 agaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgta 4864080  T
Q  252 ctttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcat 351  Q
    ||| ||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||    
T  4864079 cttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacat 4863980  T
Q  352 ttttg 356  Q
    |||||    
T  4863979 ttttg 4863975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 6 - 356
Target Start/End: Original strand, 4815959 - 4816306
Alignment:
Q  6 tggttctgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgat 105  Q
    ||||||||||||||  |||||| || |||  ||  | |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||    
T  4815959 tggttctgacaacacggaataccaagttcttaacaacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagat 4816058  T
Q  106 acaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaact 205  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |  |    || | ||||  |    
T  4816059 acaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacat 4816155  T
Q  206 atttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttg 305  Q
    ||  |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4816156 ataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttg 4816255  T
Q  306 gaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4816256 gaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttg 4816306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 356
Target Start/End: Original strand, 4783567 - 4783877
Alignment:
Q  43 aaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctc 142  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  4783567 aaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctc 4783666  T
Q  143 gttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccaga 242  Q
    |||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |  |    || | ||||  |||  |||||||  |||||| ||||||| |||||||||    
T  4783667 gttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccaga 4783763  T
Q  243 agctgtttactttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggta 342  Q
    || ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  4783764 aggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggta 4783863  T
Q  343 aggttgcatttttg 356  Q
    ||||| ||||||||    
T  4783864 aggttacatttttg 4783877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 52 - 356
Target Start/End: Original strand, 4696931 - 4697232
Alignment:
Q  52 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 151  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||   | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696931 gagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttgg 4697030  T
Q  152 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgttta 251  Q
    ||||| |||||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||| ||||||  |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||    
T  4697031 agaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgta 4697127  T
Q  252 ctttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcat 351  Q
    ||| ||||| ||||||  |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  4697128 cttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcat 4697227  T
Q  352 ttttg 356  Q
    |||||    
T  4697228 ttttg 4697232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 58 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4653868 - 4653573
Alignment:
Q  58 gtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 157  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||     ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||||     
T  4653868 gtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaac 4653769  T
Q  158 aatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttac 257  Q
    ||||||||   ||||||||||||| || || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||| | ||    
T  4653768 aatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaac 4653672  T
Q  258 tgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4653671 tgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttg 4653573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4673096 - 4672837
Alignment:
Q  13 gacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggta 112  Q
    |||||||  |||||| ||||||  || || |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||    
T  4673096 gacaacacggaataccaaattcataacgaaaaagctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggta 4672997  T
Q  113 tgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaa 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |||   |   ||||||| |||| ||||||    
T  4672996 tgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtat---atgcatcatctcaactttttaaa 4672900  T
Q  213 caataccattcccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagttatggaat 275  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  4672899 caataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 4644089 - 4643848
Alignment:
Q  24 atacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaat 123  Q
    |||| ||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| |||||   | ||||||||||||||||| |||    
T  4644089 ataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaat 4643990  T
Q  124 tgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattc 223  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    || ||||||| || ||||| |    ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  4643989 tgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaaaaatgccattc 4643893  T
Q  224 ccaattacagtgcaccagaagctgtttactttactgccagaagtt 268  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  4643892 caaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 295 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672729
Alignment:
Q  295 aatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttg 4672729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 289 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643724
Alignment:
Q  289 gattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcatttttg 356  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttg 4643724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 52 - 356
Target Start/End: Original strand, 18925483 - 18925784
Alignment:
Q  52 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 151  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18925483 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttgg 18925582  T
Q  152 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaataccattcccaattacagtgcaccagaagctgttta 251  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||| || || |  |    || |||| |||||| |||||||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| ||    
T  18925583 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 18925679  T
Q  252 ctttactgccagaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttgcat 351  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| ||||||    
T  18925680 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 18925779  T
Q  352 ttttg 356  Q
    |||||    
T  18925780 ttttg 18925784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University