View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7116_low_3 (Length: 595)

Name: NF7116_low_3
Description: NF7116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7116_low_3
NF7116_low_3
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (13-584)||(3003779-3004350)
chr8 (13-514)||(9849200-9849701)
chr8 (53-514)||(2981753-2982220)
chr8 (41-514)||(2990846-2991316)
chr8 (51-458)||(2709421-2709828)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (51-467)||(18357293-18357709)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (51-514)||(10753810-10754270)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 3004350 - 3003779
Alignment:
Q  13 agttttttcacgtctgaactgaattcgccaatttctatggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004350 agttttttcacgtctgaactgaattcgccaatttctatggatttgagcatggaaagaggagggaagccaatcgaatattgtgacattgctatatttagtg 3004251  T
Q  113 ttgcttccaatatctccacacaacactctgtcaatgataatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004250 ttgcttccaatatctccacacaacactctgtcaatgataatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgc 3004151  T
Q  213 taatttagataaacaatgaaactgaggcaacaagagatgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtgg 312  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004150 taatttagatagacaatgaaactgaggcaacaagagatgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtgg 3004051  T
Q  313 cattcccaaagttttaggctctccaaagatggacagaatgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004050 cattcccaaagttttaggctctccaaagatggaaagaatgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaatt 3003951  T
Q  413 gaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtgggagatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003950 gaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtgggagatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatag 3003851  T
Q  513 cctttctgaaaagatcaccccctttcccttgtaccgttgtaggcccatttttccaaatccacctcgtttctt 584  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3003850 cctttctgaaaagatcacccccttgcccttgtaccgttgtaggcccatttttgcaaatccacctcgtttctt 3003779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Original strand, 9849200 - 9849701
Alignment:
Q  13 agttttttcacgtctgaactgaattcgccaatttctatggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtg 112  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849200 agttttttcacatccgaactgacttcgccaatttccatggatttgagcatggaaagaggagggaagccagtcgaatattgtgacattgctatatttagtg 9849299  T
Q  113 ttgcttccaatatctccacacaacactctgtcaatgataatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgc 212  Q
    ||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||||||||   ||||||||    ||||| | |||| |    
T  9849300 ttgcttccaatatctgcacattgcactctgtcaatgatagtctcgtcttaatctctggaaaaataggcatggaggtcaacatccagcacccaccaatttc 9849399  T
Q  213 taatttagataaacaatgaaactgaggcaacaagagatgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtgg 312  Q
     ||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||  |||||| |||||    |      
T  9849400 caatatagatagacgaggaaactgaggcaacaagagatgacgtgaagaattaatatcgctgaaatcatctcccatcctcctccatcctctcagaatatta 9849499  T
Q  313 cattcccaaagttttaggctctccaaagatggacagaatgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaatt 412  Q
    ||  ||  || |||||| ||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||  | | ||  ||| |    
T  9849500 caacccataaattttagactctccaaagatgggaagaatgattcatgaagaataggctcttcgtaatatatgtactccaattcatcgaggtaacataact 9849599  T
Q  413 gaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtgggagatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatag 512  Q
     ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  9849600 caagtgacttaaggaatggaagacgttccagtggtgggagatattgtaaacctcgacaacaatcaagagatatttcaattatatttgtgagtggagaaag 9849699  T
Q  513 cc 514  Q
    ||    
T  9849700 cc 9849701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 53 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 2982220 - 2981753
Alignment:
Q  53 atttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtgttgcttccaatatctccacacaaca-ctctgtcaatgata 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  || |||  |||||  ||    
T  2982220 atttgagcatcgaaagaggagggaagccactcgaatatggtgactctgctatatttagtgttgcttccaatatctctgcactgcaactcc-tcaatttta 2982122  T
Q  152 atctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgctaatttagataaacaa------tgaaactgaggcaacaa 245  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||| | ||||||  ||||  | |||||||| | ||||      |||||||||||||||||    
T  2982121 atctcttcttaatggttggaaaagtaggcatgaaagccaacatgtcacacccattaatatccaatttagagagacaaggaaactgaaactgaggcaacaa 2982022  T
Q  246 gagatgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtggcattcccaaagttttaggctctccaaagatgga 345  Q
    | ||||||||||||| || ||||||   ||||||||| | || |||  ||||||| ||||||     ||  |  ||||||  || ||||||||||||||     
T  2982021 gcgatgatgtgaagagttgatatcactcaaatcatcttctatcctcctccatcccatcagcttcccacaaactaaaagttcaagcctctccaaagatggg 2981922  T
Q  346 cagaatgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaattgaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatg 445  Q
     ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || || |  | |||| |  |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2981921 aagaatgattcatgaagaataggctcttcataatatatgtactccaattcataaaggtgacgtaactcgagtgacttaaggaacggaaggcgttccaatg 2981822  T
Q  446 gtgggagatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatagcc 514  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  2981821 gtgggagatgttggaaaccttggcaataattaagagatatttcaattatatttgtgagtggagaaagcc 2981753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 41 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 2991316 - 2990846
Alignment:
Q  41 caatttctatggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtgttgcttccaatatctccaca---caaca 137  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||| |  |   ||| |    
T  2991316 caatttttaaggatttgagcatggaaagaggagggaagccatttgaatattgtgactcttctacatttagtgttgcttccaatatcttcgtactgcaaga 2991217  T
Q  138 ctctgtcaatgataatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacat-ttgacaccctctaattgctaatttagataaacaatgaaactg 236  Q
    |||   || ||||||||   |||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  ||  |  |||  |||||| ||| | | || |||| ||    
T  2991216 ctc---cattgataatc---tcttaatgtttggaaaagtaggcatcaaagtcaacatcttgctacgat-aaataactaattgagaaagataaggaaagtg 2991124  T
Q  237 aggcaacaagagatgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtggcattcccaaagttttaggctctcc 336  Q
    | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||  ||||||| ||| ||  |  ||  |  |||    |||| |||||    
T  2991123 acgcaacaatagatgatgtgaagagttaatatcattcaaatcatctcccatcctcctccatcccttcaacttatcacaaccataaaaggctaggatctcc 2991024  T
Q  337 aaagatggacagaatgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaattgaagtgacctaaggaatggaaggc 436  Q
    ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||    | || |||| |  |||||| ||||||| |||||||    
T  2991023 aaagatgggaagaatgattcatgaagaataggctcttcataatatatgtactccaattcataggggaaacgtaactcgagtgacttaaggaacggaaggc 2990924  T
Q  437 gttccaatggtgggagatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatagcc 514  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  2990923 gttccaatggtgggagatgttggaaacctcggcaataactaagagatatttcaattatatttgtgagtggagagagcc 2990846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 458
Target Start/End: Original strand, 2709421 - 2709828
Alignment:
Q  51 ggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtgttgcttccaatatctccaca-caacactctgtcaatga 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||   |||   |  ||||      
T  2709421 ggatttgagcatggaaagaggagggaagccaatcgaatattgtgactctgctatatttagtgttgcttccattatctccgcattgaca-agtcccaattc 2709519  T
Q  150 taatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgctaatttagataaacaatgaaactgaggcaacaagaga 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |  ||    | |||||  |||||||| | | || |||| |||||||||||||||    
T  2709520 taatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgaaagtcaacctctcgcaagaccaaattgtcaatttagaaagagaaggaaagtgaggcaacaagaga 2709619  T
Q  250 tgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtggcattcccaaagttttaggctctccaaagatggacaga 349  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||| |||  ||||||| | |||| |   ||  |   ||||| |||| |||||||||||||  |||    
T  2709620 tgatgtgaagagttaatatcattcaaatcatctctcatcctcctccatccctttagcttggaacaagcaataagttgtaggatctccaaagatgggaaga 2709719  T
Q  350 atgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaattgaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtgg 449  Q
    |||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||| | |  ||   || |||| |  |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||     
T  2709720 atgattcatgaagaataggatcttcgtaatatatgtactccaattgaagaagataacgtaactctagtgacttaaggaatggaaggtgttccaagggtga 2709819  T
Q  450 gagatatcg 458  Q
    |||||||||    
T  2709820 gagatatcg 2709828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 51 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 18357709 - 18357293
Alignment:
Q  51 ggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtgttgcttccaatatctccacacaaca-ctctgtcaatga 149  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  || |||   ||||      
T  18357709 ggatttgagtatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgactctgctatatttagtgttgcttccaatatctctgcactgcaactcca-caattc 18357611  T
Q  150 taatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgctaatttagataaacaatgaaactgaggcaacaagaga 249  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||    |||| | |||||||| | |||| |||| |||||||| ||||||    
T  18357610 taatttcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgaaagtcaacattttgcacctaacaattaccaatttagaaagacaaggaaagtgaggcaagaagaga 18357511  T
Q  250 tgatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtggcattcccaaagttttaggctctccaaagatggacaga 349  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||  ||||||| ||||||     |||||  |||  |||||| |||||||||||||  |||    
T  18357510 tgatgcgaagagttaatatcattcaaatcatctcccatcctcctccatcccttcagcttccaacattcaaaaaagtttaggatctccaaagatgggaaga 18357411  T
Q  350 atgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaattgaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtgg 449  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||   ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18357410 atgattcatgaagaataggctcctcgtaatatatgtactccaattgattaagccatcttaaatcaagtgacttaaggaatggaaggcgttccaatggtgg 18357311  T
Q  450 gagatatcggaaaccttg 467  Q
    ||||||||| ||| ||||    
T  18357310 gagatatcgtaaatcttg 18357293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 51 - 514
Target Start/End: Original strand, 10753810 - 10754270
Alignment:
Q  51 ggatttgagcatggaaagaggagggaagccaattgaatattgtgacattgctatatttagtgttgcttccaatatctccacacaacactctgtcaatgat 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||    | |||  |    
T  10753810 ggatttgagcatggaaagaggagggaagccaatcgaatattgtgactctgctatatttagtgttgcttccaatatctccgcactggacctccttaatact 10753909  T
Q  151 aatctcttcttaatgtttggaaaagtaggcatgtgagtcaacatttgacaccctctaattgctaatttagataaacaatgaaactgaggcaacaagagat 250  Q
    ||| ||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| || |||||||  | | |||| | |||| |||| ||||||||||||||||    
T  10753910 aatatctt---aatgtttggaaaagtaggcatgtaagtcaacatgtaacatccactaattgtcagtatagaaagacaaggaaaatgaggcaacaagagat 10754006  T
Q  251 gatgtgaagaattaatatcatcgaaatcatctcccattctctgccatcccctcagctcgtggcattcccaaagttttaggctctccaaagatggacagaa 350  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||  ||    | || || || |||||||||||||||  ||||    
T  10754007 gatgtgaagagttaatatcattcaaatcatctcccatcctcctccatcccctcagcttgtaacaacgactaaattgtaagctctccaaagatgggaagaa 10754106  T
Q  351 tgattcgagaagaataggctcctcataatatatgtactccaaattattaatgcaatgtaattgaagtgacctaaggaatggaaggcgttccaatggtggg 450  Q
    ||| ||  | |||||||| || |||||||| ||| ||||||| |  | ||  |||  ||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  10754107 tgaatctgggagaataggatcttcataataaatgcactccaattcttcaagccaaattaactgaagtgacttaaggtatggaagacgttcccacggtggg 10754206  T
Q  451 agatatcggaaaccttgacaataaccaagatgtatttcaataatatttgtgagtgaagatagcc 514  Q
    ||||||||| ||||   |||| ||  ||||  ||||||||| | ||||||||||| ||| ||||    
T  10754207 agatatcggcaaccactacaagaattaagagatatttcaattaaatttgtgagtggagaaagcc 10754270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University