View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7122_low_2 (Length: 452)

Name: NF7122_low_2
Description: NF7122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7122_low_2
NF7122_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (34-452)||(2621251-2621669)
chr6 (13-450)||(2589663-2590100)
chr6 (31-450)||(2674842-2675261)
chr6 (31-452)||(2571349-2571770)
chr6 (39-423)||(2435859-2436243)
chr6 (34-433)||(2449033-2449432)
chr6 (29-452)||(2642991-2643414)
chr6 (30-266)||(2598288-2598524)
chr6 (71-171)||(33788355-33788455)
chr6 (44-111)||(3431225-3431292)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (80-201)||(27731253-27731374)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (135-180)||(31440455-31440500)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 452
Target Start/End: Original strand, 2621251 - 2621669
Alignment:
Q  34 tttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcta 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2621251 tttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtctggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctt 2621350  T
Q  134 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattg 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2621351 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcatcg 2621450  T
Q  234 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatga 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621451 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcggaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatga 2621550  T
Q  334 caattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacg 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  2621551 caattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaaccgatgacaccccatctatcatgaatagagatcacatgcaaaacatg 2621650  T
Q  434 ggtggttgtagactcgtga 452  Q
     ||||||||||||||||||    
T  2621651 agtggttgtagactcgtga 2621669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 450
Target Start/End: Original strand, 2589663 - 2590100
Alignment:
Q  13 tgacacattattagccgcatgtttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatc 112  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2589663 tgacacattatcagctgcatctttactactacaggttagagagagaggagtacaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggattgccattgcaagagctatc 2589762  T
Q  113 ataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2589763 ataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactcgattctgaatcagaaagggttgtccaagaagctctagacaaagctaccgttg 2589862  T
Q  213 gacgcaccaccatcatcattgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctca 312  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    |||| |||||||||    
T  2589863 gacgcaccaccatcatcatcgctcaccgcctatctaccatccaaaatgcagacatcattgcagttgttcaaaatggtaagattatggaaataggatctca 2589962  T
Q  313 tgaaagcctcatgcaaaatgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaat 412  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||  || |||||||||||||||||||||    
T  2589963 cgaaagcctcgtgcaagatgacaattcaatttatgcctcccttgttcgtcttcaacaaacaaaaagggacgaaactgacgacaccccatctatcatgaat 2590062  T
Q  413 aaagatcacatgcaaaacacgggtggttgtagactcgt 450  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  2590063 aaagatcacatgcaaaacacgagtacttgtagactcgt 2590100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 31 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 2675261 - 2674842
Alignment:
Q  31 atgtttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaatt 130  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  2675261 atgtttattactacaggttggggagagaggagttcagatgtcagggggacaaaaacaaaggattgccattgcaagagccataataaaaatgcctaaaatt 2675162  T
Q  131 ctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatca 230  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  2675161 ttattactagatgaagcaacaagtgcacttgattctgaatccgaacgagttgttcaagaagctctagacaaagcggcggttggacgcaccaccatcatca 2675062  T
Q  231 ttgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaa 330  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||   ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  2675061 tcgctcaccgcttatcaaccatccaaaatgcagacatcattgcagttgtccaaaatggtaagatcatggaaacgggatctcacgaaagcctcatgcaaaa 2674962  T
Q  331 tgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaac 430  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | ||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  2674961 tgaaaattctctttacacctccctcgttcgtctccaacaaactagaaatgatcaaactgatgacactccatctatcatgaatagaggtcacatgcaaaac 2674862  T
Q  431 acgggtggttgtagactcgt 450  Q
    ||| || || ||||||||||    
T  2674861 acgagtagtcgtagactcgt 2674842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 31 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 2571770 - 2571349
Alignment:
Q  31 atgtttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaatt 130  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2571770 atgtttactactacaggttggggagaggggagttcaaatgtcagggggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagagccatcataaaaatgccaaaaatt 2571671  T
Q  131 ctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatca 230  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||||||    
T  2571670 ctattgttagacgaagcaacaagtgcactcgattctgaatccgaacgagtcgtccaagaagctctagacaaagctgcagttggacgaaccaccatcatca 2571571  T
Q  231 ttgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaa 330  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||   ||||  |||||||| || ||||||||||||||    
T  2571570 tcgctcaccgcttatctaccatccaaaatgcagacattattgcggtcgttcaaaatggtctggtcatggaaatgggatctcacgatagcctcatgcaaaa 2571471  T
Q  331 tgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaac 430  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| |    
T  2571470 tgacaattctctttacacatcccttgttcgtctccaacaaactagaaatgaccaaagtgatgacactccatctatcatgaatagagatcacatggaaatc 2571371  T
Q  431 acgggtggttgtagactcgtga 452  Q
    ||| || || ||||||| ||||    
T  2571370 acgagtagtcgtagacttgtga 2571349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 39 - 423
Target Start/End: Original strand, 2435859 - 2436243
Alignment:
Q  39 tactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgct 138  Q
    |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2435859 tactacaggttggggagaggggaattcaaatgtctgggggacaaaagcaaaggattgccattgcaagagccatagtaaaaatgccaaaaattctattgct 2435958  T
Q  139 agatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattgctcac 238  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2435959 agacgaagcaacaagtgctctcgattctgaatctgaacgagttgtccaagaagctctagacaaagctgtagttggacgcaccaccatcatcatcgctcac 2436058  T
Q  239 cgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatgacaatt 338  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  2436059 cgcttatccaccatccaaaatgcagacatcattgcagttgttcaaaatggtaagatcatggaaacaggatctcacgaaagcctcatgcaaaatgacagtt 2436158  T
Q  339 ctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacat 423  Q
    |  ||||| | ||||| |||| |||||| || || ||||| ||||||  || ||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  2436159 ccatttacacatccctagttcatctccaacacaccaaaaatgaccaagacggtgataccctatctatcatgaataaacatcacat 2436243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 34 - 433
Target Start/End: Original strand, 2449033 - 2449432
Alignment:
Q  34 tttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattcta 133  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  |||| |||||||    
T  2449033 tttactactataggttggggagaggggagtacaaatgtcagggggacaaaagcaaaggatttccattgcaagagccataatcaaaaatccaagaattcta 2449132  T
Q  134 ttgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatcattg 233  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||| ||||| |    
T  2449133 ttgctagacgaagcaacaagtgcactagattttgaatccgaacgagttgtccaagaagcttttgagaaagccacagttgaacgcaccaccattatcatcg 2449232  T
Q  234 ctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaaaatga 333  Q
    |||||||||||||||||||   || |||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  2449233 ctcaccgcttatccaccatcagaactgcagatatcattgcaatcgttcaaaatggtaagatcgtggaaacaggatctcacgaaagccttatgcaaaatga 2449332  T
Q  334 caattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaaacacg 433  Q
    ||  ||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| | ||| |||||||  ||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2449333 cagctctctttacacctccctcgttcgtcttcaacaaactagaaatgaccaaagtgaccacactccacctatcatgaatagagatcacatccaaaacacg 2449432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 29 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 2643414 - 2642991
Alignment:
Q  29 gcatgtttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaa 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  2643414 gcatgtttactactacaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaaacaaaggattgccattgcaagagccataataaaaatgcctaaaa 2643315  T
Q  129 ttctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcat 228  Q
    || ||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||| | | ||||||||||| ||||||||    
T  2643314 ttttattgttggacgaagcgacaagtgcacttgattctgaatccgaacgaattgtccaagacgctctagacaaagtcgcagttggacgcacaaccatcat 2643215  T
Q  229 cattgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagacatcattgcggttgttcaaaatggtatgatcgcagaaacaggatctcatgaaagcctcatgcaa 328  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| | |||    ||||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  2643214 catcgctcatcgcctatccaccatccaaaatgctgacatcattgcagtgtttcaaaatggcaagataatggaaacaggaactcatgaaagcctcgcgcaa 2643115  T
Q  329 aatgacaattctctttacgcctcccttgttcgtctccagcaaacaaaaaaggaccaaatcgatgacaccccatctatcatgaataaagatcacatgcaaa 428  Q
     |||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||  || ||| |  ||||||||||||| | || |||||||||||    
T  2643114 gatgaaaattctctttacacctctctcgttcgtctccaacaaactagaaatgaccaaaatgaggaccctgcatctatcatgaacagaggtcacatgcaaa 2643015  T
Q  429 acacgggtggttgtagactcgtga 452  Q
    ||||| || || ||||||||||||    
T  2643014 acacgagtagtcgtagactcgtga 2642991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 2598524 - 2598288
Alignment:
Q  30 catgtttactactgcaggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaat 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2598524 catgtttactactacaggttggggagaggggagtacaaatgtcagggggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagagccatcataaaaatgccaaaaat 2598425  T
Q  130 tctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagttgtccaagaagctttagacaaagccaccgttggacgcaccaccatcatc 229  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  2598424 tctattgttagacgaagcaacaagtgcactcgattctgaatccgaacgagtcgtccaagaagctctagacaaagcttcagttggacgcaccaccatcatc 2598325  T
Q  230 attgctcaccgcttatccaccattcaaaatgcagaca 266  Q
    || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  2598324 atcgctcaccgattatctaccatccaaaatgcagaca 2598288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 33788455 - 33788355
Alignment:
Q  71 tcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaat 170  Q
    ||||| || ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  33788455 tcaggaggacaaaagcaaagaatagccattgcaagagctatcataaaaaatccagtaattcttctgcttgatgaagcaactagtgcacttgactctgaat 33788356  T
Q  171 c 171  Q
    |    
T  33788355 c 33788355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 3431292 - 3431225
Alignment:
Q  44 caggttggggagagaggagttcaaatgtcaggggggcaaaagcaaaggatttccattgcaagagctat 111  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| | || || || ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  3431292 caggttggtgagcgaggagttcaattatctggtggacaaaagcaaaggattgcaattgcaagagctat 3431225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 201
Target Start/End: Original strand, 27731253 - 27731374
Alignment:
Q  80 caaaagcaaaggatttccattgcaagagctatcataaaaatgccaaaaattctattgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagag 179  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||  ||| ||  || |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| | |    
T  27731253 caaaagcaaagggtggccattgcaagagctattttaagaaaccctaaaatattattgcttgatgaagcaacaagtgcactagatgtcgaatcggaacgtg 27731352  T
Q  180 ttgtccaagaagctttagacaa 201  Q
    |||| ||| |||||||||||||    
T  27731353 ttgtacaacaagctttagacaa 27731374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 135 - 180
Target Start/End: Original strand, 31440455 - 31440500
Alignment:
Q  135 tgctagatgaagcaacaagtgcactagattctgaatccgaaagagt 180  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  31440455 tgcttgatgaagcaacaagtgcactggattctcaatccgaaagagt 31440500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University