View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7126_low_39 (Length: 205)
Name: NF7126_low_39
Description: NF7126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7126_low_39 |
 | |
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| [»] chr6 (10 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 132; Significance: 9e-69; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 205
Target Start/End: Original strand, 26950170 - 26950361
Alignment:
| Q |
15 |
tatgctgtaacaatttgaatggaaa-tattataattggaccaaaatcaatatgaacgcgattttatcagtgtcattattacatatcaatacatatatgtg |
113 |
Q |
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|||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
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| T |
26950170 |
tatgttgtaacaatttgaattaaaaatattataattgaacataaatcaatatgaacacgattttatcagtgtcattattatatatcaatatatatatgta |
26950269 |
T |
|
| Q |
114 |
atagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaaatagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26950270 |
gtagttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctc |
26950361 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 89 - 205
Target Start/End: Original strand, 26975453 - 26975569
Alignment:
| Q |
89 |
tattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaa |
188 |
Q |
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||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
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| T |
26975453 |
tattatatatcagtacatatatgtgattgttattctgatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26975552 |
T |
|
| Q |
189 |
atagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
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| T |
26975553 |
atagttacagacgtctc |
26975569 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 73 - 205
Target Start/End: Original strand, 31288791 - 31288923
Alignment:
| Q |
73 |
attttatcagtgtcattattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacg |
172 |
Q |
| |
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|||| |||||| ||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
31288791 |
atttcatcagtctcattattatatgtaaatacatatttgtgatagttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacataaatgaatatgaacg |
31288890 |
T |
|
| Q |
173 |
cgattttactgaaaaaatagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
31288891 |
agattttattgaaaaaatagttacagatgtctc |
31288923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 89 - 205
Target Start/End: Original strand, 26636148 - 26636264
Alignment:
| Q |
89 |
tattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaa |
188 |
Q |
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||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
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| T |
26636148 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26636247 |
T |
|
| Q |
189 |
atagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
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| T |
26636248 |
atagttacagacgtctc |
26636264 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 89 - 205
Target Start/End: Original strand, 26742114 - 26742230
Alignment:
| Q |
89 |
tattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaa |
188 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26742114 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26742213 |
T |
|
| Q |
189 |
atagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26742214 |
atagttacagacgtctc |
26742230 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 95 - 205
Target Start/End: Original strand, 26959634 - 26959744
Alignment:
| Q |
95 |
atatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaaatagtt |
194 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
26959634 |
atatcaatacatatatgtgattgttattctaatacatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgagtatgaacgtgattttattgaaaaaatagtt |
26959733 |
T |
|
| Q |
195 |
acagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
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|
| T |
26959734 |
acagacgtctc |
26959744 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 89 - 205
Target Start/End: Original strand, 25074372 - 25074488
Alignment:
| Q |
89 |
tattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaa |
188 |
Q |
| |
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||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
25074372 |
tattatatatcaagacatatatgtgattattattctaatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
25074471 |
T |
|
| Q |
189 |
atagttacagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| |
|
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| T |
25074472 |
atagttagagacgtctc |
25074488 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 89 - 180
Target Start/End: Original strand, 25074191 - 25074282
Alignment:
| Q |
89 |
tattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgatttta |
180 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
25074191 |
tattacatatcaatacatatatgtgattgctattctaatgcgtatagttaaatatctatgattggacataaatgaatatgaacgtgatttta |
25074282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 95 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 27664879 - 27664769
Alignment:
| Q |
95 |
atatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaaatagtt |
194 |
Q |
| |
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|||| ||||||||| |||||| |||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | | |||| |||| |||||||| |
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| T |
27664879 |
atattaatacatatgtgtgattgttattctaatacatctatttaaatatgtatgattggacagaaataaatatgaatacaaatttattgaagaaatagtt |
27664780 |
T |
|
| Q |
195 |
acagacgtctc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
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|
| T |
27664779 |
acagacgtctc |
27664769 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 195
Target Start/End: Original strand, 24716103 - 24716193
Alignment:
| Q |
105 |
atatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaaaatagtta |
195 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||| |
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|
| T |
24716103 |
atatatgtgattgttattctgatgcacgtattataacatttatgattggacagaaatgaacatgaaggcgatgttattgaaaaaatagtta |
24716193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 88 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 17992896 - 17992784
Alignment:
| Q |
88 |
ttattacatatcaatacatatatgtgatagttattctgatgcatttatttaaatattaatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttactgaaaa |
187 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
17992896 |
ttattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaa |
17992797 |
T |
|
| Q |
188 |
aatagttacagac |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||| |
|
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| T |
17992796 |
aatagttacagac |
17992784 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University