View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7138_high_5 (Length: 481)

Name: NF7138_high_5
Description: NF7138
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7138_high_5
NF7138_high_5
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (235-481)||(33859634-33859899)
chr2 (62-234)||(3121610-3121782)
chr2 (62-231)||(24475714-24475883)
chr2 (53-236)||(33299970-33300155)
chr2 (61-235)||(14945735-14945919)
chr2 (65-234)||(36272661-36272840)
chr2 (64-236)||(40216411-40216593)
chr2 (63-234)||(13696965-13697146)
chr2 (62-236)||(32599246-32599430)
chr2 (1-61)||(33859582-33859642)
chr2 (62-234)||(17823579-17823761)
chr2 (63-164)||(42061309-42061412)
chr2 (60-155)||(40095261-40095356)
chr2 (61-155)||(5562935-5563029)
chr2 (62-164)||(36709271-36709373)
chr2 (62-235)||(33555361-33555545)
chr2 (57-155)||(23860253-23860351)
chr2 (62-152)||(25333144-25333234)
chr2 (62-139)||(4434695-4434772)
chr2 (171-236)||(14242522-14242586)
chr2 (167-234)||(4434592-4434658)
chr2 (128-163)||(31220628-31220663)
chr2 (62-132)||(14242627-14242697)
chr2 (200-234)||(25333322-25333356)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (62-235)||(526908-527081)
chr1 (62-235)||(39858347-39858520)
chr1 (62-234)||(46845666-46845838)
chr1 (63-236)||(13276472-13276645)
chr1 (65-236)||(40314095-40314266)
chr1 (62-235)||(49430483-49430646)
chr1 (68-233)||(29731194-29731369)
chr1 (64-236)||(47571561-47571743)
chr1 (61-235)||(1994952-1995135)
chr1 (61-148)||(6487727-6487814)
chr1 (64-234)||(33502524-33502704)
chr1 (62-155)||(40294820-40294913)
chr1 (59-233)||(48489446-48489630)
chr1 (61-235)||(44797466-44797649)
chr1 (62-235)||(2402924-2403107)
chr1 (65-236)||(15224985-15225170)
chr1 (64-152)||(26040972-26041060)
chr1 (61-236)||(27325625-27325811)
chr1 (111-237)||(15066017-15066154)
chr1 (66-155)||(29637299-29637388)
chr1 (61-141)||(1673368-1673448)
chr1 (64-152)||(7178203-7178291)
chr1 (60-235)||(32267464-32267649)
chr1 (167-236)||(40030902-40030970)
chr1 (69-150)||(19989246-19989327)
chr1 (167-235)||(19989352-19989419)
chr1 (174-222)||(26041093-26041141)
chr1 (114-152)||(12907642-12907680)
chr1 (62-112)||(40030838-40030888)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (62-235)||(23915972-23916145)
chr6 (63-234)||(16717991-16718179)
chr6 (62-237)||(9045833-9046017)
chr6 (68-235)||(12748217-12748395)
chr6 (61-155)||(14314075-14314169)
chr6 (62-234)||(34792651-34792833)
chr6 (68-234)||(29429590-29429756)
chr6 (65-155)||(1244645-1244735)
chr6 (61-154)||(9521905-9522000)
chr6 (167-235)||(14313986-14314052)
chr6 (188-235)||(9521811-9521858)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (62-235)||(15285329-15285502)
chr5 (62-231)||(35905994-35906163)
chr5 (64-235)||(12248275-12248456)
chr5 (62-236)||(13988247-13988431)
chr5 (64-234)||(43100208-43100388)
chr5 (62-237)||(36890377-36890561)
chr5 (171-235)||(8076374-8076438)
chr5 (64-234)||(33687649-33687829)
chr5 (60-235)||(11247190-11247375)
chr5 (65-150)||(1447841-1447926)
chr5 (62-131)||(20151384-20151453)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (61-234)||(28897994-28898167)
chr8 (62-223)||(2599531-2599692)
chr8 (61-235)||(45413554-45413721)
chr8 (62-201)||(10391348-10391487)
chr8 (64-234)||(11904855-11905035)
chr8 (65-235)||(35200559-35200739)
chr8 (62-237)||(14342184-14342371)
chr8 (70-167)||(8368448-8368545)
chr8 (67-148)||(41075693-41075774)
chr8 (60-152)||(1993732-1993824)
chr8 (63-155)||(43065994-43066085)
chr8 (63-164)||(27497174-27497274)
chr8 (67-148)||(31774729-31774810)
chr8 (97-163)||(10592011-10592077)
chr8 (67-142)||(16465714-16465789)
chr8 (61-152)||(45502661-45502752)
chr8 (165-226)||(42354443-42354504)
chr8 (63-152)||(44081068-44081157)
chr8 (167-235)||(4076768-4076835)
chr8 (62-145)||(4077060-4077143)
chr8 (164-235)||(41075595-41075665)
chr8 (167-235)||(43065904-43065971)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (61-235)||(31741042-31741216)
chr7 (64-234)||(42974395-42974558)
chr7 (64-236)||(28713679-28713861)
chr7 (64-235)||(38349458-38349639)
chr7 (60-235)||(46576241-46576426)
chr7 (64-232)||(37536317-37536495)
chr7 (61-152)||(38754987-38755078)
chr7 (62-152)||(47480105-47480194)
chr7 (60-237)||(33496497-33496684)
chr7 (69-164)||(11752604-11752699)
chr7 (157-212)||(6220185-6220240)
chr7 (170-233)||(36675940-36676003)
chr7 (61-235)||(30922709-30922893)
chr7 (167-235)||(43359087-43359155)
chr7 (60-134)||(48460657-48460731)
chr7 (197-232)||(43659261-43659296)
chr7 (171-235)||(13768488-13768553)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (62-235)||(50498210-50498383)
chr4 (62-236)||(42179147-42179319)
chr4 (61-235)||(22364470-22364644)
chr4 (63-230)||(32290215-32290377)
chr4 (61-153)||(5817471-5817563)
chr4 (64-234)||(48525328-48525508)
chr4 (62-234)||(37605691-37605873)
chr4 (65-164)||(51579323-51579422)
chr4 (61-237)||(17044002-17044187)
chr4 (60-152)||(24059225-24059317)
chr4 (61-235)||(20107109-20107271)
chr4 (62-236)||(55281208-55281392)
chr4 (63-234)||(25164471-25164652)
chr4 (62-235)||(25783908-25784090)
chr4 (62-234)||(45995895-45996076)
chr4 (60-155)||(51579579-51579673)
chr4 (65-234)||(3287087-3287262)
chr4 (171-235)||(14149959-14150023)
chr4 (62-154)||(32525112-32525204)
chr4 (67-155)||(41277220-41277308)
chr4 (62-154)||(43749092-43749184)
chr4 (167-235)||(9118514-9118582)
chr4 (66-152)||(36851231-36851317)
chr4 (68-155)||(26719990-26720077)
chr4 (169-235)||(14786735-14786801)
chr4 (61-111)||(39631271-39631321)
chr4 (187-234)||(5817380-5817427)
chr4 (167-235)||(39631009-39631076)
chr4 (185-237)||(51293079-51293131)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (63-236)||(23004757-23004939)
chr3 (63-232)||(12224006-12224184)
chr3 (62-164)||(8330672-8330774)
chr3 (66-155)||(33288136-33288225)
chr3 (64-234)||(36674519-36674699)
chr3 (62-154)||(9271110-9271202)
chr3 (62-145)||(50989203-50989286)
chr3 (62-145)||(51092335-51092418)
chr3 (65-155)||(38247801-38247891)
chr3 (66-236)||(46135531-46135709)
chr3 (157-234)||(44092433-44092510)
chr3 (61-234)||(48034808-48034992)
chr3 (60-145)||(8496704-8496789)
chr3 (70-155)||(54713532-54713617)
chr3 (68-164)||(39947237-39947333)
chr3 (162-234)||(40725957-40726029)
chr3 (167-234)||(38247914-38247979)
chr3 (74-181)||(40725859-40725966)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (169-235)||(52929-52995)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (171-235)||(3055-3118)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 235 - 481
Target Start/End: Original strand, 33859634 - 33859899
Alignment:
Q  235 tatgttgtttgttgtctttgaaaggccttgttcacagtttttcagttacgtgattttatcatcaccacctgcactgtgtctagtaagagcatatatgaat 334  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33859634 tatgttgtttgttgtctttgaaaggccttgttcacagtttttcagttacgtgattttatcatcaccacctgcactgtgtctggtaagagcatatatgaat 33859733  T
Q  335 agcttgtatttactttttgtt-------------------ttaaatataatcattagattagatgctatcatgtcactttatgtgtattttctcgtattg 415  Q
    |||||||||||||||||||||                   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33859734 agcttgtatttactttttgttttgggtgaaatgccattgcttaattataatcattagattagatgctatcatgtcactttatgtgtattttctcgtattg 33859833  T
Q  416 aacttcatttatagtaaaatcaaaatccaacttgggagttgaggacatcacacagaacacctagag 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33859834 aacttcatttatagtaaaatcaaaatccaacttgggagttgaggacatcacacagaactcctagag 33859899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Original strand, 3121610 - 3121782
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3121610 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 3121709  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3121710 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 3121782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 62 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24475883 - 24475714
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24475883 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtagtccccacacacacaagaaact 24475784  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 231  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24475783 cacttttacacactctcacgtggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 24475714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 236
Target Start/End: Original strand, 33299970 - 33300155
Alignment:
Q  53 tatgttgttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccaca--ca 150  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  33299970 tatgttatagagtagtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccatttatacacccatatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacaca 33300069  T
Q  151 cacaagaaactcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  33300070 cacaagaaactcactttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgaagaatacggtgttcatgaaacattatccta 33300155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14945919 - 14945735
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa- 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||  || ||||||||||||| | || |||     
T  14945919 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaaatgtaacatgtgtttatttggtccccacacaaaaaaaaaaa 14945820  T
Q  160 ---------ctcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
             ||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945819 aaaaaaaaactcacattcacgcactctcacataggagtggtacataatgtgtatgaagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 14945735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 65 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 36272840 - 36272661
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaactca 163  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||    
T  36272840 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccacacacacaaaaaaactca 36272741  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  36272740 catgtattgtctttcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 36272661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 236
Target Start/End: Original strand, 40216411 - 40216593
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||||  ||  ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  40216411 gtagtgatatataaaccaccttagatgatatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacataagaaactca 40216510  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
              || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40216511 tcttttatgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatccta 40216593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 63 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 13697146 - 13696965
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaact 161  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||| ||||||| || ||| |    
T  13697146 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagt 13697047  T
Q  162 ca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  13697046 cacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 13696965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 32599430 - 32599246
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||| || ||||    
T  32599430 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacaaaaaaac 32599331  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  32599330 tcacatgtattgtctgtcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 32599246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Original strand, 33859582 - 33859642
Alignment:
Q  1 accatggttctgcattggggttgtggggtaaaatacataaaatgtgtggatatatgttgtt 61  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33859582 accatggttctgcattggggttgtggcgtaaaatacataaaatgtgtggatatatgttgtt 33859642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Original strand, 17823579 - 17823761
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaac 160  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||| | |||||| ||| | |||||| |||||||||| ||||||| || ||||    
T  17823579 gagtagtgatacataaaccaccttagatggtatgtatcacttgtacacccacatacaattttgataagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaac 17823678  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  17823679 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 17823761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42061412 - 42061309
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt--ccccacacacacaagaaac 160  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||| | |||||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||||||| ||||    
T  42061412 agtagtgatacatagagcactttgggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacacaaaaaac 42061313  T
Q  161 tcac 164  Q
    ||||    
T  42061312 tcac 42061309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 155
Target Start/End: Original strand, 40095261 - 40095356
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||| ||| | |||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||||||    
T  40095261 ttgagtagtgatacatagaccaccttagatgacatgtaccacttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacacaa 40095356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 155
Target Start/End: Original strand, 5562935 - 5563029
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||| |||||||  |||| | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  5562935 tgagtagtgatacatagactattttaggtggcatgtaccatttatacattcatatataattttgacatgtgtcgatgtggtctccacacacacaa 5563029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 36709373 - 36709271
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||  |||||||||| ||||||||| |||||    
T  36709373 gagtactgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaaatgtcattgtggtccccccacacacaaaaaact 36709274  T
Q  162 cac 164  Q
    |||    
T  36709273 cac 36709271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 33555545 - 33555361
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa-- 159  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| ||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||  |||||||||| |||||| || |||      
T  33555545 gagtagtgatacatagatcaccttaagtggcatgtaccacttgtacacttacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacaaaaaaaaaa 33555446  T
Q  160 ctcactt----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||| |          ||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  33555445 ctcacatgtattgtctgtcacacattctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 33555361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 57 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 23860351 - 23860253
Alignment:
Q  57 ttgttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| || || || |||| ||| ||||| |||| | |||| ||||| |||||||||    
T  23860351 ttgtagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtatactcacacactattttgacaagtgttcttgtgatccccccacacacaa 23860253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 152
Target Start/End: Original strand, 25333144 - 25333234
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||||||| |||| | | ||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||    
T  25333144 gagtagttatacatagaccaccttggatcgcatgtaccacttgtacatcaacacacatttgtgacatgtgttcatgtgatcctcacacaca 25333234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 4434772 - 4434695
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtg 139  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||  ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  4434772 gagtagtgatatatagaccaccttatgtggcatgtaccacttgtacttccacacactattgtgacatgtgtccatgtg 4434695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 14242586 - 14242522
Alignment:
Q  171 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14242586 acactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 14242522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4434658 - 4434592
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  4434658 tcacacattctcacatg-aggtggtacaatgtgtgtatggaaaaaatagtgttcatgaaacattatcc 4434592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 163
Target Start/End: Original strand, 31220628 - 31220663
Alignment:
Q  128 tgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31220628 tgtgtccatgtggtccccacacacacaaaaaactca 31220663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 14242697 - 14242627
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgt 132  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||| ||| ||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  14242697 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacctgtacacccacacacaattttgacaagtgt 14242627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 234
Target Start/End: Original strand, 25333322 - 25333356
Alignment:
Q  200 tgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25333322 tgtatgaagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 25333356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 527081 - 526908
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  527081 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 526982  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526981 cacattcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 526908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Original strand, 39858347 - 39858520
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858347 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 39858446  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858447 cactttcacactctctcatatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 39858520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 46845838 - 46845666
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46845838 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 46845739  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46845738 cacattcacacactctcacatgggagtggtacataatgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 46845666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 63 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13276645 - 13276472
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactc 162  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13276645 agtagtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacactcatacacaattatgacatgtgtccatgtggtacccacacacacaagaaactc 13276546  T
Q  163 actttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13276545 actttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 13276472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 65 - 236
Target Start/End: Original strand, 40314095 - 40314266
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcac 164  Q
    |||||||||||| ||||| |||| | | ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40314095 tagtgatacataaaccaccttaggtagtatgtaccatttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaaaaaactcac 40314194  T
Q  165 tttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  40314195 attcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggaaaaaatggtgttcatgaaacattatccta 40314266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 49430646 - 49430483
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  49430646 gagtggtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatcaatacacaattgtgacatgtgtccatctggtctccacacacacaagaaact 49430547  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||          ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  49430546 cacttt----------cacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagagtgttcatgaaatattatcct 49430483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 68 - 233
Target Start/End: Original strand, 29731194 - 29731369
Alignment:
Q  68 tgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca---- 163  Q
    ||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||  |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||        
T  29731194 tgatacataaaccaccttaggtggcatataccactagtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacacaagaaattcatctt 29731293  T
Q  164 ------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatc 233  Q
          || ||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29731294 ttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtgatacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatc 29731369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 64 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 47571743 - 47571561
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||| || |||   |||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  47571743 gtagtgatatataaaccaccttaggtgacatatgccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacataagaaactca 47571644  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
              || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47571643 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatccta 47571561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Original strand, 1994952 - 1995135
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc-ccacacacacaagaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||||| || |||    
T  1994952 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtctttgtggtcctccacacaca-aaaaaa 1995050  T
Q  160 ctca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  1995051 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 1995135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 148
Target Start/End: Original strand, 6487727 - 6487814
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccaca 148  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6487727 tgagtagtgatacatagaccaatttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccaca 6487814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 33502704 - 33502524
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||| | |  |||||||||||| ||| ||  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  33502704 gtagtgatacatagaccacattagatgacatgtaccacttgtacacctacatgcaattgtgacatatgttcacatggtctccacacacacaaaaaactca 33502605  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              ||||||||||||||||||| || ||||||||  || |||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  33502604 cattttatatctttcacacactctcacatagaggtggtacaatgtatgtacgaagaaaaggatgttcatgaaacattatcc 33502524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 62 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 40294913 - 40294820
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| | |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  40294913 gagtagtgatacatagaccactttaggtggcacgtaccacttgtccacctatacacaattgtgacatgtatctatgtggtcctcacacacacaa 40294820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 233
Target Start/End: Original strand, 48489446 - 48489630
Alignment:
Q  59 gttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaa 158  Q
    |||| ||| ||||||||| | ||| |||| ||||||  ||||||| |||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  48489446 gttgggtaatgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatctgtccatgtggtccctacgcacacaagaa 48489545  T
Q  159 actca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatc 233  Q
    |||||          || ||| ||||| ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48489546 actcatcttttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaatggtgttcatgaaacattatc 48489630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 44797649 - 44797466
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ccccacacacacaagaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||| |||||| ||||| ||||| || |||    
T  44797649 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggtcccccaaacaca-aaaaaa 44797551  T
Q  160 ctca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||          || |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  44797550 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacat-gaagtggtacaatgtgtgtatagaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 44797466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 2403107 - 2402924
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacac-acaagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||| | |||||||||| ||||| | || ||||    
T  2403107 gagtagtgatacatagaccatcttagatggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaaaagtgttcttgtggtccccccacacaaaaaaaaac 2403008  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||          || || ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  2403007 tcacatgtattgtctctcgcacactctcacatggaa-tggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 2402924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15225170 - 15224985
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacaca--cacaagaaactc 162  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||||| ||||||    
T  15225170 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtacaacttatacacccacatgcaattgtgacatatgtccacatggtccccacacacacacaaaaaactc 15225071  T
Q  163 a----------ctttcacacactctcacatggaagtgg--tacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |          || |||||||||||||||| || ||||  |||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15225070 acattttatatctctcacacactctcacatagaggtggtatacgatgtgcgtacggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 15224985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 64 - 152
Target Start/End: Original strand, 26040972 - 26041060
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||||||||| | ||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26040972 gtagtgatacacaaaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccacacaca 26041060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 27325811 - 27325625
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||| |||||| ||| ||||||| || |||    
T  27325811 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaa 27325712  T
Q  160 ctca----------ctttcacacactc-tcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
     |||          || |||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  27325711 gtcacatgtattgtctctcacacactcttcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 27325625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 111 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15066154 - 15066017
Alignment:
Q  111 catacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa-gaaactca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||| || ||||||||          || |||||||||||||||||  |||||||||| ||     
T  15066154 catacacaattgtgacatgtgtccatgtgatccgtacacacaaaaagaaactcatatttattgtctctcacacactctcacatgagagtggtacattgta 15066055  T
Q  200 tgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15066054 tgtatggaaaaaagagtgttcatgaaacattatcctat 15066017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 66 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 29637388 - 29637299
Alignment:
Q  66 agtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||||    
T  29637388 agtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacacaa 29637299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 61 - 141
Target Start/End: Original strand, 1673368 - 1673448
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 141  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  1673368 tgagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggt 1673448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 7178291 - 7178203
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || |||| |||| || |||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||    
T  7178291 gtagtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccatttgtacacccacatacaattgtgacaagtgtctatgtggtctcgacacaca 7178203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 32267649 - 32267464
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc--ccacacacacaaga 157  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||  ||||||| || | || |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||| || |    
T  32267649 ttgagtagtgatacatagaccatcttaagtggcatgtacaatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccttccacataca-aaaa 32267551  T
Q  158 aactca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||          || |||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  32267550 aactcacatgtattggctctcacacactctcacatgg-agtagtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaatattatcct 32267464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 236
Target Start/End: Original strand, 40030902 - 40030970
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  40030902 tcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 40030970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 69 - 150
Target Start/End: Original strand, 19989246 - 19989327
Alignment:
Q  69 gatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacaca 150  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||  ||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  19989246 gatacataaaccaccttagatgacatataccacttgtacatccacatacaagtgtgacatgtgtccatgtggtttccacaca 19989327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Original strand, 19989352 - 19989419
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  19989352 tcacacactctcacatgagagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaagagtgtctatgaaacattatcct 19989419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 174 - 222
Target Start/End: Original strand, 26041093 - 26041141
Alignment:
Q  174 ctctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcat 222  Q
    ||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  26041093 ctctcacatagaggtggtacaatgtgtgtatggagaaaagggtgttcat 26041141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 12907680 - 12907642
Alignment:
Q  114 acacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  12907680 acacaattgtgacatgtgtttatgtggtccccacacaca 12907642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 112
Target Start/End: Original strand, 40030838 - 40030888
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacaccca 112  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||| ||||||||    
T  40030838 gagtagtgatacatagaccaccttaggtagcatgtaccacttgtacaccca 40030888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Original strand, 23915972 - 23916145
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23915972 gagtagtgatacatagatcaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 23916071  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23916072 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 23916145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 63 - 234
Target Start/End: Original strand, 16717991 - 16718179
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacaca--attgtgacatg-----tgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||| ||| |  |||||||||||     ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16717991 agtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacacatataattgtgacatgacatgtgtccatttggtccctacacacacaa 16718090  T
Q  156 gaaactca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||||||||          || ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16718091 gaaactcatcttttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 16718179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Original strand, 9045833 - 9046017
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc-ccacacacacaagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||| ||||    
T  9045833 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtcctccacacacacaa-aaac 9045931  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
    | |          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9045932 ttacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 9046017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 68 - 235
Target Start/End: Original strand, 12748217 - 12748395
Alignment:
Q  68 tgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaca-agaaactca--- 163  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||||||| | | ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| | ||| |||       
T  12748217 tgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatctgtccatgtggttcctacacacacacaaaaaatcatct 12748316  T
Q  164 -------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
           || ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12748317 tttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtataaagaaaagggtgtttatgaaacattatcct 12748395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 14314169 - 14314075
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||| |||||||||    
T  14314169 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaa 14314075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 34792833 - 34792651
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtgg--tccccacacacacaagaaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| | | |||| ||||| |||||| |||||  || | |||||||||| |||    
T  34792833 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtccttgtggtctctctacacacacaa-aaa 34792735  T
Q  160 ctca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  34792734 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 34792651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 68 - 234
Target Start/End: Original strand, 29429590 - 29429756
Alignment:
Q  68 tgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcac-tt 166  Q
    ||||||| |||| || |||| ||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || || ||||| ||    
T  29429590 tgatacacagactaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacatggtcccctcacaca-aaaaatctcacatt 29429688  T
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatg-aaacattatcc 234  Q
    | | | |||||||||| || ||||||||   | |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  29429689 ttata-actctcacatagaggtggtacaatatatgtacggagaaaagggtgtttatgaaaacattatcc 29429756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 1244735 - 1244645
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| || || |||||| |||||||||| |||||||||    
T  1244735 tagtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttggcaagtgtccttgtggtccccccacacacaa 1244645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9522000 - 9521905
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacaca--attgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaca 154  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||  |||||||||| | | |||||| |||||||| |||||    
T  9522000 tgagtagtaatacatagatcaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacataattgtgacatatattcatgtgatccccacatacaca 9521905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14314052 - 14313986
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  14314052 tcacacactctcacata-aagtggtacaatgtgtgtatgga-aaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14313986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 9521858 - 9521811
Alignment:
Q  188 tggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9521858 tggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcct 9521811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Original strand, 15285329 - 15285502
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15285329 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacatacacaagaaact 15285428  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15285429 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 15285502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 62 - 231
Target Start/End: Original strand, 35905994 - 35906163
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  35905994 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatatacaattgtgacatgtgtccatgtagtccctacacacacaagaaact 35906093  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 231  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35906094 cacttttacacactctcacatgagagtggtacatagtatgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatta 35906163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 235
Target Start/End: Original strand, 12248275 - 12248456
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| | ||| |||| ||||||  ||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  12248275 gtagtgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacgcacaagaaactca 12248374  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
              || ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248375 tcttttgtgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 12248456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 236
Target Start/End: Original strand, 13988247 - 13988431
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||| || |||     
T  13988247 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 13988346  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  13988347 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 13988431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 43100388 - 43100208
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||| ||  ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||    
T  43100388 gtagtgatacataaaccatcttaggtggtatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtctctacacacacaagaaattca 43100289  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              || ||| ||||| ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43100288 tcttttgtgtctctcaaacactatcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 43100208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Original strand, 36890377 - 36890561
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggt-ccccacacacacaagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||| || ||||    
T  36890377 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccacacaca-aaaaaac 36890475  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
    |||          || ||| |||||||||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  36890476 tcacatgtattgtctctcatacactctcacatcg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 36890561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 235
Target Start/End: Original strand, 8076374 - 8076438
Alignment:
Q  171 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8076374 acactctcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 8076438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Original strand, 33687649 - 33687829
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| | ||  |||| ||||||  ||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  33687649 gtagtgatacataaatcatcttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatgtgtccatgtgatctctacacacacaagaaactca 33687748  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              || ||| ||||||||| ||  ||||||||||   ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33687749 tcttttgtgtctctcaaacactctcagataaaagtggtacaatatgtatatagagaaaagggagttcatgaaacattatcc 33687829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 60 - 235
Target Start/End: Original strand, 11247190 - 11247375
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||  || |||| |||| ||| |||||||| |||||  ||||  |||| |||||  |||||||| |||    
T  11247190 ttgagtagtgatacatagactaccttagatggcatatactacttgtacatccacacacaattttgacaaatgtctttgtgatccccctacacacaaaaaa 11247289  T
Q  160 -ctcactt----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
     ||||| |          ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  11247290 actcacatgtattgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 11247375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 1447926 - 1447841
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacaca 150  Q
    |||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  1447926 tagttatatatagacaactttaggtggcatgtaccacttatacatccacgcacaattgtgacatatgtccatgtagttcccacaca 1447841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 62 - 131
Target Start/End: Original strand, 20151384 - 20151453
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtg 131  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | ||||  |||||||  ||||||| ||| |||| |||||||||    
T  20151384 gagtaatgatacatagaccactttaggtagcatataccacttgaacacccacacataattatgacatgtg 20151453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 61 - 234
Target Start/End: Original strand, 28897994 - 28898167
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaac 160  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28897994 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaac 28898093  T
Q  161 tcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    || |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28898094 tccctttcacacactctcatatgagagtggtacatagtgtgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcc 28898167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 223
Target Start/End: Original strand, 2599531 - 2599692
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2599531 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacatacacaagaaact 2599630  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatg 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2599631 cacattcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgaaaaaaagggtgttcatg 2599692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 45413721 - 45413554
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaac 160  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       
T  45413721 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatatggtccccacacacacaaga--- 45413625  T
Q  161 tcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
        |||||| ||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45413624 ----tttcacgcaccctcacataggagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattgtcct 45413554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 10391487 - 10391348
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10391487 gagtaatgatacatagatcatcttaggtggcatgtgccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacataagaaact 10391388  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  10391387 cactttcacacactctcacatgggagtagtacataatgtg 10391348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Original strand, 11904855 - 11905035
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  11904855 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctactcacacaagaaactca 11904954  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11904955 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 11905035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 65 - 235
Target Start/End: Original strand, 35200559 - 35200739
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca- 163  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||||||  |  |||| |||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||     
T  35200559 tagtgatacataaaccaccttaggtggcatatattacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtccctacacatacaagaaactcat 35200658  T
Q  164 ---------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
             || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200659 cttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatcaaacattatcct 35200739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14342371 - 14342184
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaa-ttgtgacatgtgtccatgtggt--ccccacacacacaagaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| || ||    
T  14342371 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaatttttgacaagtgtccttgtggtccccccatacacaaaaaaa 14342272  T
Q  159 actca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
    | |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  14342271 attcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 14342184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 8368545 - 8368448
Alignment:
Q  70 atacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcacttt 167  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | || ||| |||||||    
T  8368545 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccatacaaaaaaaaaaatcacttt 8368448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 41075774 - 41075693
Alignment:
Q  67 gtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccaca 148  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41075774 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccaca 41075693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 1993824 - 1993732
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||    
T  1993824 ttgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtctccccacaca 1993732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 43066085 - 43065994
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  43066085 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccc-cacacacaa 43065994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 164
Target Start/End: Original strand, 27497174 - 27497274
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactc 162  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||| ||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  27497174 agtagtgataca-agaccactttaggtggcatgtaccacttgtacatccacagacaattgcgacatgtgttcatgtggtttccatacacacaaaaaactc 27497272  T
Q  163 ac 164  Q
    ||    
T  27497273 ac 27497274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 148
Target Start/End: Original strand, 31774729 - 31774810
Alignment:
Q  67 gtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccaca 148  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||| ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31774729 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacactcacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccaca 31774810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 163
Target Start/End: Original strand, 10592011 - 10592077
Alignment:
Q  97 accacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10592011 accacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtctctacacacacaagaaactca 10592077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 16465789 - 16465714
Alignment:
Q  67 gtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||| | |||||||||||||||||| | ||||||    
T  16465789 gtgatacatagaccaccttagacggcatgtaccacttgtatacccacatacaattgtgacatgtgtctacgtggtc 16465714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 152
Target Start/End: Original strand, 45502661 - 45502752
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||| || ||||||| ||||| |||  ||| ||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  45502661 tgagtggttatacataaaccaccttaagtggtatgtaccacttgtacattcatatacaattgtgacatgtgtccatgtggtctccatacaca 45502752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 165 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 42354504 - 42354443
Alignment:
Q  165 tttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaa 226  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  42354504 tttcacatactctcacatggaggtggtacaatatgtgtatggagaaaaaggtgtccatgaaa 42354443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 152
Target Start/End: Original strand, 44081068 - 44081157
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || || |||| ||| ||  |||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||    
T  44081068 agtagtgatacatacaccaccttagatggcatgtatcatttgtacatccacacgtaattgtgacatgtgcccacgtgattcccacacaca 44081157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4076835 - 4076768
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||   |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  4076835 tcacacactctcacataga-gtggtacaatatgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 4076768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 4077143 - 4077060
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcccc 145  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||| || ||||| |||||| | ||| | |||| | ||||||||||    
T  4077143 gagtagtgatatatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtatacccacacacaactttgataagtgttcttgtggtcccc 4077060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 41075665 - 41075595
Alignment:
Q  164 ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| ||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  41075665 ctttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaatggtgtctacgaaacattatcct 41075595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 43065971 - 43065904
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||||    
T  43065971 tcacacactctcacatggaa-tggtacaatgtatgtatggaaaaaaatgtgtacataaaacattatcct 43065904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Original strand, 31741042 - 31741216
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaac 160  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31741042 tgagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtctatgtgctccccacacacacaagaaac 31741141  T
Q  161 tcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||    
T  31741142 tcactttcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatagaaaaaaggatgttcatgaaacattatcct 31741216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 42974558 - 42974395
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||       
T  42974558 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattgtgacatgtgttcatatggtccccacacacacaaaaaac--- 42974462  T
Q  164 ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
       ||||||||||| |||||| ||| |||||  ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  42974461 ---tcacacactcttacatgggagt-gtacaatgtgtgtatggaaacaaaggtgttcatgaaacattatcc 42974395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 236
Target Start/End: Original strand, 28713679 - 28713861
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  28713679 gtagtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacacataagaaactca 28713778  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
              || ||| ||||||||||||| ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28713779 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatatgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 28713861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 38349639 - 38349458
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||||||  ||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  38349639 gtagtgatacataaaccatcttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacacataagaaactca 38349540  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
              || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38349539 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 38349458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 60 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 46576426 - 46576241
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaa 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| | ||| |||||| |||||| ||| ||||||| || ||    
T  46576426 ttgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttaacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaa 46576327  T
Q  159 actca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    | |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  46576326 agtcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 46576241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 64 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 37536495 - 37536317
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| | ||  |||| ||||||  | ||| | |||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  37536495 gtagtgatacataaatcatcttaggtggcatatatcacatgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtccctacacacacaagaaactca 37536396  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattat 232  Q
              || ||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  37536395 tcttttgtatctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaatggtgttcatgaaacattat 37536317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 38755078 - 38754987
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38755078 tgagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgaacacccatacataattatgacatgtgtccatgtgatccccacacaca 38754987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 47480194 - 47480105
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  47480194 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacaccca-atacaattgtgacatgtgtccatatggttcccacacaca 47480105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 237
Target Start/End: Original strand, 33496497 - 33496684
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa 159  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| || |||| ||||||| |||||||| | | |||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||| |||    
T  33496497 ttgagtagggatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtctttgtgatccccccacacacaaaaaa 33496596  T
Q  160 -ctca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
     ||||          || ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  33496597 actcatatgtattgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 33496684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 164
Target Start/End: Original strand, 11752604 - 11752699
Alignment:
Q  69 gatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcac 164  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||||| | | | ||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||    
T  11752604 gatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacctacatataattgtgacatgtgttcacgtggtccccacacacataaaaaactcac 11752699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 6220240 - 6220185
Alignment:
Q  157 aaactcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaa 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  6220240 aaactcacattcacacactctcacatgagagtggtacatagtgtgtatggaaaaaa 6220185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 233
Target Start/End: Original strand, 36675940 - 36676003
Alignment:
Q  170 cacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatc 233  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  36675940 cacactctcacatggaagtgatacatagtatatatggagaaaagggtgttgatcaaatattatc 36676003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 30922893 - 30922709
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa- 159  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||| ||||| | ||||  || ||| |||| ||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||     
T  30922893 tgagtagtgatacatagatcaccttaggtggtatgtaccacatgtacattcacacataattttgacaagtgtccttgtagtccccccacacacaaaaaaa 30922794  T
Q  160 ctcactt----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||| |          ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  30922793 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatcct 30922709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Original strand, 43359087 - 43359155
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  43359087 tcacacactctcacatgagggtgatacattgtgtgtatggagaaaatggtgtcaatgaaacattatcct 43359155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 134
Target Start/End: Original strand, 48460657 - 48460731
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtcc 134  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| || |||| ||| | |||||| ||||| ||||||    
T  48460657 ttgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcc 48460731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 232
Target Start/End: Original strand, 43659261 - 43659296
Alignment:
Q  197 gtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattat 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43659261 gtgtgtatggaaaaaagggtgttcatgaaacattat 43659296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 235
Target Start/End: Original strand, 13768488 - 13768553
Alignment:
Q  171 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatg-aaacattatcct 235  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||   ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13768488 acactctcatatggaagtgatacaatatgtgtatagaaaaaagggtgttcatgaaaacattatcct 13768553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 9e-65; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Original strand, 50498210 - 50498383
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50498210 gagtagtgatacatagatcaccttaggtagtatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 50498309  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50498310 cacattcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggagaaaatggtgttcatgaaacattatcct 50498383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 62 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 42179319 - 42179147
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42179319 gagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacacccatgcacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaaaaaact 42179220  T
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    ||||||  || |||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  42179219 cacttt--cagactctcacataggagtggtacatagtgtgtatgaaaaaaaggatgttcatgaaacattatccta 42179147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 22364644 - 22364470
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaac 160  Q
    |||||||||||||||| | ||  |||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  22364644 tgagtagtgatacataaatcaacttaggtggcatataccacttatacacccatatacaattgtgatatgtgtccatgtggtcccctaacacacaagaaac 22364545  T
Q  161 tcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364544 tcacttttatacactctcacatgggagtggtacataatatgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 22364470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 63 - 230
Target Start/End: Original strand, 32290215 - 32290377
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactc 162  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  32290215 agtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgaca-----ccatgtggtcctcacacacacaagaaattc 32290309  T
Q  163 actttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacatt 230  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32290310 actttcatacactctcacatgggagtggtacatagtatgtatggagaaaagagtgttcatgaaacatt 32290377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 5817563 - 5817471
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5817563 tgagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 5817471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Original strand, 48525328 - 48525508
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||| ||| | | ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  48525328 gtagtgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgttcatgtgttccctacacacataagaaactta 48525427  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              || ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48525428 tcttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcc 48525508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 37605873 - 37605691
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||| || |||     
T  37605873 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 37605774  T
Q  161 tcactt----------tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||| |          |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  37605773 tcacatgtattgtccctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 37605691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 65 - 164
Target Start/End: Original strand, 51579323 - 51579422
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcac 164  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  51579323 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggttcccacacatacaaaaaactcac 51579422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 61 - 237
Target Start/End: Original strand, 17044002 - 17044187
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtgg-tccccacacacacaagaa- 158  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||| || ||     
T  17044002 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttccccacacacaaaaaaag 17044101  T
Q  159 --------actcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
            | |  || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17044102 tcccatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 17044187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 60 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 24059317 - 24059225
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24059317 ttgagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtatcatttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggttcccacacaca 24059225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 235
Target Start/End: Original strand, 20107109 - 20107271
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccat-acacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||    
T  20107109 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacaccccgcacacaattgtgacatgtgtccatgtggttcccacgcgcataaaaaa 20107208  T
Q  160 ctcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||| | |||||||||||||| ||             |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  20107209 ctcgcattcacacactctcaaat-------------agtgtgtatgaaaaaaagggtgttcatgaaacattatcct 20107271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 236
Target Start/End: Original strand, 55281208 - 55281392
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||| || |||     
T  55281208 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaag 55281307  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    |||          || ||||||| |||||||||| |||||||||  || |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  55281308 tcacatgtattgtctctcacacattctcacatgg-agtggtacaatgtatgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccta 55281392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 25164652 - 25164471
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac-aagaaact 161  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||  ||||||| || |||||    
T  25164652 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcctccacacacaaaaaaact 25164553  T
Q  162 ca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  25164552 cacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 25164471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 25784090 - 25783908
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  25784090 gagtagtgatacatagatcatcttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattgtgacatgtattcatgtagtccccacatacacaaaaaact 25783991  T
Q  162 cacttt----------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||          ||||||||||||||| | | |||||||  |||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||    
T  25783990 cacttttattgtttcacacacactctcacatagga-tggtacaacgtgtgtatagaaaaaaagatgttcatgaaacattatcct 25783908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 45996076 - 45995895
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtc-cccacacacacaagaaac 160  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||| | ||||||| |||||||||| || ||||    
T  45996076 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtctcccacacaca-aaaaaac 45995978  T
Q  161 tca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||          || |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||    
T  45995977 tcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 45995895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 60 - 155
Target Start/End: Original strand, 51579579 - 51579673
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  51579579 ttgagtagtgataca-agaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccaaatacaattgtgacatgtgtccatgtgattcccacacatacaa 51579673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 234
Target Start/End: Original strand, 3287087 - 3287262
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactc-- 162  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| | |||| ||||||| |  |||||| || ||||||      
T  3287087 tagtgatacataaaccaccttagatggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagagtccttgtggtctctccacacaaaaaaaactcgt 3287186  T
Q  163 ----actttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatgg-agaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
         || |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  3287187 attatctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 3287262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14150023 - 14149959
Alignment:
Q  171 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14150023 acactttcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 14149959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 32525204 - 32525112
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaca 154  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  32525204 gagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatataccacttatacatccacacacaattgtgatatgtgtctatgtgttccacacacacaca 32525112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 67 - 155
Target Start/End: Original strand, 41277220 - 41277308
Alignment:
Q  67 gtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||| ||| |||| || |||| ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41277220 gtgatacatagatcaccttaggtgacatgtaccacctgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacacacaa 41277308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 154
Target Start/End: Original strand, 43749092 - 43749184
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaca 154  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||    
T  43749092 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacaca 43749184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 9118582 - 9118514
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9118582 tcacgcactctcacatgaatgtggtacattgtatgtatggaggaaagggtgttcatgaaatattatcct 9118514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 66 - 152
Target Start/End: Original strand, 36851231 - 36851317
Alignment:
Q  66 agtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 152  Q
    |||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||  ||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36851231 agtgatgcatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacacccacgcatgattgtgacatgtgtccatgtagtcctcacacaca 36851317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 68 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 26720077 - 26719990
Alignment:
Q  68 tgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||| || ||||||| |||||||| |  ||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  26720077 tgatacataaaccaccttaggtggcgtgtaccacttctacacccacattcaattgtaacatgtgtctttgtggtccccacacgcacaa 26719990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 14786801 - 14786735
Alignment:
Q  169 acacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  14786801 acacaatctcacatgagagtggtacataatgtgtatgaaaaaaatggtgtccatgaaacattatcct 14786735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 39631321 - 39631271
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacaccc 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  39631321 tgagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacaccc 39631271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 5817427 - 5817380
Alignment:
Q  187 gtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  5817427 gtggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcc 5817380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 167 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 39631076 - 39631009
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||  |||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||||||    
T  39631076 tcacacactctcacataga-gtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatcct 39631009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 185 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 51293131 - 51293079
Alignment:
Q  185 aagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcctat 237  Q
    ||||||||||  ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  51293131 aagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctat 51293079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 236
Target Start/End: Original strand, 23004757 - 23004939
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaa---- 158  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||        
T  23004757 agtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtattcatgtggtccccacacacataaaaactca 23004856  T
Q  159 -----actcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
         || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004857 cattcacacactttcacacactctcacatggaagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 23004939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 63 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12224184 - 12224006
Alignment:
Q  63 agtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaag-aaact 161  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||    
T  12224184 agtagtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccctcacacacaagaaaact 12224085  T
Q  162 ca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattat 232  Q
    ||          || |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  12224084 cacatgtattgtctctcacacactctcacct-gaagtggtaca-agtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 12224006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8330774 - 8330672
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaact 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| |||||    
T  8330774 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacattcacacacaattgtgatatatgtccatgtggtccccatatgcacaaaaaact 8330675  T
Q  162 cac 164  Q
    |||    
T  8330674 cac 8330672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 155
Target Start/End: Original strand, 33288136 - 33288225
Alignment:
Q  66 agtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  33288136 agtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgatatgtgtctatgtggtcctcacacacacaa 33288225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 36674699 - 36674519
Alignment:
Q  64 gtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| || |||  ||||||| ||||| || | | |||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||    
T  36674699 gtagtgatacataaaccaccttaggtgacatataccacttgtacactcacatataattgtgacatgtgtccatgtgatcactacacacataagaaactca 36674600  T
Q  164 ----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
              || ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  36674599 tcttttatgtctctcaaacactctcatatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaaggatgttcatgaaacataatcc 36674519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 154
Target Start/End: Original strand, 9271110 - 9271202
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaca 154  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||    
T  9271110 gagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacaca 9271202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 145
Target Start/End: Original strand, 50989203 - 50989286
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcccc 145  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  50989203 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccc 50989286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 145
Target Start/End: Original strand, 51092335 - 51092418
Alignment:
Q  62 gagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcccc 145  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  51092335 gagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccc 51092418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 155
Target Start/End: Original strand, 38247801 - 38247891
Alignment:
Q  65 tagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||| ||| |||||||||    
T  38247801 tagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaa 38247891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 66 - 236
Target Start/End: Original strand, 46135531 - 46135709
Alignment:
Q  66 agtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcact 165  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||| | || || |||||| | | |||||||||||||||||||   |||| |||| | |||||| ||||||| |    
T  46135531 agtgatacatagaccatcttaaatggcatgtatcatttgtacacctacatacaattgtgacatgtgtccgcatggttcccatatacacaaaaaactcatt 46135630  T
Q  166 tt--------cacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccta 236  Q
    ||        ||||||||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  46135631 ttatatctctcacacactctcacataggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaatgatgttcatgaaacattatccta 46135709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 44092510 - 44092433
Alignment:
Q  157 aaactcactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||||| | |||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44092510 aaactctcattcacacactcttacatgagagtggtacatagtttgtagagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 44092433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 48034992 - 48034808
Alignment:
Q  61 tgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccac-acacacaagaaa 159  Q
    ||||| |||||||||| ||||| |||| || |||| ||||||| |||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||||| | |||||||| |||    
T  48034992 tgagtggtgatacataaaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccccacacacaaaaaa 48034893  T
Q  160 -ctca----------ctttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
     ||||          || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||    
T  48034892 actcaaatgtattgtctctcacacactctcacatg-aagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacataaaacattatcc 48034808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 60 - 145
Target Start/End: Original strand, 8496704 - 8496789
Alignment:
Q  60 ttgagtagtgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcccc 145  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| | |||||| | |||||| ||||| |||||  ||||||||||    
T  8496704 ttgagtattgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtccacccacatacaattttgacaagtgtctttgtggtcccc 8496789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 155
Target Start/End: Original strand, 54713532 - 54713617
Alignment:
Q  70 atacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaa 155  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  54713532 atacatagaccacgttaggtggcatgtaccacttgaacatccacacataattatgacatgtgtccatgtaatccccacacatacaa 54713617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 39947333 - 39947237
Alignment:
Q  68 tgatacatagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcac 164  Q
    ||||| ||||||||| |||  || |||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||  || ||||||||    
T  39947333 tgatatatagaccaccttaagtgacatgtaccacttatacacccacatacaattgtgatatgtgtccatgtgatcttcacacaccaaaaaaactcac 39947237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 162 - 234
Target Start/End: Original strand, 40725957 - 40726029
Alignment:
Q  162 cactttcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||| ||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||||    
T  40725957 cactctcacacattctcacataggagtgatacatagtgtgtatgaaaaaaaatgtgtccatgaaacattatcc 40726029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 234
Target Start/End: Original strand, 38247914 - 38247979
Alignment:
Q  167 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 234  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  38247914 tcacacactctcacataga-gtggtacaatgtgtgtatgga-aaaagtgtgtacatgaaacattatcc 38247979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 181
Target Start/End: Original strand, 40725859 - 40725966
Alignment:
Q  74 atagaccactttagatggcatggaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacacaagaaactcactttcacaca 173  Q
    ||||| || ||||| ||| ||| ||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||  || ||||||||| | ||| || ||| |||| |||| |||    
T  40725859 atagatcattttaggtggtatgtaccacttgtacatccatatacaattgttacatgtgtttatatggtccccaaatacaaaaaaaaatcacattcataca 40725958  T
Q  174 ctctcaca 181  Q
    ||||||||    
T  40725959 ctctcaca 40725966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 235
Target Start/End: Original strand, 52929 - 52995
Alignment:
Q  169 acacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  52929 acacaatctcacatgagagtggtacataatgtgtatgaaaaaaatggtgtccatgaaacattatcct 52995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 171 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 3118 - 3055
Alignment:
Q  171 acactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||    
T  3118 acactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacattatcct 3055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University