View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7150_low_1 (Length: 766)

Name: NF7150_low_1
Description: NF7150
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7150_low_1
NF7150_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-743)||(42067734-42068482)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 652; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 652; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 743
Target Start/End: Original strand, 42067734 - 42068482
Alignment:
Q  1 ccatgttgtgtttccaaggaagagtaagaaaacaaaacaaaattttactaagagttttatatggaaattgttctagtgtgattccaaggttaaaattttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42067734 ccatgttgtgtttccaaggaagagtaaggaaacaaaacaaaattttactaagagttttatatggaaattgttctagtgtgattccaaggttaaatttttt 42067833  T
Q  101 gtatgattatggatgtggcatgcatgagtaacattttgacaaataaaacggactataggt--ccccatgtatttccgtgttcattttattttttctgaag 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42067834 gtatgattatggatgtggcatgcatgtgtaacattttgacaaataaaacggactatagggtcccccatgtatttccgtgttcattttattttttctgaag 42067933  T
Q  199 aggggttttctaatttccttttat-aatatatggttgtgtgttgtacttgtaacacacttataattttgcatcatttaaattagttagtgaagttacgtg 297  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42067934 aggggttttctaatttccttttattaatatatggttgtgtgttgtacttgtaatacacttataattttgcatcatttaaattagttagtgaagttacgtg 42068033  T
Q  298 ttagatttttgttgttgatggattattgcatactccacagaggtgcggtttatcatggaatttttcttcataatcatcggtacaaaataaaattattttt 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068034 ttagatttttgttgttgatggattattgcatactgcacagaggtgcggtttatcatggaatttttcttcataatcatcggtacaaaataaaattattttt 42068133  T
Q  398 taagcataaaattgggctttctttttacttctctcaaaatcactgcaaatctaataccttagttgaggatgtttcaaacatggaagtattgattggatcg 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068134 taagcataaaattgggctttctttttacttctctcaaaatcactgcaaatctaataccttagttgaggatgtttcaaacatggaagtattgattggatcg 42068233  T
Q  498 tggttgagaggtctatgtgaagcatatgtttatcgtgaagtaaatagtgttgttgattggtcaattggcaaactatactcagaatcaatacta--ctctc 595  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  42068234 tggttgagaggtctatgtgaagc--atgtttatcgtgaagtaaatagtgttgttgattggtcaattggcaaactatactcagaatcaatactaccctctc 42068331  T
Q  596 tatcttctatcacccctcaagtgggttgtatttttgtttgctcatgaag---ggagctcgggttccacgttgaatcaagggcaaccatataaatgattta 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  42068332 tatcttctatcacccctcaagtgggttgtatttttgtttgatcatgaagggaggagctcgggttccacgttgaatcaagggcaatcatataaatgagtta 42068431  T
Q  693 aacataatattttaacgtaaaatcttaatacattttgtatatgggtcatct 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  42068432 aacataatattttaacgtaaaatcttaagatattttgtatatgggtcatct 42068482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University