View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7153_high_7 (Length: 306)
Name: NF7153_high_7
Description: NF7153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7153_high_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Original strand, 45621864 - 45622148
Alignment:
| Q |
5 |
atggacatctcttatattgctaattacaggaatttataagcacatacttaatattgctctcctatcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
104 |
Q |
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| T |
45621864 |
atggacatctcttatattgctaattacagtaatttataagcacatacttaatattgctctcatgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
45621963 |
T |
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| Q |
105 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
204 |
Q |
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| T |
45621964 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaactctttagcgaatttatatttatccattgtttctattatatcctt |
45622063 |
T |
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| Q |
205 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
289 |
Q |
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| T |
45622064 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
45622148 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Original strand, 22603385 - 22603668
Alignment:
| Q |
5 |
atggacatctcttatattgctaattacaggaatttataagcacatacttaatattgctctcctatcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
104 |
Q |
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| T |
22603385 |
atggacatctcttatattgctaattacagaaatttataagcacatacttaatattgctctcctgtcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
22603484 |
T |
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| Q |
105 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
204 |
Q |
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| T |
22603485 |
gtgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttttgtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
22603584 |
T |
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| Q |
205 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
289 |
Q |
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| T |
22603585 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaa-ttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
22603668 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Original strand, 20188192 - 20188476
Alignment:
| Q |
5 |
atggacatctcttatattgctaattacaggaatttataagcacatacttaatattgctctcctatcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
104 |
Q |
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| T |
20188192 |
atggacatctcttatattgctaattacagtaatttataagcacgtatttaatattgctctcctatcatgaagaaacaccccaccaatagcggtttcctga |
20188291 |
T |
|
| Q |
105 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
204 |
Q |
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|
| T |
20188292 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcactgcaataaacaattctttagtgattttatatttatgcattgtttctattatatcctt |
20188391 |
T |
|
| Q |
205 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
289 |
Q |
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|
| T |
20188392 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggagtggcctagatagt |
20188476 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 95 - 285
Target Start/End: Original strand, 51091591 - 51091788
Alignment:
| Q |
95 |
ggtttcctgaatgttccat--ggtgcatgcatttttcttttgatt----tcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattg |
188 |
Q |
| |
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| T |
51091591 |
ggtttcatgaatgttccttaaggtgcatgcatttttcttttaattaatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatattcatcaattg |
51091690 |
T |
|
| Q |
189 |
tttctattatatccttcatttctttcctattat-gttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctaga |
285 |
Q |
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| T |
51091691 |
tttctattatatcctacatttctttcctattatatttatcaaccatttttttttcttcaaattttgccttcattattgtgggggaggagtgacctaga |
51091788 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 15214513 - 15214229
Alignment:
| Q |
5 |
atggacatctcttatattgctaattacaggaatttataagcacatacttaatattgctctcctatcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
104 |
Q |
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| T |
15214513 |
atggacatctcttatattgctaattacagtaatttataagcacatatttaatattgttctcctgtcatgaagaaataacccaccaatagcgatttcctga |
15214414 |
T |
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| Q |
105 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
204 |
Q |
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| T |
15214413 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
15214314 |
T |
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| Q |
205 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
289 |
Q |
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| T |
15214313 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggagtggcctggatagt |
15214229 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 15253732 - 15253448
Alignment:
| Q |
5 |
atggacatctcttatattgctaattacaggaatttataagcacatacttaatattgctctcctatcatgaagaaacaacccaccaatagcggtttcctga |
104 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
15253732 |
atggacatctcttatattgctaattacagtaatttataagcacatatttaatattgttctcctgtcatgaagaaataacccaccaatagcgatttcctga |
15253633 |
T |
|
| Q |
105 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagcgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
204 |
Q |
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| T |
15253632 |
atgttccatggtgcatgcatttttcttttgatttcagtttcagtgcaataaacaattctttagtgattttatatttatccattgtttctattatatcctt |
15253533 |
T |
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| Q |
205 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggcgtggcctagatagt |
289 |
Q |
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| T |
15253532 |
catttctttcctattatgttctcaacaaaaatttgttcttcaatttttgccttcattattgtaggggaggagtggcctggatagt |
15253448 |
T |
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