View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7157_high_1 (Length: 1207)

Name: NF7157_high_1
Description: NF7157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7157_high_1
NF7157_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (87-1202)||(3503112-3504227)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1064; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1064; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 1202
Target Start/End: Complemental strand, 3504227 - 3503112
Alignment:
Q  87 ggttgataaataaaaccaagatatccaactagggcatttcactgtcaaacagaagcttctatcctcggctcgaaagaaaatgccgacataaactccatga 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3504227 ggttgataaataaaaccaagatatccaactagggcatttcactctcaaacagaagcttctatcctcggctcgaaagaaaatgccgacataaactccatga 3504128  T
Q  187 cttctccattaatgcgacattttggcaattcaacccagtagttggttaccaaatcacacagaacataagtacatagctcaggagagttcaagcaaataaa 286  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3504127 cttctccattaatgtgacattttggcaattcaacccagttgttggttaccaaatcacacagaacataagtacatagctcaggagagttcaagcatataaa 3504028  T
Q  287 aatccgagaaccggcaccaacacaattgatatccggcttctttccgtaccattcatgagacattgctgccggcattgctgcaatctgttgccagcatcgg 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3504027 aatccgagaaccggcaccaacacaattgatatccggcttctttccgtaccattcatgagacattgctgctggcattgctgcaatctgttgccagcatcgg 3503928  T
Q  387 ttggtctcatcgaatctccacaccctaagacttgtggtttccaagaattccgataacaaaacaactaacatctcaccattacactccacaatatcgatag 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3503927 ttggtctcatcgaatctccacaccctaagacttgtagtttccaagaattccgataacaaaacaactatcatctcaccattacactccacaatatcgatag 3503828  T
Q  487 agtactcgcaaaaaactggcaatagcctagggtactcaaagaaacacgtgcaggtcaaattgcaagctacaacggtcccagacgaactcaaaaaatagac 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3503827 agtactcgcaaaaaactggcaatagcctagggtactcaaagaaacacgtgcaggtcaaattgcaagctacaacggtcccagacgaactcaaaaaatagac 3503728  T
Q  587 tacctcttgaccgtctttgttagtaatgaccgacgaatattgcttggttggacttctctgcatgctacttgctaccacatttccagctttgctcagaaag 686  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3503727 tacctcttgaccgtcttggttagtaatgaccgacgaatattgcttggttggacttctctgcatgctacttgctaccacatttccagccttgctcagaaag 3503628  T
Q  687 tacacaacattgtcatcggttgaatcacaatccgctgaactatcatcgaccttcctcccaagagcattctcgtcttcccaacaggtagagcttgagttat 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3503627 tacacaacattgtcatcggttgaatcacaatccgctgaactatcatcgaccttcctcccaagagcattctcgtcttcccaacaggcagagcttgagttat 3503528  T
Q  787 agactttaaatgaaagattgggaagttcaccgaagactaatacaatcttgtaggatatttggccattgaaagatgttgtactcataacaacagcattgag 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3503527 agactttaaatgaaagattgggaagttcaccgaagactaatacaatcttgtaggatatttggccattgaaagatgttgtactcataacaacagcattgag 3503428  T
Q  887 agattgattttctgaggtgaaattcaatggagggagttcggtagaagatccggtcacaggattggacacaatgaagtttcccgacgatgttcggtagcaa 986  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3503427 agattgattttctgaggtgaaattcaatggagggagttcggtagaagatccggtcacaggattggacacaatgaagtttcccgacgatgttcggtagcaa 3503328  T
Q  987 accaggccattagaagctgcaacaggaatgcaacttttgttggaatcttcgagcagaagattcggatgattgagtcttttccaactgttttcagccgagt 1086  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3503327 accaggccattagaagctgcaacaggaatgcaacttttgttggaatcttcgagcagaagattcggatgattgagtcttttccaactgttttcagccaagt 3503228  T
Q  1087 cgaaaattacagattggttgagatcgggagcaaccatgaaaaaccaaggatcccttgtggggatgtgtgagcaagcaagcttgaaactcgcagaatcagc 1186  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3503227 caaaaattacagattggttgagatcgggagcaaccatgaaaaaccaaggatcccttgtggggatgtgtgagcaagcaagcttgaaactcgcagaatcagc 3503128  T
Q  1187 agctgatgtccatctc 1202  Q
    ||||||| ||||||||    
T  3503127 agctgatttccatctc 3503112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University