View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7165_high_4 (Length: 433)

Name: NF7165_high_4
Description: NF7165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7165_high_4
NF7165_high_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-432)||(10420369-10420800)
chr1 (30-432)||(10415511-10415913)
chr1 (1-406)||(10409785-10410196)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-432)||(35366824-35367255)
chr5 (1-420)||(35410649-35411068)
chr5 (28-432)||(35385976-35386380)
chr5 (1-391)||(35754819-35755209)
chr5 (1-432)||(35376370-35376807)
chr5 (1-432)||(35423629-35424066)
chr5 (273-393)||(35370249-35370370)
chr5 (275-389)||(35437020-35437134)
chr5 (75-210)||(35437199-35437334)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-420)||(30662998-30663417)
chr2 (1-420)||(30671678-30672097)
chr2 (1-420)||(30626047-30626466)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-432)||(29622923-29623354)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (86-355)||(1153787-1154056)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (252-406)||(13564620-13564774)
chr8 (28-97)||(15294048-15294117)
chr8 (28-97)||(15474417-15474486)
chr8 (119-198)||(13564816-13564895)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 10420369 - 10420800
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10420369 ctatacttcccttgattgtggaagaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 10420468  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10420469 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataattaagtgcatgagctaca 10420568  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10420569 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgaggctgagattatgaattccagacccttctttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 10420668  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10420669 caaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcggtgtttcatctttcctagagcttc 10420768  T
Q  401 gcattctgctttgaaactctctgcttctccac 432  Q
    || ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10420769 gcgttctgctttgaaactctttgctcctccac 10420800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 30 - 432
Target Start/End: Original strand, 10415511 - 10415913
Alignment:
Q  30 acttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagctacaatgtcatcgtccagaagaacgttga 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  10415511 acttgatctttacttgaatgctctgtggctccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgggctacaacgtcatcgtcaagaagaacgttgc 10415610  T
Q  130 tcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtctgag 229  Q
    | | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||   ||    
T  10415611 ttgacttaacatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagataatcaagtgcatgagctagatcaagagcgatgtctaacctttgtgccag 10415710  T
Q  230 accgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcaccc 329  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||     
T  10415711 gctgagattatgaattccagacccttcgttatcgtgcagaatcttttccagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacca 10415810  T
Q  330 ttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttcgcattctgctttgaaactctctgcttctc 429  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||||||| ||| | ||||||  |  ||||||||| |||| |||    
T  10415811 ttataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcctccatgaaactctttgctgctc 10415910  T
Q  430 cac 432  Q
    |||    
T  10415911 cac 10415913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Original strand, 10409785 - 10410196
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||  |  || |||||||||||||||||||||| ||| | | |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10409785 ctatagttcccttaattgtagaggaaataacttgatctttacttgaatgttctgtagctccacgaattagcctagctaagccaaagtctcctaagtgagc 10409884  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    |||| ||||||| || |||||||| ||| | || ||||   |||  ||||| |   ||||||||| | || ||||||||||||| | ||||||||||||     
T  10409885 tacattgtcatcatcgagaagaacattgcttggtttaacgccactatgaaccaccacttgctctgcatcaatgtgaagataatccaatgcatgagctacg 10409984  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagaccc---ttcgttatta---tgcagaagcttttctagactccccttaggca 294  Q
    |  ||| ||||||| | ||||||| ||| |  ||||||  || ||| |||| |   ||| ||||||   |||| ||| ||||| | |||||| |||||||    
T  10409985 ttgagaacaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcgtgttctttattaccatgcaaaaggttttccaaactcccattaggca 10410084  T
Q  295 tgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctag 394  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||| ||||| ||||| ||    
T  10410085 tgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttaacaagattccggtgcttcatgtttcccag 10410184  T
Q  395 agcttcgcattc 406  Q
    ||||| ||||||    
T  10410185 agctttgcattc 10410196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 35367255 - 35366824
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35367255 ctatagttcccttaattgtggaagaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgggc 35367156  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35367155 tacagtgtcatcgtccagaagaacgttgctcggcttaatatcacagtgaactatggatttctctgtaccattgtgaagataatcgagtgcatgagctaca 35367056  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35367055 tcaagagcaatgtcaactctgtgtctgaggctgagattatgatttccagacccttcgttatcatgcagaagcttttctagacttcccttaggcatgaact 35366956  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  35366955 caaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaatgcttgaacaacaagttaggatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcctagagcttc 35366856  T
Q  401 gcattctgctttgaaactctctgcttctccac 432  Q
     ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  35366855 acattctgctttgaaactctttgctgctccac 35366824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 35411068 - 35410649
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  35411068 ctatagttcctttaattgtagaaaaaataacttgatctttacttgaatgctctgtggttccaagaatgagcctagccaagccaaagtctcccaagtgggc 35410969  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410968 tacaaagtcatcgtcaagaagaacgttgctcggcttaagatcacagtgaactacagcttgctctgtctcattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 35410869  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||   |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  35410868 tcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattatgattttcagacccttcgttatcatgcaaaaacttttctagattcccattaggcattaact 35410769  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || | |||  ||||||||| || ||| |     
T  35410768 caaaaacaatagccttgaactcttcaccattataatcaacacttgaacaacacgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcttaaagcatt 35410669  T
Q  401 gcattctgctttgaaactct 420  Q
    |||||| ||  |||||||||    
T  35410668 gcattccgccatgaaactct 35410649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 28 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 35386380 - 35385976
Alignment:
Q  28 taacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagctacaatgtcatcgtccagaagaacgtt 127  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  35386380 taacttgatctttacttgaatgctctgtggttccaagaatgatcctagccaagccaaagtctcccaagtgggctacaaagtcatcgtcaagaagaacgtt 35386281  T
Q  128 gatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtctg 227  Q
    | | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||    
T  35386280 gcttggcttaagatcacagtgaactacggcttgctctgtatcattgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttatgtg 35386181  T
Q  228 agaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcac 327  Q
    ||   |||||||||| || |||||||||| ||||| |||| || |||||| |||||| | || | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  35386180 aggttgagattatgattttcagacccttcattattgtgcaaaaacttttcaagactctcatttgacatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcac 35386081  T
Q  328 ccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttcgcattctgctttgaaactctctgcttc 427  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||   ||| ||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||| |||| |    
T  35386080 ccttataatcaacacttgaacaacaggttaggaccttgacaagattctggtgcttcatctttcccagagcattgcattctgccatgaaactctttgctgc 35385981  T
Q  428 tccac 432  Q
    |||||    
T  35385980 tccac 35385976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 35755209 - 35754819
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  35755209 ctatagttcccttaattgtagaggaattaacttgatctttacttgaatgttctgtagctccatgaatgagcctagctaggccaaagtctcccaagtgggc 35755110  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    |||||| ||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35755109 tacaatttcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactacgacttgttctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctaca 35755010  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||   |||||||  | |||| |||||||| ||||  ||||  | |||||| |||||||| || | ||||||||    
T  35755009 tcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattaaaatttcctgacccttcattatcgtgcaacaacttttcaagactcccatttgacatgaact 35754910  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcc 391  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| || | ||| |||||||||||    
T  35754909 caaaaacaatagctttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaagattccggtgcttcatctttcc 35754819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 35376807 - 35376370
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    |||||||||| || |||||| |  || ||||||||| |||||||||||  ||| | | |||| | | || ||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  35376807 ctatagttcctttaattgtggaggaaataacttgatttttacttgaatattctgtagctccatggaggaacctagctaagccaaagtctcctaagtgggc 35376708  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
     |||  |||||| || |||||||| ||| | ||||||| |||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  35376707 cacaccgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacg 35376608  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagac------ccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggca 294  Q
    || ||||||||||| | ||||||| ||| |  ||||||  || ||| ||||       ||||||||  |||||  || ||||| ||| ||||  ||||||    
T  35376607 tcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttccagattcccactaggca 35376508  T
Q  295 tgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctag 394  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||     
T  35376507 tgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaagattacggtgcttcatctttcctaa 35376408  T
Q  395 agcttcgcattctgctttgaaactctctgcttctccac 432  Q
    ||| | |||||| ||  ||||||||| |||| ||||||    
T  35376407 agcattgcattccgcaatgaaactctttgctgctccac 35376370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 35424066 - 35423629
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    |||||||||| || |||||| |  || ||||||||| |||||||||||  ||| | | |||| | | || |||||||| |||||||||||| ||||| |     
T  35424066 ctatagttcctttaattgtggaggaaataacttgatttttacttgaatattctgtagctccatggaggaacctagctacgccaaagtctcctaagtgggt 35423967  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
     |||  |||||| || |||||||| ||| | || |||| |||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  35423966 cacaccgtcatcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacaatgaactacaacttgctctgtatcattgtgaagataatccaatgcatgagctacg 35423867  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagaccc------ttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggca 294  Q
    || ||||||||||| | ||||||| ||| |  ||||||  || ||| |||| |      |||||||  |||||  || ||||||||| ||||  ||||||    
T  35423866 tcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttaccatgcaacaggttttctagattcccactaggca 35423767  T
Q  295 tgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctag 394  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||| |||||||||||||     
T  35423766 tgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacagcaagttaggattttcacaagattacggtgcttcatctttcctaa 35423667  T
Q  395 agcttcgcattctgctttgaaactctctgcttctccac 432  Q
    ||| | ||||||  |  ||||||||| |||| ||||||    
T  35423666 agcattgcattccaccatgaaactctttgctgctccac 35423629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 273 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 35370370 - 35370249
Alignment:
Q  273 ttttctagactccccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttg-aactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaagg 371  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||     
T  35370370 ttttctaaactcccattgggcatgaactcaaaaacaatagccttggaactcttcaccattataatcaacacttgagcaacacgttaggattttgacaaga 35370271  T
Q  372 tttcagtgtttcatctttccta 393  Q
    || | |||  ||||||||||||    
T  35370270 ttacggtgcctcatctttccta 35370249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 275 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 35437134 - 35437020
Alignment:
Q  275 ttctagactccccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggttt 374  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||| | |||||||    
T  35437134 ttctagactccccataggcatgaattcaaaaactatagccttgaaaacttcaccattataatcaatacttgaacagaaagttaggagcttcagaaggttt 35437035  T
Q  375 cagtgtttcatcttt 389  Q
      |||||||||||||    
T  35437034 ttgtgtttcatcttt 35437020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35437334 - 35437199
Alignment:
Q  75 gctaagccaaagtctcccaagtgagctacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgt 174  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| ||| | |||||||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||  ||||  |  | |  || ||    
T  35437334 gctaacccaaaatctcctaagtaagcaataatgtcatcgtcgagaagaacattacttggcttaatatcacagtgaactacagcttcatgggaattatggt 35437235  T
Q  175 gaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaa 210  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||| |||||||    
T  35437234 gaagataatccaatgcatgggctacatcgagagcaa 35437199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30663417 - 30662998
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||  ||||||||   || ||| |||| |||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||    
T  30663417 ctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaatccaaagtctcccaagtgggc 30663318  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    ||| |||||||| || |||||||| ||| | || || | ||||||||||||||   | | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  30663317 taccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctaca 30663218  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663217 tcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 30663118  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||     
T  30663117 caaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagcttt 30663018  T
Q  401 gcattctgctttgaaactct 420  Q
    |||||| ||| |||||||||    
T  30663017 gcattcagctgtgaaactct 30662998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30672097 - 30671678
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||  ||||||||   || ||| |||| |||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||    
T  30672097 ctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaatccaaagtctcccaagtgggc 30671998  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    ||| |||||||| || |||||||| ||| | || || | ||||||||||||||   | | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  30671997 taccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacagtgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctaca 30671898  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671897 tcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 30671798  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||     
T  30671797 caaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagcttt 30671698  T
Q  401 gcattctgctttgaaactct 420  Q
    |||||| ||| |||||||||    
T  30671697 gcattcagctgtgaaactct 30671678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 30626466 - 30626047
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||  ||||||||   || ||| |||| |||| | ||| || || ||||||||||||||||| ||    
T  30626466 ctatagttcccttaattgtggacgaattaacttgatctacacttgaatatgctgtggctccatgaattaaccttgccaatccaaagtctcccaagtgggc 30626367  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    ||| |||||||| || |||||||| ||| | || || | |||||| |||||||   | | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  30626366 taccatgtcatcatcaagaagaacattgtttggtttcacatcacattgaactacaacattctcagtaccattgtgaagataatccaatgcatgagctaca 30626267  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626266 tcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 30626167  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| || || ||||||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||     
T  30626166 caaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctattcttgaacaacatgtaagaatcttgacaagatttcggtgcttcatctttcccaaagcttt 30626067  T
Q  401 gcattctgctttgaaactct 420  Q
    |||||| ||| |||||||||    
T  30626066 gcattcagctgtgaaactct 30626047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 29622923 - 29623354
Alignment:
Q  1 ctatagttcccttgattgtgcaaaaattaacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtgagc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||| |||||| ||||||||||||| |  || ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  29622923 ctatagttcccttaattgtggaagaagtaatttgatcattacttgaatggtttgaggatccattaatgagcctagctaatccaaagtctcccaagtgggc 29623022  T
Q  101 tacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagctaca 200  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  29623023 tacaatgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaactacagcttgttctatatcattgtgaagataatccaatgcatgagctaca 29623122  T
Q  201 tcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaact 300  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||   |||||||||  ||||||| ||||| ||||  ||||  | |||||||||||||   |||||||||||||    
T  29623123 tcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaacatcttttctagactcatattaggcatgaact 29623222  T
Q  301 gaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttc 400  Q
     |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||     
T  29623223 caaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaagattccggtgtttcatctttcctagagattt 29623322  T
Q  401 gcattctgctttgaaactctctgcttctccac 432  Q
     ||||||||  ||||||||| |||| ||||||    
T  29623323 acattctgcaatgaaactctttgctgctccac 29623354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 86 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 1154056 - 1153787
Alignment:
Q  86 gtctcccaagtgagctacaatgtcatcgtccagaagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatca 185  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |  |||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  1154056 gtctcccaagtgggctacattgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaactgtaacttgctttgtatcattgtgaagaaaatca 1153957  T
Q  186 agtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtctgagaccgagattatgaattccagacccttcgttattatgcagaagcttttctagactcc 285  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  || ||||||| | ||||   |||||| ||| || ||||||||||  ||| |||||  | ||||||||||||||    
T  1153956 agtgcatgagctatatcaagagcaaaatctaccctttttgtgagcttgagattgtgattttcagacccttcaatatcatgcaacatcttttctagactcc 1153857  T
Q  286 ccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagt 355  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||  ||||| ||||||||    
T  1153856 cgttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttgcaatcaatacttgagcaacaagt 1153787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 252 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 13564774 - 13564620
Alignment:
Q  252 ccttcgttattatgcagaagcttttctagactccccttaggcatgaactgaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaac 351  Q
    ||||||||||| ||||  | |||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||  ||||||||      
T  13564774 ccttcgttattgtgcaacatcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatt 13564675  T
Q  352 aagttaggatcttgacaaggtttcagtgtttcatctttcctagagcttcgcattc 406  Q
    |||  || ||||| ||| | |||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13564674 aaggaagaatcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattc 13564620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 15294117 - 15294048
Alignment:
Q  28 taacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtg 97  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15294117 taactttatctttacttgaatgctctatggttccatgaatgagcctagccaagccaaagtctcccaagtg 15294048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 15474486 - 15474417
Alignment:
Q  28 taacttgatctttacttgaatggtctctggttccaagaatgagcctagctaagccaaagtctcccaagtg 97  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15474486 taactttatctttacttgaatgctctatggttccatgaatgagcctagccaagccaaagtctcccaagtg 15474417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 13564895 - 13564816
Alignment:
Q  119 aagaacgttgatcggcttaatatcacagtgaactatggcttgctctgtaccattgtgaagataatcaagtgcatgagcta 198  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||  | |||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  13564895 aagaacgttgctcggcttaacatcacaatgacctaaggcttgctctacatcattgtgaagataatccaatgcataagcta 13564816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University