View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7169_high_1 (Length: 957)

Name: NF7169_high_1
Description: NF7169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7169_high_1
NF7169_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-949)||(39665092-39666022)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 903; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 903; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 949
Target Start/End: Complemental strand, 39666022 - 39665092
Alignment:
Q  19 gttatcgtgtttatcgtgataacaactcgacagaacaaaaactaccagtttcaggcgatgagaagccgtgattcgagaatgaaagctgtgaatgagatgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39666022 gttatcgtgtttatcgtgataacaactcgacagaacaaaaactaccagtttcaggcgatgataagccgtgattcgagaatgaaagctgtgaatgagatgc 39665923  T
Q  119 ttaattacatgcgtgttatcaagtttcaggcatgggagaatcatttcaatgatagaatcttgagtttccgtgggtccgaattcgggtggctatcgaagtt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665922 ttaattacatgcgtgttatcaagtttcaggcatgggagaatcatttcaacgatagaatcttgagtttccgtgggtccgaattcgggtggctatcgaagtt 39665823  T
Q  219 tatgtactcgatttgtggcaatatcattgtgttgtggagctctcctatgttgatatcaactctcacttttggtaccgcgcttttgcttggagttcgactt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665822 tatgtactcgatttgtggcaatatcattgtgttgtggagctctcctatgttgatatcaactctcacttttggtaccgcgcttttgcttggagttcgactt 39665723  T
Q  319 gatgctggaactgttttcactacaacgtctgtgtttaggattctgcaggaacctattaggacttttcctcagtcaatgatatctctttcacaagctttag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665722 gatgctggaactgttttcactacaacgtctgtgtttaggattctgcaggaacctattaggacttttcctcagtcaatgatatctctttcacaagctttag 39665623  T
Q  419 tatcacttggaaggttggataggtacatgtctagtagggaactaagtgatgattcagttgagagaaatgaagggtgtgatggagtaattgctgtggatgt 518  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665622 tatcacttgggaggttggataggtacatgtctagcagggaactaagtgatgattcagttgagagaaatgaagggtgtgatggagtaattgctgtggatgt 39665523  T
Q  519 tcaagatggtacctttagttgggatgatgaaggcctagaacaagatttgaaaaatattaatttgaaggttaataagggagaactcacagctattgttggt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665522 tcaagatggtacctttagttgggatgatgaaggcctagaacaagatttgaaaaatattaatttgaaggttaataagggagaactcacagctattgttggt 39665423  T
Q  619 actgtagggtctggcaaatcttctcttcttgcatcgattctcggtgaaatgcacagaaattctggaaaggtatcgtcattttaagcttacaatttagaaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665422 actgtagggtctggcaaatcttctcttcttgcatcaattctcggtgaaatgcacagaaattctggaaaggtatcgtcattttaagcttacaatttagaaa 39665323  T
Q  719 taagggccgcaaatatatttaggccgttattttgtttactatgagtatactaatttgtagaaccaaagttcgaattcttgctgaaataatccttgaccgg 818  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665322 taagggccacaaatatatttaggccgttattttgtttactatgagtatactaatttgtagaaccaaagttcgaattcttgctgaaataatccttgaccgg 39665223  T
Q  819 cctttacttgcctcccggtcaaactccggattaccaaggcttctttccttgagaaccggaggattaagaacttaagataaaaaatgggcatactaatttg 918  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665222 cctttacttgcctcccggtcaaactccggattaccaaggcttctttccttgagaactggaggattaagaacttaagataaaaaatgggcatactaatttg 39665123  T
Q  919 tagcgtgattatttattttgttcacaggttc 949  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39665122 tagcgtgattatttattttgttcacaggttc 39665092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University