View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7169_low_3 (Length: 605)

Name: NF7169_low_3
Description: NF7169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7169_low_3
NF7169_low_3
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-602)||(42732085-42732682)
chr8 (192-602)||(44886306-44886704)
chr8 (192-602)||(31745476-31745887)
chr8 (203-423)||(19190944-19191174)
chr8 (117-159)||(19190856-19190898)
chr8 (47-99)||(19190723-19190773)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (24-602)||(33416288-33416855)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (12-602)||(14043098-14043692)
chr3 (192-447)||(2062669-2062923)
chr3 (200-423)||(60792-61025)
chr3 (469-602)||(2062953-2063086)
chr3 (24-56)||(61203-61235)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (24-397)||(15696134-15696506)
chr1 (507-602)||(15696569-15696664)
chr1 (287-344)||(40607688-40607745)
chr1 (381-423)||(36776015-36776057)
[»] scaffold0283 (1 HSPs)
scaffold0283 (192-602)||(697-1095)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (24-426)||(15872114-15872526)
chr6 (508-602)||(15871956-15872050)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (95-397)||(53536263-53536564)
chr4 (507-602)||(53536138-53536233)
chr4 (24-70)||(53536569-53536615)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (233-397)||(45791653-45791815)
chr7 (507-602)||(45791481-45791576)
[»] scaffold0216 (1 HSPs)
scaffold0216 (514-554)||(14925-14965)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 602
Target Start/End: Original strand, 42732085 - 42732682
Alignment:
Q  1 ctattataaacaaatgccttattttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42732085 ctattataaacaaatgctttattttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattg 42732184  T
Q  101 ttgtttgtagatttgggtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttga---nnnnnnnngttttgatttacatnnnnnnnnntgtgat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||| |||||||||         ||||||    
T  42732185 ttgtttgtagatttgggtgatcttgtaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgatttttgtttttgtttcgatttacataaaaaaatatgtgat 42732284  T
Q  198 agcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcacctt 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||    
T  42732285 agcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatt-tttttttggttacatcgtcacctt 42732383  T
Q  298 ttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctata 397  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42732384 ttattatttaaacc-attataatatcacatgtgtcacctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgttata 42732482  T
Q  398 caacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggtttaattgcg 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42732483 caacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaatgtg-------tttcttttttgtggtgatataagaaaaggtttaattgcg 42732575  T
Q  497 c-ttnnnnnnncattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgc 595  Q
    | |        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42732576 cataaaaaaaacattgataagcaaaacatttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcacacacacgtatgc 42732675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 192 - 602
Target Start/End: Original strand, 44886306 - 44886704
Alignment:
Q  192 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| |    
T  44886306 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcattcctcaataattttacatactatgttaaccaattattttt---gttacatcgt 44886402  T
Q  292 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44886403 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 44886502  T
Q  392 gctatacaacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggttta 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||                 ||||||||||||| |||||||||    
T  44886503 gctatacaacattaattgctttcaaggtaatttacatgtagttaccgatataagaaagtg---------ttttttttgtggtgatataagaaaaggttta 44886593  T
Q  491 attgcgcttnnnnnnncattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacg 590  Q
    ||||||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  44886594 attgcgcat-aaaaaacattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcgatggttaagtttcacacacacg 44886692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 192 - 602
Target Start/End: Original strand, 31745476 - 31745887
Alignment:
Q  192 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||| |    
T  31745476 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcattccttgataattttacatactatgttaaccaattttttttttg-ttacatcgt 31745574  T
Q  292 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31745575 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatttttattt 31745674  T
Q  392 gctatacaacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaa--tgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggtt 488  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||                  ||||||||||||| |||||||    
T  31745675 gctatacaacattaattgcttttaaggaaatttacatgtagttactgatataagaaagtgtttttttttttgtttttttgtggtgatataagaaaaggtt 31745774  T
Q  489 taattgcgcttnnnnnnncattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacaca 588  Q
    ||||||||| |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  31745775 taattgcgcat-aaaaaacattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcgatggttaagtttcacacaca 31745873  T
Q  589 cgtatgcataaaac 602  Q
    ||||||||||||||    
T  31745874 cgtatgcataaaac 31745887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 203 - 423
Target Start/End: Original strand, 19190944 - 19191174
Alignment:
Q  203 gtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttatt 302  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||||||||||          ||||||  ||||||||||||    
T  19190944 gtttatattttcaatttagtataactattctttcttttctcaataattttacaaattatattaaccaatttgatttta--ttacattgtcaccttttatt 19191041  T
Q  303 atttaaaccaattataatatcacatgtgtc------------atctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatt 390  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||            ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  19191042 atttaaaccaattataatatcatatgtgtcgtctctatctttatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacatagcatgtttatt 19191141  T
Q  391 tgctatacaacattaattgctttcaaggaaatt 423  Q
    | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  19191142 tactaaacaacgttaattgctttaaaggaaatt 19191174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 117 - 159
Target Start/End: Original strand, 19190856 - 19190898
Alignment:
Q  117 gtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttg 159  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19190856 gtgatgttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttg 19190898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 99
Target Start/End: Original strand, 19190723 - 19190773
Alignment:
Q  47 aaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaatt 99  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19190723 aaatgtacaca--tattaagcaagacaatccttatttatttatttctttaatt 19190773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 602
Target Start/End: Original strand, 33416288 - 33416855
Alignment:
Q  24 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtagatttgggtgatct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33416288 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaaggcaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtagatttaggtgatct 33416387  T
Q  124 tgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgannnnnnnn--gttttgatttacatnnnnnnnnntgtgatagcacgtttatattttcaatttag 221  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416388 tggaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgattttttttttgtttcgatttacataaaaaaatatgtgatagcacgtttatattttcaatttag 33416487  T
Q  222 cataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttattatttaaaccaattataata 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416488 cataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatt--ttttttggttacatcgtcaccttttattatttaaaccaattataata 33416585  T
Q  322 tcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctatacaacattaattgctttcaaggaaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416586 tcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtctt---taaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctatacaacattaattgctttcaaggaaa 33416682  T
Q  422 tttacatgtagttactgatataagaatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggtttaattgcgcttnnnnnnncattgataagcaaa 520  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||                 ||||||||||||| ||||||||||||||||         ||||||||||||||    
T  33416683 tttacatgtagttact-atataagaaagtg-------ttttttttttgtggtgatataagaaaaggtttaattgcgc-acaaaaaacattgataagcaaa 33416773  T
Q  521 acgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33416774 acgtttttgtttatatattaagaaatgttaaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 33416855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 14043692 - 14043098
Alignment:
Q  12 aaatgccttattttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtaga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14043692 aaatgccttattttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaaggcaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtaga 14043593  T
Q  112 tttgggtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgannnnnnnngttttgatttacatnnnnnnnnntgtgatagcacgtttatatt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        |||| |||||||||         |||||||| |||||||||||    
T  14043592 tttgggtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacgacaatttgattttttttgtttcgatttacataaaaaaatatgtgatagtacgtttatatt 14043493  T
Q  212 ttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttattatttaaacc 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14043492 ttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatttttttttttgttacatcgtcaccttttattatttaaacc 14043393  T
Q  312 aattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctatacaacattaattgct 411  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14043392 aattacaatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtcttatttaaaatttaaagtacatctaacatgtttatttgctatacaacattaattgtt 14043293  T
Q  412 ttcaaggaaatttacatg----tagttactgatataagaatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggtttaattgcgcttnnnnnnn 506  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||| |||                 ||||||||||||| |||||||||||||||| |           
T  14043292 ttcaaggaaatttacatgtagttagttactaatataagaaagtgtttttttttttttttttgtggtgatataagaaaaggtttaattgcgcat-aaaaaa 14043194  T
Q  507 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14043193 cattggtaagcaaaacgcttttgtttatatattaaaaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatgattaagtttcgcacacatgtatgcataaaac 14043098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 192 - 447
Target Start/End: Original strand, 2062669 - 2062923
Alignment:
Q  192 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||| |||||    
T  2062669 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcattcctcaataattttacatactatgttaaccaattttttttttg-ttagatcat 2062767  T
Q  292 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2062768 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 2062867  T
Q  392 gctatacaacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaa 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  2062868 gctatacaacattaattgctttcaagaaaatttacatgtagataatgatataagaa 2062923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 200 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 61025 - 60792
Alignment:
Q  200 cacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcacctttt 299  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| ||||||||||          ||||||   ||||||||    
T  61025 cacgtttatattttcaatttagtataactattctttcttttctcaataattttacaaattatattaaccaatttgatttta--ttacattgccacctttt 60928  T
Q  300 attatttaaaccaattataatatcacatgtgtc------------atctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgttt 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  60927 attatttaaaccaattataatatcacatgtgtcgtctctatctttatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacataacatgttt 60828  T
Q  388 atttgctatacaacattaattgctttcaaggaaatt 423  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  60827 atttactaaacaacgttaattgcttttaaggaaatt 60792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 469 - 602
Target Start/End: Original strand, 2062953 - 2063086
Alignment:
Q  469 gtggtgatataagaaa-ggtttaattgcgcttnnnnnnncattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtt 567  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  2062953 gtggtgatataagaaaaggtttaattgcgcataaaaaa-cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatatttaattaggcagaaaagtc 2063051  T
Q  568 aatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2063052 aatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 2063086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 24 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 61235 - 61203
Alignment:
Q  24 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacac 56  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  61235 ttaattgtttcaccatgtcataaaaatgtacac 61203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 397
Target Start/End: Original strand, 15696134 - 15696506
Alignment:
Q  24 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtagatttgggtgatct 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15696134 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaaggcaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtagatttgggtgatcg 15696233  T
Q  124 tgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgannnnnnnngttttgatttacatnnnnnnnnntgtgatagcacgtttatattttcaatttagca 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15696234 tgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgattttttttgtttcgatttacataaaaaaatatgtgatagcacgtttatattttcaatttagca 15696333  T
Q  224 taactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttattatttaaaccaattataatatc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15696334 taactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatt-tttttttggttacatcgtcaccttttattatttaaaccaattataatatc 15696432  T
Q  324 acatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctata 397  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15696433 acatgtgtcatctttatataataaaaatatcctctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctata 15696506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 507 - 602
Target Start/End: Original strand, 15696569 - 15696664
Alignment:
Q  507 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15696569 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 15696664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 287 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 40607745 - 40607688
Alignment:
Q  287 atcatcaccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataa 344  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  40607745 atcatcatctcttattatttaaagcaattataatgtaacatgtgtcatttttatataa 40607688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 381 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 36776057 - 36776015
Alignment:
Q  381 catgtttatttgctatacaacattaattgctttcaaggaaatt 423  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  36776057 catgtttatttactaaacaacgttaattgctttcaaggaaatt 36776015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0283 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: scaffold0283
Description:

Target: scaffold0283; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 192 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 1095 - 697
Alignment:
Q  192 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| |    
T  1095 tgtgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcattcctcaataattttacatactatgttaaccaattattttt---gttacatcgt 999  T
Q  292 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  998 caccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttattt 899  T
Q  392 gctatacaacattaattgctttcaaggaaatttacatgtagttactgatataagaatgtgnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgatataag-aaaggttta 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||                 ||||||||||||| |||||||||    
T  898 gctatacaacattaattgctttcaaggtaatttacatgtagttaccgatataagaaagtg---------ttttttttgtggtgatataagaaaaggttta 808  T
Q  491 attgcgcttnnnnnnncattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacg 590  Q
    ||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  807 attgcgcat-aaaaaacattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcacacacacg 709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 24 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 15872526 - 15872114
Alignment:
Q  24 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaagacaatccttatttatttatttctttaattgttgtttgtagatttgggtgatct 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15872526 ttaattgtttcaccatgccatataaatgtacacagatgttatgcaaggcaatccttatttatttactactttaattgttatttgtagatttgggtgatct 15872427  T
Q  124 tgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttga----nnnnnnnngttttgatttacat--nnnnnnnnntgtgatagcacgtttatattttcaat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||| |||||||||           ||||||||||||||||||||||||||    
T  15872426 tgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgatttttttgttttgtttcgatttacataaaaaaatatatgtgatagcacgtttatattttcaat 15872327  T
Q  218 ttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttattatttaaaccaattat 317  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15872326 ttagcataactattctttcactcctcaataattttacatactatgttaagcaatt--ttttttggttacatcgtcaccttttattatttaaaccaattat 15872229  T
Q  318 aatatcacatgtgtc------atctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctatacaacattaattgct 411  Q
    |||||||||||||||      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15872228 aatatcacatgtgtcatctttatctttatataatacaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctatacaacattaattgct 15872129  T
Q  412 ttcaaggaaatttac 426  Q
    |||||| ||||||||    
T  15872128 ttcaagaaaatttac 15872114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 508 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 15872050 - 15871956
Alignment:
Q  508 attgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  15872050 attgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcatacacacatatgcataaaac 15871956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 95 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 53536564 - 53536263
Alignment:
Q  95 taattgttgtttgtagatttgggtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgannnnnnnngttttgatttacatnnnnnnnnn-tg 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| |||||||||          ||    
T  53536564 taattgttgtttgtagatttgggtgatcttgcaagtgaataatgtccatatagaacggcaatttgattttttttgtttggatttacataaaaaaaatatg 53536465  T
Q  194 tgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatca 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| |||    
T  53536464 tgatagcacgtttatattttcaatttagcataactattctttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatttttttta--gttacatcgtca 53536367  T
Q  294 ccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgc 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53536366 ccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtcatctttatataataaaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgc 53536267  T
Q  394 tata 397  Q
    ||||    
T  53536266 tata 53536263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 507 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 53536233 - 53536138
Alignment:
Q  507 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53536233 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattagacagaaaagtcaacggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 53536138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 53536615 - 53536569
Alignment:
Q  24 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaag 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53536615 ttaattgtttcaccatgccataaaaatgtacacaaatattatgcaag 53536569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 233 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 45791815 - 45791653
Alignment:
Q  233 tttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaattgnnnnnnnggttacatcatcaccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtc 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791815 tttcgttcctcaataattttacatactatgttaaccaatt--ttttttggttacatcgtcaccttttattatttaaaccaattataatatcacatgtgtc 45791718  T
Q  333 atctttatataatacaaatatcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctata 397  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791717 atctttatataataaaaatgtcttctttaaaatttaaagtacacctaacatgtttatttgctata 45791653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 507 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 45791576 - 45791481
Alignment:
Q  507 cattgataagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagttaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 602  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791576 cattgataagcaaaacatttttgtttatatattaagaaatgtttaattaggcagaaaagtcaatggttaagtttcacacacacgtatgcataaaac 45791481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0216 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0216
Description:

Target: scaffold0216; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 514 - 554
Target Start/End: Original strand, 14925 - 14965
Alignment:
Q  514 aagcaaaacgtttttgtttatatattaagaaatgtttaatt 554  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  14925 aagcaaaacatttttgtttatatattagaaaatgtttaatt 14965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University