View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7171_high_1 (Length: 561)

Name: NF7171_high_1
Description: NF7171
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7171_high_1
NF7171_high_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-542)||(48593186-48593723)
chr1 (1-542)||(48597797-48598334)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (72-542)||(23230593-23231072)
chr4 (114-501)||(23222890-23223286)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 48593723 - 48593186
Alignment:
Q  1 gaaataggagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactacttaatttatcacaaattcccttttattaaagttgaag 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48593723 gaaatagaagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactactt----tatcacaaattcccttttactaaagttgaag 48593628  T
Q  101 aaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaannnnnnngcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  48593627 aaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaatttttttgcct 48593528  T
Q  201 tgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcatac 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593527 tgatctaagatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcatac 48593428  T
Q  301 caggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacctttctggtctaaactc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48593427 caggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacctttctggcctaaactc 48593328  T
Q  401 taatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatct 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593327 taatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcagaatcatgttaccatcaaccacacaatct 48593228  T
Q  501 tccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagc 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48593227 tccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagc 48593186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 48598334 - 48597797
Alignment:
Q  1 gaaataggagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactacttaatttatcacaaattcccttttattaaagttgaag 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48598334 gaaatagaagagcaagggcttaagattgtgaatagagaaagacataaacaacaattgcactactt----tatcacaaattcccttttactaaagttgaag 48598239  T
Q  101 aaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaannnnnnngcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  48598238 aaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaatttttttgcct 48598139  T
Q  201 tgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcatac 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48598138 tgatctaagatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcatac 48598039  T
Q  301 caggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacctttctggtctaaactc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48598038 caggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatatctttgttttctaaaaacctttctggcctaaactc 48597939  T
Q  401 taatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatct 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597938 taatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcagaatcatgttaccatcaaccacacaatct 48597839  T
Q  501 tccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagc 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48597838 tccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagc 48597797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 72 - 542
Target Start/End: Original strand, 23230593 - 23231072
Alignment:
Q  72 tcacaaattcccttttattaaagttgaagaaatgtaagggggttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccag 171  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||| |||   ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23230593 tcacaaattcccttttacaaaagctgaagaaaagtatttgggttcattcttgaaatcggaatacaaataagatcattggctctaggagcggtcaatccag 23230692  T
Q  172 gccgttcatccatatcaannnnnnngccttgatctaaaatcttacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagt 271  Q
    | | |||||||||||| |       |||| ||||||| || |||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||    
T  23230693 gtctttcatccatatcgattgttttgcctcgatctaatattttaccttcggagtcaagcattttccactcaaagcattgcaccaaagccccgactacggt 23230792  T
Q  272 gggtaattgacgtagggccaaaggcataccaggacaacctctccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatat----- 366  Q
    ||| ||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||| | || ||||||||||| || ||||         
T  23230793 gggcaattggcgcatggccaacggcataccagggcagcctctccttccagaaccaaatggtagcaactcatagtgatgccctttcatatctatattgttt 23230892  T
Q  367 ----ctttgttttctaaaaacctttctggtctaaactctaatgggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattg 462  Q
        |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||  ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23230893 ccttctttgttttctaaaaacctttctggcttaaaatctaatgcattttcccatatcttttggtctcttcccatagcccaaatgttcacacaaaccattg 23230992  T
Q  463 agcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatcttccattcccttcctcataatcatcggtatcgggggatgaagc 542  Q
    | ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  23230993 atccttttggaaccattttaccatcaacaacacaatcttccattcctttcctcataatcatcggtatcggagggtgaagc 23231072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 114 - 501
Target Start/End: Original strand, 23222890 - 23223286
Alignment:
Q  114 ttcaatcttgcaactggaatacaaataagatcattggccctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcaannnnnnngccttgatctaaaatct 213  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       |||||||||||| |  |    
T  23222890 ttcaatcttgcaactggaatgcaaaaaagatcattggctctaggagcagtcaatccaggccgttcatccatatcgattgttttgccttgatctaataatt 23222989  T
Q  214 tacattccgaatcaagcatcttccactcaaagcattgtaccaaagcaccaattacagtgggtaattgacgtagggccaaaggcataccaggacaacctct 313  Q
    ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||  || | |||||||||||| || || ||||||||    
T  23222990 taccttcagagtcaagcatcttccactcaaagcattgtactaaagctccaatcacagtcggcaattcgcgcatggccaaaggcatccccgggcaacctct 23223089  T
Q  314 ccttccagaaccaaatggcaacaactcaaactggtgccctttcatgtcaatat--ctttgtt-------ttctaaaaacctttctggtctaaactctaat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| || || || |  || | ||       ||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  23223090 ccttccagaaccaaatggcaacaactcaaagtcatgccctttgatatctatctcactctcttttccagattctaaaaacctttcaggcctaaactctagt 23223189  T
Q  405 gggttttcccatatctttgggtcccttgccatagcccaaatgtttacacaaaccattgagcctttcggaatcatgttaccatcaaccacacaatctt 501  Q
    ||||||| |||  |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  23223190 gggtttttccaagtctttgagtcccttccaatagcccaaatgttcacacaaactattgagccttttttgatcattttcccatcgaccacacaatctt 23223286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University