View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7172_low_1 (Length: 529)

Name: NF7172_low_1
Description: NF7172
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7172_low_1
NF7172_low_1
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (19-511)||(94508-95000)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (19-508)||(6300-6786)
[»] scaffold0873 (1 HSPs)
scaffold0873 (19-505)||(116-602)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (28-505)||(17986517-17986994)
chr4 (20-505)||(17159191-17159675)
chr4 (344-505)||(6700643-6700804)
chr4 (125-277)||(6700406-6700552)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-505)||(21456464-21456953)
[»] scaffold0343 (1 HSPs)
scaffold0343 (19-505)||(17655-18144)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (75-505)||(21459095-21459513)
chr8 (84-277)||(21989892-21990079)
chr8 (344-505)||(21989640-21989801)
chr8 (344-505)||(9326880-9327041)
chr8 (344-505)||(21204726-21204887)
chr8 (344-505)||(21332212-21332373)
chr8 (125-277)||(21204978-21205124)
chr8 (125-277)||(21331975-21332121)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (75-505)||(45022807-45023225)
chr2 (320-505)||(9505507-9505692)
chr2 (98-277)||(18659339-18659512)
chr2 (320-505)||(18659579-18659764)
chr2 (125-277)||(9505759-9505905)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (73-505)||(24923622-24924036)
chr6 (84-277)||(31365178-31365365)
chr6 (73-277)||(16906300-16906498)
chr6 (84-277)||(18167605-18167792)
chr6 (351-505)||(18199558-18199712)
chr6 (355-505)||(18167822-18167972)
chr6 (344-505)||(31365456-31365617)
chr6 (344-505)||(16906589-16906750)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-358)||(19383642-19383980)
chr5 (20-249)||(19380734-19380963)
chr5 (84-277)||(26194109-26194296)
chr5 (84-277)||(18388125-18388312)
chr5 (424-520)||(19383480-19383576)
chr5 (98-277)||(33947477-33947650)
chr5 (355-505)||(18388342-18388492)
chr5 (344-505)||(26193857-26194018)
chr5 (344-505)||(33947741-33947902)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (73-505)||(6430782-6431196)
chr3 (84-277)||(8981299-8981486)
chr3 (84-277)||(16409216-16409403)
chr3 (320-505)||(9545558-9545743)
chr3 (320-505)||(16409470-16409655)
chr3 (98-277)||(9545318-9545491)
chr3 (344-505)||(8981577-8981738)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (28-253)||(11020-11245)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (84-277)||(32106815-32107002)
chr7 (84-277)||(46505502-46505689)
chr7 (84-277)||(16133947-16134134)
chr7 (320-505)||(5383633-5383818)
chr7 (320-505)||(8509426-8509611)
chr7 (320-505)||(16133695-16133880)
chr7 (320-505)||(26350017-26350202)
chr7 (320-505)||(46505747-46505932)
chr7 (98-277)||(8509186-8509359)
chr7 (98-259)||(44905516-44905671)
chr7 (98-277)||(5383885-5384058)
chr7 (75-194)||(9537097-9537217)
chr7 (98-277)||(26350269-26350442)
chr7 (344-505)||(6542901-6543062)
chr7 (320-505)||(44905756-44905941)
chr7 (364-444)||(32107113-32107193)
chr7 (125-259)||(6542664-6542792)
chr7 (369-497)||(9536894-9537021)
chr7 (65-111)||(2993902-2993948)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (320-475)||(21048-21203)
scaffold0277 (73-277)||(21270-21468)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (322-505)||(311672-311855)
scaffold0005 (73-196)||(311999-312122)
[»] scaffold0254 (2 HSPs)
scaffold0254 (344-505)||(9733-9894)
scaffold0254 (125-277)||(9985-10131)
[»] scaffold0213 (1 HSPs)
scaffold0213 (210-274)||(20634-20698)


Alignment Details
Target: scaffold0043 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 95000 - 94508
Alignment:
Q  19 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||  | ||||    
T  95000 ctaagcaggccattgaggttcatgaagtgatacctcaagctgctaaagaaaactctgttgatcagaataagagacttgaagaaaatactgagtatgatac 94901  T
Q  119 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 218  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  94900 tcagaatgttaatgatgacactcaagaggtggctgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaaca 94801  T
Q  219 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 318  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  94800 gggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtctcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatttgcag 94701  T
Q  319 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  94700 ctcagaatgttgaaaccactgctgctcataacgttgaagtgtctaaagctcagaatgttgaagatgttcaaatcatggctaatcaagatgatcaagagct 94601  T
Q  419 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 511  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  94600 tgatgatcaacacgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattga 94508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 312; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Original strand, 6300 - 6786
Alignment:
Q  19 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 118  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |    
T  6300 ctaaggaggccactaaggttcatgaagtgaaacctcaagctgctaaagaaaactcttttgatcaggataagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 6399  T
Q  119 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 218  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6400 tcagaatgttgatgatgacactcaagagatggctgaattcttggtttcaaatatgagtattgaagaagcagttcaagaagaacaaatggatttctcaaca 6499  T
Q  219 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  6500 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgactt---caatgaagtgtttctagaagacaaagaaacagctcaaattgttcaggaaacatctgcaa 6596  T
Q  319 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 418  Q
    | |||||||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6597 cacagaatgttgaagccaatggagctcaggacgttgaaatgtctgcagcccagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagataatcaagagct 6696  T
Q  419 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 508  Q
    | |||||||| | ||||||||||||||| | |||| ||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6697 taatgatcaacacgcttcaaatgaacccttccaagatgaacaactgtcagcagatccaccgcctctggcctcaggatctttgccctcaat 6786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0873 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0873
Description:

Target: scaffold0873; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 602 - 116
Alignment:
Q  19 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||    
T  602 ctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaagctgcaaatgaaaactcttttgatcaggatcaaagagttgaagaaaatactgagtttcacac 503  T
Q  119 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaact 218  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  502 tcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttggcttcaaacatgaatattgaagaagatgttcaagatgaacaaatggatttctcaact 403  T
Q  219 aggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcag 318  Q
     || |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||  ||||||  ||||| ||| ||    
T  402 gggattgatctgaatgttgaagattccaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagatggtcaagaaacagctcagtatgttcataaaacaactgaag 303  T
Q  319 ctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagct 418  Q
    |||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   |    
T  302 ctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctaaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatggtcaagcatt 203  T
Q  419 tgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202 tgatgatcaacatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggccagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 28 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 17986994 - 17986517
Alignment:
Q  28 ccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgt 127  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |||    
T  17986994 ccactgaggatcataaagtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgt 17986895  T
Q  128 tgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgat 227  Q
    |||||| |  ||||||||||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || |||||    
T  17986894 tgatgatgcaactcaagaggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattgat 17986795  T
Q  228 ctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatg 327  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  17986794 ctgaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagatggccaagaaacagctcagtatgttcagaaaacaactgaagctcagaatg 17986695  T
Q  328 ttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatca 427  Q
    ||||||   || |  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  17986694 ttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagcatttgatgatca 17986595  T
Q  428 aaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17986594 gcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 17986517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 505
Target Start/End: Original strand, 17159191 - 17159675
Alignment:
Q  20 taagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatact 119  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||  |||||||||| ||   | ||||||  ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||    
T  17159191 taagcaagctactgaggctcatgaaggtatacctcaagttgttgatgaaaactttgttgataaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatact 17159290  T
Q  120 caaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaacta 219  Q
    || |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| |||||||| |||  |||||| ||||| |||||||   |||| ||||| |||||||||     
T  17159291 cagaatgttgatgaagatacccaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgtttattgatgaagatgttcaagttaaacatatggagttctcaactg 17159390  T
Q  220 ggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagc 319  Q
    || ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |   ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||  |||    
T  17159391 ggattgatctcaatattgaagatattaacactgactttaacaatgaagtgtttcaagatggtcaagaaacag-tcagtatgttcaggaaacaacttaagc 17159489  T
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
     |||||||| ||||   || ||||||||||||||| ||  ||||  ||||| |||||||||||| ||   | |||| | |||||  ||| ||||| | ||    
T  17159490 acagaatgtggaagtttctcctgctcagaacgttgcagcttctgctgctcaaaatgttgaagatattttgggcatgaccaatcagaatggtcaagtgttt 17159589  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||| ||||||||  | || |||| |||||||||||||||||    
T  17159590 gatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagttatcaacagatccaatgtctttggcttcaggatctttgccctc 17159675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 6700643 - 6700804
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6700643 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6700742  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6700743 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6700804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 277
Target Start/End: Original strand, 6700406 - 6700552
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6700406 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 6700499  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  6700500 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 6700552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Original strand, 21456464 - 21456953
Alignment:
Q  19 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  21456464 ctaagcaggccactgaggttcatgaaggtatacctcaagatgctaaggaaaactcctttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 21456563  T
Q  119 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattga---agaagaagttcaagaagaacaaatggatttctca 215  Q
    ||| | |||||||||    ||||||||||| | |||| |  | || ||||| |||||||||||   ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  21456564 tcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaattactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctca 21456663  T
Q  216 actaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctg 315  Q
    ||| || | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| |||    
T  21456664 actgggatggatctaaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaatcaagtgtttcaagatggccaagaaacaactcagtatgttcagaaaacaactg 21456763  T
Q  316 cagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaaga 415  Q
     |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  21456764 aagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagaagttcaagttatggctaatcaagatgatcaagc 21456863  T
Q  416 gcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21456864 atttgatgatcagcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctatcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 21456953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0343 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0343
Description:

Target: scaffold0343; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 18144 - 17655
Alignment:
Q  19 ctaagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatac 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||| || |||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |    
T  18144 ctaagcaggccactgaagttcatgaaagtatacctcaagatgctaaggaaaactcccttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgc 18045  T
Q  119 tcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattga---agaagaagttcaagaagaacaaatggatttctca 215  Q
    ||| | |||||||||    ||||||||||| | |||| |  | || ||||| |||||||||||   ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  18044 tcagattgttgatgatacaactcaagaggtagctgaattactagcctcaaacatgagtattgatgaagaagaagttcaagttgaacacatggatttctca 17945  T
Q  216 actaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctg 315  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||  ||||||| ||||| |||    
T  17944 actgggattgatctaaatgttgaagatatcaacactgacttcaacaattaagtgtttcaagatggccaagaaacatctcagtatgttcagaaaacaactg 17845  T
Q  316 cagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaaga 415  Q
     |||||||||||||||||   || |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  17844 aagctcagaatgttgaagttcctccaactcagaatgttgaagtctctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagttatggctaatcaagatgttcaagc 17745  T
Q  416 gcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17744 atttgatgatcatcatgcttcaaatgaaccccttcaaagtggtcagctgtcagcagatctagcgcctctggccttaggatctttgccctc 17655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 75 - 505
Target Start/End: Original strand, 21459095 - 21459513
Alignment:
Q  75 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 174  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  21459095 gttgatcaatatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 21459194  T
Q  175 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 274  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21459195 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 21459294  T
Q  275 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 374  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  21459295 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 21459382  T
Q  375 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 474  Q
    ||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  21459383 gttgaagatattcctgtcatgtctaatcagaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgtccagctgtcagttgatc 21459482  T
Q  475 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21459483 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21459513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 21990079 - 21989892
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  21990079 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 21989980  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  21989979 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 21989892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21989801 - 21989640
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21989801 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21989702  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21989701 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21989640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9327041 - 9326880
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9327041 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9326942  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9326941 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9326880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 21204887 - 21204726
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21204887 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21204788  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21204787 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 21204726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 21332212 - 21332373
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  21332212 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 21332311  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||    ||| |||| ||||||||| |||||||    
T  21332312 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatccctttggcatcaggatctctgccctc 21332373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 21205124 - 21204978
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21205124 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 21205031  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21205030 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21204978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 277
Target Start/End: Original strand, 21331975 - 21332121
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  21331975 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 21332068  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  21332069 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 21332121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 75 - 505
Target Start/End: Original strand, 45022807 - 45023225
Alignment:
Q  75 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatga 174  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||  ||| |||||||||||||| ||||    
T  45022807 gttgatcaaaatcaaagagttgaagaaaatactgagaagaatactcagaattttgatgaagatactcaggaagtgactgagctcttggcttcaaacatga 45022906  T
Q  175 gtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 274  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45022907 atattgaagaagatgttcaagatgaacatatggaattctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtatttca 45023006  T
Q  275 agaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaat 374  Q
    ||| |   ||||||||||         |||||||||| || ||||||||||||||||||    | |||||||||| |||  |||  |||  |||||||||    
T  45023007 agatggacaagaaacagc---------tcaggaaacaactacagctcagaatgttgaag---gttctgctcagaatgttacagttcctgctgctcagaat 45023094  T
Q  375 gttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatc 474  Q
    ||| ||||| |||  |||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||  ||||    
T  45023095 gttaaagatattcctgtcatgtctaatcaaaatgttcaagaatttgatgatcagaatgcatcaaatgaacctcttccagatgaccagctgtcagttgatc 45023194  T
Q  475 cagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||  |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45023195 caatgcctttggcatcaggatctctgccctc 45023225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9505692 - 9505507
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  9505692 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgttacagtgtctgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 9505593  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9505592 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9505507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 18659339 - 18659512
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  18659339 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 18659438  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  18659439 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaacagtgagttgtttcaaga 18659512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 18659579 - 18659764
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  18659579 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 18659678  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18659679 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18659764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9505905 - 9505759
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  9505905 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 9505812  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9505811 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9505759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 73 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 24924036 - 24923622
Alignment:
Q  73 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  24924036 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 24923937  T
Q  173 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 272  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24923936 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 24923843  T
Q  273 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 372  Q
    ||||| |   |||||||||||||||         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  24923842 caagatggacaagaaacagctcagg---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 24923755  T
Q  373 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 472  Q
    |||||||| || |||  ||  || |||||||  ||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  24923754 atgttgaaaatattcctgttttgtctaatcagaatgttcaagaacttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcaga 24923655  T
Q  473 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  24923654 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 24923622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 31365178 - 31365365
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  31365178 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 31365277  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  31365278 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 31365365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 73 - 277
Target Start/End: Original strand, 16906300 - 16906498
Alignment:
Q  73 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 172  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||    
T  16906300 ctgttgatcaaaatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatat 16906399  T
Q  173 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 272  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  |||||    
T  16906400 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgttt 16906493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 18167605 - 18167792
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18167605 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18167704  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18167705 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18167792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 351 - 505
Target Start/End: Original strand, 18199558 - 18199712
Alignment:
Q  351 gttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttc 450  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||  ||| | |||   |||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  18199558 gttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagatattcctgtcatgactaatcagaatgttaaagtatttgatgatcagaatgcatctaatgaacctcttc 18199657  T
Q  451 aaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |  | || |||| |||||||||||||||||    
T  18199658 aaggtggccagctgtcagcagatctaatggctttggcttcaggatctttgccctc 18199712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 355 - 505
Target Start/End: Original strand, 18167822 - 18167972
Alignment:
Q  355 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 454  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18167822 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18167921  T
Q  455 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18167922 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18167972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 31365456 - 31365617
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  31365456 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 31365555  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  31365556 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 31365617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 16906589 - 16906750
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  16906589 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 16906688  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16906689 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16906750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 19383980 - 19383642
Alignment:
Q  20 taagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatact 119  Q
    |||||| || ||||||| ||| ||||  ||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||    
T  19383980 taagcaagctactgaggctcacgaaggtatacctcaagctgctgatgaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatact 19383881  T
Q  120 caaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaacta 219  Q
    || |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| ||||  |||||||||     
T  19383880 cagaatgttgatgaagatactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatatggggttctcaactg 19383781  T
Q  220 ggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagc 319  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |   |||||||| || |   |||||||||||||  |  |||    
T  19383780 ggtttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacaattaaatgtttcaagatggtcaagaaacatcttaatatgttcaggaaacaaataaagc 19383681  T
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagt 358  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  19383680 tcagattgttgaagtttctgctgctcagaatgttgaagt 19383642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 19380963 - 19380734
Alignment:
Q  20 taagcaggccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatact 119  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |  ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||    
T  19380963 taagcaagctactgaggctcatgaaggtatacctcaagctgctgataaaaactctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatactgagaaggatact 19380864  T
Q  120 caaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaacta 219  Q
    || |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||| |||||||  ||||| ||||| |||||||||     
T  19380863 cagaatgttgatgaagatactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatgttgattgaagaagatgttcaagttgaacatatggagttctcaactg 19380764  T
Q  220 ggtttgatctgaatgttgaagacatcaaca 249  Q
    || ||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  19380763 ggattgatctcaatattgaagatatcaaca 19380734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26194296 - 26194109
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  26194296 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 26194197  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  26194196 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 26194109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 18388125 - 18388312
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| | | ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  18388125 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggaaaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 18388224  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  18388225 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 18388312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 424 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 19383576 - 19383480
Alignment:
Q  424 atcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctcaattgatgtccatct 520  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| || |||||    
T  19383576 atcagaatgcatcaaatgaacctcttcaaggtggccagctgtcagcagatccagtgcctttggcctcatgatctttgccctcagttgaggtacatct 19383480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 33947477 - 33947650
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  33947477 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 33947576  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  33947577 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 33947650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 355 - 505
Target Start/End: Original strand, 18388342 - 18388492
Alignment:
Q  355 aagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaagg 454  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  | || ||     
T  18388342 aagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccaga 18388441  T
Q  455 tggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  18388442 tggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 18388492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 26194018 - 26193857
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  26194018 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 26193919  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26193918 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26193857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 33947741 - 33947902
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  33947741 tcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 33947840  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  33947841 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 33947902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 73 - 505
Target Start/End: Original strand, 6430782 - 6431196
Alignment:
Q  73 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| |||||||||||    
T  6430782 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcaggatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcttcaaatat 6430881  T
Q  173 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 272  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6430882 gaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaacagtgaagtgttt 6430975  T
Q  273 caagaagacaaagaaacagctcaggttgttcaggaaacatctgcagctcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcaga 372  Q
    ||||| |   ||||||||||||| |         || || ||  ||||||||||||||||||   | |||||||||| |||| |||  |||  |||||||    
T  6430976 caagatggacaagaaacagctcaag---------aagcaactaaagctcagaatgttgaagc---ttctgctcagaatgttgcagttcctgctgctcaga 6431063  T
Q  373 atgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcaga 472  Q
    |||||||| || |||  ||| || |||||||  ||| ||||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |    
T  6431064 atgttgaaaatattcctgtcttgtctaatcagaatgttcaagaatttgttgatcagaatgcatcaaatgaacctcttcaagatggccagctgtcagcata 6431163  T
Q  473 tccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  6431164 tccaatgcctttggcttcaggatctttgccctc 6431196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 8981299 - 8981486
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  8981299 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 8981398  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8981399 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 8981486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 16409216 - 16409403
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||| ||||| |||||||  |||||||    
T  16409216 gatcatagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaaacccaggaagtggctgagctcttagcttctaatatgaacattgaag 16409315  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  16409316 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagaaatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 16409403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 9545558 - 9545743
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  9545558 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 9545657  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9545658 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9545743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 16409470 - 16409655
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||| | || |||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  16409470 tcagaatgttgaaacttctgctggtcagaatgctgcagtgtctgaagcccataatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagctt 16409569  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| || | ||||||||| |||||||    
T  16409570 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttgacatcaggatctctgccctc 16409655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 9545318 - 9545491
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  9545318 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 9545417  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  9545418 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9545491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 8981577 - 8981738
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  8981577 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 8981676  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8981677 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8981738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 28 - 253
Target Start/End: Original strand, 11020 - 11245
Alignment:
Q  28 ccactgaggttcatgaagtgatacctcaagctgcgaaagaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgt 127  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||| | |||    
T  11020 ccactgaggatcataaagtgatacctcaagatgctaaggaaaactctcttgatcagaatcagagagttgaagaaaatactgagtttgatgctcagattgt 11119  T
Q  128 tgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgat 227  Q
    |||||| |  ||||||||||| | |||| |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||| || |||||    
T  11120 tgatgatgcaactcaagaggtagctgaattactggcctcaaacatgagtattgaagaagaagttcaagttgagcacatggatttctcaactgggattgat 11219  T
Q  228 ctgaatgttgaagacatcaacactga 253  Q
    |||||||||||||| |||||||||||    
T  11220 ctgaatgttgaagatatcaacactga 11245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 32106815 - 32107002
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  32106815 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 32106914  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  32106915 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacactgacttcaatagtgaagtgtttcaaga 32107002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Original strand, 46505502 - 46505689
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  46505502 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 46505601  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  46505602 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactagatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 46505689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 84 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 16134134 - 16133947
Alignment:
Q  84 gatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaag 183  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  16134134 gatcaaagagttgaagaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaag 16134035  T
Q  184 aagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  16134034 aagaagctcaagatg------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 16133947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 5383818 - 5383633
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  5383818 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 5383719  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  5383718 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 5383633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 8509426 - 8509611
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  8509426 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 8509525  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  8509526 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 8509611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 16133880 - 16133695
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  16133880 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 16133781  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  16133780 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 16133695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 26350202 - 26350017
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  26350202 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 26350103  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  26350102 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 26350017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 46505747 - 46505932
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||| |||  |||||||||||    
T  46505747 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcgagacaatcaagagctt 46505846  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  46505847 gatgatcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 46505932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 8509186 - 8509359
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  8509186 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 8509285  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  8509286 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 8509359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 98 - 259
Target Start/End: Original strand, 44905516 - 44905671
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  44905516 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 44905615  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 259  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  44905616 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 44905671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 5384058 - 5383885
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| |||||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  5384058 agaaaatactgagtttggtactcagaatgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 5383959  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | || ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  5383958 g------tggagttctcaactggattcgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 5383885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 9537217 - 9537097
Alignment:
Q  75 gttgatcaggatcagagagttgaagaaaa-tactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatg 173  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||| |||    
T  9537217 gttgatcaagatcaaagagttgaagaaaaatattgagtttgatactcataatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacatg 9537118  T
Q  174 agtattgaagaagaagttcaa 194  Q
    || | ||||||||||| ||||    
T  9537117 agcactgaagaagaagctcaa 9537097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26350442 - 26350269
Alignment:
Q  98 agaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaa 197  Q
    ||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||     
T  26350442 agaaaatactgagtttggtactcagaatattgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagat 26350343  T
Q  198 gaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    |      |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  26350342 g------tggagttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 26350269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Original strand, 6542901 - 6543062
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6542901 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaaggtattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 6543000  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  6543001 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 6543062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 320 - 505
Target Start/End: Original strand, 44905756 - 44905941
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| |  ||| || |||||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| |||  |||||||||||    
T  44905756 tcagaatgttgaaacttctgttggtcagaatgttgcagtgtctaaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatgactgatcgagacaatcaagagctt 44905855  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |||| |||  |||| ||||||||||  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  44905856 gatgctcagcatgcctcaaatgaacttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 44905941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 364 - 444
Target Start/End: Original strand, 32107113 - 32107193
Alignment:
Q  364 aagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaac 444  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  32107113 aagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaac 32107193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 259
Target Start/End: Original strand, 6542664 - 6542792
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  6542664 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggtttt 6542757  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaa 259  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  6542758 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaa 6542792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 369 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 9537021 - 9536894
Alignment:
Q  369 cagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcag 468  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| || || |  ||| ||||||| ||    
T  9537021 cagaatgatgaagatgttcat-tcatggctgatcaagacaatctagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaactccctccaaatggccagctgttag 9536923  T
Q  469 cagatccagcgcctctggcctcaggatct 497  Q
      ||||||  |||| |||| |||||||||    
T  9536922 ttgatccaatgcctttggcatcaggatct 9536894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 2993948 - 2993902
Alignment:
Q  65 agaaaaccctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgaga 111  Q
    ||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2993948 agaaaactctcttgttcaagatcagagagttgaagaaaatactgaga 2993902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 320 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 21203 - 21048
Alignment:
Q  320 tcagaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagctt 419  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||  | |||||||||    
T  21203 tcagaatgttgaaacctctgctgctcagaatgttgctgtgtctgaagcccagaatgatgaagatgttcatgccatggctgatcaagacaaccaagagctt 21104  T
Q  420 gatgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatcc 475  Q
    || |||||  |||| |||||||||| || || || ||| ||||||||||| |||||    
T  21103 gacgatcagcatgcctcaaatgaactccctctagatggccagctgtcagctgatcc 21048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 73 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 21468 - 21270
Alignment:
Q  73 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||| |||  |||| || ||||||||    
T  21468 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatattcagaatgttgatgaagaaactcaggaagtggctgagatcttagcctcaaatat 21369  T
Q  173 gagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgttt 272  Q
    ||  ||||||||||||  |||||| |      |||  ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  21368 gaacattgaagaagaaactcaagacg------tggtgttctcaactggatttgatctcaatattgaagatatcaacattaacttcaacagtgaagtgttt 21275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 322 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 311855 - 311672
Alignment:
Q  322 agaatgttgaagccactgctgctcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttga 421  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  311855 agaatgttgaaacttctgctgctcagaatgttgcagtgactgaagcccagaatgatgaagatgttcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttga 311756  T
Q  422 tgatcaaaatgcttcaaatgaaccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    ||||||  |||| |||||||||| || || || ||| || |||||||  |||||   |||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  311755 tgatcagcatgcctcaaatgaactccctccagatggccaactgtcagttgatcccatgcctttggcatcatgatctctgccctc 311672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 73 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 312122 - 311999
Alignment:
Q  73 ctgttgatcaggatcagagagttgaagaaaatactgagattaatactcaaaatgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatat 172  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||  |||| || |||| ||| ||||| |||||||| ||    
T  312122 ctgttgatcaagatcaaagagttgaagaaaatattgagtttgatactcagaatgttgatgaagaagctcaggaagtggctgagctcttagcttcaaacat 312023  T
Q  173 gagtattgaagaagaagttcaaga 196  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||    
T  312022 gagcattgaagaagaagctcaaga 311999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 344 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 9894 - 9733
Alignment:
Q  344 tcagaacgttgaagtgtctgaagctcagaatgttgaagatgttcaagtcatggctaatcaagatgatcaagagcttgatgatcaaaatgcttcaaatgaa 443  Q
    |||||| |||| |||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  9894 tcagaatgttgcagtaactgaagcccagaatgatgaagatattcatgtcatggctgatcaagacaatcaagagcttgatgatcagcatgcctcaaatgaa 9795  T
Q  444 ccccttcaaggtggtcagctgtcagcagatccagcgcctctggcctcaggatctttgccctc 505  Q
    |  | || || ||| ||||||||||  |||||   |||| |||| ||||||||| |||||||    
T  9794 cttcctccagatggccagctgtcagttgatcccatgcctttggcatcaggatctctgccctc 9733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 125 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 10131 - 9985
Alignment:
Q  125 tgttgatgaagacactcaagaggtggttgaactcttggcttcaaatatgagtattgaagaagaagttcaagaagaacaaatggatttctcaactaggttt 224  Q
    |||||||| ||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |      |||| ||||||||| | |||    
T  10131 tgttgatggagaaactcaggaagtggctgagctcttagcttcaaatatgaacattgaagaagaagctcaagatg------tggagttctcaactggattt 10038  T
Q  225 gatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttcaaga 277  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||    
T  10037 gatctcaatattgaagatatcaacattgacttcaatagtgagttgtttcaaga 9985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0213 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0213
Description:

Target: scaffold0213; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 274
Target Start/End: Original strand, 20634 - 20698
Alignment:
Q  210 ttctcaactaggtttgatctgaatgttgaagacatcaacactgacttcaacaatgaagtgtttca 274  Q
    ||||||||| |||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20634 ttctcaactgggtttgatctcaacattgaagatctcaacactgacttcaaaaatgaagtgtttca 20698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University