View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7173_high_8 (Length: 349)

Name: NF7173_high_8
Description: NF7173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7173_high_8
NF7173_high_8
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-318)||(7506351-7506668)
chr4 (1-349)||(7481654-7482002)
chr4 (3-349)||(7722412-7722758)
chr4 (1-349)||(7519723-7520071)
chr4 (1-349)||(7494056-7494404)
chr4 (1-349)||(7129136-7129484)
chr4 (1-349)||(7714123-7714471)
chr4 (1-349)||(7527773-7528121)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-320)||(16750451-16750752)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 7506668 - 7506351
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7506668 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttg 7506569  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506568 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 7506469  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7506468 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 7506369  T
Q  301 tcatcaagagcatctttg 318  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7506368 tcatcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7482002 - 7481654
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  7482002 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggtgtacgatttg 7481903  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7481902 taaaattaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttgga 7481803  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  7481802 tgatgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggca 7481703  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7481702 tcatcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggt 7481654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 3 - 349
Target Start/End: Original strand, 7722412 - 7722758
Alignment:
Q  3 ctctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttgta 102  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  7722412 ctctttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtctcaaaactcgttgctcaggtgtgcgatttgta 7722511  T
Q  103 aaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttggatg 202  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7722512 aaattaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatgaaaagagaagttggttggatg 7722611  T
Q  203 atgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatc 302  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||    
T  7722612 atgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtcatcaagcacgtcatcggcatc 7722711  T
Q  303 atcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7722712 atcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 7722758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7520071 - 7519723
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7520071 aactctttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttg 7519972  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7519971 taaagttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttgga 7519872  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  7519871 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcaagcaagttatcggca 7519772  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7519771 tcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggt 7519723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7494404 - 7494056
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |  |||||||    
T  7494404 aactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcacgatttg 7494305  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7494304 taaaattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttgga 7494205  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  7494204 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtcatcgagcaagtcatcggca 7494105  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7494104 tcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggt 7494056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 7129136 - 7129484
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  7129136 aactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttg 7129235  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    |||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7129236 taaaattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttgga 7129335  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  7129336 tgatgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtcatcaagcaagtcatcggca 7129435  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  7129436 tcatcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggt 7129484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 7714123 - 7714471
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7714123 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttg 7714222  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    ||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714223 taaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttgga 7714322  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||| |||||||| |||    
T  7714323 tgatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggca 7714422  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  7714423 tcataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggt 7714471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7528121 - 7527773
Alignment:
Q  1 aactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttg 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  | | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  7528121 aactctttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcgatttg 7528022  T
Q  101 taaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttgga 200  Q
    |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7528021 taaaattaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggttgga 7527922  T
Q  201 tgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagca 300  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||    
T  7527921 tgatgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatcggca 7527822  T
Q  301 tcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggt 349  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  7527821 tcatcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggt 7527773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Original strand, 16750451 - 16750752
Alignment:
Q  19 tctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgcttaggagtgcgatttgtaaaattaaaaattctct 118  Q
    |||||||| || |||| |||||| ||||| || || |||||| |||| ||  ||| |||||||| || ||||||| |||| |||||||| |||||| ||     
T  16750451 tctcttcctatgactttttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcc 16750550  T
Q  119 taccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgtg 218  Q
    || |||| |||||  ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| |||| ||  | ||||||||||| |||||||| || || ||||||||| |    
T  16750551 tatcaacgttaagaccctcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcg 16750650  T
Q  219 aaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatcaagagcatctttg 318  Q
    || |||||||||||||||||   | ||||  ||||| |||  ||||||||| ||    |  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16750651 aacctttttagccttcttgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttg 16750750  T
Q  319 ag 320  Q
    ||    
T  16750751 ag 16750752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University