View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7173_low_5 (Length: 483)
Name: NF7173_low_5
Description: NF7173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7173_low_5 |
 | |
|
| [»] scaffold0076 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0076 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0076
Description:
Target: scaffold0076; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 473
Target Start/End: Original strand, 46806 - 47272
Alignment:
| Q |
1 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtggattggatatgtaccacatagacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatattgttttc |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46806 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtaggttggatatgtaccacataaacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatattgttttc |
46905 |
T |
|
| Q |
101 |
aatttgtgttttttaattgctaaatgcctggggcgatcctattatttcttgacctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46906 |
aatttgtgttttttatttgcta--------gggcgatcctattatttgttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaa |
46997 |
T |
|
| Q |
201 |
tccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttat |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
46998 |
tccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgtttacaagaatacttaagaatagatgattcgatttttataccaaaatagttat |
47097 |
T |
|
| Q |
301 |
tctattttctt--gttcttattttaaatttgattggcttgatatagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttg |
398 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47098 |
tctattttcttgggttaatgttttaaatttgattagcttgatgtagccgggggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttg |
47197 |
T |
|
| Q |
399 |
ttatgtaaattgataattgaaaatgagtttctatgtgaagttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
473 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47198 |
ttatgtaaattgataattaaaaattagtttctatgtgaagttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
47272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 470
Target Start/End: Original strand, 11202886 - 11203351
Alignment:
| Q |
3 |
acggctgatggttaaataaagatcacgtggattggatatgtaccacatagacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatattgttttcaa |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
11202886 |
acggctgatggtcaaataaagatcacgtgggttggatatgtaccacatagacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatgttgtcttcaa |
11202985 |
T |
|
| Q |
103 |
tttgtgttttttaattgctaaatgcctggggcgatcctattatttcttgacctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatc |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |
|
|
| T |
11202986 |
tttgtgttttttacttgctaaacgccggcggcgatcctattatttcttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaatgatgtcggtgctattagtc |
11203085 |
T |
|
| Q |
203 |
cttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattc |
302 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
11203086 |
cttgcaacaactgatgttgttatcttaatgatatctccaattctgtttacagggatatttaagaatagatgattcgattttcacaccaaaatagttattc |
11203185 |
T |
|
| Q |
303 |
tattttcttgttcttattttaaatttgattggcttgatatagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttat |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
11203186 |
tattttcttgttcttattttaaatttgattggcttgatgtagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacaaccttgtatgtatggattttgctat |
11203285 |
T |
|
| Q |
403 |
gtaaattgataattgaaaatgagtttctatgtgaagttacacctctttaccttcttaaattgatatct |
470 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11203286 |
gtaaactgataattaaaaattggtttctatatgaagtt--acctccttaccttcttaaattgatatct |
11203351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 138 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 20134653 - 20134318
Alignment:
| Q |
138 |
cctattatttcttgacctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20134653 |
cctattatttcttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc |
20134554 |
T |
|
| Q |
238 |
tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgttcttattttaaatttgattggctt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20134553 |
tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgatcttcataccaaagtagttattctattttcttgttcttattttaaatttgattggctt |
20134454 |
T |
|
| Q |
338 |
gatatagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattgaaaatgagtttctatgtgaa |
437 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
20134453 |
gacacagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgatgattaaaaattagtttctatgtgaa |
20134354 |
T |
|
| Q |
438 |
gttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
473 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20134353 |
gttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
20134318 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 20134711 - 20134650
Alignment:
| Q |
1 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtggattggatatgtaccacatagacttgcccta |
62 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20134711 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtgggttggatatgtaccacatagacttgcccta |
20134650 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 138 - 473
Target Start/End: Original strand, 44357418 - 44357753
Alignment:
| Q |
138 |
cctattatttcttgacctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44357418 |
cctattatttcttgccctctctgatggattttctttgaatcgtaacgatgccggtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatc |
44357517 |
T |
|
| Q |
238 |
tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgattttcataccaaaatagttattctattttcttgttcttattttaaatttgattggctt |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44357518 |
tccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgatcttcataccaaagtagttattctattttcttgttcttattttaaatttgattggctt |
44357617 |
T |
|
| Q |
338 |
gatatagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgataattgaaaatgagtttctatgtgaa |
437 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
44357618 |
gacacagccggtggaacaatttaaatgattcctactcacagtcttgtatgtatggattttgttatgtaaattgatgattaaaaattagtttctatgtgaa |
44357717 |
T |
|
| Q |
438 |
gttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
473 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44357718 |
gttacacctctttaccttcttaaattgatatctgtg |
44357753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 44357360 - 44357421
Alignment:
| Q |
1 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtggattggatatgtaccacatagacttgcccta |
62 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44357360 |
acacggctgatggttaaataaagatcacgtgggttggatatgtaccacatagacttgcccta |
44357421 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 112
Target Start/End: Original strand, 12325227 - 12325336
Alignment:
| Q |
3 |
acggctgatggttaaataaagatcacgtggattggatatgtaccacatagacttgccctaagtttgatcaaatttgttacgatttgaatattgttttcaa |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
12325227 |
acggctgatggttaaataaagatcacgtgggttggatatgtaccacatagacttgccctaagttggatcaaatttgttacgatttaaatattgttttcaa |
12325326 |
T |
|
| Q |
103 |
tttgtgtttt |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
12325327 |
tttgtgtttt |
12325336 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 191 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 4431696 - 4431557
Alignment:
| Q |
191 |
gtgctattaatccttgcaacaactgattgtattatcttaatgatatctccaattctgtttacaggaatatttaagaatagatgattcgattttc------ |
284 |
Q |
| |
|
||||||||| | |||||| ||||||||| | | || |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4431696 |
gtgctattagttcttgcagcaactgattatgtaattttaatgatgtctcaaattctgtttatgggaatatttaagataagatgattctattttcatttat |
4431597 |
T |
|
| Q |
285 |
ataccaaaatagttattctattttcttgttcttattttaa |
324 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4431596 |
ataccaaaatagttattctattttctagttcttattttaa |
4431557 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University