View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7179_low_1 (Length: 1555)

Name: NF7179_low_1
Description: NF7179
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7179_low_1
NF7179_low_1
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (305-1089)||(41286146-41286930)
chr7 (108-290)||(28713677-28713859)
chr7 (108-290)||(38349459-38349641)
chr7 (110-289)||(37536317-37536496)
chr7 (108-283)||(11752604-11752781)
chr7 (108-290)||(13768373-13768552)
chr7 (189-290)||(42974459-42974560)
chr7 (108-293)||(31741040-31741215)
chr7 (1304-1403)||(32355002-32355100)
chr7 (108-294)||(38754897-38755081)
chr7 (108-288)||(33496501-33496681)
chr7 (108-288)||(46576242-46576422)
chr7 (108-294)||(30922710-30922896)
chr7 (138-284)||(47480044-47480188)
chr7 (108-261)||(43359001-43359154)
chr7 (109-288)||(51940-52118)
chr7 (225-288)||(48460661-48460724)
chr7 (305-355)||(41279824-41279874)
[»] chr4 (38 HSPs)
chr4 (711-1182)||(19523515-19523986)
chr4 (362-678)||(19523985-19524301)
chr4 (1301-1542)||(8996387-8996626)
chr4 (1301-1542)||(8989272-8989511)
chr4 (108-290)||(48525326-48525508)
chr4 (1303-1447)||(6798693-6798838)
chr4 (108-291)||(41277214-41277399)
chr4 (108-294)||(5817380-5817566)
chr4 (1305-1403)||(6806347-6806445)
chr4 (108-199)||(14149960-14150051)
chr4 (108-288)||(25783909-25784088)
chr4 (189-287)||(51579323-51579421)
chr4 (108-288)||(25164471-25164651)
chr4 (189-288)||(22364542-22364641)
chr4 (198-288)||(43749094-43749184)
chr4 (19-80)||(19524367-19524428)
chr4 (140-284)||(26719936-26720077)
chr4 (108-288)||(37605691-37605871)
chr4 (189-288)||(50498212-50498311)
chr4 (108-293)||(17044000-17044184)
chr4 (108-288)||(45995895-45996074)
chr4 (108-288)||(55281210-55281390)
chr4 (200-288)||(24059225-24059313)
chr4 (189-284)||(42179218-42179313)
chr4 (138-288)||(51579583-51579732)
chr4 (108-287)||(3287087-3287262)
chr4 (211-288)||(20107112-20107190)
chr4 (198-288)||(32525112-32525202)
chr4 (200-286)||(36851231-36851317)
chr4 (291-343)||(19524300-19524352)
chr4 (1350-1451)||(22749795-22749895)
chr4 (146-238)||(40947142-40947233)
chr4 (193-288)||(32290216-32290306)
chr4 (241-288)||(39631271-39631318)
chr4 (108-195)||(9118515-9118602)
chr4 (252-282)||(44275714-44275744)
chr4 (243-288)||(9118622-9118667)
chr4 (108-181)||(39631010-39631082)
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (107-289)||(11904854-11905036)
chr8 (108-287)||(35200559-35200738)
chr8 (118-260)||(10592006-10592148)
chr8 (108-288)||(28897997-28898167)
chr8 (108-290)||(41075596-41075779)
chr8 (108-290)||(31774724-31774908)
chr8 (224-293)||(12142078-12142147)
chr8 (1303-1371)||(45483143-45483211)
chr8 (189-288)||(2599533-2599632)
chr8 (138-288)||(1993669-1993820)
chr8 (195-288)||(45413625-45413718)
chr8 (167-282)||(8368430-8368545)
chr8 (108-288)||(43065905-43066084)
chr8 (189-284)||(10391386-10391481)
chr8 (108-288)||(14342187-14342369)
chr8 (204-285)||(16465708-16465789)
chr8 (210-282)||(45502670-45502742)
chr8 (160-288)||(44081069-44081195)
chr8 (189-288)||(27497175-27497273)
chr8 (238-288)||(4077091-4077141)
chr8 (200-285)||(32093408-32093493)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (108-291)||(43100208-43100391)
chr5 (108-290)||(12248273-12248455)
chr5 (108-294)||(33687643-33687829)
chr5 (108-238)||(8076307-8076437)
chr5 (108-288)||(13988249-13988429)
chr5 (111-284)||(35906000-35906163)
chr5 (108-288)||(36890379-36890558)
chr5 (189-288)||(15285331-15285430)
chr5 (108-288)||(11247194-11247374)
chr5 (222-284)||(20151390-20151452)
chr5 (108-268)||(1447748-1447907)
chr5 (112-289)||(6043007-6043183)
[»] chr1 (28 HSPs)
chr1 (109-284)||(29731194-29731369)
chr1 (108-290)||(47571563-47571745)
chr1 (109-291)||(48489448-48489630)
chr1 (1303-1395)||(47322834-47322926)
chr1 (108-283)||(19989246-19989418)
chr1 (189-288)||(39858349-39858448)
chr1 (108-288)||(526909-527079)
chr1 (200-290)||(26040970-26041060)
chr1 (108-288)||(44797467-44797646)
chr1 (189-288)||(46845737-46845836)
chr1 (108-293)||(1994950-1995134)
chr1 (108-290)||(33502524-33502706)
chr1 (108-288)||(13276474-13276644)
chr1 (108-287)||(15224987-15225170)
chr1 (200-291)||(7178203-7178294)
chr1 (108-234)||(15066020-15066147)
chr1 (189-287)||(40314095-40314193)
chr1 (138-288)||(1673371-1673521)
chr1 (108-299)||(27325627-27325819)
chr1 (1303-1387)||(19759302-19759385)
chr1 (189-285)||(49430545-49430641)
chr1 (208-288)||(6487730-6487810)
chr1 (1303-1359)||(47325644-47325700)
chr1 (197-288)||(40294820-40294911)
chr1 (109-286)||(29637211-29637388)
chr1 (108-288)||(2402925-2403105)
chr1 (237-288)||(40030840-40030891)
chr1 (108-288)||(32267465-32267645)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (108-288)||(16717992-16718179)
chr6 (108-284)||(12748217-12748394)
chr6 (108-288)||(34792651-34792831)
chr6 (108-288)||(9521812-9521997)
chr6 (108-288)||(14313987-14314166)
chr6 (189-288)||(23915974-23916073)
chr6 (108-288)||(9045835-9046014)
chr6 (208-290)||(29429584-29429666)
chr6 (108-287)||(1244556-1244735)
chr6 (222-282)||(14022942-14023001)
chr6 (108-287)||(32720362-32720541)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (108-290)||(40216409-40216591)
chr2 (108-288)||(32599248-32599428)
chr2 (108-288)||(13696965-13697145)
chr2 (108-288)||(17823581-17823761)
chr2 (108-287)||(36272661-36272840)
chr2 (189-288)||(3121612-3121711)
chr2 (111-284)||(24475714-24475877)
chr2 (189-288)||(33299981-33300082)
chr2 (238-288)||(14945866-14945916)
chr2 (198-288)||(42061321-42061411)
chr2 (108-288)||(40095265-40095444)
chr2 (213-288)||(4434695-4434770)
chr2 (246-288)||(23860302-23860344)
chr2 (108-181)||(4434592-4434664)
chr2 (239-287)||(37143091-37143139)
chr2 (197-288)||(5562938-5563029)
chr2 (225-288)||(14242632-14242695)
chr2 (108-288)||(33555362-33555543)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (108-289)||(36674519-36674700)
chr3 (108-288)||(23004758-23004937)
chr3 (110-288)||(12224006-12224183)
chr3 (108-286)||(46135531-46135707)
chr3 (108-285)||(48034808-48034986)
chr3 (108-287)||(38247801-38247979)
chr3 (108-288)||(50989205-50989385)
chr3 (108-288)||(51092337-51092517)
chr3 (198-288)||(9271112-9271202)
chr3 (197-286)||(33288136-33288225)
chr3 (159-282)||(54713532-54713656)
chr3 (239-288)||(29915090-29915139)
chr3 (239-288)||(29964243-29964292)
chr3 (208-288)||(8330692-8330772)
chr3 (208-284)||(8496712-8496788)
chr3 (213-284)||(39947262-39947333)
chr3 (221-282)||(29820422-29820482)
chr3 (225-282)||(34750025-34750081)
chr3 (148-282)||(54413434-54413572)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (108-285)||(3056-3231)
[»] scaffold0311 (1 HSPs)
scaffold0311 (1355-1401)||(19180-19226)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (108-288)||(10232-10411)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 305 - 1089
Target Start/End: Complemental strand, 41286930 - 41286146
Alignment:
Q  305 gtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatcatacatttgtatatggtaccagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattcccttccgc 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41286930 gtacaaagcaatatatataatacaatttatccccaatcatacatttctatatggtaccagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaatccccttccgc 41286831  T
Q  405 aacaaaatcagagccaaatgggtgaaaaaacaactgctagggttgaaaattgagacctatcaaaggaaaaaccaacactgcaaggtgcaaaggcgatgga 504  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| || ||||||||||  ||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  41286830 aacaaaatcagagccaaatggctgacaaaaccactgttacggttgaaaatccagagcaatcaaaagaaaaaccaacattgcaaggtgcaaaggcgatgga 41286731  T
Q  505 aacatcattgtctgattctttgctcttacaccattctgatactcaagggatatcaatggttaaccaacctctgaatggacgtaactaagacgaatggagt 604  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  41286730 aacatcattgcccgatcctttgctcttacaccattctgacacaccagggatatcactggttaaccaacctctgaatggaggtaactacggcgaatggagt 41286631  T
Q  605 cgcttaatgctcctcagtcttagtgccaaaaacaaactcggtctgatccatggaacagtgaaagcgtggtcggctgatgacccaaaactcccattatgta 704  Q
    || | |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  41286630 cgatcaatgctcctcagcctcagcgccaaaaacaaactcggtctgatcgatggaacggtgaaagcgccgtcggctgacgacccaaaactcccattgtgga 41286531  T
Q  705 aacgttgcaatgatctggtgttaacatggatccttcattccatcgaacccgagatagctcgtagtgtaatattctctgatacggcagcggcagtttggag 804  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  41286530 aacgttgcaatgatctggtgctaacatggatccttcattccatcgaacccgacatagctcgtagtgtaatcttctctgacacggcagcagcagtttggag 41286431  T
Q  805 cgacctccatgatagattttctcaaggagatgagtccaaaatctaccaaattcggcaagaaatttccgaatgtcgtcaaggatccctctcaatctcttat 904  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  41286430 cgacctccatgatagattctctcaaggagatgagtccagaatctaccaaattcggcaagaaatttctgaatgtcgtcaaggatccctcttaatctctgat 41286331  T
Q  905 tactacacaaaactcaagagtctttgggatgaattaggatcttaccaggaacccatcacatgctcctgcgacatgttgaagaaagttgttgtcaaagagg 1004  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  41286330 tactacacaaagctcaagagtctttgggatgaattaggatcttaccaggaacccatcacatgttcctgcgacatgttgaagaaagttgctgtcagagagg 41286231  T
Q  1005 aaaaagagaaggtaatgcagtttctaatggggcttaacgaatcttattcgcaggtacgtgggtcaattttgatgatgaatccact 1089  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  41286230 aaaaagagaaggtaatgcagtttctaatggggcttaacgaatcttattcgcaggtacgtgggtcgatcttgatgatgaacccact 41286146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 28713859 - 28713677
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28713859 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgta 28713760  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28713759 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 28713677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Original strand, 38349459 - 38349641
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38349459 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgta 38349558  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38349559 gggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactaccc 38349641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 110 - 289
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536496
Alignment:
Q  110 ataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagatacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 37536416  T
Q  210 gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 289  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  37536417 gaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactacc 37536496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 108 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 11752781 - 11752604
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttc--atgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtg 205  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||  |   |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  11752781 ggataatatttcatggacatctttttttccatacacacattgtaccacgctactatgtgagagtgtgtgagagacacaaaaggtgagttttttatgtgtg 11752682  T
Q  206 tagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatc 283  Q
    | |||||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  11752681 tggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 13768552 - 13768373
Alignment:
Q  108 ggataatgttt-catgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||  |||||||| |||||     ||||    
T  13768552 ggataatgttttcatgaacacccttttttctatacacatattgtatcacttccatatgagagtgtttgagagacatgaaagatgaatttct----cgtgt 13768457  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    ||| |||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  13768456 aggaaccatatggacacatatcacaattatatgtaggtgtgcaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatcattaccc 13768373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 290
Target Start/End: Original strand, 42974459 - 42974560
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42974459 tgagttttttgtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T
Q  289 cc 290  Q
    ||    
T  42974559 cc 42974560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 31741215 - 31741040
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||  ||||||| ||||| ||| ||          ||||||||||||||||||     
T  31741215 ggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 31741126  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 293  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  31741125 gggagcacatagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactcata 31741040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 1304 - 1403
Target Start/End: Original strand, 32355002 - 32355100
Alignment:
Q  1304 tgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagacttaat 1403  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32355002 tgacttcttcaat-tcatcacgtttctgttttgccaaatttgtgtaaaattcttttgaaataatcttcctatttaataggtgatatttgttaaacttaat 32355100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 294
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755081
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||| ||||||| ||| | |||| || ||||| ||||| ||||||   ||||||| ||||| |||||||||  |||  ||||||| || |||||||     
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccaccc-catgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttt-tgtgtgtg 38754994  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 294  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  38754995 gggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactcataa 38755081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 33496681 - 33496501
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || ||||||||||| |||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | | |||||||| || |||||||     
T  33496681 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtgg 33496583  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     |||| ||||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  33496582 ggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctac 33496501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 46576242 - 46576422
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  46576242 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 46576340  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     || |||||| ||| || ||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46576341 gggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 46576422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 294
Target Start/End: Original strand, 30922710 - 30922896
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||  | |  |||| ||| |||||||||     
T  30922710 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 30922808  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 294  Q
     ||||| ||| ||| || ||||| |||||| ||||  |||||| |||||| || |||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  30922809 ggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactcataa 30922896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 138 - 284
Target Start/End: Original strand, 47480044 - 47480188
Alignment:
Q  138 atacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattata 237  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||| ||||| | |||||||  |||  | ||||| || ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||| ||    
T  47480044 atacacacattgtaccacccccatgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtaagtttttt-tgtgtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattgta 47480142  T
Q  238 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  47480143 t-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 47480188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 43359154 - 43359001
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||| |||  |||||||| ||||| ||||||| | |||| |||| |||||| | |||||     
T  43359154 ggataatgtttcattgacaccattttctccatacacacaatgtatcaccctcatgtgagagtgtgtgagagataaaaaaaatgaatttcttttatgtgtt 43359055  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgc 261  Q
     ||||||| |||| || |||||||||| |  |||| ||||||||| ||| ||||    
T  43359054 aggaccacgtggacacgtgtcacaattgtgagtggatgtacaagtagtacatgc 43359001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 52118 - 51940
Alignment:
Q  109 gataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtag 208  Q
    |||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||| ||| |||||  |||||| |  | | |||||||| || |||||| |     
T  52118 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacta-catatgagagtgtgagagagataatacatatgagttttttttgtgtggaa 52020  T
Q  209 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| |||||| ||| | |||| ||| | | ||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  52019 ggaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactac 51940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 225 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 48460724 - 48460661
Alignment:
Q  225 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48460724 tgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 48460661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 305 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 41279874 - 41279824
Alignment:
Q  305 gtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatcatacatttgtata 355  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  41279874 gtacaaagcaatatatataatacaatttatccccaatcatacatttctata 41279824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 38)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 711 - 1182
Target Start/End: Complemental strand, 19523986 - 19523515
Alignment:
Q  711 gcaatgatctggtgttaacatggatccttcattccatcgaacccgagatagctcgtagtgtaatattctctgatacggcagcggcagtttggagcgacct 810  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523986 gcaaggatctggtgttaacatggattcttcattccatcgaacccgacatagctcgtagtgtaatattctctgatacggcagcggcagtttggagcgacct 19523887  T
Q  811 ccatgatagattttctcaaggagatgagtccaaaatctaccaaattcggcaagaaatttccgaatgtcgtcaaggatccctctcaatctcttattactac 910  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  19523886 ccatgatagattttctcaaggagatgagtccagaatctaccaaattcggcaagaaatttccgaatgtcgtcaaggatccctctcaatctctgattactgc 19523787  T
Q  911 acaaaactcaagagtctttgggatgaattaggatcttaccaggaacccatcacatgctcctgcgacatgttgaagaaagttgttgtcaaagaggaaaaag 1010  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523786 acaaaactcaagagtctttgggatgaattaggatcttaccaggaacccatcacatgttcctgcgacatgttgaagaaagttgttgtcaaagaggaaaaag 19523687  T
Q  1011 agaaggtaatgcagtttctaatggggcttaacgaatcttattcgcaggtacgtgggtcaattttgatgatgaatccacttccatttggaataatcctttt 1110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19523686 agaaggtaatgcagtttctaatggggcttaacgaatcttattcgcaggttcgtgggtcaattttgatgatgagtccacttccatttggtttaatcctttt 19523587  T
Q  1111 gaaacatatttgttcataaaatgaaaaagatttattgaactgatgagtaacacaactacctcgaatcaatgc 1182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523586 gaaacatatttgttcataaaatgaaaaagatttattgaactgatgagtaacacaactacctcgaatcaatgc 19523515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 362 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 19524301 - 19523985
Alignment:
Q  362 cagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattcccttccgcaacaaaatcagagccaaatgggtgaaaaaacaactgctagggttgaaaattgagacc 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19524301 cagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattaccttccgcaacaaaatcagagccaaatggctgacaaaacaactgctagggttgaaaattcagacc 19524202  T
Q  462 tatcaaaggaaaaaccaacactgcaaggtgcaaaggcgatggaaacatcattgtctgattctttgctcttacaccattctgatactcaagggatatcaat 561  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |    
T  19524201 tatcaaaagaaaaaccaacactgcaaggtgcaaaggcgatggaaacatcattgcctgatcctttgctcttacaccattatgacacacaagggatatcatt 19524102  T
Q  562 ggttaaccaacctctgaatggacgtaactaagacgaatggagtcgcttaatgctcctcagtcttagtgccaaaaacaaactcggtctgatccatggaaca 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19524101 ggttaaccaacctctgaatggacgtaactacggctaatggagtcgcttaatgctcctcagtcttagcgccaaaaacaaactcggtctgatcgatggaaca 19524002  T
Q  662 gtgaaagcgtggtcggc 678  Q
    |||||||||| ||||||    
T  19524001 gtgaaagcgtcgtcggc 19523985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1301 - 1542
Target Start/End: Complemental strand, 8996626 - 8996387
Alignment:
Q  1301 tattgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagactt 1400  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  8996626 tattgacttcttcaatgtcatcacgtttctcttttgtaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaaaaggtgatatttattagaatt 8996527  T
Q  1401 aatannnnnnncaatgtgctttaaatgtgcaaaatgaatttgacttggtattagcatatgtgttattcagttttcctgaaaagagtaactgaaacgtgct 1500  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8996526 aatattttt--caatgtgctttaaatgtgcaaaatgaatttgacttggtaatagcatatgtgttattcagttttcctgaaaagagtaactgaaacgtgct 8996429  T
Q  1501 ccatcctacaaatattttcatggatttttatcattaataatt 1542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8996428 ccatcctacaaatattttcatggatttttatcattaataatt 8996387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1301 - 1542
Target Start/End: Complemental strand, 8989511 - 8989272
Alignment:
Q  1301 tattgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagactt 1400  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  8989511 tattgacttcttcaatgtcatcacttttctcttttgtaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaacaggtgatatttgttagaatt 8989412  T
Q  1401 aatannnnnnncaatgtgctttaaatgtgcaaaatgaatttgacttggtattagcatatgtgttattcagttttcctgaaaagagtaactgaaacgtgct 1500  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8989411 aatattttt--caatgtgctttaaatgtgcaaaatgaatttgacttggttgtagcatatgtgttattcagttttcctgaaaagagtaactgaaacgtgct 8989314  T
Q  1501 ccatcctacaaatattttcatggatttttatcattaataatt 1542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8989313 ccatcctacaaatattttcatggatttttatcattaataatt 8989272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525326
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataagtttcttatgtgtgta 48525409  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    |||| |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48525408 gggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactaccc 48525326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 1303 - 1447
Target Start/End: Original strand, 6798693 - 6798838
Alignment:
Q  1303 ttgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagacttaa 1402  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  6798693 ttgacttcttcgatgtcatcacgtttctcttttgcaaaatttgtgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatgtttgttaaacttaa 6798792  T
Q  1403 tannnnnnncaatgtgc-tttaaatgtgcaaaatgaatttgacttg 1447  Q
    |        |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6798793 ttggtttttcaatgtgcttttaaatgtgctaaatgaaattgacttg 6798838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 108 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 41277399 - 41277214
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt---gtgtgt 204  Q
    |||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||   ||||||    
T  41277399 ggataatgtttcgtagacaccattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagactgtgtgagagacacaaaaggtgagtttttttttgtgtgt 41277301  T
Q  205 gtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 291  Q
    || ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  41277300 gtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcaccaccca 41277214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 108 - 294
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817566
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttg-tgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||   ||||| | ||||| |  ||||||  ||| |||||||| ||| |||||||    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccaccc-catgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgt 5817478  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 294  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  5817479 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcataa 5817566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1305 - 1403
Target Start/End: Original strand, 6806347 - 6806445
Alignment:
Q  1305 gacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagacttaat 1403  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  6806347 gacttcttcaatgtcatcacgtttctcttttgcaaaatttgtgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatgtttgttaaacttaat 6806445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 199
Target Start/End: Original strand, 14149960 - 14150051
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttg 199  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14149960 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgaaagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttg 14150051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 25783909 - 25784088
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||   | |||||| ||||| || || |||  |||  ||||||| |||||| |||     
T  25783909 ggataatgtttcatgaacatctttttttctatacacacgttgtaccatcct-atgtgagagtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgtg 25784007  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  25784008 gggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactac 25784088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 189 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 51579421 - 51579323
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    ||||||| |||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51579421 tgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164651
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| |  |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||  | |  |||| ||| |||||||||     
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 25164569  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||| |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25164570 aggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 25164651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Original strand, 22364542 - 22364641
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  22364542 tgagtttcttgtgtgttaggggaccacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactac 22364641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 43749184 - 43749094
Alignment:
Q  198 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43749184 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 43749094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 19524428 - 19524367
Alignment:
Q  19 tgtagtattgtcatacttattgcatcccttagatagctcattttgtctgatattgttctctg 80  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19524428 tgtagtattgtcataattattgcatcccttagatagctcattttgtctgatattgttctctg 19524367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 140 - 284
Target Start/End: Original strand, 26719936 - 26720077
Alignment:
Q  140 acacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatg 239  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||  |||| |||| |||||||||  || |||||| ||||||  |||    
T  26719936 acacacattgtaccaccc-catgtgacagtgtgtgagagacacaaaatgtgagttt--tgtgcgtgtggggaccacaaagacacatgttacaattgaatg 26720032  T
Q  240 tgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  26720033 tgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 37605691 - 37605871
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| ||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  37605691 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 37605789  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37605790 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 37605871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 50498311 - 50498212
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||    
T  50498311 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactac 50498212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 17044184 - 17044000
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |   || ||| || |||||||     
T  17044184 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttt-tgtgtgtg 17044087  T
Q  208 ggga-ccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 293  Q
    |||| ||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17044086 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcata 17044000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996074
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||     
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 45995992  T
Q  208 gg-gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    || ||||||| | | || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  45995993 ggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 45996074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 55281390 - 55281210
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || ||||| |||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  55281390 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactc-catgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 55281292  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55281291 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 55281210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 53; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 200 - 288
Target Start/End: Original strand, 24059225 - 24059313
Alignment:
Q  200 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24059225 tgtgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 24059313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 189 - 284
Target Start/End: Original strand, 42179218 - 42179313
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |   |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  42179218 tgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatca 42179313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 138 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 51579732 - 51579583
Alignment:
Q  138 atacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattat 236  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||| ||||| | |||||||  |||  ||||||| || || ||||| || | |||||||| ||||||||||||| |    
T  51579732 atacacacattgtaccaccc-catgtgagagtgtgtaagagacaataaatgtgagtttttttgtatgtgtgggaatcacatggacacatgtcacaattgt 51579634  T
Q  237 atgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  51579633 atttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactac 51579583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacat-cattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||  | |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| |    | | |||||| || ||||||     
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagata----atacgagttttttttgtgtgg 3287168  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    || ||||||| |||  | ||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3287167 agagaccacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 211 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107112
Alignment:
Q  211 accacatggatacatgtcacaattatatgtggg-tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 20107112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 288
Target Start/End: Original strand, 32525112 - 32525202
Alignment:
Q  198 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||  ||| ||||| || |||| |||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  32525112 tgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactac 32525202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 200 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 36851317 - 36851231
Alignment:
Q  200 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 286  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  36851317 tgtgtgtgaggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19524352 - 19524300
Alignment:
Q  291 ataacattagcatcgtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatca 343  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19524352 ataacaatagcattgtacagagcaatatacataatacaatttatcctctatca 19524300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1350 - 1451
Target Start/End: Original strand, 22749795 - 22749895
Alignment:
Q  1350 aacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagacttaatannnnnnncaatgtgctttaaatgtgcaaaatgaatttgacttggt 1449  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| | |       ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  22749795 aactttttttgaaataatctacctatttaataggtgatattagctatacttta-attatgttcaatgtgttttaagtgtgctaaatgaatttgacttggt 22749893  T
Q  1450 at 1451  Q
    ||    
T  22749894 at 22749895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 238
Target Start/End: Original strand, 40947142 - 40947233
Alignment:
Q  146 attgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatat 238  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  40947142 attgtacca-tttcatatgagagtgtgtgagagacataaaatatgaattttttgtgtgtgtatggaccacgtggacacatgttacaattatat 40947233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32290306 - 32290216
Alignment:
Q  193 tttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||     |||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  32290306 tttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-----tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 32290216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 241 - 288
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631318
Alignment:
Q  241 gggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 39631318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 195
Target Start/End: Original strand, 9118515 - 9118602
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagttt 195  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||| ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||  ||| ||||||||    
T  9118515 ggataatatttcatgaacaccctttcctccatacatacaatgtaccacattcatgtgagagtgcgtgagagacaataaatatgagttt 9118602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 44275744 - 44275714
Alignment:
Q  252 tggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44275744 tggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 44275714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 243 - 288
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118667
Alignment:
Q  243 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 9118667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Original strand, 39631010 - 39631082
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagaca 181  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| || ||| ||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||    
T  39631010 ggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtgagagaca 39631082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 6e-84; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 107 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11905036 - 11904854
Alignment:
Q  107 cggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgt 206  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11905036 cggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagt 11904937  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 289  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11904936 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 11904854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 35200738 - 35200559
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35200738 ggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtgta 35200639  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35200638 gggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 10592148 - 10592006
Alignment:
Q  118 tcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacat 217  Q
    ||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10592148 tcatgaacacccttttttttatacacacattgtaccactttcatatgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagagaccacat 10592049  T
Q  218 ggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatg 260  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10592048 ggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatg 10592006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897997
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||           |||||||||||||||||     
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagg----------gagtttcttgtgtgtgtg 28898078  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28898077 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 28897997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Original strand, 41075596 - 41075779
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgt--g 205  Q
    |||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| || | | |  |    
T  41075596 ggataatgtttcgtagacaccattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagttttttttttttttg 41075694  T
Q  206 tagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  41075695 tggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcaccaccc 41075779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 31774908 - 31774724
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgt--- 204  Q
    |||||||||||| |  |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| || | | |       
T  31774908 ggataatgtttcgtagacactattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagttttttttttttttt 31774810  T
Q  205 gtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    || ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  31774809 gtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcaccaccc 31774724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 224 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142078
Alignment:
Q  224 atgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 293  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 12142078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1303 - 1371
Target Start/End: Complemental strand, 45483211 - 45483143
Alignment:
Q  1303 ttgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctac 1371  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45483211 ttgacttcttcaatgtcatcacgtttctcttttgcaaaatttgtgtaaacttcttttgaaataatctac 45483143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 2599632 - 2599533
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2599632 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 2599533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 288
Target Start/End: Original strand, 1993669 - 1993820
Alignment:
Q  138 atacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg--gaccacatggatacatgtcacaatta 235  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || | ||||| ||  ||||||| ||| || ||||| ||||     
T  1993669 atacacacattgtacca-tttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaattg 1993767  T
Q  236 tatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1993768 tgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 1993820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 195 - 288
Target Start/End: Original strand, 45413625 - 45413718
Alignment:
Q  195 tcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45413625 tcttgtgtgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 45413718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 167 - 282
Target Start/End: Original strand, 8368430 - 8368545
Alignment:
Q  167 agtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacct 266  Q
    ||||| ||||||||| ||||  ||| ||| || | ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8368430 agtgtgtgagagacaaaaaaagtgatttttttttttgtatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacct 8368529  T
Q  267 aaggtggtttatgtat 282  Q
    |||||||| |||||||    
T  8368530 aaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 43065905 - 43066084
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||| ||| |||   |||| || ||||| ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||     
T  43065905 ggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtacca-ttccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 43066002  T
Q  208 ggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||| |||||| ||| || ||||| |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43066003 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 43066084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 189 - 284
Target Start/End: Original strand, 10391386 - 10391481
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||| | |||||||||||| || | |||||||||    
T  10391386 tgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatca 10391481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 14342187 - 14342369
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || ||||| |     
T  14342187 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtatg 14342285  T
Q  208 ggg--accacatggatacatgtcacaa-ttatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||  |||||| ||| || ||||| || || | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14342286 gggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14342369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 204 - 285
Target Start/End: Original strand, 16465708 - 16465789
Alignment:
Q  204 tgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 285  Q
    ||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||    
T  16465708 tgtagagaccacgtagacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 45502742 - 45502670
Alignment:
Q  210 gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  45502742 gaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 160 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 44081195 - 44081069
Alignment:
Q  160 atgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatat 259  Q
    |||||| ||||| ||||||| |  ||| |||||||| |||||||||  || | ||| |||  ||||||||||||||  ||||| ||||||| || || ||    
T  44081195 atgtgagagtgtatgagagatattaaatatgagttttttgtgtgtg--ggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacat 44081098  T
Q  260 gccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44081097 gccatctaaggtggtgtatgtatcactac 44081069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27497273 - 27497175
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||| |||||||| | |  |||||||| | ||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  27497273 tgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcactac 27497175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 288
Target Start/End: Original strand, 4077091 - 4077141
Alignment:
Q  238 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4077091 tgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactac 4077141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 285
Target Start/End: Original strand, 32093408 - 32093493
Alignment:
Q  200 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 285  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||| | || || ||| |||  ||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  32093408 tgtgtgtagggaccacgtagacacatgtcacaattgtgtgcggatgttcaaaaggtgtatgtcatctaaggtggtttatgtatcac 32093493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 4e-82; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 108 - 291
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100391
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgta 43100307  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 291  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43100308 gagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactaccca 43100391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 12248455 - 12248273
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12248455 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtgta 12248356  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12248355 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactaccc 12248273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 108 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 33687829 - 33687643
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33687829 ggataatgtttcatgaactcccttttctctatatacatattgtaccacttttatctgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 33687730  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 294  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  33687729 gagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactacccataa 33687643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 108 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8076437 - 8076307
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8076437 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataaatttcttgtgtgtgta 8076338  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatat 238  Q
    || ||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  8076337 ggaaccacatagacgcatgtcacaattatat 8076307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 13988429 - 13988249
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  13988429 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13988331  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13988330 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 13988249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35906000
Alignment:
Q  111 taatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||| |         ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgt---------aaaag-tgagtttcttgtgtgtgtaggg 35906074  T
Q  211 accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  35906073 actacatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 35906000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 36890558 - 36890379
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||| |  |||||| ||||| |||||||||  | |  |||| ||| |||||||||     
T  36890558 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tcgatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg- 36890461  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36890460 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 36890379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15285430 - 15285331
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | || ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15285430 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 15285331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 11247374 - 11247194
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||||||    
T  11247374 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgta 11247277  T
Q  208 ggg--accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||  | ||||  || |  ||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  11247276 gggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactac 11247194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 20151452 - 20151390
Alignment:
Q  222 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  20151452 acatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatca 20151390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 268
Target Start/End: Original strand, 1447748 - 1447907
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgt-gtgt 206  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| |   |||||| ||||| |||||||||  ||| |||||||| || | | ||||    
T  1447748 ggataatgtttcatgaacaccttttt-tctatacacacgttgtacca-tccaatgtgagagtgtatgagagacaataaatatgagtttttttttttgtgt 1447845  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaa 268  Q
     || || ||||||| | ||||||||||| |  |||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  1447846 gggaactacatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaa 1447907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 112 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6043183 - 6043007
Alignment:
Q  112 aatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactt--tcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 209  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||||||||    |||||||| ||||| | ||||| | ||||  ||||| | |||||||||| |     
T  6043183 aatgtttcatgaacatccttttctttatatatatattgtaccaccacctcatgtgagagtgtgtaagagatataaaatgtgagtat-ttgtgtgtgtgga 6043085  T
Q  210 gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 289  Q
     | |||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   ||||| | |||||||||||||||||    
T  6043084 tagcacatgaacatatgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacatac--tctaagattgtttatgtatcactacc 6043007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 5e-75; HSPs: 28)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 109 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731194
Alignment:
Q  109 gataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtag 208  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtag 29731270  T
Q  209 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Original strand, 47571563 - 47571745
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47571563 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgta 47571662  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47571663 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactaccc 47571745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 109 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489448
Alignment:
Q  109 gataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtag 208  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgcgtag 48489531  T
Q  209 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 291  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48489530 ggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcattaccca 48489448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1303 - 1395
Target Start/End: Original strand, 47322834 - 47322926
Alignment:
Q  1303 ttgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgtta 1395  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47322834 ttgacttcttcaatgttaacacgtttctcttttgcaaaatttgtgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggcgatatttgtta 47322926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 108 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 19989418 - 19989246
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||  |||   ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| || |||||| |    
T  19989418 ggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgtgtgga 19989320  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatc 283  Q
       |||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  19989319 a--accacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 39858448 - 39858349
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39858448 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 39858349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 526909 - 527079
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||| ||||| |||  |          |||||||||||||| |||     
T  526909 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtg 526998  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  526999 gggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 527079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 200 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 26041060 - 26040970
Alignment:
Q  200 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26041060 tgtgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactaccc 26040970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 44797467 - 44797646
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||| |     
T  44797467 ggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtttg 44797564  T
Q  208 ggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||| |||||| ||| || | ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44797565 ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 44797646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Original strand, 46845737 - 46845836
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  46845737 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 46845836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 1995134 - 1994950
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||     
T  1995134 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 1995037  T
Q  208 g-ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 293  Q
    | ||||||||  || || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  1995036 gaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcata 1994950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Original strand, 33502524 - 33502706
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||||||| |  |||||| ||||| ||| ||| | ||||  ||||||| ||||||||||     
T  33502524 ggataatgtttcatgaacatccttttcttcgtacatacattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtg 33502623  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    | |||||  || | | |||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||||    
T  33502624 gagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactaccc 33502706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 13276474 - 13276644
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||| ||| ||          ||||||||||||||||||     
T  13276474 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaag----------tgagtttcttgtgtgtgtg 13276563  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    || |||||||||| |||||||| |||| | | || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13276564 ggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactac 13276644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Original strand, 15224987 - 15225170
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgta--ccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtg 205  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||| |||  |||| |  |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||||||| |||||||||    
T  15224987 ggataatgtttcatgaacacccttttctccgtacgcacatcgtataccacctctatgtgagagtgtgtgagagatataaaatgtgagttttttgtgtgtg 15225086  T
Q  206 ta--gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    |   |||||||  |||| | |||||||||||  ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15225087 tgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 200 - 291
Target Start/End: Original strand, 7178203 - 7178294
Alignment:
Q  200 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 291  Q
    ||||||| | |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7178203 tgtgtgtcgagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactaccca 7178294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 234
Target Start/End: Original strand, 15066020 - 15066147
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttc-ttgtgtgtgt 206  Q
    |||||||||||||||||||   |||| || ||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||||| || |||||||    
T  15066020 ggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagtttctttttgtgtgt 15066119  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaatt 234  Q
    | ||| |||||||| |||||||||||||    
T  15066120 acggatcacatggacacatgtcacaatt 15066147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 40314193 - 40314095
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | ||| |||| || ||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  40314193 tgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 138 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 1673521 - 1673371
Alignment:
Q  138 atacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg--accacatggatacatgtcacaatta 235  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||  | | |||||||| || ||| |||||||  |||||| ||| || | ||| ||||     
T  1673521 atacacacattgtacca-tttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttt-tgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattg 1673424  T
Q  236 tatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  1673423 tgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 1673371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 299
Target Start/End: Original strand, 27325627 - 27325819
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgat-agtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtg 205  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  |||||||  ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||    
T  27325627 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 27325725  T
Q  206 tagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataacatta 299  Q
      || |||||| ||| || | ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27325726 ggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcataaaatta 27325819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1303 - 1387
Target Start/End: Original strand, 19759302 - 19759385
Alignment:
Q  1303 ttgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttcttttgaaataatctacctatttaataggtgat 1387  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  19759302 ttgacttcttcaat-tcatcacgtttctgttttgccaaatttgtgtaaaattcttttgaaataatcttcctctttaataggtgat 19759385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 189 - 285
Target Start/End: Original strand, 49430545 - 49430641
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 285  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| | | | | |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49430545 tgagtttcttgtgtgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 49430641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 208 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6487810 - 6487730
Alignment:
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  6487810 gggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactac 6487730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 1303 - 1359
Target Start/End: Original strand, 47325644 - 47325700
Alignment:
Q  1303 ttgacttcttcaatgttatcacgtttctcttttgcaaaatttatgtaaacttctttt 1359  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  47325644 ttgacttcttcaatgtcatcacgtttctcttttgcaaaattcgtgtaaacttctttt 47325700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Original strand, 40294820 - 40294911
Alignment:
Q  197 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | | | |||| ||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  40294820 ttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactac 40294911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 286
Target Start/End: Original strand, 29637211 - 29637388
Alignment:
Q  109 gataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgta 207  Q
    |||||||||||||| |||   |||| |  ||||||||||||||||||   ||| ||| |||||  ||||||||  | | |||||||| || |||||||      
T  29637211 gataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccacca-catatgagagtgtgagagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggg 29637309  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 286  Q
     |||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  29637310 aggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 2402925 - 2403105
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgt-gtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || ||||||||||||||||| || ||||||| |||||  ||||||||  | |  ||||||| || | |||||     
T  2402925 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtacca-ttccatgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgtgg 2403023  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| | | || | ||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  2403024 ggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactac 2403105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 237 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 40030891 - 40030840
Alignment:
Q  237 atgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  40030891 atgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactac 40030840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 32267465 - 32267645
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||| ||||||| |||   |||| || ||||||||||||||| |||  ||||||| ||||| |||||| ||  | |  ||||||| || || ||||     
T  32267465 ggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactc-catgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttttgtatgtgg 32267563  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    | |||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||| | ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  32267564 aaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactac 32267645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 8e-71; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16717992
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 16718080  T
Q  208 gggaccacatggata-----catgtcacaattata--tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||| ||||| |     |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16718079 gggaccaaatggacacatgtcatgtcacaattatatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 16717992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 108 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 12748394 - 12748217
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttct-tgtgtgtgt 206  Q
    |||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  12748394 ggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgattttttgtgtgtgtgt 12748295  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12748294 aggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792831
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| |  |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| |||||||||||    
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttt-ttgtgtgtgta 34792748  T
Q  208 ggga--ccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    | ||  ||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34792749 gagagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 34792831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 9521812 - 9521997
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| | ||||| |  ||||||  ||| |||||||| |||||||||||    
T  9521812 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtacca-tcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtgta 9521910  T
Q  208 ----gggaccacatggatacatgtcacaatta--tatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
        |||| |||||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  9521911 tgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactac 9521997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 14313987 - 14314166
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  14313987 ggataatgtttcatgtaca-cactttttccatacacacattgtaccacttt-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 14314084  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     || |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14314085 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14314166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 23916073 - 23915974
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  23916073 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactac 23915974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9046014 - 9045835
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| |  |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  | ||||| ||||||||||     
T  9046014 ggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttt-ttgtgtgtgtg 9045917  T
Q  208 g-ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    | |||||||| | | || ||||| |||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9045916 gaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 9045835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 29429666 - 29429584
Alignment:
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||    
T  29429666 gggaccatgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatcagtaccc 29429584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Original strand, 1244556 - 1244735
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctct-atacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtg 205  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||  | |  ||||||| || |||||||    
T  1244556 ggataatgtttcatgtaca-cattttttttcatacacacattgtactactt-catatgagagtgttcgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtg 1244653  T
Q  206 tagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
      ||||||||| ||| || || || |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  1244654 gggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 222 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14023001 - 14022942
Alignment:
Q  222 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14023001 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 14022942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 32720541 - 32720362
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    |||||||| || ||| ||| | |||| || ||||||||||| |||||||   || ||| ||| | ||||||||||||||| ||| |||  | |||||||     
T  32720541 ggataatgctttatggacacctttttttccatacacacattataccactcctatttgaaagtatgtgagagacacaaaaggtgaattttgtatgtgtgtg 32720442  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
     ||| ||| | || | |||||| |||||||| ||  ||||||| || || ||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  32720441 aggatcacgtagacaaatgtcataattatatttgaatgtacaaatgatacatgacacttaaggtggtctatgtatcacta 32720362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 1e-69; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 108 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 40216591 - 40216409
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  40216591 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgta 40216492  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 290  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||    
T  40216491 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactaccc 40216409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 32599248 - 32599428
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||||  | |  |||| ||| |||||||||     
T  32599248 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 32599346  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32599347 agggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 32599428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 13696965 - 13697145
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  13696965 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13697063  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     || |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13697064 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 13697145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823581
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||| | ||||||| ||||| |||||||||  | |  |||| ||| |||||||||     
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 17823663  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     ||||||||| ||| || | ||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17823662 ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactac 17823581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Original strand, 36272661 - 36272840
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgag-tttcttgtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || ||| |||||||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||||  | |  |||| ||| ||||||||||    
T  36272661 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccac-tccatgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgt 36272759  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
     ||||||||| ||| || ||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36272760 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 3121711 - 3121612
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | || ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3121711 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 3121612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 111 - 284
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475877
Alignment:
Q  111 taatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg 210  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  |||||||||| || |||| ||||| |         ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgt---------aaaag-tgagtttcttgtgtgtgtgggg 24475803  T
Q  211 accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    || ||||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  24475804 actacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 24475877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 33300082 - 33299981
Alignment:
Q  189 tgagtttcttgtgt--gtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 286  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  33300082 tgagtttcttgtgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcact 33299983  T
Q  287 ac 288  Q
    ||    
T  33299982 ac 33299981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 288
Target Start/End: Original strand, 14945866 - 14945916
Alignment:
Q  238 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14945866 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14945916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 288
Target Start/End: Original strand, 42061321 - 42061411
Alignment:
Q  198 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||    
T  42061321 tgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactac 42061411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 40095444 - 40095265
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| || ||||| ||| ||||||||| | ||| || ||||| |||||||||  | |  | ||||| || |||||||     
T  40095444 ggataatgtttcatgtaca-cattttttccatacatacactgtaccactct-atgcgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagtttttttgtgtgtgg 40095347  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
     |||||||||  || || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  40095346 ggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactac 40095265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 288
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434770
Alignment:
Q  213 cacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| ||||||||||||  | |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactac 4434770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 246 - 288
Target Start/End: Original strand, 23860302 - 23860344
Alignment:
Q  246 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23860302 tacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 23860344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Original strand, 4434592 - 4434664
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagaca 181  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||  |||||||| | ||| |||||||||    
T  4434592 ggataatgtttcatgaacactattttttccatacacacattgtaccac-ctcatgtgagaatgtgtgagagaca 4434664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 239 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 37143139 - 37143091
Alignment:
Q  239 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
    ||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37143139 gtgggtgtagaagtgatatatgtcatctaaggtggtttatgtatcacta 37143091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562938
Alignment:
Q  197 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||  | || |||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactac 5562938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 225 - 288
Target Start/End: Original strand, 14242632 - 14242695
Alignment:
Q  225 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| |||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  14242632 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactac 14242695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 33555362 - 33555543
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||| |||||  | |  ||||||| || | |||||     
T  33555362 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtgtg 33555460  T
Q  208 ggg--accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||  ||||||  || || ||||| |||| | |||  |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  33555461 gggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactac 33555543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 5e-69; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 108 - 289
Target Start/End: Original strand, 36674519 - 36674700
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  36674519 ggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgtaccacttccatatgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgta 36674618  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 289  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36674619 gtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactacc 36674700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 23004937 - 23004758
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||  || ||||||| ||||||| ||||| ||| ||      ||  ||||||| || |||||||     
T  23004937 ggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagttt-ttatgtgtgtg 23004839  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23004838 gggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 23004758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 288
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224183
Alignment:
Q  110 ataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagttt-cttgtgtgtgtag 208  Q
    ||||||||||||| |||   |||| || |||||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| ||||||||||  |    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac-ttgtaccactt-caggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgagg 12224103  T
Q  209 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12224104 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12224183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 46135707 - 46135531
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||| ||||| ||||||| | |||  |||||||| |||||| | |     
T  46135707 ggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagagtgtgtgagagatataaa--atgagttttttgtgtatatg 46135610  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 286  Q
    || ||||   ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| || || ||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  46135609 ggaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 285
Target Start/End: Original strand, 48034808 - 48034986
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||| ||| |||   |||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||     
T  48034808 ggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtgg 48034906  T
Q  207 aggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 285  Q
     ||| |||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48034907 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcac 48034986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 108 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 38247979 - 38247801
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||| || ||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||     
T  38247979 ggataatgtttcatgtaca-cactttttccatacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 38247882  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 287  Q
     || |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38247881 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 50989385 - 50989205
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || || || ||    
T  50989385 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgcgttta 50989288  T
Q  208 ggg--accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||  |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50989287 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 50989205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 51092517 - 51092337
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||| |||   |||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || || || ||    
T  51092517 ggataatgtttcatgtacacatttttttttatacacacattataccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgcgttta 51092420  T
Q  208 ggg--accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||  |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51092419 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 51092337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 198 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 9271202 - 9271112
Alignment:
Q  198 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  9271202 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 9271112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 197 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 33288225 - 33288136
Alignment:
Q  197 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 286  Q
    ||||||||||  ||||||||| || |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  33288225 ttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 159 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 54713656 - 54713532
Alignment:
Q  159 catgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtt-tcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtat 257  Q
    ||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||| | |||| ||||| ||||  ||||||| |||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||     
T  54713656 catgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtac 54713557  T
Q  258 atgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  54713556 atgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 239 - 288
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915139
Alignment:
Q  239 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactac 29915139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 239 - 288
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964292
Alignment:
Q  239 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactac 29964292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 288
Target Start/End: Original strand, 8330692 - 8330772
Alignment:
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
    ||||||||||||| | || |||||||| | ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8330692 gggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 8330772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 8496788 - 8496712
Alignment:
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||||  || || ||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8496788 gggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 8496712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 284
Target Start/End: Original strand, 39947262 - 39947333
Alignment:
Q  213 cacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 284  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| ||| |||||    
T  39947262 cacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 221 - 282
Target Start/End: Original strand, 29820422 - 29820482
Alignment:
Q  221 tacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  29820422 tacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtg-tgtatgccacctaaggtggtctatgtat 29820482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 225 - 282
Target Start/End: Original strand, 34750025 - 34750081
Alignment:
Q  225 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  34750025 tgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 34750081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 148 - 282
Target Start/End: Original strand, 54413434 - 54413572
Alignment:
Q  148 tgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggacc----acatggatacatgtcacaattatatgtggg 243  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||| |||||  ||||||||||    ||||||  ||||||| ||||| | ||||||    
T  54413434 tgtaccaccctcatgtgagagtgtgtgagagacaaaaaaagtgaattttttgtgcatgtagggaccacgtacatggtcacatgtcgcaattgtgtgtggg 54413533  T
Q  244 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 282  Q
    |||||||||| ||  || ||  ||||||||| |||||||    
T  54413534 tgtacaagtgttagttgtcagttaaggtggtctatgtat 54413572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 285
Target Start/End: Original strand, 3056 - 3231
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 207  Q
    ||||||||||||||  |||   |||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | | |||| ||| || |||||| |    
T  3056 ggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttt-tgtgtg-a 3152  T
Q  208 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggt-ttatgtatcac 285  Q
    ||||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||||||||||    
T  3153 gggactacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0311 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0311
Description:

Target: scaffold0311; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1355 - 1401
Target Start/End: Original strand, 19180 - 19226
Alignment:
Q  1355 cttttgaaataatctacctatttaataggtgatatttgttagactta 1401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19180 cttttgaattaatctacctatttaattggtgatatttgttagactta 19226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 10232 - 10411
Alignment:
Q  108 ggataatgtttcatgaacatcattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgt 206  Q
    ||||||||||||||| ||  || ||| || |||||||||||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||  | |  ||||||| || |||||||     
T  10232 ggataatgtttcatgtacg-cactttttccatacacacattgtaccactc-catgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtga 10329  T
Q  207 agggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 288  Q
      |||||||| ||| || ||||| |||||||||||  | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10330 gaggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactac 10411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University