View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7180_low_5 (Length: 429)

Name: NF7180_low_5
Description: NF7180
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7180_low_5
NF7180_low_5
[»] chr4 (55 HSPs)
chr4 (17-414)||(27563152-27563549)
chr4 (17-399)||(27585625-27586011)
chr4 (47-257)||(27415591-27415798)
chr4 (36-268)||(27565903-27566135)
chr4 (36-268)||(27412626-27412852)
chr4 (64-265)||(27497277-27497478)
chr4 (36-268)||(27420364-27420596)
chr4 (36-257)||(27570012-27570233)
chr4 (36-268)||(27425768-27426000)
chr4 (64-267)||(27478836-27479039)
chr4 (64-262)||(27506682-27506880)
chr4 (121-268)||(27503963-27504110)
chr4 (64-254)||(27485909-27486099)
chr4 (121-268)||(27475531-27475678)
chr4 (64-249)||(27527145-27527326)
chr4 (121-259)||(27524565-27524703)
chr4 (111-268)||(27423253-27423410)
chr4 (66-259)||(27489946-27490139)
chr4 (116-268)||(27468279-27468431)
chr4 (61-229)||(27414295-27414463)
chr4 (47-220)||(27486950-27487123)
chr4 (112-220)||(27411456-27411564)
chr4 (116-268)||(27514927-27515079)
chr4 (112-230)||(27567287-27567405)
chr4 (55-220)||(27444794-27444959)
chr4 (66-268)||(27508838-27509040)
chr4 (61-229)||(17970280-17970448)
chr4 (61-220)||(27431148-27431307)
chr4 (169-230)||(27559230-27559291)
chr4 (112-228)||(27421923-27422043)
chr4 (112-219)||(27571655-27571762)
chr4 (112-230)||(27419061-27419179)
chr4 (54-220)||(27500338-27500504)
chr4 (47-220)||(27479868-27480041)
chr4 (110-219)||(27498445-27498554)
chr4 (47-220)||(27513776-27513949)
chr4 (47-220)||(27523403-27523576)
chr4 (110-218)||(27501347-27501455)
chr4 (54-229)||(27557463-27557638)
chr4 (110-220)||(27424514-27424624)
chr4 (64-230)||(27556369-27556535)
chr4 (47-220)||(27469427-27469600)
chr4 (47-220)||(27505702-27505875)
chr4 (47-220)||(27526112-27526285)
chr4 (135-218)||(27554364-27554447)
chr4 (129-220)||(27595434-27595525)
chr4 (164-220)||(27495620-27495676)
chr4 (54-220)||(27466795-27466961)
chr4 (103-220)||(27460501-27460618)
chr4 (145-218)||(27502809-27502882)
chr4 (169-230)||(27600642-27600703)
chr4 (169-229)||(27446236-27446296)
chr4 (103-219)||(27473915-27474031)
chr4 (172-218)||(27507815-27507861)
chr4 (183-255)||(27437237-27437309)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (64-268)||(1756709-1756913)
chr5 (64-265)||(1754672-1754873)
chr5 (110-218)||(1754243-1754351)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (61-226)||(38043884-38044049)
chr3 (61-227)||(38028759-38028925)
chr3 (61-227)||(38040074-38040240)
chr3 (61-229)||(55084767-55084935)
chr3 (61-221)||(38036792-38036952)
chr3 (61-265)||(50909941-50910145)
chr3 (47-226)||(50911863-50912042)
chr3 (47-227)||(38024868-38025048)
chr3 (47-227)||(38031320-38031500)
chr3 (61-229)||(48840703-48840870)
chr3 (61-220)||(50904792-50904951)
chr3 (61-229)||(38033766-38033938)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (61-229)||(3073550-3073718)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (61-227)||(21604747-21604913)
chr8 (144-229)||(21634607-21634692)
chr8 (47-228)||(21607288-21607469)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 55)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27563549 - 27563152
Alignment:
Q  17 catcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27563549 catcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgat 27563450  T
Q  117 ccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27563449 ccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattcct 27563350  T
Q  217 tgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaaatattacatgaatgtaagattgtaggaaactgacatatagattagttg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27563349 tgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaaatattacatgaatgtaagattgtaggaaactgacatatagattagttg 27563250  T
Q  317 agacattttttacattaggaaccatatcgaattgtaaagatcccttttccaatgaaatgagaaaacaaattactatatgacaattatgggtgttttgt 414  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27563249 agacattttttaaattaggaaccatatcgaattgtaaagatcccttttccaatgaaatgagaaaacaaattactatatgacaattatgtgtgttttgt 27563152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 399
Target Start/End: Original strand, 27585625 - 27586011
Alignment:
Q  17 catcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgat 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  27585625 catcatcatttacttcaagccgatcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgat 27585724  T
Q  117 ccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  27585725 ccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattcct 27585824  T
Q  217 tgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaaatattacatgaatgtaagattgtaggaaactgacatatagattagttg 316  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27585825 tgcacagaagatgccttcaaacatataacttatcgcttgaatgagatttgaaatatgacatgaatataagattgtaggaaactgacatatagattagttg 27585924  T
Q  317 agacattttttacattaggaac----catatcgaattgtaaagat-cccttttccaatgaaatgagaaaacaaattactatatgacaa 399  Q
    |||||||||| |||||||||||     ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  27585925 agacatttttcacattaggaactatatatatcaaattgtaaagatccccttatccaatgaaatgagaaaa-taattactatatgacaa 27586011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 47 - 257
Target Start/End: Original strand, 27415591 - 27415798
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  27415591 caaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttgga---aaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgtt 27415687  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataact 246  Q
    |||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||     
T  27415688 tcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagatgtctttcaacacataaca 27415787  T
Q  247 tctcgcttgaa 257  Q
    |||||||||||    
T  27415788 tctcgcttgaa 27415798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 36 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 27566135 - 27565903
Alignment:
Q  36 ccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaac 135  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||    
T  27566135 ccgagcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaac 27566036  T
Q  136 caaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttc 235  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||  || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||||| ||| |    
T  27566035 caaccattgtttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgtggcgaagatgtcttcc 27565936  T
Q  236 aacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  27565935 aacatataacttcttgcttgaatggactatgaa 27565903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 36 - 268
Target Start/End: Original strand, 27412626 - 27412852
Alignment:
Q  36 ccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaac 135  Q
    |||| ||||| |||||| ||| ||| |||||||||| ||| |||| ||||| |||||||| ||||      |  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  27412626 ccgagcagtttcaaaagctgttgacatgccaaagggatatattgccgtgtatgttggagagaaac------ggtttgtgatcccaatatcatacttgaac 27412719  T
Q  136 caaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttc 235  Q
    |||||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  27412720 caaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttc 27412819  T
Q  236 aacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  27412820 aacatataacatctcgctcgaatgggctatgaa 27412852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 64 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 27497478 - 27497277
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27497478 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgtttcaatatttgttgagtc 27497379  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 263  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  27497378 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcactgaaaatgtcttccaacgcataacttctcgcttgaatgggct 27497279  T
Q  264 at 265  Q
    ||    
T  27497278 at 27497277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 36 - 268
Target Start/End: Original strand, 27420364 - 27420596
Alignment:
Q  36 ccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaac 135  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | | |   | | ||||||||||||||||||| |    
T  27420364 ccgatcagcttcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagc 27420463  T
Q  136 caaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttc 235  Q
    ||||| |  |||||||  |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  27420464 caaccttcatttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagatgtctttc 27420563  T
Q  236 aacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  27420564 aacatataacttcttgcttcaatgggctatgaa 27420596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 36 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27570233 - 27570012
Alignment:
Q  36 ccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaac 135  Q
    |||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | | |   ||||||||||||||||||||| | |    
T  27570233 ccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagc 27570134  T
Q  136 caaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttc 235  Q
    ||||| |  |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||    
T  27570133 caaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatatctttc 27570034  T
Q  236 aacatataacttctcgcttgaa 257  Q
    |||||||||| |||||| ||||    
T  27570033 aacatataacatctcgcatgaa 27570012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 36 - 268
Target Start/End: Original strand, 27425768 - 27426000
Alignment:
Q  36 ccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaac 135  Q
    |||||||| | | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |   |||||||||  ||||||||||||||    
T  27425768 ccgatcagcttcgaaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaac 27425867  T
Q  136 caaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttc 235  Q
    |||||||  |||||||| ||  ||||||||   || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||  ||||    
T  27425868 caaccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaggatgtatttc 27425967  T
Q  236 aacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    ||||||| || |||||||||||||  |||||||    
T  27425968 aacatatgacatctcgcttgaatggcctatgaa 27426000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 64 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478836
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| |  ||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 263  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgggct 27478840  T
Q  264 atga 267  Q
    ||||    
T  27478839 atga 27478836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 64 - 262
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506880
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    |||||||||||| ||||||| || || ||||| ||||| | | |  ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagc 262  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagatgtctttcaacacataacttcttgcttgaatgagc 27506880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 121 - 268
Target Start/End: Original strand, 27503963 - 27504110
Alignment:
Q  121 gtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27503963 gtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 27504062  T
Q  221 ctgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    | ||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||  |||||||    
T  27504063 ccgaagatgtcttccaacacataacttcttgcttgaatggactatgaa 27504110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 64 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485909
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| |  ||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgctt 254  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||  |||||||| ||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaaggcgtctttcaacacgtaacttcttgctt 27485909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 121 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 27475678 - 27475531
Alignment:
Q  121 gtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||     
T  27475678 gtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgct 27475579  T
Q  221 ctgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  27475578 ccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctatgaa 27475531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 64 - 249
Target Start/End: Original strand, 27527145 - 27527326
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  |  ||||||||||  ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  27527145 ccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtc 27527244  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttct 249  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||     || |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27527245 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg----atcccaattccttgcagtgaagatgtcttccaacatataacttct 27527326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 259
Target Start/End: Original strand, 27524565 - 27524703
Alignment:
Q  121 gtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27524565 gtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgca 27524664  T
Q  221 ctgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatg 259  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  27524665 ccgaagatgtcttccaacatataacttcatgcttgaatg 27524703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 111 - 268
Target Start/End: Original strand, 27423253 - 27423410
Alignment:
Q  111 tgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaca 210  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||     
T  27423253 tgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcacc 27423352  T
Q  211 attccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
     |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  27423353 gttccttgcacggaagatgttttccaacatataacttctcacttgaatggactatgaa 27423410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 259
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490139
Alignment:
Q  66 aaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaa 165  Q
    |||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||  |  ||||  |||| || |||||||| ||| ||||||  |||||||||||| ||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  166 gccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatg 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| ||| ||| | |||| ||||||||| ||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcctgtcaacgaagatgacttccaatacataatttctcgctttaatg 27490139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 116 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 27468431 - 27468279
Alignment:
Q  116 tccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattcc 215  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27468431 tccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattcc 27468332  T
Q  216 ttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||  ||||||||  |||||||    
T  27468331 ttgcacggaagatgtcttccaacatataatttcttccttgaatggactatgaa 27468279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 27414463 - 27414295
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaaga-gaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctg 159  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||| || ||     
T  27414463 gtgccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaa-atgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattacta 27414365  T
Q  160 agtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||    
T  27414364 aatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgcagtgaagatg 27414295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Original strand, 27486950 - 27487123
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||   ||| |  ||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||    
T  27486950 caaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaaccatcgtt 27487049  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||| ||| |||  ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27487050 tcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgca 27487123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 112 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27411564 - 27411456
Alignment:
Q  112 gtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaa 211  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  27411564 gtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaa 27411465  T
Q  212 ttccttgca 220  Q
    |||||||||    
T  27411464 ttccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 268
Target Start/End: Original strand, 27514927 - 27515079
Alignment:
Q  116 tccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattcc 215  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27514927 tccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattcc 27515026  T
Q  216 ttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctatgaa 268  Q
    ||| || ||||||| ||| || ||||||| ||||  ||||||||  |||||||    
T  27515027 ttgtacagaagatgtcttccagcatataatttcttccttgaatggactatgaa 27515079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 112 - 230
Target Start/End: Original strand, 27567287 - 27567405
Alignment:
Q  112 gtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaa 211  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27567287 gtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaa 27567386  T
Q  212 ttccttgcactgaagatgc 230  Q
    |||||||||  ||||||||    
T  27567387 ttccttgcagcgaagatgc 27567405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 55 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27444959 - 27444794
Alignment:
Q  55 gtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatt 154  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||   |||||  ||||||||||  |||||||||||| |||| |||  |||||||| |    
T  27444959 gtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaat 27444860  T
Q  155 tgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |  ||| ||||||||| ||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27444859 tattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27444794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 268
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509040
Alignment:
Q  66 aaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaa 165  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |  ||||  | || || ||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  166 gccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagctat 265  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||  ||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  266 gaa 268  Q
    |||    
T  27509038 gaa 27509040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Original strand, 17970280 - 17970448
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||   ||| |  ||||||||||    ||||||||||||||| | |  |||||| | |||||||    
T  17970280 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 17970379  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    |||  || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17970380 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 17970448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27431307 - 27431148
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||| ||   |||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||| ||| |||    
T  27431307 gtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgttga 27431208  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  27431207 atcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgca 27431148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 169 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 27559291 - 27559230
Alignment:
Q  169 gaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgc 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  27559291 gaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagtgaagatgc 27559230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27422043 - 27421923
Alignment:
Q  112 gtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtt----tggatatgatcatccaatgggtggcctc 207  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || | |||||| |||||||| ||    |||||| |||||||||| |||||| |||    
T  27422043 gtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaatttggatggatacgatcatccaacgggtggtctc 27421944  T
Q  208 acaattccttgcactgaagat 228  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  27421943 acaattccttgcagtgaagat 27421923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 219
Target Start/End: Original strand, 27571655 - 27571762
Alignment:
Q  112 gtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaa 211  Q
    ||||| || |||||||| |||| ||| |||| ||||||||| || || | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27571655 gtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaa 27571754  T
Q  212 ttccttgc 219  Q
    ||||||||    
T  27571755 ttccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 27419179 - 27419061
Alignment:
Q  112 gtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaa 211  Q
    ||||| || |||||||| |||| ||| |||| ||||||||| || || | |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  27419179 gtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaa 27419080  T
Q  212 ttccttgcactgaagatgc 230  Q
    ||||||||  |||||||||    
T  27419079 ttccttgcggtgaagatgc 27419061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27500504 - 27500338
Alignment:
Q  54 tgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagat 153  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||   ||| || ||||||||||  |||||||||| ||||||   |  || |||||     
T  27500504 tgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaagttcattccaagaa 27500405  T
Q  154 ttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||||| ||| | |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  27500404 ttgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgca 27500338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Original strand, 27479868 - 27480041
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||   ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| |||  ||    
T  27479868 caaaaggtttggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcatt 27479967  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||| | ||| |||  ||||| || ||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27479968 ccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27480041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 219
Target Start/End: Original strand, 27498445 - 27498554
Alignment:
Q  110 ttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcac 209  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||  |||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  27498445 ttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcac 27498544  T
Q  210 aattccttgc 219  Q
     |||||||||    
T  27498545 tattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27513949 - 27513776
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| ||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| |||   ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||| | | |||    
T  27513949 caaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgtt 27513850  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||| ||| |||  ||||| |||||| | | || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27513849 ccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27513776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27523576 - 27523403
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||   ||| |  ||||||| || |||||||| ||||||||| | |  ||    
T  27523576 caaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaacttcatt 27523477  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||| ||| ||||  ||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27523476 ccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgca 27523403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 218
Target Start/End: Original strand, 27501347 - 27501455
Alignment:
Q  110 ttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcac 209  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||| ||| | |||| ||| |||||||||| |||||| |||||    
T  27501347 ttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaaccaagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcac 27501446  T
Q  210 aattccttg 218  Q
     ||||||||    
T  27501447 tattccttg 27501455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 229
Target Start/End: Original strand, 27557463 - 27557638
Alignment:
Q  54 tgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagat 153  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||| || || ||||||||  ||   |||||  ||||||||||  | |||||||| ||||||||||  ||||||||     
T  27557463 tgtggatgtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaa 27557562  T
Q  154 ttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    ||||||| |||||| || ||| | |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  |||||||    
T  27557563 ttgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatg 27557638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27424624 - 27424514
Alignment:
Q  110 ttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcac 209  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| | |||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  27424624 ttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatcaatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttac 27424525  T
Q  210 aattccttgca 220  Q
     ||||| ||||    
T  27424524 cattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556369
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||   ||| || ||||||| ||| | ||||  ||||||||||| |  |||||||| || ||   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgc 230  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatgc 27556369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Original strand, 27469427 - 27469600
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||   ||| |  ||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||  ||    
T  27469427 caaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaacatcatt 27469526  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     |||||  || |||| ||||| |||||| | |||| |||||| |||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27469527 acaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgca 27469600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27505875 - 27505702
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| | |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||   ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| | |  ||    
T  27505875 caaaaggtttggaggtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcatt 27505776  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||| ||| |||  ||||| || ||| | |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27505775 ccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgca 27505702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27526285 - 27526112
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| ||| || || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||   ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| | |  ||    
T  27526285 caaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcatt 27526186  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||| ||| |||| ||||| || ||| | |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  27526185 ccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgca 27526112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 135 - 218
Target Start/End: Original strand, 27554364 - 27554447
Alignment:
Q  135 ccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 218  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| |||||| || ||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  27554364 ccaaccatcgtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttg 27554447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Original strand, 27595434 - 27595525
Alignment:
Q  129 cttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||||||| |||||| |||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||   ||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  27595434 cttgaaccgaccattatttcaagaattactaagtcaagcagaaaaagagtttggattcaatcatcccatgggtggtcttacaattccttgca 27595525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 220
Target Start/End: Original strand, 27495620 - 27495676
Alignment:
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27495620 aagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgca 27495676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 220
Target Start/End: Original strand, 27466795 - 27466961
Alignment:
Q  54 tgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagat 153  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |  |    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||  ||| || |||||     
T  27466795 tgtgggcgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggaaaggagatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaattattccaagaa 27466894  T
Q  154 ttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
     ||||||| |||   || ||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27466895 ctgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 27466961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 220
Target Start/End: Original strand, 27460501 - 27460618
Alignment:
Q  103 aagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtg 202  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||  ||  || ||||| |||||||| |||   || ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  27460501 aagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtg 27460600  T
Q  203 gcctcacaattccttgca 220  Q
    | ||||| ||||||||||    
T  27460601 gtctcaccattccttgca 27460618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27502882 - 27502809
Alignment:
Q  145 tttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 218  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  27502882 tttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttg 27502809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 169 - 230
Target Start/End: Original strand, 27600642 - 27600703
Alignment:
Q  169 gaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgc 230  Q
    |||||||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  27600642 gaagaagaatttggttacaatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcaaagaagatgc 27600703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 229
Target Start/End: Original strand, 27446236 - 27446296
Alignment:
Q  169 gaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||| | |||||||||| ||||||||    
T  27446236 gaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatg 27446296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 219
Target Start/End: Original strand, 27473915 - 27474031
Alignment:
Q  103 aagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtg 202  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||| |||  ||  || ||||| |||||||| |||   || ||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  27473915 aagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtg 27474014  T
Q  203 gcctcacaattccttgc 219  Q
    | ||||| |||||||||    
T  27474015 gtctcaccattccttgc 27474031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 172 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27507861 - 27507815
Alignment:
Q  172 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttg 218  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  27507861 gaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttacaattccttg 27507815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 255
Target Start/End: Original strand, 27437237 - 27437309
Alignment:
Q  183 atatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttg 255  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| ||||||| ||| || || ||||  |||||||||    
T  27437237 atatgatcatccaatggttggccttcctattccttgcaccgaagatgtcttccagcacataatgtctcgcttg 27437309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 64 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 1756913 - 1756709
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||    
T  1756913 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtc 1756814  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 263  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||| |||    
T  1756813 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatgccttccaacatattacctcttgcttgaatgggct 1756714  T
Q  264 atgaa 268  Q
    |||||    
T  1756713 atgaa 1756709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 64 - 265
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754873
Alignment:
Q  64 ccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtc 163  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||  |   |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||   ||| ||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  164 aagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatgagct 263  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||  || ||||||||||| |||| |||| |||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgggct 1754871  T
Q  264 at 265  Q
    ||    
T  1754872 at 1754873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1754351 - 1754243
Alignment:
Q  110 ttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||| | ||||| |   || | || ||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  1754351 ttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaacaaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcac 1754252  T
Q  210 aattccttg 218  Q
     ||||||||    
T  1754251 tattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 226
Target Start/End: Original strand, 38043884 - 38044049
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |  ||||||||||  | ||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||||    
T  38043884 gtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctga 38043983  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaag 226  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  38043984 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaag 38044049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38028925 - 38028759
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||   ||||||||||||||| | |  |||||| |  || |||    
T  38028925 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38028826  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaaga 227  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  38028825 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 38028759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38040240 - 38040074
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||   ||||||||||||||| | |  |||||| |  || |||    
T  38040240 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38040141  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaaga 227  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  38040140 gtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 38040074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Original strand, 55084767 - 55084935
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    |||||||| || | |||||||||||| |||||||| |||   ||| |  ||||||||||  | || ||||||||||||||||  |||||||| ||| |||    
T  55084767 gtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcatttcaagacttgttga 55084866  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    |||  || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55084867 gtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 55084935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 61 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 38036952 - 38036792
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   ||  |  ||||  ||||| |  |||||||||||||| | |  |||||| ||||| |||    
T  38036952 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgttga 38036853  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcac 221  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38036852 gtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcac 38036792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 61 - 265
Target Start/End: Original strand, 50909941 - 50910145
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||     | |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| |||    
T  50909941 gtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 50910040  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatgcctttcaacatataacttctcgcttgaatga 260  Q
     |||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    || || ||||||||||| |||||    
T  50910041 atcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttcaatga 50910140  T
Q  261 gctat 265  Q
    |||||    
T  50910141 gctat 50910145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50912042 - 50911863
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||    ||  |  |||||||||||   ||||||||||||||| | |  ||    
T  50912042 caaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcatt 50911943  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaag 226  Q
    |||| | ||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  50911942 tcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 47 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38025048 - 38024868
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| |||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  ||    
T  38025048 caaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctt 38024949  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaaga 227  Q
    |||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38024948 tcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38024868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 47 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38031500 - 38031320
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    |||||| |||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  ||    
T  38031500 caaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctt 38031401  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaaga 227  Q
    |||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  38031400 tcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38031320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 48840870 - 48840703
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  |    ||| || |||| |||||| |  |||||||||||||| | |  |||||||| ||| |||    
T  48840870 gtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgttga 48840771  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    || |||  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48840770 gt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 48840703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 61 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 50904951 - 50904792
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||   ||| |  |||||||||   | || |||||||||||| | |  |||||||| ||| |||    
T  50904951 gtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgttga 50904852  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 220  Q
    ||| ||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50904851 gtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 50904792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 38033938 - 38033766
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||| |  |||| ||||||   ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| |||    
T  38033938 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 38033839  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatcc----aatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    |||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  38033838 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagatg 38033766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 229
Target Start/End: Original strand, 3073550 - 3073718
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||   ||| |  ||||||||||    ||||||||||||||| | |  |||||| | |||||||    
T  3073550 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 3073649  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    |||  || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3073650 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatg 3073718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 21604913 - 21604747
Alignment:
Q  61 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgctga 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||   ||| || |||| ||||||   ||||||||||||||| | |  |||||| |  || |||    
T  21604913 gtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgttga 21604814  T
Q  161 gtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaaga 227  Q
    |||||| ||| ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  21604813 gtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaaga 21604747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 229
Target Start/End: Original strand, 21634607 - 21634692
Alignment:
Q  144 gtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagatg 229  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  21634607 gtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatg 21634692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 21607469 - 21607288
Alignment:
Q  47 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtt 146  Q
    ||||||||||| | || |||||||| |||||||| || || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||| | | |  ||    
T  21607469 caaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcctt 21607370  T
Q  147 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagat 228  Q
    |||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  21607369 tcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaagat 21607288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University