View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7184_high_1 (Length: 582)

Name: NF7184_high_1
Description: NF7184
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7184_high_1
NF7184_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (16-564)||(34695841-34696389)
chr6 (264-354)||(6828151-6828241)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-564)||(26993479-26994031)
chr2 (45-564)||(27066116-27066616)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (16-564)||(28212957-28213501)
chr7 (264-562)||(5958255-5958554)
chr7 (260-564)||(46166978-46167283)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-564)||(8144351-8144895)
chr1 (226-564)||(25489648-25489987)
chr1 (260-564)||(48988562-48988867)
chr1 (226-564)||(19872057-19872396)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-564)||(30828393-30828937)
chr8 (264-562)||(17941048-17941347)
[»] scaffold0402 (1 HSPs)
scaffold0402 (264-562)||(12594-12893)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (391-564)||(3906223-3906397)
[»] scaffold0137 (1 HSPs)
scaffold0137 (391-564)||(13078-13252)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 34696389 - 34695841
Alignment:
Q  16 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaacaacacttaccgataactattgtactacattt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696389 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaacaacacttaccgataactattgtactacattt 34696290  T
Q  116 tcttgcgattttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacgtgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  34696289 tcttgcgattttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgtttttttagtagaacgtgaa 34696190  T
Q  216 cattatctcttctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696189 cattatctcttctttatgccttttgccccgacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactgg 34696090  T
Q  316 attctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttttgagtttttgaag 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34696089 attctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatctgtaagttttgagtttttgaag 34695990  T
Q  416 cttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatcttt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34695989 cttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatcttt 34695890  T
Q  516 atttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34695889 atttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 34695841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 6828241 - 6828151
Alignment:
Q  264 ttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaa 354  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||    
T  6828241 ttgtcaatttcatcatttgcaattgatatggatacatgaaccatgccacctgattctccatccacatactttttggccaacatatcatcaa 6828151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 26994031 - 26993479
Alignment:
Q  16 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaacaacacttaccgataactattgtactacattt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26994031 aatataagaaaagtgaaatgaatgatatggttaaacaaaatttaaaacaatgataagaaaataaagaaaaacacttaccgataactattgtactacattt 26993932  T
Q  116 tcttgcgatt----ttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacg 211  Q
    ||||| ||||    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  26993931 tcttgtgattaattttctctttttttgggagtgtaagtttttgtttctcttcctaggtgctttctcaacccaagatttggcttgtttttttagtagaacg 26993832  T
Q  212 tgaacattatctcttctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatccca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26993831 tgaacattatctcttctttatgccttttgccccgacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatccca 26993732  T
Q  312 ctggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttttgagttttt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26993731 ctggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatctgtaagttttgagttttt 26993632  T
Q  412 gaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26993631 gaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaat 26993532  T
Q  512 ctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26993531 ctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 26993479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 45 - 564
Target Start/End: Original strand, 27066116 - 27066616
Alignment:
Q  45 gttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaacaacacttaccgataactattgtactacattttcttgcgattttctcttttttggggagtg 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | ||    
T  27066116 gttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaaaaacacttaccgataactattgtactacattttcttccgattttcgcttttttaggaa-tg 27066214  T
Q  145 tcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacgtgaacattatctcttctttatgccttttgcccc 244  Q
    | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||   |||| | ||  |||||||||||||||| | |    
T  27066215 taaatttttgtttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgtttttt-agtagaacacaaacaatctcgtttctttatgccttttgtctc 27066313  T
Q  245 aacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaat 344  Q
     ||||| ||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||              ||||||||| |||||||| |||||     
T  27066314 gacaacagtgtctgcattgttgtcaatttcatcatttgcaattgatatggttacatgaacc--------------tccatccacatatttttttgccaac 27066399  T
Q  345 atatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttttgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaagga 444  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||  ||  |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  27066400 atatcttcaaatattttactggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtaagtt--gagtttttgaagcttcattggtctatttaatcattcgagga 27066497  T
Q  445 cacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgtt 544  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  27066498 cacaactcaccgtatcgcttcatgaaacgggctttcgtgtctcattcaacatgcatccttttccaatcttta-ttacttcccaatcttgcatctcttgtc 27066596  T
Q  545 catcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27066597 catcgctttagtatatagtg 27066616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 564
Target Start/End: Original strand, 28212957 - 28213501
Alignment:
Q  16 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaag----aacaacacttaccgataactattgtactac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    || || |||||||| |||| | |||         
T  28212957 aatataagaaaagtgaaatgaatgatatagttaaacaa--tttaaaacattgataagtaaagaaaggaagaaaaaaacttaccgctaacgactgt----- 28213049  T
Q  112 attttcttgcgattttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacg 211  Q
     ||||| || ||||||||||||||| | || ||   || |||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||||| ||| |       ||| |||||    
T  28213050 -ttttcctgtgattttctctttttttgagactgaatgtatttgtttctctttttagaatctttctcaacccaagatttagctcgtttttt-agtggaacg 28213147  T
Q  212 tgaacattatctcttctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatccca 311  Q
    |||||| | |  |||||||||||||||||||   ||||| || ||| ||||||| | | ||  |||| || ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  28213148 tgaacaatctagcttctttatgccttttgccttgacaacagtttccacgttgttctgagttttatcatttccaagtgatatggttacctgaaccattcca 28213247  T
Q  312 ctggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagttt 409  Q
    || ||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||  ||  | ||||||||||  |||| ||    
T  28213248 cttgattctccatccacacatttgtttgccaacatatcttcaactattttgctggactcttcataaactttggacaaaaaagtgtaagtttcatgagatt 28213347  T
Q  410 ttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttcca 509  Q
     |||||||  ||||| | |||||| |  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||    
T  28213348 ctgaagctctgttggccaatttaatcgctggaggacataactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcatgtctagttcaacatgcatccctttcca 28213447  T
Q  510 atctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28213448 atcttga-ttacttcccaaccttgcctctcttgtccatcgctttagtatatagtg 28213501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 264 - 562
Target Start/End: Original strand, 5958255 - 5958554
Alignment:
Q  264 ttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttc 363  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||| |    
T  5958255 ttgtcaatttcatcatttgcaattgatatggatacatgaaccatgccacctgattctccatccacatactttttggccaacatatcatcaattattttgc 5958354  T
Q  364 tggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcg 461  Q
    ||||||||||||| || ||||  ||  ||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||||| |||||| |||| ||    
T  5958355 tggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtatgtttcatgagtttctgaagctttgttggtcaacttaaccattcgaggacataactcattgtaccg 5958454  T
Q  462 cttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatata 561  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||    
T  5958455 cttcatgaaatgggcttttatgtctaattcaacatgcctccctttccaatcttga-tcacttcccaaccttgcatttcttctccatcgcttaagtatata 5958553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 260 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 46167283 - 46166978
Alignment:
Q  260 gttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatt 359  Q
    ||||||||| | | ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| | || ||||    
T  46167283 gttgttgtcgacttcatcattcgcaattgatatggatacatgaaccattccacttgattctccatccagatattttttggacaacatatcattaactatt 46167184  T
Q  360 tttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgt 457  Q
    || |||||||||||||| || ||||  ||  ||||||||||||  |||| || |||||||   |||||| |||||| ||    |||||| |||||| |||    
T  46167183 ttgctggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtaagtttcatgagattctgaagctctattggtcaatttaagcaactgaggacataactcattgt 46167084  T
Q  458 atcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagta 557  Q
    | ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||  || |  ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  46167083 accgcttcatgaaatgggctttttggtctaattcaacatgtctcccactccaaccttga-ttacttcccagccttgcatctcttgtccatcgttttagta 46166985  T
Q  558 tatagtg 564  Q
    | |||||    
T  46166984 tgtagtg 46166978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 564
Target Start/End: Original strand, 8144351 - 8144895
Alignment:
Q  16 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaac----aacacttaccgataactattgtactac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||     || |||||||| |||| | |||         
T  8144351 aatataagaaaagtgaaatgaatgatatagttaaacaa--tttaaaacattgataagtaaagaaagaaagaaaaaaacttaccgctaacgactgt----- 8144443  T
Q  112 attttcttgcgattttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacg 211  Q
     ||||| || ||||||||||||||| | || ||   || |||  |||||||  ||||  ||||||||||||||||||| ||| |       ||| |||||    
T  8144444 -ttttcctgtgattttctctttttttgagactgaatgtatttctttctctttttagaatctttctcaacccaagatttagctcgtttttt-agtggaacg 8144541  T
Q  212 tgaacattatctcttctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatccca 311  Q
    |||||| | |  |||||||||||||||||||   ||||| || ||| || |||| | | ||  |||| || ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  8144542 tgaacaatctagcttctttatgccttttgccttgacaacagtttccacgctgttctgagttttatcatttccaagtgatatggttacctgaaccattcca 8144641  T
Q  312 ctggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagttt 409  Q
    || ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||  ||  | ||||||||||  |||| ||    
T  8144642 cttgattctccatccacacattttttggccaacatatcttcaactattttgctggactcttcataaactttggacaaaaaagtgtaagtttcatgagatt 8144741  T
Q  410 ttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttcca 509  Q
     |||||||  ||||| | |||||| |  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||    
T  8144742 ctgaagctctgttggccaatttaatcgctggaggacataactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcatgtctagttcaacatgcatccctttcca 8144841  T
Q  510 atctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8144842 atcttga-ttacttcccaaccttgcctctcttgtccatcgctttagtatatagtg 8144895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 226 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 25489987 - 25489648
Alignment:
Q  226 tctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatc 325  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||   ||||||||| | | ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25489987 tctttatgccttttgccttgccaacggtgtctatgttgttgtcgacttcatcattcgcaattgatatggatacatgaaccattccacttgattctccatc 25489888  T
Q  326 cacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttg 423  Q
    ||  |||||||||| ||| ||||| | || |||||| |||||||||||||| || ||||  ||  ||||||||||||  |||| || |||||||   |||    
T  25489887 cagatattttttggacaacatatcattaactattttgctggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtaagtttcatgagattctgaagctctattg 25489788  T
Q  424 gtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttactt 523  Q
    ||| |||||| ||    |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||| || |  ||||| ||| | ||||||    
T  25489787 gtcaatttaagcaactgaggacataactcattgtaccgcttcatgaaatgggctttttggtctaattcaacatgcctcccactccaaccttga-ttactt 25489689  T
Q  524 cccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  25489688 cccagccttgcatctcttgtccatcgttttagtatgtagtg 25489648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 260 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 48988867 - 48988562
Alignment:
Q  260 gttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatt 359  Q
    ||||||||| | | ||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| | || ||||    
T  48988867 gttgttgtcgacttcatcattcgcaattgatatggatacatgaaccattccacttgattctccatccagatattttttggacaacatatcattaactatt 48988768  T
Q  360 tttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgt 457  Q
    || |||||||||||||| || ||||  ||  ||||||||||||  |||| || |||||||   |||||| |||||| ||    |||||| |||||| |||    
T  48988767 ttgctggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtaagtttcatgagattctgaagctctattggtcaatttaagcaactgaggacataactcattgt 48988668  T
Q  458 atcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagta 557  Q
    | ||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||| || |  ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48988667 accgcttcatgaaatgggctttttggtctaattcaacatgcctcccactccaaccttga-ttacttcccagccttgcatctcttgtccatcgttttagta 48988569  T
Q  558 tatagtg 564  Q
    | |||||    
T  48988568 tgtagtg 48988562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 226 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 19872396 - 19872057
Alignment:
Q  226 tctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatc 325  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||   ||||||||| | | ||||| | |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  19872396 tctttatgccttttgccttgccaacggtgtctatgttgttgtcgacttcatcattcgcaattgatatggacacatgaaccattccacttgattctccatc 19872297  T
Q  326 cacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttg 423  Q
    ||  |||||||||| ||| ||||| | || | ||||  ||||||||||||| || ||||  ||  ||||||||||||  |||| || |||||||   |||    
T  19872296 cagatattttttggacaacatatcattaactgttttgttggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtaagtttcatgagattctgaagctctattg 19872197  T
Q  424 gtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttactt 523  Q
     || |||||| ||    |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||   |||| ||||||||||| || |  ||||| ||| | ||||||    
T  19872196 atcaatttaagcagctgaggacataactcattgtaccgcttcatgaaatgggcgttttggtctaattcaacatgcctcccactccaaccttga-ttactt 19872098  T
Q  524 cccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  19872097 cccagccttgcatctcttgtccatcgttttagtatgtagtg 19872057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 30828937 - 30828393
Alignment:
Q  16 aatataagaaaagtgaaatgaatgacatggttaaacaaaatttaaaacattgataagaaaataaagaac----aacacttaccgataactattgtactac 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||  ||| ||||||||||||| ||| ||||||     || |||||||| |||| | |||         
T  30828937 aatataagaaaaatgaaatgaatgatatagttaaacaa--tttgaaacattgataagtaaagaaagaaagaaaaaaacttaccgctaacgactgt----- 30828845  T
Q  112 attttcttgcgattttctcttttttggggagtgtcagtttttggttctcttcctagatgctttctcaacccaagatttggcttgnnnnnnnagtagaacg 211  Q
     ||||| || ||||||||||||||| | || ||   || |||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||||| ||| |       ||| |||||    
T  30828844 -ttttcctgtgattttctctttttttgagactgaatgtatttgtttctctttttagaatctttctcaacccaagatttagctcgtttttt-agtggaacg 30828747  T
Q  212 tgaacattatctcttctttatgccttttgccccaacaacggtgtccgcgttgttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatccca 311  Q
    |||||| | |  |||||||||||||||||||   ||||| || ||| || |||| | | ||  |||| || ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  30828746 tgaacaatctagcttctttatgccttttgccttgacaacagtttccacgctgttctgagttttatcatttccaagtgatatggttacctgaaccattcca 30828647  T
Q  312 ctggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttctggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagttt 409  Q
    || ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||| || ||||  ||  | ||||||||||  |||| ||    
T  30828646 cttgattctccatccacacattttttggccaacatatcttcaactattttgctagactcttcataaactttggacaaaaaagtgtaagtttcatgagatt 30828547  T
Q  410 ttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttcca 509  Q
     |||||||  ||||| | |||||| |  |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||    
T  30828546 ctgaagctctgttggccaatttaatcgctggaggacataactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcatgtctagttcaacatgcatccctttcca 30828447  T
Q  510 atctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30828446 atcttga-ttacttcccaaccttgcctctcttgtccatcgctttagtatatagtg 30828393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 264 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 17941347 - 17941048
Alignment:
Q  264 ttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttc 363  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||| |    
T  17941347 ttgtcaatttcatcatttgcaattgatatggatacatgaaccatgccacctgattctccatccacatactttttggccaacatatcatcaattattttgc 17941248  T
Q  364 tggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcg 461  Q
    ||||||||||||| || ||||  ||  ||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||||| |||||| |||| ||    
T  17941247 tggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtatgtttcatgagtttctgaagctttgttggtcaacttaaccattcgaggacataactcattgtaccg 17941148  T
Q  462 cttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatata 561  Q
    ||| || |||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||    
T  17941147 cttaataaaatgggcttttatgtctaattcaacatgcctccctttccaatcttga-tcacttcccaaccttgcatttcttctccatcgcttaagtatata 17941049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0402 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0402
Description:

Target: scaffold0402; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 264 - 562
Target Start/End: Original strand, 12594 - 12893
Alignment:
Q  264 ttgtcaattgcatcaattgcaattgatatggttacatgaaccatcccactggattctccatccacgtattttttggccaatatatcttcaaatatttttc 363  Q
    ||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||| |    
T  12594 ttgtcaatttcgtcatttgcaattgatatggatacatgaaccatgccacttgattctccatccacatactttttggccaacatatcatcaattattttgc 12693  T
Q  364 tggactcttcatagaccttgggtaactatgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcg 461  Q
    ||||||||||||| || ||||  ||  ||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||||| |||||| |||| ||    
T  12694 tggactcttcataaactttggacaaaaatgtgtatgtttcatgagtttctgaagctttgttggtcaacttaaccattcgaggacataactcattgtaccg 12793  T
Q  462 cttcatgaaatgggctttcgtgtctgattcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatata 561  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||    
T  12794 ctttatgaaatgggcttttatgtctaattcaacatgcctccctttccaatcttga-tcacttcccaaccttgcatttcttgtccattgcttaagtatata 12892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 391 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 3906397 - 3906223
Alignment:
Q  391 atgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctga 488  Q
    ||||||||||||  |||| |||||| |||| |||| || |||||| ||||  |||||| || ||| |||||||| |||||||||| ||||| || ||       
T  3906397 atgtgtaagtttcatgagattttgatgctttgttgatcaatttaatcatttgaggacataaatcattgtatcgcctcatgaaatgagcttttgtatccag 3906298  T
Q  489 ttcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||| ||||  | ||||| |||| | ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  3906297 ttcaatatgctgccctttcaaatcatgatt-acttcccaatcttgcatctcttgtccatcgcttcagtatatagtg 3906223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0137 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0137
Description:

Target: scaffold0137; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 391 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13252 - 13078
Alignment:
Q  391 atgtgtaagttt--tgagtttttgaagcttcgttggtctatttaaccattcaaggacacaactcactgtatcgcttcatgaaatgggctttcgtgtctga 488  Q
    ||||||||||||  |||| |||||| |||| |||| || |||||| ||||  |||||| || ||| |||||||| |||||||||| ||||| || ||       
T  13252 atgtgtaagtttcatgagattttgatgctttgttgatcaatttaaacatttgaggacataaatcattgtatcgcctcatgaaatgagcttttgtatccag 13153  T
Q  489 ttcaacatgcatcactttccaatctttatttacttcccaaccttgcatctcttgttcatcgctttagtatatagtg 564  Q
    ||||| ||||  | ||||| |||| | ||| || |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  13152 ttcaatatgctgccctttcaaatcatgatt-acctcccaatcttgcatctcttgtccatcgcttcagtatatagtg 13078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University