View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7204_high_5 (Length: 409)
Name: NF7204_high_5
Description: NF7204
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7204_high_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 4316657 - 4316291
Alignment:
| Q |
14 |
ggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgccaaggcaaatgatg |
113 |
Q |
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| T |
4316657 |
ggagacatgttgggtaaatatgttgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtaacggtggataatgccaaggcaaatgatg |
4316558 |
T |
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| Q |
114 |
tgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatgtattaaacct |
213 |
Q |
| |
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| T |
4316557 |
ttatgattcaatatttgcataacatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatattcacatgcggtgttgcacgcatgtattaaacct |
4316458 |
T |
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| Q |
214 |
tattgtgaaatatggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatctagattggaaaag |
313 |
Q |
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| T |
4316457 |
tattgtgaaatctggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggtcaaatcctcgccatctagattggaaaag |
4316358 |
T |
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| Q |
314 |
ttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgacactc |
380 |
Q |
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| T |
4316357 |
ttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgacactc |
4316291 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 380
Target Start/End: Original strand, 5935803 - 5936179
Alignment:
| Q |
4 |
gggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgccaag |
103 |
Q |
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| T |
5935803 |
gggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgttgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacgataacggtggataatgccaag |
5935902 |
T |
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| Q |
104 |
gcaaatgatgtgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatg |
203 |
Q |
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| T |
5935903 |
gcaaatgatgttatgattcgatatctgcataacatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatg |
5936002 |
T |
|
| Q |
204 |
tattaaaccttattgtgaaatatggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatctag |
303 |
Q |
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| T |
5936003 |
tattaaaccttattgtgaaatctggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgttgttaaatgggttaaatcctcgctatctag |
5936102 |
T |
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| Q |
304 |
attggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgacactc |
380 |
Q |
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| T |
5936103 |
attggaaaagttcatgagatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgttgttgtacttgatgttgacactc |
5936179 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 5 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 5933660 - 5933289
Alignment:
| Q |
5 |
ggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgccaagg |
104 |
Q |
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| T |
5933660 |
ggtcacatgggagacatgttgggtaaatatgttgacacttatttgagggattggggcttgtatggtaagatattaacggtaacggtggataatgccaagg |
5933561 |
T |
|
| Q |
105 |
caaatgatgtgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatgt |
204 |
Q |
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| T |
5933560 |
caaatgatgttatgattcgatatctgcataatatgatgagttattgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacacatgt |
5933461 |
T |
|
| Q |
205 |
attaaaccttattgtgaaatatggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatctaga |
304 |
Q |
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| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
5933460 |
agtaaaccttattgtgaaatctggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatctaga |
5933361 |
T |
|
| Q |
305 |
ttggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgac |
376 |
Q |
| |
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||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5933360 |
ttggaaaagtttatgagatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgttgttgtacttgatgttgac |
5933289 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 29090095 - 29090474
Alignment:
| Q |
1 |
cacgggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgcc |
100 |
Q |
| |
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|
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| T |
29090095 |
cacgggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgttgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtaacggtggataatgcc |
29090194 |
T |
|
| Q |
101 |
aaggcaaatgatgtgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgc |
200 |
Q |
| |
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| T |
29090195 |
aaggcaaatgatgttatgattcgatatctgcataacatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgtggtgttgcacgc |
29090294 |
T |
|
| Q |
201 |
atgtattaaaccttattgtgaaatatggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatc |
300 |
Q |
| |
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| T |
29090295 |
atgtattaaaccttattgtgaaatctggcttgagggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggtcaaatcctcgccatc |
29090394 |
T |
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| Q |
301 |
tagattggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgacactc |
380 |
Q |
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|
|
| T |
29090395 |
tagattggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccataaaaaggtgttgttgtacttgatgatgacactc |
29090474 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 6 - 379
Target Start/End: Original strand, 16046009 - 16046382
Alignment:
| Q |
6 |
gtcacacgggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgccaaggc |
105 |
Q |
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| T |
16046009 |
gtcacacgggagacatgttgggtaaatatgttgacacttatttgagggattgagggttgtatggtaagatattaacggtaacggtgggtaatgccaagac |
16046108 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatgatgtgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatgta |
205 |
Q |
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| T |
16046109 |
aaatgatgttatgattcgatatctgcataacatgatgagttcttgggacaatcacgtcctaaatggggattatgttcacatgcggtgttgcacgcatgta |
16046208 |
T |
|
| Q |
206 |
ttaaaccttattgtgaaatatggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgctgttaaatgggttaaatcctcgccatctagat |
305 |
Q |
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| T |
16046209 |
ttaaaccttattgtaaaatctggcttgaaggaggataaacaagggtctatttcaaagattcgtcatgcagttaaatgggtcaaatcctcgccatctagat |
16046308 |
T |
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| Q |
306 |
tggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaattccatacaaaggtgctgttgtacttgatgttgacact |
379 |
Q |
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| T |
16046309 |
tggaaaagttcatgatatgtgcttctgatgagaaaatttcatacaaaggtgttgttgtacttgatgttgacact |
16046382 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Original strand, 10142938 - 10143093
Alignment:
| Q |
4 |
gggtcacacgggagacatgttgggtaaatatgtcgacacttatttgagggattgggggttgtatggtaagatattaacggtgacggtggataatgccaag |
103 |
Q |
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| T |
10142938 |
gggtcacaccgaagatatgttgggtaaatatgttgacacatatttaaggaattgagggttgaacggtaaaatcttaacggtaacggtggacaatgtcaag |
10143037 |
T |
|
| Q |
104 |
gcaaatgatgtgatgattcgatatttgcataatatgatgagttcttgggacaatca |
159 |
Q |
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| T |
10143038 |
tcaaatgaagttatgattcgataccttcataacatgatgagtttgtggggcaatca |
10143093 |
T |
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Back To:
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