View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7225_low_7 (Length: 228)

Name: NF7225_low_7
Description: NF7225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7225_low_7
NF7225_low_7
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (9-218)||(45368410-45368618)
chr2 (21-227)||(452412-452618)
chr2 (9-227)||(24584391-24584608)
chr2 (9-218)||(2609817-2610025)
chr2 (9-200)||(8180102-8180292)
chr2 (9-227)||(38453403-38453620)
chr2 (41-200)||(16292020-16292179)
chr2 (37-212)||(14769594-14769769)
chr2 (9-105)||(12475206-12475301)
chr2 (24-212)||(876452-876637)
chr2 (21-200)||(37281412-37281590)
chr2 (38-131)||(13148698-13148791)
chr2 (37-184)||(6465076-6465225)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (21-196)||(9706086-9706261)
chr6 (9-218)||(20428422-20428630)
chr6 (9-227)||(6082680-6082897)
chr6 (9-218)||(30670177-30670385)
chr6 (10-150)||(5258936-5259076)
chr6 (34-228)||(2680859-2681050)
chr6 (37-139)||(2208214-2208316)
chr6 (34-127)||(5631197-5631290)
chr6 (41-139)||(3629598-3629696)
chr6 (22-194)||(27790469-27790641)
chr6 (9-132)||(26291157-26291279)
chr6 (21-85)||(33495629-33495693)
chr6 (157-218)||(5260180-5260241)
chr6 (11-98)||(9369187-9369274)
chr6 (9-49)||(10100642-10100682)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (9-227)||(11593233-11593450)
chr7 (9-227)||(46356636-46356853)
chr7 (9-218)||(32629897-32630105)
chr7 (9-227)||(39907164-39907381)
chr7 (9-218)||(49028570-49028778)
chr7 (9-227)||(36651274-36651491)
chr7 (9-218)||(33350591-33350799)
chr7 (21-218)||(38606327-38606524)
chr7 (21-200)||(24177991-24178170)
chr7 (9-171)||(38896947-38897108)
chr7 (102-227)||(36870201-36870326)
chr7 (9-205)||(24426274-24426468)
chr7 (9-109)||(36870074-36870173)
chr7 (34-138)||(20499478-20499582)
chr7 (34-212)||(48055626-48055804)
chr7 (21-113)||(21520229-21520320)
chr7 (90-180)||(22346776-22346866)
chr7 (11-133)||(43793819-43793941)
chr7 (42-88)||(48918817-48918863)
chr7 (84-118)||(38896908-38896942)
chr7 (9-69)||(31004662-31004721)
chr7 (83-132)||(17101336-17101385)
chr7 (71-131)||(32483849-32483909)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (20-218)||(15216067-15216265)
chr8 (9-227)||(36566026-36566243)
chr8 (9-195)||(42854798-42854983)
chr8 (9-217)||(36544442-36544649)
chr8 (9-139)||(12492627-12492756)
chr8 (34-139)||(41445112-41445218)
chr8 (64-205)||(3284794-3284936)
chr8 (42-137)||(39706943-39707038)
chr8 (9-139)||(18849900-18850032)
chr8 (64-115)||(28300943-28300994)
chr8 (21-139)||(13588808-13588926)
chr8 (12-186)||(13983954-13984124)
chr8 (64-105)||(29734513-29734554)
chr8 (152-200)||(45231849-45231897)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (21-212)||(23907098-23907289)
chr4 (21-227)||(435512-435718)
chr4 (21-218)||(27450969-27451166)
chr4 (9-227)||(1777800-1778018)
chr4 (9-227)||(48623312-48623529)
chr4 (55-227)||(53703890-53704062)
chr4 (9-218)||(39707752-39707959)
chr4 (21-147)||(1212103-1212229)
chr4 (9-218)||(55769161-55769375)
chr4 (45-139)||(10776239-10776333)
chr4 (9-218)||(55833417-55833631)
chr4 (45-121)||(30852812-30852888)
chr4 (70-133)||(32911671-32911734)
chr4 (170-228)||(41427130-41427188)
chr4 (64-212)||(44860404-44860550)
chr4 (69-118)||(3272818-3272867)
chr4 (12-71)||(16002350-16002408)
chr4 (21-95)||(17666821-17666895)
chr4 (9-59)||(53707242-53707291)
chr4 (9-59)||(56374738-56374787)
chr4 (45-94)||(21060186-21060235)
chr4 (35-88)||(45482958-45483011)
chr4 (38-139)||(41427208-41427311)
chr4 (38-100)||(52281271-52281334)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (9-227)||(30748-30965)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (9-227)||(43241166-43241383)
chr1 (9-226)||(51441549-51441765)
chr1 (21-218)||(49348190-49348387)
chr1 (9-200)||(8671228-8671417)
chr1 (12-227)||(37463650-37463864)
chr1 (9-114)||(51601451-51601555)
chr1 (21-97)||(32083541-32083617)
chr1 (21-212)||(40418977-40419167)
chr1 (37-118)||(46227116-46227197)
chr1 (64-212)||(3877235-3877382)
chr1 (64-200)||(7813803-7813939)
chr1 (35-139)||(35829203-35829307)
chr1 (39-194)||(34827900-34828054)
chr1 (110-227)||(29173414-29173531)
chr1 (123-227)||(32405362-32405466)
chr1 (73-176)||(16142675-16142778)
chr1 (102-200)||(45833867-45833965)
chr1 (70-115)||(16273664-16273709)
chr1 (64-115)||(52641281-52641332)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (9-218)||(1288374-1288582)
chr5 (9-200)||(2076259-2076449)
chr5 (9-200)||(20318298-20318488)
chr5 (9-227)||(24177804-24178021)
chr5 (9-200)||(1274572-1274762)
chr5 (9-196)||(12493147-12493333)
chr5 (10-218)||(3394000-3394207)
chr5 (10-194)||(3301162-3301345)
chr5 (9-117)||(10638688-10638795)
chr5 (9-93)||(28977642-28977725)
chr5 (34-207)||(43558615-43558781)
chr5 (71-139)||(30418764-30418833)
chr5 (9-93)||(40383870-40383954)
chr5 (21-139)||(27299-27416)
chr5 (21-138)||(37123938-37124055)
chr5 (46-137)||(7605829-7605923)
chr5 (64-139)||(31502886-31502961)
chr5 (20-139)||(35685223-35685341)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (9-217)||(51448494-51448701)
chr3 (21-227)||(52138108-52138314)
chr3 (34-212)||(9258181-9258359)
chr3 (21-227)||(38849374-38849580)
chr3 (37-139)||(50630133-50630235)
chr3 (11-118)||(29816894-29817000)
chr3 (10-107)||(19736569-19736662)
chr3 (10-107)||(19757387-19757480)
chr3 (52-123)||(26388151-26388222)
chr3 (161-205)||(19736517-19736561)
chr3 (64-139)||(27916939-27917014)
chr3 (161-205)||(19757335-19757379)
chr3 (9-59)||(25190827-25190876)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (37-139)||(313-415)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (85-218)||(13116-13251)
scaffold0113 (21-75)||(12388-12442)
[»] scaffold0045 (2 HSPs)
scaffold0045 (52-139)||(88761-88848)
scaffold0045 (172-218)||(88869-88915)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (34-118)||(25022-25106)
[»] scaffold0606 (1 HSPs)
scaffold0606 (45-139)||(9036-9130)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (20-118)||(48708-48805)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 45368410 - 45368618
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45368410 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaattcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 45368508  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  45368509 ccttggtgcagtcctattgttatgggaaaatctacggtatccccatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcctggatagctctaa 45368608  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  45368609 tataggcaat 45368618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Original strand, 452412 - 452618
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  452412 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaat 452511  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattg 220  Q
    | ||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || | |||||| |||||      
T  452512 cctattgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaacctccctcatacatattcttgatagccctaatataggcaatcc 452611  T
Q  221 taacccc 227  Q
    |||||||    
T  452612 taacccc 452618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 24584391 - 24584608
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24584391 acatcatctgcaaaaaa-catacatctcggtgataactcttggatgtgttccgttagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 24584489  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  24584490 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagccccatcctgcgtcttcacagtagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctga 24584589  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  24584590 tataggcaatcctaacccc 24584608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 2610025 - 2609817
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2610025 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 2609927  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  2609926 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatctttggtagtcccatcctgcgtcctcacactaatcgaagctctctcatacatatccttgatagccctaa 2609827  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  2609826 tataggcaat 2609817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 8180292 - 8180102
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8180292 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgtttcgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttatggttgac 8180194  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||| | |||||    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8180193 ccttggcgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagttccatcctgcgacctcacactagtcgaagctccctcgtacatatccttgat 8180102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 38453403 - 38453620
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  38453403 acatcatctgcaaaata-catacatctcggtgctaactcttggatgtgttttgtcaatacatccaaaactaaagtaaagagatgaggacttagggttgac 38453501  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  38453502 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtaatcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactctctcatacatatccttgatagccctaa 38453601  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  38453602 tataggcaatcctaacccc 38453620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 16292179 - 16292020
Alignment:
Q  41 ctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaata 140  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||     
T  16292179 ctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttgatgcaatcctaatgttatgggaaaatt 16292080  T
Q  141 tacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    | |||||  | |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16292079 ttcggtagtcccatcctgtgtcctcacactagtcgaagctctctcatacatatccttgat 16292020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 37 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 14769769 - 14769594
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagata-aggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatggga 135  Q
    ||||||| |||||||||||||   || ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  14769769 ggtgctagctcttgaatgtgtgatgtaagtacatccaaaattaaagtaaaaagatacagggcttagggttgacccttggtgcaatcatattgttttggga 14769670  T
Q  136 aaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    || | | ||||  || ||||| |  ||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  14769669 aattgt-cggtggccccatcccgtgtcctcacactagttgatgctctctcatacatatcattgatagctccaatata 14769594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 105
Target Start/End: Original strand, 12475206 - 12475301
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggtt 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  12475206 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagaaaaggacttaaggtt 12475301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 876637 - 876452
Alignment:
Q  24 aagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcat 123  Q
    ||||||||  || ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| || |    
T  876637 aagcatacatcttggtgctcgctcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaacgaaggtgaaaagataagggcttagtgttgaaccttggtgcaatcct 876538  T
Q  124 attgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
     ||||||||||||||| | | || ||  |||  ||  ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  876537 gttgttatgggaaaatcttcagtgtctccat--tgtgtcctcacactagtcg-agacccctcatacatatccttgatagctcgaatata 876452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 37281590 - 37281412
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  || ||||||||| | || ||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| | | || || |    
T  37281590 aaaaagcatacaccttggtgctaacccatggatgtgtttcgtaagtacatctaaacctaaagtaaaaagataagggctta-ggttgactcatagtccaat 37281492  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |  ||||||||||||||||   ||||| ||   || ||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37281491 ccaattgttatgggaaaatcgtcggtagccctctcatgtttcctcacactagttgaagctcccttatacatatccttgat 37281412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 13148791 - 13148698
Alignment:
Q  38 gtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttat 131  Q
    |||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| |  |||||||||    
T  13148791 gtgctagctcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttat 13148698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 37 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 6465225 - 6465076
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa-gataaggacttagggttga-cccttggtgcagtcatattgttatggg 134  Q
    ||||||| |||||| || |||||||| ||  || |||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||    
T  6465225 ggtgctagctcttggatatgttccgttagagcaaccaacactaaagtaaaaaagataagtgattagggtttaacccttggtgcaatcctattgttatggg 6465126  T
Q  135 aaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccct 184  Q
     ||||   ||||   ||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  6465125 gaaatcgtcggtggtctcttcctgcatcctcatactagttgaagccccct 6465076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 9706261 - 9706086
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9706261 aaaaagcatacaactcggtgctaactcttggatgtgtttcgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaaggttgacccttggtgcagt 9706162  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcct 196  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9706161 catattgttatgggaaaatctacggtatcctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcct 9706086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 20428422 - 20428630
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  20428422 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtaagtacatccaaagctaaagtaataagataaaaacttagggttgac 20428520  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||    
T  20428521 ccttggtgcagtcctattgttatgggaaaatatacggtatccccatcctacttcctcacactagtcgaagctcccacatacatatcctggatagctctaa 20428620  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  20428621 tataggcaat 20428630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 6082897 - 6082680
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6082897 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgac 6082799  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || |||||||| | |||||| | |||||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||    
T  6082798 ccttggtgcaatcctattgttacgagaaaatcttcggtagtctcatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagttctaa 6082699  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  6082698 tataggcaatcctaacccc 6082680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 30670385 - 30670177
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||  |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  30670385 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcaatgctaactcttggatgtattccgtcagtacacccaaaactaaagtaaaaagacaaggatttatggttgac 30670287  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| ||| |||| ||    
T  30670286 ccttggtgcaatcttattgttatgggaaaatcttaggtaacctcatcatgcatcctcacactagtcaaaactcccttatacatatcctggatagctctaa 30670187  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  30670186 tataggcaat 30670177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 150
Target Start/End: Original strand, 5258936 - 5259076
Alignment:
Q  10 catcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagt-aaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  5258936 catcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaaagataaggacttagggtttac 5259034  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcc 150  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  5259035 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaagtctacggtatcc 5259076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 228
Target Start/End: Original strand, 2680859 - 2681050
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa-gataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatg 132  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  2680859 ctcgatgctaacacttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagataaggacttacggttgaccct-ggtgca---atattgttatg 2680954  T
Q  133 ggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattgtaaccccc 228  Q
    | ||||| | ||||| || |||||||  | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| || ||| |||||  ||||||||    
T  2680955 gaaaaattttcggtagccccatcctgtgttctcacactagtcgaagctccttcatgcatatccttgatagctctaaaataggcaatgctaaccccc 2681050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 139
Target Start/End: Original strand, 2208214 - 2208316
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaa 136  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  2208214 ggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttaggattgacccttggtgcaatcatattgatatggaaa 2208313  T
Q  137 aat 139  Q
    |||    
T  2208314 aat 2208316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 5631290 - 5631197
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattg 127  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||| |||||    
T  5631290 ctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaagattgaccctaggtgtagtcttattg 5631197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 41 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 3629696 - 3629598
Alignment:
Q  41 ctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  3629696 ctaaatcttgaatgtgttccataagtacatccaaaactaaagtaaaaagataagggcttaaggttgacccttagtgcaatcctattgttatgggaaaat 3629598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 27790641 - 27790469
Alignment:
Q  22 aaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtc 121  Q
    ||||||||||  || | |||||||| ||| ||||||| | | ||| ||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||  | ||    
T  27790641 aaaagcatacatcttgatgctaacttttggatgtgtttcataagtgcattcaaaactaaagtaaaaaggtaagggtttagggttgacccttggtataatc 27790542  T
Q  122 atattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatc 194  Q
     | |||||||||||||||    ||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  27790541 cttttgttatgggaaaatcgtaggtatactcatcatgtatcctcacactagtcgaaactccatcatacatatc 27790469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 26291279 - 26291157
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| || || |||||||||||| |    
T  26291279 acatcatctgtaaaaaagcatacatcacggtgttaactcttggatgtgttccgtaaatacatccaaaattaaagtgaaacgacaa-gacttagggttggc 26291181  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatg 132  Q
     ||||||||| || ||||||||||    
T  26291180 acttggtgcaatcctattgttatg 26291157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 33495693 - 33495629
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaa 85  Q
    |||||||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33495693 aaaaagcatacatctcgatgctaaatcttggatgtgttccgtcagtacattcaaaactaaagtaa 33495629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 218
Target Start/End: Original strand, 5260180 - 5260241
Alignment:
Q  157 tgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||| |||||| |||||    
T  5260180 tgcatcctcacactagttgaagctccctcatacatatcctatatagctctaatataagcaat 5260241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 98
Target Start/End: Original strand, 9369187 - 9369274
Alignment:
Q  11 atcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggact 98  Q
    ||||| ||||||||| |||||  || ||||||  || ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9369187 atcatttgcaaaaaaacatacatcttggtgctcgcttttggatgtgtttcgtaagtacatccaaaactaaggtgaaaagataaggact 9369274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 49
Target Start/End: Original strand, 10100642 - 10100682
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactctt 49  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  10100642 acatcatctgcaaaaaaacatacatctcggtgctaactctt 10100682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11593450 - 11593233
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11593450 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 11593352  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  11593351 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 11593252  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  11593251 tataggcaatcctaacccc 11593233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 46356636 - 46356853
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46356636 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 46356734  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  46356735 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatctttggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 46356834  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||| |||||||    
T  46356835 tataggcaattctaacccc 46356853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 32630105 - 32629897
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32630105 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgttagtacatccaaaactagagtaaaaagataaggacttagggttgac 32630007  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||    
T  32630006 ccttggtgcagtcctattgttatgggaaaatctacggtatccccatcctgcgtcctcacacaggtcgaagctccctcatacatatcctggatagctttaa 32629907  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  32629906 tataggcaat 32629897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 39907164 - 39907381
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39907164 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtgaaaagataaggacttagggttgac 39907262  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | | |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  39907263 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttccgtagtcccatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 39907362  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  39907363 tataggcaatcctaacccc 39907381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49028778 - 49028570
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49028778 acatcatctgcaaaaa-gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 49028680  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  49028679 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctacgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 49028580  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  49028579 tataggcaat 49028570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 36651491 - 36651274
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36651491 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatctaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 36651393  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||  | |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||    
T  36651392 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaaacttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactccctcatacatatccttgatagccctaa 36651293  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  36651292 tataggcaatcctaacccc 36651274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 33350591 - 33350799
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33350591 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggagttagggttgac 33350689  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||    
T  33350690 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcttcacactagtcgaagctctctcatacatatccttgatagccctaa 33350789  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  33350790 tataggcaat 33350799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 38606524 - 38606327
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38606524 aaaaagcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagcaaaaagataaggactaagggttgacccttggtgcagt 38606425  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    | ||||||||| | ||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||| |||||    
T  38606424 cctattgttatcgaaaaatctacggtattcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcttggatagctctaatataggcaat 38606327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 21 - 200
Target Start/End: Original strand, 24177991 - 24178170
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||    
T  24177991 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttgggcgtgttccgtcagtacatccaaaactaaaataaaaagataagaacttagggttgacccttagtgcggt 24178090  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    | ||||||| ||||||| | | |||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24178091 cctattgttgtgggaaagtcttcggtatccccatccggcgtcctcaccctagtcgaagctccctcatacacatccttgat 24178170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 38897108 - 38896947
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||  | ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38897108 acatcatctgcaaaat-gaatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagcaaaaagataaggacttagggttgac 38897010  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacacta 171  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||    
T  38897009 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacacta 38896947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 102 - 227
Target Start/End: Original strand, 36870201 - 36870326
Alignment:
Q  102 ggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatg 201  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36870201 ggttgacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatttgcggtatccccatcctgcatcctcacactagttgaagctccctcatacatatccttgatg 36870300  T
Q  202 gctcaaatatatgcaattgtaacccc 227  Q
     ||| |||||| |||||  |||||||    
T  36870301 actctaatataggcaatcctaacccc 36870326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 205
Target Start/End: Original strand, 24426274 - 24426468
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||| ||||||||  ||||  |||| ||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24426274 acatcatccgcaaaaaat-atacatctcgatgctaactcttaaatgtgttgcataagtacatccaaaattatagtaaaaagataagcacttatggttgac 24426372  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctc 205  Q
    |||||||||| |||| ||||||| | |||||   | ||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  24426373 ccttggtgcaatcatgttgttatagaaaaatcatcagtaacctcatcttgcatcctcaca-tagtcaaagctcactcatacatttccttgatagctc 24426468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 9 - 109
Target Start/End: Original strand, 36870074 - 36870173
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36870074 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctagctcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaaggttgac 36870172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 20499582 - 20499478
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||| || |||||||||||    
T  20499582 ctcggtgctagctcttggatgtgttccgcaagtacatccaaaagtaaagtaaaaagataagggcttatggttcaaccttggtgcaatcctattgttatgg 20499483  T
Q  134 gaaaa 138  Q
     ||||    
T  20499482 aaaaa 20499478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Original strand, 48055626 - 48055804
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||   |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||| || |||||||||||    
T  48055626 ctcggtgctagctcttggatgtgctccgcaggtacatccaaaagtaaagtaaaaagataagggcttatggttcagccttggtgcaatcctattgttatgg 48055725  T
Q  134 gaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
     |||||   || | ||  |||||||  ||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||||| || |||| ||||||    
T  48055726 aaaaatcaccgatgtctccatcctgtgtcctcacactagttgagactcccttatagatatccttcatagctcgaatata 48055804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 113
Target Start/End: Original strand, 21520229 - 21520320
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttg 113  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  21520229 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaaatacatccaaaactaaa-ttaaaatataagcacttagggttgacccttg 21520320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 90 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 22346866 - 22346776
Alignment:
Q  90 ataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagct 180  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  ||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  22346866 ataaggacttagggttgacccatggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtctcatccagcgtcctcacactagttgaagct 22346776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 133
Target Start/End: Original strand, 43793819 - 43793941
Alignment:
Q  11 atcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgaccc 110  Q
    ||||| |||||||||||||||  || ||||||  |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||    
T  43793819 atcatttgcaaaaaagcatacatcttggtgctcgctcttggatgtgttttgtaagtacatccaacactaaggtgaaaagataagggcttagtgttcaacc 43793918  T
Q  111 ttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    |||||||| || |||||||||||    
T  43793919 ttggtgcaatcttattgttatgg 43793941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 48918863 - 48918817
Alignment:
Q  42 taactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa 88  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  48918863 taactcttgaatgtgttccgtcgatacatccaaaactaaagtaaaaa 48918817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 84 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 38896942 - 38896908
Alignment:
Q  84 aaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38896942 aaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 38896908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 31004721 - 31004662
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtaca 69  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  31004721 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccctcaataca 31004662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 132
Target Start/End: Original strand, 17101336 - 17101385
Alignment:
Q  83 taaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatg 132  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  17101336 taaaaaggtaaggacttagatttgacccttggtgcaatcatattattatg 17101385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 32483909 - 32483849
Alignment:
Q  71 ccaaaactaaagtaaaaagataaggacttag-ggttgacccttggtgcagtcatattgttat 131  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32483909 ccaaaaccaaagtaaaaagataaagg-ttagaggttgacccttggtgcagtcctattgttat 32483849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 218
Target Start/End: Original strand, 15216067 - 15216265
Alignment:
Q  20 aaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcag 119  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15216067 aaaaaaacatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgatccttggtgcag 15216166  T
Q  120 tcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |||||| |||||    
T  15216167 tcctattgttatgggaaaatctacggtatcctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatatatatcatagatagctctaatataggcaat 15216265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 36566026 - 36566243
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36566026 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 36566124  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | | |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  36566125 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcagtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 36566224  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  36566225 tataggcaatcctaacccc 36566243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 195
Target Start/End: Original strand, 42854798 - 42854983
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42854798 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctatcaggacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 42854896  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcc 195  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42854897 ccttggtgcagtcctattgttataggaaaatctacggtatcttcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcc 42854983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 36544649 - 36544442
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36544649 acatcatctg-aaaaaagcatacatctcagtgctaactcttggatgtgttgcatcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgac 36544551  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||    
T  36544550 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatatatatccttgatagccctaa 36544451  T
Q  209 tatatgcaa 217  Q
    |||| ||||    
T  36544450 tataggcaa 36544442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 9 - 139
Target Start/End: Original strand, 12492627 - 12492756
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||    
T  12492627 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttaagattgac 12492725  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  12492726 ccttggtgcaatcctattgttatggaaaaat 12492756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 139
Target Start/End: Original strand, 41445112 - 41445218
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaa-aagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatg 132  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  41445112 ctcggtgctagcttttggatgtgtttcgtaattacatccaaaattaaagtaaacaaaataagggcttagggttaacccttggtacaatcatattgttatg 41445211  T
Q  133 ggaaaat 139  Q
    |||||||    
T  41445212 ggaaaat 41445218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 64 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 3284936 - 3284794
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaa-tatacggtatcctcatcctgcatc 162  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||| ||||| | |   || ||  |||| ||  ||    
T  3284936 agtacatccaaaactaaggtgaaaagataagggcttagtgttgaaccttggtgcaatactattgttatgagaaaattctttagtgtctccatcttgtgtc 3284837  T
Q  163 ctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctc 205  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  3284836 ctcacactagtcgagactccctcatacatatccttgatagctc 3284794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 42 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 39707038 - 39706943
Alignment:
Q  42 taactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaa 137  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| ||  | || || |||||||||||||||    
T  39707038 taactcttgaatgtgttccataactacacccaaaactaaagtaaaaagaaaagggcttgggattgaccattactacaatcctattgttatgggaaa 39706943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 139
Target Start/End: Original strand, 18849900 - 18850032
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaag--catacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttg 106  Q
    |||||||||||||||||   |||||  || |||||||| | |||  |||||||||| | || ||| ||||||||| ||||||||||| || ||| |||||    
T  18849900 acatcatctgcaaaaaaaaacatacatcttggtgctaattgttgggtgtgttccgtaaatatatctaaaactaaaataaaaagataaagaattaaggttg 18849999  T
Q  107 acccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    ||| |||||||| || |||| |||||| |||||    
T  18850000 accgttggtgcaatcctattattatggaaaaat 18850032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 115
Target Start/End: Original strand, 28300943 - 28300994
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggt 115  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  28300943 agtacatctaaaactaatgtaaaaagataagggattagggttgacccttggt 28300994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 13588926 - 13588808
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  || ||||| |||||||| || |||||||| |  | |||||||||| ||||  || | ||| |  ||| ||||||||||||||||| |    
T  13588926 aaaaagcatacatcttggtgcaaactcttggatatgttccgtaaacatatccaaaactgaagtttaagggtaatggattatggttgacccttggtgcaat 13588827  T
Q  121 catattgttatgggaaaat 139  Q
    | |||||||||||||||||    
T  13588826 cctattgttatgggaaaat 13588808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 13984124 - 13983954
Alignment:
Q  12 tcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgaccct 111  Q
    |||||||||||||  |||||  || ||| |||| ||||| || |||| ||| ||||||| ||||| |||  ||||| | ||||  ||||||||| | |||    
T  13984124 tcatctgcaaaaa--catacatcttggttctaaatcttggatatgtttcgtaagtacattcaaaattaat-taaaagggtaagtgcttagggtt-atcct 13984029  T
Q  112 tggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctca 186  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||   | ||| || |||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13984028 tggtgcaatcatatagttatgagaaaatcgtcagtagccccatcttacgtcctcacactagtcgaagctccctca 13983954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 29734554 - 29734513
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggtt 105  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  29734554 agtacatccaaaactaaagtgaaaaggtaagggcttagggtt 29734513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 200
Target Start/End: Original strand, 45231849 - 45231897
Alignment:
Q  152 catcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  45231849 catcatgcgtcctcacactagtcgaaattccctcatacatatacttgat 45231897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 212
Target Start/End: Original strand, 23907098 - 23907289
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23907098 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggttgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaat 23907197  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    | ||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  23907198 cctattgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaatata 23907289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 435718 - 435512
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  435718 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcact 435619  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattg 220  Q
    | ||||||||||||||||| | |||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||      
T  435618 cctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcc 435519  T
Q  221 taacccc 227  Q
    |||||||    
T  435518 taacccc 435512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Original strand, 27450969 - 27451166
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27450969 aaaaagcatacatctcggtgttaactcttggatgtgtttcgttagtacatccaaaactaaagtaaaaagagaaggacttagggttgacccttggtgcagt 27451068  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
      ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||| |||||| |||||    
T  27451069 tctattgttatgggaaaatctacgctatccccatcatgcgtcttcacactagtggaagctccctcatacatatcccagatagctctaatataggcaat 27451166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 1777800 - 1778018
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  1777800 acatcatctgcataaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagttaaaagataaggatttagggttgac 1777898  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcg-aagctccctcatacatatccttgatggctcaa 207  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| || | |    
T  1777899 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctacgtcctcacactagttgaaagctccctcatacatatcattgatagcccta 1777998  T
Q  208 atatatgcaattgtaacccc 227  Q
    ||||| |||||| |||||||    
T  1777999 atataggcaattctaacccc 1778018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 48623312 - 48623529
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  48623312 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttacgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgaa 48623410  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||| || | |||||| | |||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || | ||    
T  48623411 ccttggtgcaatcctattgataagagaaaatcttcggtagtcaaatcatgcatcctcacactagtcgaagctccctcgtacatatctttgatagccctaa 48623510  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  48623511 tataggcaatcctaacccc 48623529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 53704062 - 53703890
Alignment:
Q  55 tgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcat 154  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||  | |||    
T  53704062 tgttccatcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctattgttacgggaaaatcttcggtagtcccat 53703963  T
Q  155 cctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattgtaacccc 227  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||  |||||||    
T  53703962 cctgtgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacccc 53703890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 39707959 - 39707752
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||||| |||||   ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39707959 acatcatctgcaaaaaa-catacatatcggtgcaaactcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttaac 39707861  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||| |  |||| || |||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  39707860 ccttagtgcaatcctattgttatgggaaaatctttggtagcc-catcatgcgtcctcacgctagtcaaaactccctcatacatttccttgatagctctaa 39707762  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  39707761 tataggcaat 39707752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 147
Target Start/End: Original strand, 1212103 - 1212229
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  1212103 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttagatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtgaaaagataaggacttagggttgaaccttggtgcaat 1212202  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggta 147  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||    
T  1212203 cctattgttatgggaaaatattcggta 1212229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 55769161 - 55769375
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttg-- 106  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||| | ||  ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||      
T  55769161 acattatctgcaaaaaagcatagaactcggagttaggtcttggatgtgttccataaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagggttcagggttgac 55769260  T
Q  107 ----acccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatgg 202  Q
        |||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||  |  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  55769261 accaacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaattgtctgtggctccatcttgcgtcctcaaactagtcgaagctccct-atacatatcattgatag 55769359  T
Q  203 ctcaaatatatgcaat 218  Q
    ||| |||||| |||||    
T  55769360 ctctaatataagcaat 55769375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 45 - 139
Target Start/End: Original strand, 10776239 - 10776333
Alignment:
Q  45 ctcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  10776239 ctcttgaatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaaatgaaaagataagggcttggtgttgaaccttggtgcaatcctattgtcatgggaaaat 10776333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 55833417 - 55833631
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttg-- 106  Q
    |||| ||| |||||||||||||  |||||| | ||  ||||| ||||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||      
T  55833417 acattatccgcaaaaaagcatagaactcggagttaggtcttggatgtgttccataaacacatccaaaactaaagtaaaaagataagggttcagggttgac 55833516  T
Q  107 ----acccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatgg 202  Q
        |||||||||||| || |||||||||||||||||   | ||  |  |||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  55833517 accaacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaattgtctgtggctccatcttgcgtcctcaaactagtcgaagctccct-atacatatcattgatag 55833615  T
Q  203 ctcaaatatatgcaat 218  Q
    ||| |||||| |||||    
T  55833616 ctctaatataagcaat 55833631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 30852888 - 30852812
Alignment:
Q  45 ctcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtc 121  Q
    |||||| |||| |||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  30852888 ctcttggatgtattccgtaagtgcgttcaaaactaaagtaaaaagataagggcttagagttgacccttggtgcagtc 30852812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 133
Target Start/End: Original strand, 32911671 - 32911734
Alignment:
Q  70 tccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  32911671 tccaaaactaaagcaaaaagataaggacttagagttgacacttggtgtagtctcattgttatgg 32911734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41427188 - 41427130
Alignment:
Q  170 tagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattgtaaccccc 228  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  41427188 tagttgaatctccctcatacatatctttgatagctcaaatataagcaattgtaaccccc 41427130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 44860550 - 44860404
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcc 163  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| || | ||||||||  |||||   ||||  ||  |  ||||||||    
T  44860550 agtacatccaaa-ctaaagtaaaaa-ataagggcttaggattgacccttggtgcaatcttgttgttatgataaaatcgtcggtggccctacactgcatcc 44860453  T
Q  164 tcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    | ||||||||||| |  | |||||||||||||| ||| |||| ||||||    
T  44860452 ttacactagtcgatgtcctctcatacatatcctagatagctcgaatata 44860404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 69 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 3272867 - 3272818
Alignment:
Q  69 atccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 118  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  3272867 atccaaaactaatgtaaaaatataaagacttagggttgatccttggtgca 3272818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 16002408 - 16002350
Alignment:
Q  12 tcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatc 71  Q
    |||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16002408 tcatatgcaaaaaa-catacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatc 16002350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 95
Target Start/End: Original strand, 17666821 - 17666895
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataagg 95  Q
    |||| ||||||  ||||||||||  | ||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17666821 aaaatgcatacatctcggtgctagttgttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaatgtaaaaagataagg 17666895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 53707291 - 53707242
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttc 59  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  53707291 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttc 53707242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 56374787 - 56374738
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttc 59  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  56374787 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttc 56374738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 45 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 21060235 - 21060186
Alignment:
Q  45 ctcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataag 94  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21060235 ctcttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaggataag 21060186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 45483011 - 45482958
Alignment:
Q  35 tcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa 88  Q
    |||||||||| | ||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45483011 tcggtgctaattttttgatgtgtttcgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 45482958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 41427311 - 41427208
Alignment:
Q  38 gtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaaga--taaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatggga 135  Q
    ||||||||||||| | |||||  || ||||| ||||||||||||||||||| |  ||||  || | ||||||| || |||||| || ||||||||||| |    
T  41427311 gtgctaactcttggacgtgttttgtaagtacttccaaaactaaagtaaaaaaaaataagagctaatggttgacactcggtgcaatcctattgttatggaa 41427212  T
Q  136 aaat 139  Q
    ||||    
T  41427211 aaat 41427208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 100
Target Start/End: Original strand, 52281271 - 52281334
Alignment:
Q  38 gtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaa-ctaaagtaaaa-agataaggactta 100  Q
    |||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  52281271 gtgctaacacttggatgtgttcc-taagtacatccaaaaactaaagtaaaaaagataaggactta 52281334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 30965 - 30748
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30965 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaggattgac 30867  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  30866 ccttggtgcagtcctattgttttgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 30767  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  30766 tataggcaatcctaacccc 30748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Original strand, 43241166 - 43241383
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43241166 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 43241264  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  43241265 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcgtgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 43241364  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  43241365 tataggcaatcctaacccc 43241383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 226
Target Start/End: Original strand, 51441549 - 51441765
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51441549 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagaaaaaagataaggacttagggttgac 51441647  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  51441648 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactaatcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 51441747  T
Q  209 tatatgcaattgtaaccc 226  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  51441748 tataggcaattctaaccc 51441765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 218
Target Start/End: Original strand, 49348190 - 49348387
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  49348190 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggctgacccttggtgcaat 49348289  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    | ||||||||||||||||| | |||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||    
T  49348290 cctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcatgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaat 49348387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 8671417 - 8671228
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8671417 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatc-aaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 8671320  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    ||| |||||| |  ||||||||||||||||| | || ||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8671319 cctaggtgcaattctattgttatgggaaaatcttcgatagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 8671228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 227
Target Start/End: Original strand, 37463650 - 37463864
Alignment:
Q  12 tcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgaccct 111  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  37463650 tcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaagaacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttagggttgaccct 37463748  T
Q  112 tggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatat 211  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||   |||||  | | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| | |||    
T  37463749 tggtgcaatcctattgttataggaaaatcatcggtaggcccctcctgcatcctcacactagttgcagctccctcatacacatccttgatagctctagtat 37463848  T
Q  212 atgcaattgtaacccc 227  Q
    | |||||  |||||||    
T  37463849 aagcaatcctaacccc 37463864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 51601555 - 51601451
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51601555 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagatatggacttagggttgac 51601457  T
Q  109 ccttgg 114  Q
    ||||||    
T  51601456 ccttgg 51601451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 21 - 97
Target Start/End: Original strand, 32083541 - 32083617
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggac 97  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32083541 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggac 32083617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 40419167 - 40418977
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||| ||| || |||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||| ||||| | |||||||| |    
T  40419167 aaaaagcacacgtcttggtgatcactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaggtgaaaagataagtgcttagtgttgaacattggtgcaat 40419068  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    | ||||||||||||||||| | |||| ||  || | ||  |||||||||||||| |  | ||||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  40419067 c-tattgttatgggaaaatcttcggtgtctccaccttgtgtcctcacactagtctagaccccctcatgcatatccttaatagctctaatata 40418977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 37 - 118
Target Start/End: Original strand, 46227116 - 46227197
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 118  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  46227116 ggtgctaactcttggacgtgtttcgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttagggttgatccttggtgca 46227197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 64 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 3877382 - 3877235
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcc 163  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||    |||  ||||||| ||| |||    
T  3877382 agtacatccaaaactaaggtaaaaagatatggac-taaggttgatccttgatgcaatcatattgttacgggaaaatcgttggtgacctcatcgtgcgtcc 3877284  T
Q  164 tcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    |||||||||| |||||  |||  || || |||||||| |||||||||||    
T  3877283 tcacactagttgaagcctcctagtagatgtccttgatagctcaaatata 3877235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 7813939 - 7813803
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcc 163  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||  ||| |||||||| ||||| | | |||| ||||||  |||||  |||||  ||| | |    
T  7813939 agtacatccaaaactaaaataaaaagataaaggcttatggtaaacctttggtgcaatcatactttcatggaaaaatagtcggtaatctcatattgcgttc 7813840  T
Q  164 tcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  7813839 tcatactagtcgaagctctctcatacatgtccttgat 7813803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 139
Target Start/End: Original strand, 35829203 - 35829307
Alignment:
Q  35 tcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatggg 134  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||  || ||| ||| || |||| | |||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  35829203 tcggtgctagctcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaagttagaaatatatgggcttaagtttgatccttggtgcaatcctattgttatggg 35829302  T
Q  135 aaaat 139  Q
    |||||    
T  35829303 aaaat 35829307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 39 - 194
Target Start/End: Original strand, 34827900 - 34828054
Alignment:
Q  39 tgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaa 138  Q
    |||||||||||| |||||||  || || ||||||||||||||||||||||  ||||| |||| | |||| |||| |||||  | ||||||||| ||||||    
T  34827900 tgctaactcttggatgtgttatgtaagaacatccaaaactaaagtaaaaaagtaaggtcttaagattgatcctt-gtgcaagcctattgttattggaaaa 34827998  T
Q  139 tatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatc 194  Q
    |    |||| ||||||| ||  ||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  34827999 tcattggtaacctcatcttgagtcctcacactagtggaggccccctcatacatatc 34828054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 227
Target Start/End: Original strand, 29173414 - 29173531
Alignment:
Q  110 cttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaat 209  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||| ||||| |||| |||    
T  29173414 cttgatgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagccccatcatgcgtcctcacactagtcgaaacttccccatgcatatcattgatagctctaat 29173513  T
Q  210 atatgcaattgtaacccc 227  Q
    ||| |||||  |||||||    
T  29173514 ataggcaatcctaacccc 29173531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 227
Target Start/End: Original strand, 32405362 - 32405466
Alignment:
Q  123 tattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattgta 222  Q
    |||||||||| |||||| | | ||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| ||||||| || |||| |||||| |||||| ||    
T  32405362 tattgttatgagaaaatcttctgtaaccccattctgcatcctcaaactagtcaaagctcccgcgtacgtatcctttatagctctaatataagcaattcta 32405461  T
Q  223 acccc 227  Q
    |||||    
T  32405462 acccc 32405466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 176
Target Start/End: Original strand, 16142675 - 16142778
Alignment:
Q  73 aaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactag 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||| || |||||||| | ||||||    | ||  |||||| | ||||||||||||||    
T  16142675 aaaactaaagtaaaaagataaggtcttaggtttgacctttgatgcaatcctattgttacgagaaaattgttgataatctcatcttacatcctcacactag 16142774  T
Q  173 tcga 176  Q
    ||||    
T  16142775 tcga 16142778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 45833965 - 45833867
Alignment:
Q  102 ggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||||||||||| | || || ||||||||||| |||||   |  || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  45833965 ggttgacccttgatacaatcttattgttatggaaaaatcgtcaatagccacatcctgcgtcctcacattagtcgaagctccctcatatatatctttgat 45833867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 115
Target Start/End: Original strand, 16273664 - 16273709
Alignment:
Q  70 tccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggt 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  16273664 tccaaaactaatgtaaaaagataagggattagggttgacccttggt 16273709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 115
Target Start/End: Original strand, 52641281 - 52641332
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggt 115  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||    
T  52641281 agtacatcaaaaactaaagtaaaaagataatggattaggattgacccttggt 52641332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Original strand, 1288374 - 1288582
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1288374 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaatataaggacttagggttgac 1288472  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  1288473 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 1288572  T
Q  209 tatatgcaat 218  Q
    |||| |||||    
T  1288573 tataggcaat 1288582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Original strand, 2076259 - 2076449
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2076259 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 2076357  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||| | |||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2076358 ccttggtgcaatcctattgttgtgggaaaatcttcggtagtctcatcatgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 2076449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 20318488 - 20318298
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20318488 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttgaatgtgtttcgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 20318390  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20318389 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactccctcatacatatccttgat 20318298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 9 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24178021 - 24177804
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24178021 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatcccaaactaaagtaaaaagattaggacttagggttgac 24177923  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  24177922 ccttggtgcaatcctattgttatcggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaa 24177823  T
Q  209 tatatgcaattgtaacccc 227  Q
    |||| |||||  |||||||    
T  24177822 tataggcaatgctaacccc 24177804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 1274762 - 1274572
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1274762 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 1274664  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgat 200  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1274663 ccttggtgcaattctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatctttgat 1274572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 196
Target Start/End: Original strand, 12493147 - 12493333
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12493147 acatcatctgcaaaa-agcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggagttagggttgac 12493245  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcct 196  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12493246 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatattcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcct 12493333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 3394207 - 3394000
Alignment:
Q  10 catcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||    
T  3394207 catcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactagagtaaagagataaggacttagggtttacc 3394109  T
Q  110 cttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaat 209  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||| |||    
T  3394108 cttggtgcaatcctattgttatgggaaaatctacgatatccccatcccgcgtcctcacattagtcgaagcttcctcatacatatcctggataactctaat 3394009  T
Q  210 atatgcaat 218  Q
    ||| |||||    
T  3394008 ataggcaat 3394000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 3301345 - 3301162
Alignment:
Q  10 catcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||    
T  3301345 catcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactagagtaaagagataaggacttagggtttacc 3301247  T
Q  110 cttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatc 194  Q
    ||||||| |||| | |||||| |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301246 cttggtggagtccttttgttaagggaaaatctacagtatccccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatc 3301162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 9 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 10638795 - 10638688
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10638795 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 10638697  T
Q  109 ccttggtgc 117  Q
    |||||||||    
T  10638696 ccttggtgc 10638688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 9 - 93
Target Start/End: Original strand, 28977642 - 28977725
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataa 93  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28977642 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataa 28977725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 207
Target Start/End: Original strand, 43558615 - 43558781
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||       |||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  43558615 ctcggtgttagctcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtgaaaagttgagg-------gttgacccttagtgcaatcctattgttattg 43558707  T
Q  134 gaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaa 207  Q
    |||||| | ||||  ||  ||||||| ||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43558708 gaaaatttgcggtggccctatcctgcgtcctcgcactagttgaggccccctcatacatttccttgattgctcaa 43558781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 30418833 - 30418764
Alignment:
Q  71 ccaaaactaaagtaaaaag-ataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30418833 ccaaaaccaaagtaaaaaggataaggacttggaatggacccttggtgcagtcctattgttatgggaaaat 30418764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 9 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 40383954 - 40383870
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataa 93  Q
    |||| ||||| | ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| ||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40383954 acatgatctgtataaaagcatacatctcagtgctagctcttgaatatgttatgtaagtacatccaagactaaagtaaaaagataa 40383870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 21 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 27416 - 27299
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    ||||| |||||  |||| |||||||||||| || || ||||  |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  |||| |||||| |||| ||||| |    
T  27416 aaaaaacatacatctcgttgctaactcttggatatggtccgcaagtacatccaaaacaaaaataaaaaggtaagagctta-ggttgatccttcgtgcaat 27318  T
Q  121 catattgttatgggaaaat 139  Q
    | |||||||| ||||||||    
T  27317 cctattgttacgggaaaat 27299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 37124055 - 37123938
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||| | |||| | ||| || |||||||| |||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||  ||||||| | |    
T  37124055 aaaaagcatatgtctcgatactagctattgaatgtattctataaatacatccaaaactaaagtaagaagataagggcttatgattgattcttggtgtaat 37123956  T
Q  121 catattgttatgggaaaa 138  Q
    | |||||||||| |||||    
T  37123955 cttattgttatgagaaaa 37123938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 7605923 - 7605829
Alignment:
Q  46 tcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaaga---taaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaa 137  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| |   ||||  ||||| ||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7605923 tcttgaatgtgttccttaagtacgttcaaaactaaagtaaaaataatataagagcttagagttcacgattggtgcagtcatattgtcatgggaaa 7605829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 139
Target Start/End: Original strand, 31502886 - 31502961
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||| || || |||||||| ||| ||||    
T  31502886 agtacatccaaaattaaggtgaaaagataaggacgtagtgttgaaccttggtacaatcctattgttaaggggaaat 31502961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 35685341 - 35685223
Alignment:
Q  20 aaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcag 119  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||| |||||||||||   ||| |||||| | || |||||     
T  35685341 aaaaaaacatacatcttggtgctacctcttgaatgtgttccataaatac-tccaaaactaaagcaaaaagataagagtttaaggttgatcattagtgcaa 35685243  T
Q  120 tcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||| || ||||| ||||||    
T  35685242 tcatgtttttatgagaaaat 35685223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 6e-67; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 9 - 217
Target Start/End: Original strand, 51448494 - 51448701
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51448494 acatcatctgcaaaa-agcatacatctcgatgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgac 51448592  T
Q  109 ccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaa 208  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  51448593 ccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacaccagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaa 51448692  T
Q  209 tatatgcaa 217  Q
    |||| ||||    
T  51448693 tataggcaa 51448701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 52138314 - 52138108
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  52138314 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgatccttggtgcaat 52138215  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattg 220  Q
      ||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||      
T  52138214 tctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcc 52138115  T
Q  221 taacccc 227  Q
    |||||||    
T  52138114 taacccc 52138108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 9258359 - 9258181
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgg 133  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||  || ||||||| |||    
T  9258359 ctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttggggttgtccattggtgccatcctattgttgtgg 9258260  T
Q  134 gaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatata 212  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||| || || |||| ||||||    
T  9258259 gaaaatattcggtaaccccatcatgtgtcctcacaatagtcgaagctctctcatacatatcgtttatagctctaatata 9258181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 38849580 - 38849374
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagt 120  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||||||| |    
T  38849580 aaaaagcatacatctcggtgcttactcttggacgtgttccgcccgtacatccaaaactaaataaaaaagataaggacttacaattgacccttggtgcaat 38849481  T
Q  121 catattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaattg 220  Q
    | || |||||||| ||||| |  |||| || |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||      
T  38849480 cctactgttatggaaaaatctttggtagccccattttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaatataggcaatca 38849381  T
Q  221 taacccc 227  Q
    |||||||    
T  38849380 taacccc 38849374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 139
Target Start/End: Original strand, 50630133 - 50630235
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaa 136  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | | || |||| || ||||||    
T  50630133 ggtgctagcacttggatgtgttccgtaagtaaatccaaaactaaagtaaaaagataagggcttagggttgaaccttggggtaatcctattattgtgggaa 50630232  T
Q  137 aat 139  Q
    |||    
T  50630233 aat 50630235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 29817000 - 29816894
Alignment:
Q  11 atcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgaccc 110  Q
    ||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||| | |||||||  || |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  29817000 atcatcttcaaaaaa-catacatctcggtgctaactctaggatgtgttttgtaagtacatccaaacctaaggtaaaaaggtaagggcttagggttgagcc 29816902  T
Q  111 ttggtgca 118  Q
    ||||||||    
T  29816901 ttggtgca 29816894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 19736662 - 19736569
Alignment:
Q  10 catcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttga 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||    
T  19736662 catcatctgcaaaaa-gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtc---acatccaaaactaaagtaaaaatgtaaggactgaaggttga 19736569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 19757480 - 19757387
Alignment:
Q  10 catcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttga 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||    
T  19757480 catcatctgcaaaaa-gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtc---acatccaaaactaaagtaaaaatgtaaggactgaaggttga 19757387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 26388222 - 26388151
Alignment:
Q  52 atgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcat 123  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||||||||| ||||    
T  26388222 atgtgtttcgtaattacatccaaaactaaagtaaaaaaataagggctaagggttaacccttggtgcaatcat 26388151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 19736561 - 19736517
Alignment:
Q  161 tcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctc 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19736561 tcctcatactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctc 19736517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 27917014 - 27916939
Alignment:
Q  64 agtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||||| | ||||||||||||||||  ||||| |||| || |||||||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  27917014 agtacaactaaaactaaagtaaaaatgtaagggcttatggatgacccttggtgcaatcctattgttatggggaaat 27916939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 19757379 - 19757335
Alignment:
Q  161 tcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatggctc 205  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19757379 tcctcatactagtcgaagctccctcgtacatatccttgatagctc 19757335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 25190876 - 25190827
Alignment:
Q  9 acatcatctgcaaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttc 59  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  25190876 acatcatctgcaaaaa-gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttc 25190827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 139
Target Start/End: Original strand, 313 - 415
Alignment:
Q  37 ggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaa 136  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  313 ggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttaggattgacccttggtgcaatcatattgatatggaaa 412  T
Q  137 aat 139  Q
    |||    
T  413 aat 415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 85 - 218
Target Start/End: Original strand, 13116 - 13251
Alignment:
Q  85 aaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaatatacggtatcctcatcctgcatcctcacactagtcgaagctccct 184  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||  | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13116 aaaaggtaaggactcagggttgacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccct 13215  T
Q  185 c--atacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    |  ||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  13216 catatacatatccttgatagctctaatataggcaat 13251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 75
Target Start/End: Original strand, 12388 - 12442
Alignment:
Q  21 aaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaa 75  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12388 aaaaagcatacatctcggtgctaactcttgaatgtgttctgtcaatacatccaaa 12442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 139
Target Start/End: Original strand, 88761 - 88848
Alignment:
Q  52 atgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||    
T  88761 atgtgttcctttagtacatccaaaagtaatgtaaaaagttaaggacttagggttgacccttggtgcaatcctatggttacgggaaaat 88848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 218
Target Start/End: Original strand, 88869 - 88915
Alignment:
Q  172 gtcgaagctccctcatacatatccttgatggctcaaatatatgcaat 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  88869 gtcgaacctccctcatacatatccttgatagctctaatataggcaat 88915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 34 - 118
Target Start/End: Original strand, 25022 - 25106
Alignment:
Q  34 ctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 118  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||    
T  25022 ctcggtgctaactcttagatgtgttccataagaacattcaaaactaaagtaaaaagataaaggtttaggcttgacccttggtgca 25106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0606 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0606
Description:

Target: scaffold0606; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 9130 - 9036
Alignment:
Q  45 ctcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaaat 139  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||||||||||| | ||||||||| |  |||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9130 ctcttggatgtgttttgtaagtacatccaaaactaaaatgaaaagataatggtttagtgttgtaccttggtgcaatcctattgttatgggaaaat 9036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 118
Target Start/End: Original strand, 48708 - 48805
Alignment:
Q  20 aaaaaagcatacgactcggtgctaactcttgaatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgca 118  Q
    ||||||||||||   ||| |||||||||||| || || |  || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  48708 aaaaaagcatacatttcgatgctaactcttgcatatgctttgtaagtacatc-aaaactaaaggaaaaagataagaacttagggttgacatttggtgca 48805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University