View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7227_high_1 (Length: 669)

Name: NF7227_high_1
Description: NF7227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7227_high_1
NF7227_high_1
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (19-655)||(13446681-13447321)
chr5 (19-653)||(13426027-13426661)
chr5 (19-655)||(13419135-13419770)
chr5 (24-486)||(13412958-13413420)
chr5 (30-529)||(13453764-13454263)
chr5 (30-486)||(13388988-13389444)
chr5 (30-486)||(13385167-13385623)
chr5 (197-486)||(13393562-13393851)
chr5 (187-492)||(13373039-13373344)
chr5 (187-492)||(13378835-13379140)
chr5 (38-112)||(13393403-13393477)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (184-492)||(47601119-47601427)
chr4 (41-129)||(47601482-47601570)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (187-426)||(28430528-28430767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 13447321 - 13446681
Alignment:
Q  19 acttacgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13447321 acttacgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgc 13447222  T
Q  119 gaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447221 gaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccg 13447122  T
Q  219 actcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447121 actcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatag 13447022  T
Q  319 tcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagctttt 418  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447021 tcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagctttt 13446922  T
Q  419 ggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaagccgcgatccagaac 518  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446921 ggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaagccgcgatccagaac 13446822  T
Q  519 agatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgt----taatcaagaaactaatattgtacaacgtttt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  13446821 agatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaattttcattatttcagaaattgataatgttaattaatcaagaaactaataatgtacaacatttt 13446722  T
Q  615 ataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 655  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446721 ataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 13446681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 13426661 - 13426027
Alignment:
Q  19 acttacgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgt 118  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  13426661 acttgcgggtattgtaacagaggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagtaggagtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgc 13426562  T
Q  119 gaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccg 218  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||| || || | ||    ||||    || ||||| |||||||||||   |||| ||||||||||  ||||    
T  13426561 gaaaattgtgcggaagatcttgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtgatggcagcgtcacatatggaggttattccg 13426462  T
Q  219 actcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatag 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13426461 actcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatag 13426362  T
Q  319 tcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagctttt 418  Q
    ||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  13426361 tcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaattcgccaaagctttt 13426262  T
Q  419 ggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaagccgcgatccagaac 518  Q
    |||||||| || || ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13426261 ggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctgactcgtttctagtaagccgcgatccagatc 13426162  T
Q  519 agatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatcaagaaactaatattgtacaacgtttt-ata 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13426161 agatgcaggtatatgattcatttgattgatttgcgaa-tttcattatttcagaaatcgagaatgttaatcaagaaactaatattgtacaacgttttaata 13426063  T
Q  618 ggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacac 653  Q
    |||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  13426062 ggctgcaatgggtactttgaatggtattatcgacac 13426027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 13419770 - 13419135
Alignment:
Q  19 acttacgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgt 118  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  13419770 acttgcgggtatagtaaccgaggttggaagcaaagtagaaaagtttaaagttggagacaaagttggtgtgggatacatggttgattcatgtcgttcatgc 13419671  T
Q  119 gaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccg 218  Q
     |||||||||| |||||| |||||||||||||| | | || |||    ||||    ||  |||| ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||    
T  13419670 caaaattgtgctgacgatcttgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtgatggcaccgtcacatatggaggttactccg 13419571  T
Q  219 actcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatag 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13419570 actcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatag 13419471  T
Q  319 tcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagctttt 418  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  13419470 tcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgcaaaagctttc 13419371  T
Q  419 ggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaagccgcgatccagaac 518  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  13419370 ggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgactcgtttctagtaagccgcgatcctgatc 13419271  T
Q  519 agatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatcaagaaactaatattgtacaacgttttatag 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  | ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  13419270 agatgcaggtatatgattcatttgattcatttgtgaa-ttaaaatattttagaaattggcaatggtaatcaataaactaatattgtacaacatttcatag 13419172  T
Q  619 gctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 655  Q
     |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  13419171 actgcaatgggtactttgaatggtattattgacacag 13419135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 13413420 - 13412958
Alignment:
Q  24 cgggtgtagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaa 123  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| || ||||||||||||| || ||  || |    
T  13413420 cgggtatagtaacagaagtaggaagcaaagtggagaagtttaaagttggagacaaagtaggtgttggctacttgattgattcatgtcgatcatgccaaga 13413321  T
Q  124 ttgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactca 223  Q
    ||||   ||| || |||||||||||||| |||||| |      ||||    ||  |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||||||||    
T  13413320 ttgtaatgacaatcttgagaattactgccccaaatttgtagtcacatgtggtgccaagtatcgtgatggaaccgtcacttatggaggttactccgactca 13413221  T
Q  224 atggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||    
T  13413220 atggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctc 13413121  T
Q  324 ttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgc 423  Q
    || ||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  13413120 ttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgc 13413021  T
Q  424 taaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413020 taatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 13412958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 30 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 13454263 - 13453764
Alignment:
Q  30 tagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgc 129  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| ||||  || ||| |||||||||     
T  13454263 tagttacagaagtgggaagcaaagtgaaaaagttcaaagttggagacagagtaggtgtgggatgcttggttgattcttgtcactcatgtcaaaattgtgt 13454164  T
Q  130 cgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggt---aagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatg 226  Q
     ||  || |||||||||||||  || |||  || |  ||     |||||   || |   ||||||| || | |||  ||||||| ||||| |||||||||    
T  13454163 tgataatcttgagaattactgtccccaattgacactcactg---atggttccaaatacagtgatggaaccagcactcatggaggcttctctgactcaatg 13454067  T
Q  227 gttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctctta 326  Q
    ||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||||||  || | |||||| ||||| |||||  | || || ||||||||||||     
T  13454066 gtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttc 13453967  T
Q  327 gacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaa 426  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  13453966 gacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaa 13453867  T
Q  427 agtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcag 526  Q
     ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||| ||    
T  13453866 tgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcatttctaataagccgtgatccaaagcagatgaag 13453767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 486
Target Start/End: Original strand, 13388988 - 13389444
Alignment:
Q  30 tagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgc 129  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||     
T  13388988 tagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgt 13389087  T
Q  130 cgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggtt 229  Q
     ||| || |||| ||||||||  ||| || ||||   ||||    ||  |||| ||| ||||| || | ||| ||||||||||  || |||||| |||||    
T  13389088 tgacaatcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatggaacgagcacatatggaggttattctgactcattggtt 13389187  T
Q  230 gcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagac 329  Q
    ||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||||     
T  13389188 gcagatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagat 13389287  T
Q  330 attttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagt 429  Q
    ||| ||||||||| || |||||| |   |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  ||    
T  13389288 attatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgt 13389387  T
Q  430 gactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
     || || |||||||| || || || || || || |||||||||||||||||||||||    
T  13389388 aacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagc 13389444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 486
Target Start/End: Original strand, 13385167 - 13385623
Alignment:
Q  30 tagtaacagaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgc 129  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||||||| || ||| |||||||||     
T  13385167 tagtgacaaaggtgggaagcaaagtagaaaagttcaatgttggagacaaagtaggtgttggctacataattgattcatgtcgatcgtgtcaaaattgtgt 13385266  T
Q  130 cgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggtt 229  Q
     ||| || |||| ||||||||| ||  ||| |||   ||| |   ||| | |  ||||||||| || |||||  | |||||||  || |||||| |||||    
T  13385267 tgacaatcttgaaaattactgccccgcatacactactacagttggtggcatgcatcgtgatggaaccatcacacacggaggttattctgactcattggtt 13385366  T
Q  230 gcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagac 329  Q
    |  |  ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||||     
T  13385367 gtggctgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagat 13385466  T
Q  330 attttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagt 429  Q
    | |||||||||||||| |||||| |  || | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  13385467 actttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgt 13385566  T
Q  430 gactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
    ||| ||||||||||| ||  |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13385567 gaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagc 13385623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 197 - 486
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393851
Alignment:
Q  197 atcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttcttt 296  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |||||   ||| | |||||| ||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  297 gcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggc 396  Q
    | || ||  | || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttggg 13393761  T
Q  397 tgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || || || || |||||||||||| || |||||||    
T  13393762 tgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagc 13393851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 13373344 - 13373039
Alignment:
Q  187 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 286  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | ||||||||  |||| ||||| ||||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
T  13373344 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 13373245  T
Q  287 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 386  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||| ||||| ||| | | | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || || |||||||||||| | |    
T  13373244 cctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 13373145  T
Q  387 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || || || || || || ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||||||    
T  13373144 gtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 13373045  T
Q  487 agactc 492  Q
     |||||    
T  13373044 tgactc 13373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 13379140 - 13378835
Alignment:
Q  187 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 286  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| |    
T  13379140 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 13379041  T
Q  287 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 386  Q
    ||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  | | |||||||||| | ||||| |||||  || ||||||| || || |||||||||||| | |    
T  13379040 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 13378941  T
Q  387 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 486  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||| || ||||| ||  | |||||||| || |||| |||||||||    
T  13378940 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagc 13378841  T
Q  487 agactc 492  Q
     |||||    
T  13378840 tgactc 13378835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 38 - 112
Target Start/End: Original strand, 13393403 - 13393477
Alignment:
Q  38 gaggtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgt 112  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||| | | |||||||| ||||||    
T  13393403 gaggtaggaagcaaagtagagaagttcaaaattggagacaaagtgggtgtgggatgcttagttgattcgtgtcgt 13393477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 8e-69; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 184 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 47601427 - 47601119
Alignment:
Q  184 tcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgcc 283  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | |     
T  47601427 tcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctact 47601328  T
Q  284 ggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggac 383  Q
    | |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  47601327 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggac 47601228  T
Q  384 ttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttagg 483  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||    
T  47601227 ttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagg 47601128  T
Q  484 agcagactc 492  Q
    ||| |||||    
T  47601127 agctgactc 47601119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 47601570 - 47601482
Alignment:
Q  41 gtgggaagcaaagtaaaaaagtttaaagttggagacaaagtaggggtgggatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgc 129  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || || | |||| | ||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  47601570 gtgggaagcaaagtagaaaagttcaaagttggagacaaagtgggtgttggcttcatgatcgattcatgcagatcgtgtcaaaattgtgc 47601482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 187 - 426
Target Start/End: Original strand, 28430528 - 28430767
Alignment:
Q  187 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 286  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||  | |||||   |||||||||  |||||||  ||||| |||||||||||| ||| | |    
T  28430528 tgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatgctgcagct 28430627  T
Q  287 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 386  Q
    ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||| | | | |||||||||| || || |||    || |  |||| || || ||||||||||||||||    
T  28430628 cctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttggtggacttg 28430727  T
Q  387 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaa 426  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28430728 gtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaa 28430767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University