View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7229_low_1 (Length: 1081)

Name: NF7229_low_1
Description: NF7229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7229_low_1
NF7229_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-921)||(6703330-6704232)
chr7 (1011-1072)||(6703178-6703239)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 6704232 - 6703330
Alignment:
Q  20 gataggagatgttcttcctttcatcaattcttgaaacatctcagcacaaaaacaatacacaattcaatacactcttttatactatgtctaagcatacata 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704232 gataggagatgttcttcctttcatcaattcttgaaacatctcagcacacaaacattacacaattcgatacactcttttatactatgtctaagcatacata 6704133  T
Q  120 tatatgtgcatgttttagtcgaaagttaatgatttaaa-gtacatatcaaactatattgttgtatttgcattggttggtgatttatgtgtactttacttt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704132 tatatgtgcatgttttagtcgaaagttaatgatttaaaagtacatatcaaactatattgttgtatttacattggttggtgatttatgtgtactttacttt 6704033  T
Q  219 tacatacaaattaatcatcatatttatgtgcacgaggccatgcattgagtgatattattatccattagtgtatatgtgccattatggtgtgtccaccatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6704032 tacatacaaattaatcatcatatttatgtgcacgaggccatgcattgagtgatattattatccattagtgtatatgtgccattatggtgtgtccaccatg 6703933  T
Q  319 aatgaaactttg-aatacttcatgcacacacttcattatcgaattacatcactactacttgttgcctcattattacttaataaaggtttgaatccttaca 417  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703932 aatgcaactttgaaatacttcatgcacacacttcattatcgaattacaccactactacttgttgcctcataattacttaataaaggtttgaatccttaca 6703833  T
Q  418 agaaacggggtagcatatacattggatctttaaataatcatgcatgctctta---agatatctatagctagatctgacctaggataaaatttctaag-nn 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |       
T  6703832 agaaacggggtagcatatacattggatctttaaataatcatgcatgctcttaattagatatctatagctagatctgacctaggataaaatatctacgttt 6703733  T
Q  514 nnnnnaacaatgattagatgctaacttttcattttcatttagcttatgctaccataggtttagcttttcttgttccatatatctgagatagtttaggtct 613  Q
         ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  6703732 tttttaacaatgattagatgataacttatcatttttatttagatgatgctaccatagatttagcttttcttgttccatatatctgagataagttaggtct 6703633  T
Q  614 tgttctcttgttctccccatttgcacaatcgttcttctcttctacactattgttcatagagatatggattcttaagcaaacaaactaattaaatgaaat- 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||      ||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  6703632 tgttctcttgttctccccatttgcaccatccttcttctcttctacaccattgctcataga------gattcttaagcaaacaaactaataaaattaaatg 6703539  T
Q  713 taattattgcttcactttatagactatatacttctcaatcaaccttgtatttttaagaaaatatgacatgtttccactaaaattatttcaactccttaaa 812  Q
     || || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6703538 aaactagtgctttactttatagagtatatacttctcaatcaaccttgtatttttaagaaaatattacatgtttccactaaaattatttcgactccttaaa 6703439  T
Q  813 tgtgaaagaattcgatttcaacatcatcctccaaccatataacactaggtactctatcataatattcttgataaaatgtcctagaaaatcgactataatg 912  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703438 cgtgaaagaaatcgatttcaacatcatcctccaaccatataacactaggtactctatcataatattcttgataaaatgtcctagaaaatcgactataatg 6703339  T
Q  913 atgaataac 921  Q
    |||||||||    
T  6703338 atgaataac 6703330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1072
Target Start/End: Complemental strand, 6703239 - 6703178
Alignment:
Q  1011 ttggaagaatatcataccaaattaatatgatcaatggcataaacacaaattctgatgtccat 1072  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6703239 ttggaagaatatcataccaaattaatatgatcaatggcataaacacaaattctgatgtccat 6703178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University