View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7229_low_5 (Length: 664)

Name: NF7229_low_5
Description: NF7229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7229_low_5
NF7229_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-648)||(49824016-49824645)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 648
Target Start/End: Original strand, 49824016 - 49824645
Alignment:
Q  16 acatcatgggaaataaaagaaggagctccaatccacgatacacaaaaagcataagttgacactacttcttaaactatgtctgaatcaacaatactcaatt 115  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49824016 acatcatcgaaaataaaaggaggagcttcaatccacgatacacaaaaagcacaagttgacactactt---aaactatgtctgaatcaacaatactcaatt 49824112  T
Q  116 agatgcaagacagacgaacaaaggcatagtcaactgacatgggttttttaaactttcgaagtcttaatgcgcttagacactggcataggtttgttaattg 215  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49824113 agatgcaaggcagacaaacaaaggcatagtcaactgacatgggatttttaaactttcgaagtcttaatgcgcttagacactggcataggtttgttaattg 49824212  T
Q  216 acccttcgccgacgtcaggtttgccaaaatcagagcccacactatcagttgtcctcttgccaactcccttactctttggtgnnnnnnnattgtccatccg 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||       ||||||||||||    
T  49824213 acccttcgccgacttcaggtttgtcaaaatcagagcccacactatcagttgtcctcttgccaactcccttgctcttcggtgttttttcattgtccatccg 49824312  T
Q  316 cttgccaattaccttactgcttggtgtcttgtcactgtccttagtattttccactcccttacggctaggtgttatgtcttcacaatccttattccttccc 415  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49824313 cttgccaattacctcactgcttggtgtcttgtcattgtccttagtattttccactcccttacggctaggtgttatgtcttcacaatccttattccttccc 49824412  T
Q  416 actcccttactgcttggtgtattctcgttgtccttcatcttgttatcagattttgtagaatcaccgccctcaatttgaatatgctgcagttgacatacat 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49824413 actcccttactgcttggtgtattctcattgtccttcatcttgttatcagattttgtagaatcaccgccctcaatttgaatatgctgcagttgacatacat 49824512  T
Q  516 gtgaaaataagcaagaataccatctaaaataaggacttttatacttcaaaatggttataaacaaaagtgagacaaatacagttggtgttttataatccac 615  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49824513 gtgaaaataagcaagatgaccatctaaaataaggacttttatacttcaaaatggttataaacaaaagtgagacaaatacagttggtgttttataatccac 49824612  T
Q  616 acaaaatgatttaaccaaaggatagcaagatat 648  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49824613 acaaaatgatttaaccagaggatagcaagatat 49824645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University