View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7233_low_15 (Length: 275)

Name: NF7233_low_15
Description: NF7233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7233_low_15
NF7233_low_15
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-275)||(24264220-24264494)
chr7 (1-275)||(16881843-16882117)
chr7 (1-275)||(21641606-21641880)
chr7 (1-264)||(12404886-12405149)
chr7 (1-275)||(18410573-18410847)
chr7 (2-275)||(9188042-9188315)
chr7 (1-275)||(21985835-21986109)
chr7 (1-272)||(24272800-24273075)
chr7 (1-273)||(3321763-3322035)
chr7 (1-273)||(7072985-7073257)
chr7 (1-273)||(25403591-25403863)
chr7 (1-273)||(25408348-25408620)
chr7 (2-195)||(5071573-5071756)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-275)||(18857492-18857766)
chr4 (21-275)||(9227298-9227552)
chr4 (1-275)||(3791030-3791304)
chr4 (1-270)||(16626894-16627163)
chr4 (1-275)||(5144826-5145098)
chr4 (1-273)||(15315251-15315523)
chr4 (1-273)||(4568277-4568549)
chr4 (155-273)||(16637095-16637213)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (1-275)||(17206-17480)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-275)||(10687161-10687435)
chr8 (1-275)||(35742305-35742579)
chr8 (1-275)||(33035830-33036104)
chr8 (1-275)||(18868567-18868841)
chr8 (1-275)||(26298298-26298572)
chr8 (1-275)||(26311555-26311829)
chr8 (1-275)||(26401247-26401521)
chr8 (1-273)||(4814201-4814473)
chr8 (1-273)||(16754235-16754507)
chr8 (1-273)||(28330829-28331101)
chr8 (1-273)||(28893698-28893970)
chr8 (1-273)||(25682841-25683113)
chr8 (161-273)||(15947596-15947708)
chr8 (56-261)||(21040376-21040581)
chr8 (43-233)||(40827235-40827425)
chr8 (1-60)||(40827427-40827486)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-275)||(14740469-14740743)
chr6 (1-275)||(33333973-33334247)
chr6 (25-260)||(24434226-24434460)
chr6 (1-273)||(13881673-13881945)
chr6 (1-273)||(35203038-35203310)
chr6 (1-270)||(17691827-17692096)
chr6 (1-273)||(25944603-25944875)
chr6 (1-273)||(22347948-22348222)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (1-275)||(28805619-28805893)
chr5 (1-271)||(27446739-27447009)
chr5 (1-275)||(33769955-33770229)
chr5 (1-275)||(43594037-43594311)
chr5 (1-275)||(43626831-43627105)
chr5 (1-275)||(31399889-31400163)
chr5 (1-275)||(37559490-37559764)
chr5 (2-275)||(24558481-24558754)
chr5 (2-275)||(24599513-24599786)
chr5 (1-201)||(28833975-28834175)
chr5 (11-243)||(31301258-31301490)
chr5 (1-273)||(25450691-25450963)
chr5 (2-145)||(30102731-30102874)
chr5 (116-243)||(31333674-31333801)
chr5 (198-275)||(28835415-28835492)
chr5 (10-145)||(28664136-28664275)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-275)||(22171205-22171479)
chr3 (1-275)||(2675117-2675391)
chr3 (1-275)||(8514010-8514284)
chr3 (1-275)||(32477256-32477530)
chr3 (1-275)||(1307787-1308061)
chr3 (1-275)||(16256985-16257259)
chr3 (1-275)||(3326423-3326697)
chr3 (1-273)||(54191442-54191714)
chr3 (1-273)||(10095781-10096053)
chr3 (1-273)||(10202667-10202939)
chr3 (1-273)||(10899943-10900215)
chr3 (1-273)||(47879864-47880136)
chr3 (1-273)||(10609748-10610020)
chr3 (1-271)||(16460400-16460670)
chr3 (1-126)||(22623100-22623225)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (2-275)||(41395168-41395441)
chr1 (1-275)||(47701934-47702208)
chr1 (1-166)||(47101013-47101178)
chr1 (104-275)||(13599886-13600057)
chr1 (1-273)||(9524662-9524934)
chr1 (1-273)||(2396230-2396502)
chr1 (154-191)||(13599844-13599881)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (1-275)||(282-556)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-275)||(19346194-19346468)
chr2 (1-271)||(39484673-39484943)
chr2 (1-270)||(39486113-39486382)
chr2 (1-270)||(31057874-31058143)
chr2 (2-254)||(31134502-31134754)
chr2 (1-273)||(39685181-39685453)
chr2 (1-271)||(22714209-22714479)
chr2 (1-273)||(20051736-20052008)
chr2 (1-273)||(2739139-2739411)
chr2 (110-273)||(17935018-17935181)
chr2 (53-129)||(27568379-27568455)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (1-275)||(33955-34229)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (104-275)||(7683-7854)
scaffold0006 (154-191)||(7641-7678)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (44-273)||(161-390)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (43-233)||(4811-5001)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 24264494 - 24264220
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264494 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 24264395  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264394 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 24264295  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24264294 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 24264220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 16881843 - 16882117
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881843 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 16881942  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16881943 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 16882042  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882043 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 16882117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 21641606 - 21641880
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641606 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 21641705  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641706 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 21641805  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21641806 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttaaatgaaacccttagccacaagtcttgctttgtaccttggac 21641880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Original strand, 12404886 - 12405149
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404886 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccataaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 12404985  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12404986 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataactatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 12405085  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgcttt 264  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405086 aaaagatctcgttgtagtctatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgcttt 12405149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 18410573 - 18410847
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410573 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcgtccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 18410672  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410673 tgtaagaaagcaatcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 18410772  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18410773 aaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 18410847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 2 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9188315 - 9188042
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9188315 ttcaatccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccgtttgctccatgtagattgtctcttcaagatcaccat 9188216  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  9188215 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcactaccagtga 9188116  T
Q  202 aaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9188115 aaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 9188042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 21985835 - 21986109
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985835 cttcaaccgatacaaagatttctttaaaaaacataccttagacttgtctttcaaaaaaccttctggtttctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 21985934  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21985935 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 21986034  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986035 agaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 21986109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24273075 - 24272800
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24273075 cttcaacccatacaaagatttcttcaatagatataccttagacttgtcctccacaaaatcttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaagtcacca 24272976  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactc----aagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccacc 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272975 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcgatcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccacc 24272876  T
Q  197 ggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttg 272  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24272875 ggtgagaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgacacccttagccacaagtcttgctttgtaccttg 24272800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 3321763 - 3322035
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  3321763 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 3321862  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  3321863 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 3321962  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  3321963 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 3322035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7073257 - 7072985
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  7073257 cttcaatccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 7073158  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7073157 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 7073058  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  7073057 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 7072985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 25403863 - 25403591
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  25403863 cttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 25403764  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || | ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25403763 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaataatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 25403664  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  25403663 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtcttgccttataccttgg 25403591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 25408620 - 25408348
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  25408620 cttcaacccatacatggatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 25408521  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || | ||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  25408520 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaataatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccgatg 25408421  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  25408420 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 25408348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 195
Target Start/End: Original strand, 5071573 - 5071756
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||      ||| || |||||| |||||   | | |||||| ||| |  ||||    
T  5071573 ttcaaccaatacaaatatttcttcaaaagacacatcttagacttgtcttc------accctctggttgcaccatg---agtctctcttaaagctttccat 5071663  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 195  Q
    |||||||   | ||||||| |||||||||||||||||  ||||  || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5071664 gtaagaacatgatcttcacgtccatttgttccaactcg-gattatatcgattcacaatcgctataagtatccttatggaacaatgtttcaccac 5071756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 18857492 - 18857766
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857492 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 18857591  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857592 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 18857691  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18857692 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 18857766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9227552 - 9227298
Alignment:
Q  21 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227552 tcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttctagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcac 9227453  T
Q  121 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9227452 atccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccactggtgaaaagatctcgttgtagtcg 9227353  T
Q  221 atcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227352 atcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 9227298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 3791304 - 3791030
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3791304 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccaaaaaaccttccggttgctccatgtagattttctcttcaaggtcacca 3791205  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791204 tgtaacaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 3791105  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  3791104 agaagatctcattgtactcgatcccctccacttgagtgaaacccttgaccacaagtcttgctttgtacctaggac 3791030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16627163 - 16626894
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16627163 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctctacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtcttttcaaggtcacca 16627064  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16627063 tgtaagaaaacggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccatcggtg 16626964  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacct 270  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16626963 agaagatctcattgtagtccatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacct 16626894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 5144826 - 5145098
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  5144826 cttcaacccatacaaagatttctttaaaagacataccttagacttgtctttcacaaaaccttccggttgctccatgta--ttgtctcttcaaggtcacca 5144923  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5144924 tgtaagaaagcagtcttcacatccatttgttcaaactcaagattgaattgattcacaataaccataagtatcgttatggaacaatgtttcaccaccggtg 5145023  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5145024 agaagatctcattgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccataagtattgctttgtaccttggac 5145098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15315523 - 15315251
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||    || || || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  15315523 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttctattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 15315424  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  15315423 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 15315324  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  15315323 aaaagatttcattgtagtcaatcccttcaacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 15315251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4568549 - 4568277
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| |||||  | ||||| |  || |||    
T  4568549 cttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatattttcttccaactctcca 4568450  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  4568449 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttatcaccggtg 4568350  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  4568349 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 4568277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 155 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 16637213 - 16637095
Alignment:
Q  155 acaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaa 254  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  16637213 acaatcgccataagtacccttattgaacaatgttttaccaccgctgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacatgagtaaaaccctttgctacaa 16637114  T
Q  255 gtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    | ||||| || ||||||||    
T  16637113 gccttgccttataccttgg 16637095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 17480 - 17206
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17480 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 17381  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17380 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 17281  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17280 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 17206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10687435 - 10687161
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687435 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 10687336  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10687335 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 10687236  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10687235 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 10687161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 35742305 - 35742579
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742305 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 35742404  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35742405 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 35742504  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35742505 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggac 35742579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33036104 - 33035830
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036104 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 33036005  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33036004 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 33035905  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035904 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagccacaagtcttgctttgtaccttggac 33035830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18868841 - 18868567
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868841 cttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacacaccttggacttgtcctccacagaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 18868742  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868741 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 18868642  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868641 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagccacaagtcttgctttgtaccttggac 18868567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 26298298 - 26298572
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26298298 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcacca 26298397  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298398 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 26298497  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298498 aaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 26298572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 26311555 - 26311829
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26311555 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaacctttcggttgctccatgtagattgtctctttaaggtcacca 26311654  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311655 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 26311754  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311755 aaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 26311829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26401521 - 26401247
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26401521 cttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacct 26401422  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401421 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 26401322  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401321 agaatatctcattgtagtcgatctcctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 26401247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 4814201 - 4814473
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  4814201 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 4814300  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4814301 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 4814400  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  4814401 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 4814473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 16754235 - 16754507
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  16754235 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 16754334  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  16754335 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtg 16754434  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  16754435 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaagccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 16754507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 28331101 - 28330829
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||||||||  |||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  28331101 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctagttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 28331002  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  28331001 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtg 28330902  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  28330901 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtcttgccttataccttgg 28330829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 28893970 - 28893698
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || | ||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  28893970 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctataaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 28893871  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || || |||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  28893870 tgtagaaatgcagtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 28893771  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||    
T  28893770 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagttttgctttatacattgg 28893698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 25683113 - 25682841
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || |||||||||||  |||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  25683113 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctagttattgcatatagatagtttcttccaactctcca 25683014  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||   |    || ||||| |||||||||| | |||| |||||||| || ||||||||||    
T  25683013 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctagctcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacctttatagaacaatgctttaccaccggtg 25682914  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  25682913 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 25682841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 15947708 - 15947596
Alignment:
Q  161 gccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttg 260  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||| |||| |||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  15947708 gccataagtatccttatacaagaatgttttaccatcggtgaaaagattttgttgtaatcgatcccttccacctgagtaaaacccttagccacaagtcttg 15947609  T
Q  261 ctttgtaccttgg 273  Q
    | || ||||||||    
T  15947608 ccttataccttgg 15947596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 56 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 21040581 - 21040376
Alignment:
Q  56 aaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattca 155  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||   |    || |    
T  21040581 aaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttcttactcaagatcatacatgttaa 21040482  T
Q  156 caatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaag 255  Q
    ||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||    
T  21040481 caatctccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagatttcattgtaatcaatcccttccaactgagtaaaaccctttgctacaag 21040382  T
Q  256 tcttgc 261  Q
    ||||||    
T  21040381 tcttgc 21040376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 40827425 - 40827235
Alignment:
Q  43 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 140  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  40827425 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 40827328  T
Q  141 gattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccactt 233  Q
    ||||| ||| ||| |  |||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| ||||    
T  40827327 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttgtactcaattccctcaactt 40827235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 40827486 - 40827427
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaacc 60  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||    
T  40827486 cttcaacctatagaaagatatcttcaaaatatgcaacttagacttgtcctccacaaaacc 40827427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14740743 - 14740469
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740743 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 14740644  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14740643 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 14740544  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740543 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 14740469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33334247 - 33333973
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33334247 cttcaacccgtacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 33334148  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33334147 tgtaagaaagcggtcttcacatccatctgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 33334048  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33334047 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttttccacaagtcttgctttgtaccttggac 33333973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 25 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 24434460 - 24434226
Alignment:
Q  25 caaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatcc 124  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |    
T  24434460 caaaagacataccttagacttgtccaacacaaa-ccttcaggtttctccatatagattttcttttcaagatcaccgagtaagaaagcggtctttacatgc 24434362  T
Q  125 atttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcc 224  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||    
T  24434361 atttgttccaactcaaggttgaattgattcacaataaccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgagaatatctcattgtagtaaatcc 24434262  T
Q  225 cctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttg 260  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24434261 cctccacttgagtgaaacccttggccataagtcttg 24434226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 13881945 - 13881673
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  13881945 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 13881846  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13881845 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 13881746  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  13881745 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 13881673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 35203038 - 35203310
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  35203038 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 35203137  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  35203138 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 35203237  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  35203238 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 35203310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 17691827 - 17692096
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  17691827 cttcaacccatacaaagatttcttcaataaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatggtttcttccaactctcca 17691926  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  17691927 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 17692026  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacct 270  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  17692027 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttatacct 17692096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 25944875 - 25944603
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| || | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  25944875 cttcaacccgtacaaaaatttcttaaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 25944776  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg-aattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggt 199  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   || || || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  25944775 tgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcataaatg-ttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggt 25944677  T
Q  200 gaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    |||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||||||||    
T  25944676 gaaaagatttcattgtaatcaatcccttccacttgagtaaaaccctttgctagaagtcttgccttataccttgg 25944603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 22347948 - 22348222
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgta--gattgtctcttcaaggtcac 98  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| ||  ||| || ||||| |  || |    
T  22347948 cttcaacccatacaaatatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatatagatagtttcttccaactctc 22348047  T
Q  99 catgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccgg 198  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| | |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  22348048 catgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgtcataagtacccttatagaacaatgttttaccaccgg 22348147  T
Q  199 tgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||||| || ||||| || ||| | | ||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||    
T  22348148 tgaaaagatttcattgtaatcaatcacttacacctaagtaaaaccctttgctacaagtcatgccttataccttgg 22348222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 28805893 - 28805619
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805893 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacgcaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 28805794  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805793 tgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 28805694  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805693 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 28805619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Original strand, 27446739 - 27447009
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446739 cttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 27446838  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27446839 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 27446938  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacctt 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27446939 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacctt 27447009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 33769955 - 33770229
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33769955 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 33770054  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33770055 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 33770154  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33770155 aaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggac 33770229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 43594037 - 43594311
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594037 cttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 43594136  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43594137 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 43594236  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594237 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 43594311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 43626831 - 43627105
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43626831 cttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 43626930  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43626931 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataaatatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 43627030  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627031 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 43627105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 31400163 - 31399889
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31400163 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 31400064  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31400063 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 31399964  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31399963 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctacacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggac 31399889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 37559764 - 37559490
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559764 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacgccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 37559665  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37559664 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattaattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 37559565  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37559564 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggac 37559490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 2 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 24558754 - 24558481
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  24558754 ttcaacccatataaagatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgt 24558655  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 201  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24558654 gtaagaaagcggtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 24558555  T
Q  202 aaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24558554 gaagatctcattgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggac 24558481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 2 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 24599786 - 24599513
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  24599786 ttcaacccatataaagatttattcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtaaccgt 24599687  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 201  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599686 gtaagaaagcggtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 24599587  T
Q  202 aaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24599586 gaagatctcattgtagtcaatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggac 24599513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 28833975 - 28834175
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28833975 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagatataccttagacttgtcatccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 28834074  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28834075 tgtaagaaagcggtcttcacatctatttgttccaaattaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 28834174  T
Q  201 a 201  Q
    |    
T  28834175 a 28834175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 11 - 243
Target Start/End: Original strand, 31301258 - 31301490
Alignment:
Q  11 tacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaag 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||  ||||   |||||||||||| || ||||   ||||||||||| |    
T  31301258 tacaatgatttcttcaaaagacacaccttagatttgtcttccataaaacctttcgaatgctttgtgtagattgtctttttaaggggtccatgtaagaatg 31301357  T
Q  111 cggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctc 210  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  || |||| | | |||||| ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  31301358 cggcattcacatccatttgttccaactcaatattgtattgataaacgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttctaccggtgagaagatctc 31301457  T
Q  211 gttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacc 243  Q
     || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31301458 attttagttgatcccctcaacttgagtgaaacc 31301490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 25450963 - 25450691
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||  | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  25450963 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttattgcatatagatagtttcttccaactctcca 25450864  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25450863 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 25450764  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  25450763 aaaagatttcgttgtaatcaatcccttccacctaagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 25450691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 145
Target Start/End: Original strand, 30102731 - 30102874
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30102731 ttcaactcatacaaatatttcttcaaaagacccaccgtagatttatcctctacaaaaccttttggttgctctatgtaaattgtctcttcaaggtctccat 30102830  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 145  Q
    |||||||| | || | |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  30102831 gtaagaaaaccgtttacgtatccatttgttccaactcaaaattg 30102874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 243
Target Start/End: Original strand, 31333674 - 31333801
Alignment:
Q  116 ttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgt 215  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || | ||||||| || |||| | | |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |    
T  31333674 ttcacatcaatttgttccaactcaatatcgtattgattaacgatagtcgtgagtatctttatggaacaatgtttttccaccggtgaaaagatctcatttt 31333773  T
Q  216 agtcgatcccctccacttgagtgaaacc 243  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31333774 agttgatcccctcaacttgagtgaaacc 31333801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 198 - 275
Target Start/End: Original strand, 28835415 - 28835492
Alignment:
Q  198 gtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28835415 gtgagaagatctcattgtagtcgattcccttcacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctaggac 28835492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 145
Target Start/End: Original strand, 28664136 - 28664275
Alignment:
Q  10 atacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaa---aacct-tccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaa 105  Q
    |||||| ||||| |||||| || | ||||||||||| ||||| ||||   || || || |||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||      
T  28664136 atacaatgatttattcaaatgaaataccttagacttttcctctacaattaaatctctctggttgctccatgtagattttttcttcaaggtaaagatgttg 28664235  T
Q  106 gaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattg 145  Q
    |||  || ||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  28664236 gaacacgctcttcacatccatgtgtttcaacttaagattg 28664275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 22171479 - 22171205
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171479 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 22171380  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22171379 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 22171280  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171279 aaaaaatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 22171205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 2675391 - 2675117
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675391 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 2675292  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2675291 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagatcgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 2675192  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2675191 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 2675117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 8514010 - 8514284
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514010 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 8514109  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514110 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 8514209  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514210 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 8514284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 32477256 - 32477530
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477256 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 32477355  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477356 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcactatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 32477455  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477456 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 32477530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 1307787 - 1308061
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1307787 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttgaaggtcacca 1307886  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1307887 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacgatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 1307986  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1307987 aaaagatctcattgtagtcgatcccctccacttaagtgaaacccttggccacaagtcttgttttgtaccttggac 1308061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 16256985 - 16257259
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16256985 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 16257084  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16257085 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagtcataagtatccttatggtacaatgtttcaccaccggtg 16257184  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16257185 aaaatatcttattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagccacaagtcttgctttgtaccttggac 16257259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 3326697 - 3326423
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326697 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacattccttagatttgtcttctacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 3326598  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3326597 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagcgatatgtatccttatggaacaatgtttcaccaccggta 3326498  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3326497 agaagatctcattgtagtcgatcccctccatttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtaccttggac 3326423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 54191714 - 54191442
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  54191714 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 54191615  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54191614 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgtttcaccaccggtg 54191515  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  54191514 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 54191442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 10095781 - 10096053
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  10095781 cttcaacccgtacaaagatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 10095880  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10095881 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 10095980  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  10095981 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 10096053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 10202667 - 10202939
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| || | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  10202667 cttcaacccgtacaaatatttcttgaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 10202766  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10202767 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 10202866  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  10202867 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 10202939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10900215 - 10899943
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| |  || |||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  10900215 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttatacgaaaccttctggttgctgcatatagatagtttcttccaactctcca 10900116  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10900115 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 10900016  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| || ||||||||    
T  10900015 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctgcaagtcttgccttataccttgg 10899943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 47879864 - 47880136
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  47879864 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 47879963  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |   ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  47879964 tgtagaaatgcggtcttcacatccatatgttctaactcaagatcatacatattaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccatcggtg 47880063  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||  ||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||    
T  47880064 aaaagatttcattgtaatcaatccattccacctgagtaaaacccattgctacaagtcttgccttataccttgg 47880136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 10609748 - 10610020
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |  ||||| || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  10609748 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaaaacaaacttttgtattgtcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 10609847  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||   |    || |||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  10609848 tgtagaaatgcggtcttcacatccattcgttctaactcaagatcatacatgttaacaattaccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 10609947  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  10609948 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaatcctttgctacaagtcttgccttataccttgg 10610020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 16460670 - 16460400
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  16460670 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 16460571  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  16460570 tgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtg 16460471  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacctt 271  Q
    ||||||| || ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  16460470 aaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttatacctt 16460400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Original strand, 22623100 - 22623225
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  22623100 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacatacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 22623199  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccat 126  Q
    ||||  || |||||||||||||||||    
T  22623200 tgtagaaatgcggtcttcacatccat 22623225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 275
Target Start/End: Original strand, 41395168 - 41395441
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41395168 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtgaccat 41395267  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41395268 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtga 41395367  T
Q  202 aaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395368 aaagttctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 41395441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 47702208 - 47701934
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702208 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgttctccacaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 47702109  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47702108 tgtaagaaagcggtattcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 47702009  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||    
T  47702008 agaagatctcattgtagtcgatcccctccactttagtgaaacccttggctacaagtctttctttgtacctaggac 47701934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 47101178 - 47101013
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47101178 cttcaacctatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccagttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 47101079  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccata 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47101078 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattcaattgattcacaatagccata 47101013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 104 - 275
Target Start/End: Original strand, 13599886 - 13600057
Alignment:
Q  104 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  13599886 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 13599985  T
Q  204 agatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  13599986 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggac 13600057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9524934 - 9524662
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  9524934 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 9524835  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9524834 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 9524735  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  9524734 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 9524662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 2396230 - 2396502
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  2396230 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaaatctcca 2396329  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  2396330 tgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 2396429  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    | ||||| || ||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  2396430 agaagatttcattgtaataaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 2396502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 191
Target Start/End: Original strand, 13599844 - 13599881
Alignment:
Q  154 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13599844 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 13599881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 556 - 282
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  556 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcttccacaaaaccttcaggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 457  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  456 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 357  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  356 aaaagatctctttgtagtcgatcccctccacttgggtgaaaccctttgccacaagtcttgctttataccttggac 282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 19346194 - 19346468
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346194 cttcaacccatacaaagattttttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgttccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 19346293  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19346294 tataagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgcttcaccaccggtg 19346393  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  19346394 aaaagatctcgttgtagtcgaccccctccacttgagtgaaaccctttaccacaagtcttgctttataccttggac 19346468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Original strand, 39484673 - 39484943
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39484673 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctctacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggttacca 39484772  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39484773 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 39484872  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacctt 271  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39484873 agaatatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttgtacctt 39484943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 39486382 - 39486113
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39486382 cttcaacccatacaaagatatcttcaaaagacatatcttagacttgtcctccacaaaaccttctggttactccatgtagattgtctcttcaaggtcaaca 39486283  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39486282 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttcttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 39486183  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacct 270  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39486182 agaagatctcattgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacccttagccacaagtcttgctttgtacct 39486113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 31057874 - 31058143
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  31057874 cttcaactcatacaaagatttcttcaaaagacataccttagacttgtcctccacaaaaccttccaattgctccatgtagattgtctcttcatggtcagca 31057973  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31057974 tgtaagaaatcagtcttcacatccatttgttccaacttaagattgaattgattcacaatggtcataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccgatg 31058073  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacct 270  Q
    | |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  31058074 agaagatctgattgtagtggatcccctccacttgagtgaaacccttggccacaagtcttgctttctacct 31058143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31134754 - 31134502
Alignment:
Q  2 ttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccat 101  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  31134754 ttcaacacatacaacaatttcttcaaaagacacatcttggacttgtcctccataaaaccttccagtttctccatatagatcgtctcttcaatgtcaccat 31134655  T
Q  102 gtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtga 201  Q
     |||||| |||||||||| || |||||  | ||||||||||||| | |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  31134654 ataagaaggcggtcttcatatacattttcttcaactcaagattgtaatgattcatggtagctataagtaaccttatggaacaatgcttcaccacatgtga 31134555  T
Q  202 aaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaa 254  Q
    ||||||||| | |||||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||    
T  31134554 aaagatctcatagtagtcaatcccttcaactagagtgaaaccctttcccacaa 31134502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 39685453 - 39685181
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||| ||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  39685453 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaacgttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 39685354  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  39685353 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagattatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtg 39685254  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  39685253 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttcgctacaagtcttgccttataccttgg 39685181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 271
Target Start/End: Original strand, 22714209 - 22714479
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |  ||||| || ||||||||||  ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  22714209 cttcaacccatacaaagatttcttcaacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttatggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 22714308  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||    
T  22714309 tgtagaaatgcggtattcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttactaccggtg 22714408  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtacctt 271  Q
    ||||||| || ||||| || ||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  22714409 aaaagatttcattgtaatcaatcacttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttatacctt 22714479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 20051736 - 20052008
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| | |||||| || |  || || || || |||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  20051736 cttcaaccgatacaaagttttcttcaacaaacacactttggtattatcttctacgaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 20051835  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  20051836 tgtagaaatgcggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtg 20051935  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  20051936 aaaagatttcattataatcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 20052008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 2739411 - 2739139
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||   | | |||||| || |  ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||    
T  2739411 cttcaacccatacaaagatttctattacaaacacacttttgtattgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctcca 2739312  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||  || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  2739311 tgtagaaatgtggtcttcacatccatttgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccagcggtg 2739212  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  2739211 aaaagatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacccttagctacaagtcttgccttataccttgg 2739139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 17935181 - 17935018
Alignment:
Q  110 gcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatct 209  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   |    || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  17935181 gcggtcttcacatccatctgttctaactcaagatcatacatgttaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaagattt 17935082  T
Q  210 cgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    | |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  17935081 cattgtagtcaatcccttccacctgagtaaaaccctttgctacaagtcttgccttataccttgg 17935018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 129
Target Start/End: Original strand, 27568379 - 27568455
Alignment:
Q  53 acaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttg 129  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||||||| ||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||    
T  27568379 acaaaaccttcaggttgttccatatagattacttcttcaagttcaccatttaaaaaagttgttttcacatccatttg 27568455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 33955 - 34229
Alignment:
Q  1 cttcaacccatacaaagatttcttcaaaagacacaccttagacttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  33955 cttcaacccatacaaagatttctttaaaagacacaccttagacttgtcctccccaaaaccttctggttgctccatgtagattgtctcttcaagggtacca 34054  T
Q  101 tgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 200  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34055 tgtaagaaagcagtctttacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatatccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtg 34154  T
Q  201 aaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34155 agaagatctcattatactcgatcccctccacctaagttaaacccttggccacaagtcttgttttgtacctaggac 34229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 104 - 275
Target Start/End: Original strand, 7683 - 7854
Alignment:
Q  104 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaa 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7683 aagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaataatgtttcaccactggtgaga 7782  T
Q  204 agatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaaccctttgccacaagtcttgctttgtaccttggac 275  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  7783 agatctcattgtagtcgatcccctccacttgattgaaacccttggccacaagtcttgctttgtatcttggac 7854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 191
Target Start/End: Original strand, 7641 - 7678
Alignment:
Q  154 cacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttca 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7641 cacaatagccataagtatccttatggaataatgtttca 7678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 44 - 273
Target Start/End: Original strand, 161 - 390
Alignment:
Q  44 ttgtcctccacaaaaccttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaagat 143  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |  || |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  161 ttgtcttctacaaaaccttctggttgttgcatatagatagtttcttccaactctccatgtagaaatgcggtcttcacatccatctgttctaactcaagat 260  T
Q  144 tgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccacttgagtgaaacc 243  Q
       |   ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||    
T  261 catacatattaacaatcgccataagtacccttatagaacaatgttttaccaccggtgaaaaaatttcattgtaatcaatcccttccacctgagtaaaacc 360  T
Q  244 ctttgccacaagtcttgctttgtaccttgg 273  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  361 ctttactacaagtcttgctttataccttgg 390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5001 - 4811
Alignment:
Q  43 cttgtcctccacaaaacc--ttccggttgctccatgtagattgtctcttcaaggtcaccatgtaagaaagcggtcttcacatccatttgttccaactcaa 140  Q
    ||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||||||| |  |  ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5001 cttgtcctccacaaaacccattcc--ttgctccatttagattgtctcttcaaaatatccatgtaaggacacaatcttcacatccatttattccaaatcaa 4904  T
Q  141 gattgaattgattcacaatagccataagtatccttatggaacaatgtttcaccaccggtgaaaagatctcgttgtagtcgatcccctccactt 233  Q
    ||||| ||| ||| |  |||  |||||||| ||||||  |||||||||| | ||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| ||||    
T  4903 gattgtattcattgaatataaacataagtacccttattaaacaatgttttaacactggtgagaaaatcttgttgtactcaattccctcaactt 4811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University