View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7243_low_1 (Length: 961)

Name: NF7243_low_1
Description: NF7243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7243_low_1
NF7243_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (434-950)||(1976353-1976869)
chr1 (434-950)||(1983719-1984235)
chr1 (5-316)||(1976990-1977311)
chr1 (5-316)||(1984356-1984677)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (434-950)||(20956080-20956602)
chr5 (5-316)||(20955641-20955962)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (434-950)||(27161586-27162108)
chr2 (5-316)||(27162226-27162547)
chr2 (515-831)||(22910498-22910820)
chr2 (736-946)||(23720136-23720352)
chr2 (17-138)||(22911160-22911281)
chr2 (888-946)||(22910449-22910507)
[»] scaffold0313 (4 HSPs)
scaffold0313 (441-950)||(3629-4144)
scaffold0313 (441-950)||(17786-18301)
scaffold0313 (5-313)||(3189-3507)
scaffold0313 (5-313)||(17346-17664)
[»] scaffold0764 (2 HSPs)
scaffold0764 (441-950)||(2468-2986)
scaffold0764 (5-313)||(3108-3426)
[»] scaffold1531 (2 HSPs)
scaffold1531 (434-734)||(1387-1685)
scaffold1531 (17-313)||(966-1272)
[»] scaffold0059 (3 HSPs)
scaffold0059 (515-668)||(42511-42664)
scaffold0059 (808-865)||(42347-42404)
scaffold0059 (29-135)||(43053-43159)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 1976869 - 1976353
Alignment:
Q  434 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 533  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976869 ttgctgcaatttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 1976770  T
Q  534 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976769 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgttgtggtataaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 1976670  T
Q  634 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 733  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  1976669 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatgg 1976570  T
Q  734 aagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcc 833  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976569 aagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcc 1976470  T
Q  834 tgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 933  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976469 tgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 1976370  T
Q  934 tcacttccctctgatga 950  Q
    |||||||||||||||||    
T  1976369 tcacttccctctgatga 1976353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 1984235 - 1983719
Alignment:
Q  434 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 533  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984235 ttgctgcaatttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatactgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 1984136  T
Q  534 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984135 taatgaagttgaagaaaatactgagccaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 1984036  T
Q  634 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 733  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  1984035 gaaatccttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatgg 1983936  T
Q  734 aagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcc 833  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1983935 aagatcctagcacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcc 1983836  T
Q  834 tgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 933  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983835 tgcaatcatagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcagga 1983736  T
Q  934 tcacttccctctgatga 950  Q
    |||||||||||||||||    
T  1983735 tcacttccctctgatga 1983719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 5 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 1977311 - 1976990
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1977311 atgagattcacatcaaaaactctagctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 1977212  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaag----------tcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1977211 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaagcttgaaaaagtcagaaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 1977112  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1977111 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatctttttcaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 1977012  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaagatc 316  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  1977011 ctgcaacaaaatgcagaagatc 1976990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 5 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 1984677 - 1984356
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984677 atgagattcacatcaaaaactctagctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 1984578  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaag----------tcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984577 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaagcttgaaaaagtcagaaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 1984478  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984477 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatctttttcaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 1984378  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaagatc 316  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  1984377 ctgcaacaaaatgcagaagatc 1984356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 950
Target Start/End: Original strand, 20956080 - 20956602
Alignment:
Q  434 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956080 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgttgctgttgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 20956179  T
Q  534 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20956180 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggct 20956279  T
Q  634 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20956280 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggccttgatctaaatgtgg 20956379  T
Q  734 aagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaaga 827  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20956380 aagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaaga 20956479  T
Q  828 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 927  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956480 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 20956579  T
Q  928 tcaggatcacttccctctgatga 950  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20956580 tcaggatcacttccctctgatga 20956602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 5 - 316
Target Start/End: Original strand, 20955641 - 20955962
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20955641 atgagattcacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcttctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 20955740  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagaga----------aagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20955741 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaagcttgagaaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactcttctgaaaa 20955840  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20955841 agaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaatcctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 20955940  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaagatc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  20955941 cttcagcaaaatgcagaagatc 20955962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 434 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 27162108 - 27161586
Alignment:
Q  434 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162108 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 27162009  T
Q  534 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 633  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27162008 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggct 27161909  T
Q  634 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161908 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 27161809  T
Q  734 aagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaaga 827  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27161808 aagatccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaaga 27161709  T
Q  828 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 927  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161708 aaatcctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagca 27161609  T
Q  928 tcaggatcacttccctctgatga 950  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  27161608 tcaggatcacttccctctgatga 27161586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 5 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 27162547 - 27162226
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162547 atgagattcacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccagcatgcctactcctgtgtcttctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 27162448  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaag----------tcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162447 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagagaaagcttgaaaaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 27162348  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162347 agaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatataaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 27162248  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaagatc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  27162247 cttcagcaaaatgcagaagatc 27162226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 515 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 22910820 - 22910498
Alignment:
Q  515 ctgaacaacttcagaaagttaatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagt-tgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatc 613  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||  ||||| | || | ||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  22910820 ctgaacaacttcagaaagttgatgaagttgaagaaaatgctgagaaagcagca-aagaaatatgttgatgctgctgaagaaggatctcaggaagatgatc 22910722  T
Q  614 aagacatgcaggatgtggctgaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaac 713  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||    
T  22910721 aagacatgcatgatgttgctgaaattcttgtctctcaaaggatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgaaaaccaaac 22910622  T
Q  714 tggctttgatctaaatgtggaagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagt------gcaagctcatgaa 807  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      | |||||||| ||    
T  22910621 tggctttgatctaaatgtggaggatccaagctcatatttgaatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgtttcaggaagctcattaa 22910522  T
Q  808 atgattcaggaacttcaagaaaat 831  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22910521 atgattcaggaacttcaagaaaat 22910498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 736 - 946
Target Start/End: Original strand, 23720136 - 23720352
Alignment:
Q  736 gatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 829  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23720136 gatccaagctcagatttaaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggatgtgcttcaggaagatcgtgaaatgattcagaaacttcaagaaa 23720235  T
Q  830 atcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatc 929  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  23720236 atcctgcaatcatagttcataatgctcagaaaaatgcaactgctgaacctagcttgcctcaggagaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatc 23720335  T
Q  930 aggatcacttccctctg 946  Q
    |||||| || |||||||    
T  23720336 aggatctctgccctctg 23720352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 22911281 - 22911160
Alignment:
Q  17 tcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacactcagttcagaatg 116  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||    
T  22911281 tcaaaaacccttgctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctcacaaacaactagctatgtcaagagacacttagctcagaatg 22911182  T
Q  117 ttaagaagccaagtaagaagag 138  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  22911181 ttaagaagacaagtaagaagag 22911160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 888 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 22910507 - 22910449
Alignment:
Q  888 tcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctg 946  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22910507 tcaagaaaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatcaggatctctgccctctg 22910449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 441 - 950
Target Start/End: Original strand, 3629 - 4144
Alignment:
Q  441 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaa 540  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  3629 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 3728  T
Q  541 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3729 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 3828  T
Q  641 ttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatcc 740  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3829 ttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatcc 3928  T
Q  741 aagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 834  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3929 aagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 4028  T
Q  835 gcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggat 934  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4029 gcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggat 4128  T
Q  935 cacttccctctgatga 950  Q
    ||||||||||||||||    
T  4129 cacttccctctgatga 4144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 441 - 950
Target Start/End: Original strand, 17786 - 18301
Alignment:
Q  441 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaa 540  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  17786 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 17885  T
Q  541 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17886 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 17985  T
Q  641 ttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatcc 740  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17986 ttgtctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatcc 18085  T
Q  741 aagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 834  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18086 aagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcct 18185  T
Q  835 gcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggat 934  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18186 gcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggat 18285  T
Q  935 cacttccctctgatga 950  Q
    ||||||||||||||||    
T  18286 cacttccctctgatga 18301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 313
Target Start/End: Original strand, 3189 - 3507
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  3189 atgagattcacatcaaagaccctagctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactccagtgtcttcacagacaaccagctctgtcaaaagacact 3288  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagag----------aaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  3289 cagctcagaatgttaagaagccaagtaagaagaggaagcttgaaaaagtcagaaatctttcaagcattcagagacaagaagaagaaaactctcctgacaa 3388  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
     || |  |||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  3389 agaggcatctgatgaagagatagctgattccccaccaaaggaggatgaacccactgctgttaatctcttccaagatattgctgaacgtgcaaaagaaatc 3488  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaag 313  Q
    |||||  || |||||||||    
T  3489 cttcaagaagatgcagaag 3507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 313
Target Start/End: Original strand, 17346 - 17664
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  17346 atgagattcacatcaaagaccctagctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactccagtgtcttcacagacaaccagctctgtcaaaagacact 17445  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagag----------aaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  17446 cagctcagaatgttaagaagccaagtaagaagaggaagcttgaaaaagtcagaaatctttcaagcattcagagacaagaagaagaaaactctcctgacaa 17545  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
     || |  |||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  17546 agaggcatctgatgaagagatagctgattccccaccaaaggaggatgaacccactgctgttaatctcttccaagatattgctgaacgtgcaaaagaaatc 17645  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaag 313  Q
    |||||  || |||||||||    
T  17646 cttcaagaagatgcagaag 17664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 441 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 2986 - 2468
Alignment:
Q  441 aatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaa 540  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  2986 aatctctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaa 2887  T
Q  541 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattc 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2886 gttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattc 2787  T
Q  641 ttgtctctc-aaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaa--tcaaactggctttgatctaaatgtggaaga 737  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2786 ttgtctctcaaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaaatacaaactggctttaatctaaatgtggaaga 2687  T
Q  738 tccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaat 831  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2686 tccaagctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaat 2587  T
Q  832 cctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcag 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2586 cctgcaatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcag 2487  T
Q  932 gatcacttccctctgatga 950  Q
    |||||||||||||||||||    
T  2486 gatcacttccctctgatga 2468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 5 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 3426 - 3108
Alignment:
Q  5 atgagatggacatcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacact 104  Q
    |||||||  |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||    
T  3426 atgagattcacatcaaagaccctagctcaacttcacataaccacctccaacatgcctactccagtgtcttcacagacaaccagctctgtcaaaagacact 3327  T
Q  105 cagttcagaatgttaagaagccaagtaagaagag----------aaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaa 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  3326 cagctcagaatgttaagaagccaagtaagaagaggaagcttgaaaaagtcagaaatctttcaagcattcagagacaagaagaagaaaactctcctgacaa 3227  T
Q  195 ggaagagtctgatgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatc 294  Q
     || |  |||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  3226 agaggcatctgatgaagagatagctgattccccaccaaaggaggatgaacccactgctgttaatctcttccaagatattgctgaacgtgcaaaagaaatc 3127  T
Q  295 cttcagcaaaatgcagaag 313  Q
    |||||  || |||||||||    
T  3126 cttcaagaagatgcagaag 3108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 130; Significance: 7e-67; HSPs: 2)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 434 - 734
Target Start/End: Original strand, 1387 - 1685
Alignment:
Q  434 ttgctgcaatctctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatgttactgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagt 533  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||  || | |||||| |||||| |||| |  | | ||| || ||||||||||||||||    
T  1387 ttgcttcaatttctgaagtggaactttagaaagttgactcaactagtgctgctgatgatcagaacgttgttgtttcacctgctaaacaacttcagaaagt 1486  T
Q  534 taatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggct 633  Q
    | |||||||||||| ||||| |||| ||||  |||||||||||  | ||   || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  1487 tgatgaagttgaaggaaataatgagaaaacaactcaagaagttattgata--gttgaagaagcatctcaggaaaatgaccaagacatgcatgatgtggct 1584  T
Q  634 gaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgg 733  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1585 gaaatccttgtctctcaaaggatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatgtgg 1684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 966 - 1272
Alignment:
Q  17 tcaaaaactctagctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacactcagttcagaatg 116  Q
    ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  966 tcaaagactctcgctcaacttaacataaccacctccaacatgcctacccctgtgtcttctcaaacaactagctctttcaagagacactcagctcagaatg 1065  T
Q  117 ttaagaagccaagtaagaa----------gagaaagtcaggaatctttcaagcattcaaagacaagaggaagaaaactctcctgaaaaggaagagtctga 206  Q
    | |||||| ||| ||||||          ||||||||||||||  | |||||| |||| ||| |  | ||  | ||||||||  |||| ||||  ||| |    
T  1066 tcaagaagtcaaataagaagaggaaacttgagaaagtcaggaacttatcaagcgttcagagagataaagagaagaactctccctaaaaagaagcatctaa 1165  T
Q  207 tgatgaaatggctgattccccaccaaaggatggtgaaccctctgatgtaaatcttttccaagatattgctgaaaatgcaaaggaaatccttcagcaaaat 306  Q
    |||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  |||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||    
T  1166 tgatgagatggctgactctccactaaaggatggtgaacccactgctgttaatctcttccaaggaattgctgaacgtgcaagagaaatccttcaacaaaat 1265  T
Q  307 gcagaag 313  Q
    |||||||    
T  1266 gcagaag 1272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 3)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 515 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 42664 - 42511
Alignment:
Q  515 ctgaacaacttcagaaagttaatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatca 614  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| | |||  | |||| | ||| ||| ||| | | ||||||| || |||||||    
T  42664 ctgaacaacttcagaaagttgttgaagttgaagaaaatactgagaaaacagttcagaacgttgttgatgttgttgaaaaggaatctcagaaagatgatca 42565  T
Q  615 agacatgcaggatgtggctgaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggaca 668  Q
     |||||||| |||||||||||||| || || ||| ||| ||||||||| |||||    
T  42564 ggacatgcatgatgtggctgaaatcctggtttcttaaataatgagtgaaggaca 42511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 808 - 865
Target Start/End: Complemental strand, 42404 - 42347
Alignment:
Q  808 atgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatg 865  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42404 atgattcaggatattcaagaaaatcctgaaatcatagttcagaatgttcaaacaaatg 42347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 43159 - 43053
Alignment:
Q  29 gctcaactccacataaccacctccaacatgcctactcctgtgtcctctcaaacaactagctctgtcaaaagacactcagttcagaatgttaagaagccaa 128  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||   || ||||| ||||| |||| ||||||||||  ||||| | |||||||| ||    
T  43159 gctcaacttcacataaccaccaccaacatgcctactcatgtatcctgagaagcaactggctctatcaagagacactcagaacagaaggataagaagctaa 43060  T
Q  129 gtaagaa 135  Q
    | |||||    
T  43059 ggaagaa 43053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University