View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7243_low_4 (Length: 518)

Name: NF7243_low_4
Description: NF7243
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7243_low_4
NF7243_low_4
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-507)||(1976353-1976859)
chr1 (1-507)||(1983719-1984225)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-507)||(20956091-20956602)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (2-507)||(27161586-27162097)
chr2 (72-388)||(22910498-22910820)
chr2 (293-503)||(23720136-23720352)
chr2 (445-503)||(22910449-22910507)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (2-507)||(3633-4144)
scaffold0313 (2-507)||(17790-18301)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (2-507)||(2468-2982)
[»] scaffold1531 (1 HSPs)
scaffold1531 (1-291)||(1397-1685)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (72-225)||(42511-42664)
scaffold0059 (365-422)||(42347-42404)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 1976859 - 1976353
Alignment:
Q  1 ttctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagtt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976859 ttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagtt 1976760  T
Q  101 gaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1976759 gaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgttgtggtataaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatccttg 1976660  T
Q  201 tctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1976659 tctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatggaagatcctag 1976560  T
Q  301 cacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcaca 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976559 cacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcaca 1976460  T
Q  401 gttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccct 500  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976459 gttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccct 1976360  T
Q  501 ctgatga 507  Q
    |||||||    
T  1976359 ctgatga 1976353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 1984225 - 1983719
Alignment:
Q  1 ttctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagtt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1984225 ttctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgatactgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagtt 1984126  T
Q  101 gaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttg 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1984125 gaagaaaatactgagccaactgctcaagaagttgcttatgatgtggcaaaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaatccttg 1984026  T
Q  201 tctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1984025 tctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaagagtttgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatatggaagatcctag 1983926  T
Q  301 cacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcaca 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  1983925 cacagatttgcatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgcaagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaattcctgcaatcata 1983826  T
Q  401 gttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccct 500  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983825 gttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccct 1983726  T
Q  501 ctgatga 507  Q
    |||||||    
T  1983725 ctgatga 1983719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 507
Target Start/End: Original strand, 20956091 - 20956602
Alignment:
Q  2 tctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 101  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956091 tctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgttgctgttgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 20956190  T
Q  102 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20956191 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattcttgt 20956290  T
Q  202 ctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagc 301  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20956291 ctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggccttgatctaaatgtggaagatccaagc 20956390  T
Q  302 acagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 395  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956391 tcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 20956490  T
Q  396 tcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 495  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956491 tcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 20956590  T
Q  496 tccctctgatga 507  Q
    ||||||||||||    
T  20956591 tccctctgatga 20956602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 27162097 - 27161586
Alignment:
Q  2 tctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 101  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27162097 tctgaagaggaacttcagaatgttgactcaactgctgctgctgaagttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 27161998  T
Q  102 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27161997 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattcttgt 27161898  T
Q  202 ctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagc 301  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161897 ctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagc 27161798  T
Q  302 acagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 395  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161797 tcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 27161698  T
Q  396 tcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 495  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161697 tcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 27161598  T
Q  496 tccctctgatga 507  Q
    ||||||||||||    
T  27161597 tccctctgatga 27161586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 72 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 22910820 - 22910498
Alignment:
Q  72 ctgaacaacttcagaaagttaatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagt-tgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatc 170  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||  ||||| | || | ||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  22910820 ctgaacaacttcagaaagttgatgaagttgaagaaaatgctgagaaagcagca-aagaaatatgttgatgctgctgaagaaggatctcaggaagatgatc 22910722  T
Q  171 aagacatgcaggatgtggctgaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaac 270  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||    
T  22910721 aagacatgcatgatgttgctgaaattcttgtctctcaaaggatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgaaaaccaaac 22910622  T
Q  271 tggctttgatctaaatgtggaagatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagt------gcaagctcatgaa 364  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      | |||||||| ||    
T  22910621 tggctttgatctaaatgtggaggatccaagctcatatttgaatgtgtaccaagatgcacaacctgaaaacaatgaggaagtgtttcaggaagctcattaa 22910522  T
Q  365 atgattcaggaacttcaagaaaat 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22910521 atgattcaggaacttcaagaaaat 22910498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 293 - 503
Target Start/End: Original strand, 23720136 - 23720352
Alignment:
Q  293 gatccaagcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaa 386  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23720136 gatccaagctcagatttaaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggatgtgcttcaggaagatcgtgaaatgattcagaaacttcaagaaa 23720235  T
Q  387 atcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatc 486  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  23720236 atcctgcaatcatagttcataatgctcagaaaaatgcaactgctgaacctagcttgcctcaggagaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatc 23720335  T
Q  487 aggatcacttccctctg 503  Q
    |||||| || |||||||    
T  23720336 aggatctctgccctctg 23720352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 445 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 22910507 - 22910449
Alignment:
Q  445 tcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcacttccctctg 503  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22910507 tcaagaaaatgaaatgtcagttgaccccattcctcaagcatcaggatctctgccctctg 22910449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 507
Target Start/End: Original strand, 3633 - 4144
Alignment:
Q  2 tctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 101  Q
    |||||| |||| ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3633 tctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaagttg 3732  T
Q  102 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3733 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattcttgt 3832  T
Q  202 ctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagc 301  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3833 ctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatccaagc 3932  T
Q  302 acagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 395  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933 tcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 4032  T
Q  396 tcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 495  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4033 tcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatcact 4132  T
Q  496 tccctctgatga 507  Q
    ||||||||||||    
T  4133 tccctctgatga 4144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 507
Target Start/End: Original strand, 17790 - 18301
Alignment:
Q  2 tctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 101  Q
    |||||| |||| ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17790 tctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaagttg 17889  T
Q  102 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17890 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattcttgt 17989  T
Q  202 ctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtggaagatccaagc 301  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17990 ctctcaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaatcaaactggctttaatctaaatgtggaagatccaagc 18089  T
Q  302 acagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 395  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18090 tcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaa 18189  T
Q  396 tcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatcact 495  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18190 tcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatcact 18289  T
Q  496 tccctctgatga 507  Q
    ||||||||||||    
T  18290 tccctctgatga 18301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 2982 - 2468
Alignment:
Q  2 tctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagttg 101  Q
    |||||| |||| ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2982 tctgaaaaggaccttcagaaagttgactcaactggtgttgctgatgttcagaatgttgatgttccacctgctgaccaacttcagaaagttaatgaagttg 2883  T
Q  102 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2882 aagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaagatgtggctgaaattcttgt 2783  T
Q  202 ctctc-aaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaa--tcaaactggctttgatctaaatgtggaagatcca 298  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2782 ctctcaaaagaatgagtgatggacatgatgaaatggagcctcaagagtttgagcaagctgaaaaatacaaactggctttaatctaaatgtggaagatcca 2683  T
Q  299 agcacagatttgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgc------aagctcatgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctg 392  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2682 agctcagatgtgaatgtgtaccaagatgcacagcctgaaaacaatgaggaagtgcttcaggaagctcacgaaatgattcaggaacttcaagaaaatcctg 2583  T
Q  393 caatcacagttcagaatgttcaaacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagctgatcctattcctcaagcatcaggatc 492  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2582 caatcacagttcagaatgttcagacaaatgcatctgctgaacctagcttgcctcaagagaatgagatgtcagttgatcctattcctcaagcatcaggatc 2483  T
Q  493 acttccctctgatga 507  Q
    |||||||||||||||    
T  2482 acttccctctgatga 2468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 1397 - 1685
Alignment:
Q  1 ttctgaagaggaacttcataatgttaactcaactgatgttgctgatgttcagaatgttgatactcctcctactgaacaacttcagaaagttaatgaagtt 100  Q
    |||||||| ||||||| | || ||| ||||||||  || |||||||| |||||| |||| |  | | ||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1397 ttctgaagtggaactttagaaagttgactcaactagtgctgctgatgatcagaacgttgttgtttcacctgctaaacaacttcagaaagttgatgaagtt 1496  T
Q  101 gaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatcaagacatgcaggatgtggctgaaattcttg 200  Q
    |||| ||||| |||| ||||  |||||||||||  | ||   || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1497 gaaggaaataatgagaaaacaactcaagaagttattgata--gttgaagaagcatctcaggaaaatgaccaagacatgcatgatgtggctgaaatccttg 1594  T
Q  201 tctctcaaagaatgagtgagggacacgatgaaatggatcctcaaggttttgagcaagctgaaaatcaaactggctttgatctaaatgtgga 291  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1595 tctctcaaaggatgagtgagggacatgatgaaatggattctcaagaaattgagcaagctgataatcaaactggctttgatctaaatgtgga 1685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 72 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 42664 - 42511
Alignment:
Q  72 ctgaacaacttcagaaagttaatgaagttgaagaaaatactgagcaaactgctcaagaagttgcttatgctgtggaagaaggatctcaggaaaatgatca 171  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| | |||  | |||| | ||| ||| ||| | | ||||||| || |||||||    
T  42664 ctgaacaacttcagaaagttgttgaagttgaagaaaatactgagaaaacagttcagaacgttgttgatgttgttgaaaaggaatctcagaaagatgatca 42565  T
Q  172 agacatgcaggatgtggctgaaattcttgtctctcaaagaatgagtgagggaca 225  Q
     |||||||| |||||||||||||| || || ||| ||| ||||||||| |||||    
T  42564 ggacatgcatgatgtggctgaaatcctggtttcttaaataatgagtgaaggaca 42511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 42404 - 42347
Alignment:
Q  365 atgattcaggaacttcaagaaaatcctgcaatcacagttcagaatgttcaaacaaatg 422  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42404 atgattcaggatattcaagaaaatcctgaaatcatagttcagaatgttcaaacaaatg 42347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University