View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7248_low_1 (Length: 472)

Name: NF7248_low_1
Description: NF7248
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7248_low_1
NF7248_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (14-456)||(5283564-5284006)
chr8 (14-456)||(5291059-5291501)
chr8 (19-456)||(15124851-15125288)
chr8 (19-456)||(14950378-14950815)
chr8 (14-456)||(5305597-5306036)
chr8 (14-417)||(5312807-5313210)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-444)||(31527073-31527500)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (105-451)||(11806334-11806670)
chr4 (375-456)||(39523012-39523093)
chr4 (80-140)||(39522631-39522692)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (263-420)||(6076234-6076391)
chr1 (77-146)||(6076593-6076663)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (368-456)||(33002147-33002235)
chr5 (80-146)||(33002541-33002608)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 5284006 - 5283564
Alignment:
Q  14 tttggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284006 tttggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagt 5283907  T
Q  114 cacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||    
T  5283906 cacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaagttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggaaaaaaaatttaa 5283807  T
Q  214 gaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctact 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283806 gaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctact 5283707  T
Q  314 gttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283706 gttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaccattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 5283607  T
Q  414 gagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5283606 gagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 5283564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 14 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 5291501 - 5291059
Alignment:
Q  14 tttggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagt 113  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5291501 tttggtgttgtcggtgttggtgctcttcctggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaactgtcagt 5291402  T
Q  114 cacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaa 213  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        || ||    
T  5291401 cacagtttatgattgcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacagtcatgggaagaaaaattcaa 5291302  T
Q  214 gaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctact 313  Q
    ||||||| | |||| | |||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||     
T  5291301 gaacttagttgagttgttacgcgataaagagtttgtatggttgtcgaaggcacagatcctgaaagctactaattcatttctctattggatgtctcctaca 5291202  T
Q  314 gttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 413  Q
    ||| |||| || ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5291201 gttgtatctgctgttgtttttgttggatgtgctgttaccaagagtgcaccattaaatgctgaaaccattttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 5291102  T
Q  414 gagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    |||||||  ||| | ||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  5291101 gagaacctgttagaatgatccctgaagctctatccattctgat 5291059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 19 - 456
Target Start/End: Original strand, 15124851 - 15125288
Alignment:
Q  19 tgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagtcacag 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15124851 tgttgttggtattggtgctcttcctggtttagtgcctcttcttatatgtggacttttcaatataccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagtcacag 15124950  T
Q  119 tttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaagaact 218  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || |||||||    
T  15124951 tttatgattgcacaggacgaacgtcttcgaacaacttcagagattctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggaagaaaaattcaagaact 15125050  T
Q  219 taatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctactgttat 318  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |  |  |    
T  15125051 tagtcgagtcgctgcgcgataaagagtttgtatggttgtctaaggcacagatcctgaaagcttctggttcatttctttattggatatctcctgcaatggt 15125150  T
Q  319 atccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggagaa 418  Q
     || || ||||||||||||| |||| ||||  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15125151 ttctgctgttgttttccttgcatgttctgtcactaaaagtgcaccattgaatgctgaaaccattttcacagttcttgcaacattaaggaacatgggagaa 15125250  T
Q  419 ccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    ||  ||| |   |||||||||||||| |||| ||||||    
T  15125251 cctgttagaactatcccagaggctctatccaatatgat 15125288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 14950815 - 14950378
Alignment:
Q  19 tgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagtcacag 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14950815 tgttgttggtattggtgctcttcctggtttagtccctcttcttatatgtggacttctcaacgtaccattaggaagggtcctacaaaattgtcggtcacag 14950716  T
Q  119 tttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaagaact 218  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||        || |||||||    
T  14950715 tttatgattgcacaggatgaacgtcttcgatcaacttcagagattctaaatagtatgaagatcatcaagttacaatcatgggaagaaaaattcaagaact 14950616  T
Q  219 taatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctactgttat 318  Q
    || | |||||||||||  ||||||||||  ||||| ||| |||| |||| ||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14950615 tagtggagtcgctacgcaataaagagttcatatggttgtctaagacacaaatcctgaaatcttatagttcatttcttttttggatgtctcctacagttat 14950516  T
Q  319 atccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggagaa 418  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  14950515 atctgctgttgttttccttggatgtgctgttaccaagagtgcaccattgaatgctgaaaccattttcacagttcttgcaacattggggaacatgggagag 14950416  T
Q  419 ccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    ||  ||| | || |||| |||||||| |||| ||||||    
T  14950415 cctattataatgttccctgaggctctatccactatgat 14950378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 14 - 456
Target Start/End: Original strand, 5305597 - 5306036
Alignment:
Q  14 tttggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  5305597 tttggtgttgtaggtattggtgctcttcctggtttagtccctcttcttatatgtggacttctcaatgtaccgtcagcaaggatcctacaaaattgccagt 5305696  T
Q  114 cacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaa 213  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||        || ||    
T  5305697 cacagtttatgattgcacaagacgaacgtcttcgatcaacttcagagattctgaatagtatgaagattattaagttacagtcatgggaagaaaaattcaa 5305796  T
Q  214 gaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctact 313  Q
    ||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| | ||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||     
T  5305797 gaacttaattgagttgttacgtcataaagagtttgtatggttgtcaaaggcacagatccttaaagcttttggatcatttctttattggctgtctcctaca 5305896  T
Q  314 gttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 413  Q
    ||||| |   | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  5305897 gttattt---ctgttgttttccttggatgtgctgtttccaagagtgcaccattgaatgctgaaatcattttcacaattcttgtagcattgaggaacatgg 5305993  T
Q  414 gagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
     ||||||  |||   ||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  5305994 cagaacctgttaggatgatccctgaggctctatccattctgat 5306036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 417
Target Start/End: Original strand, 5312807 - 5313210
Alignment:
Q  14 tttggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagt 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5312807 tttggtgttgttggtattggtgctcttcccggtttagtgcctcttctcatctgtggacttctcaatgtaccacttgcaaggatcctacaaaattgtcagg 5312906  T
Q  114 cacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaa 213  Q
     ||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || ||    
T  5312907 tacagtttatgattgcacaggatgaacggcttagatcaacttcagagattctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggaagaaaaattaaa 5313006  T
Q  214 gaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctact 313  Q
    ||||||||||||||| ||||| || || || ||   ||||||||  |||  |||| |||||| |||||   |  |||||||||||||| ||||||||||     
T  5313007 gaacttaatcgagtccctacgagaaaaggaattcaaatggctgtcaaagatacagttcctgaaagctttcggaacatttctttattggctgtctcctaca 5313106  T
Q  314 gttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgg 413  Q
    |||||  | || ||||| |||||||||||     ||| ||| |||||| |||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5313107 gttattcctgctgttgtcttccttggatgcatatttttcaatagtgcaccattgaatgccgataccatttttacagttcttgcaacattgaggaacatgg 5313206  T
Q  414 gaga 417  Q
    ||||    
T  5313207 gaga 5313210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31527500 - 31527073
Alignment:
Q  17 ggtgttgtaggtattggtgctcttccaggtttagtccctcttcttatatgtggactcctcaatgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagtcac 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527500 ggtgttgttggtattggtgctcttcctggtttagtccctcttgttatatgtggacttctcaacgtaccatttgcaaggatcctacaaaattgtcagtcac 31527401  T
Q  117 agtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnnnnnntttaagaa 216  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||    
T  31527400 agtttatgattgcacaggacgaacgtcttagatcaacttccgagattctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggaagaaaaatttaagaa 31527301  T
Q  217 cttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctactgtt 316  Q
    |||| | |||||  |||| |||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  31527300 cttagttgagtccttacgcgataaagagtttgtatggttgtctaagtcgcagatcctgaaagcttctagttcatttcttttttggatgtctcctacaatt 31527201  T
Q  317 atatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggag 416  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  31527200 atatcatctgttgttttccttggatgtgctatttccaatagcgcaccattgaatgctcaaaccattttcacagttcttgcaacattgaaaagcatgggag 31527101  T
Q  417 aaccatttaaattgatcccagaggctct 444  Q
    | ||  ||||| |||| ||||| |||||    
T  31527100 atcctgttaaaatgattccagaagctct 31527073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 105 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 11806670 - 11806334
Alignment:
Q  105 attgtcagtcacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttcgatcaacttcggaggttctaaatagtatgaagatcattaagttacaatcatgggnnnn 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||          | |||| ||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||        
T  11806670 attgtcagtcacagtttatgattgcacaggacgaac----------accttcagagattgtaaataatatgaagatcattaagttacagtcatgggaaga 11806581  T
Q  205 nnnntttaagaacttaatcgagtcgctacgtgataaagagtttgtatggctgtataaggcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatg 304  Q
        || ||||||||| | |||  | |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  11806580 aaaattcaagaacttagttgagctgttacgcgataaagagtttgtatggttgtctaaggcacagatcctgaaagctgctaattcatttctctattggatg 11806481  T
Q  305 tctcctactgttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaacattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattga 404  Q
    |||||||  |||||| | ||  |||||||  ||||||||| |||| |||| | |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11806480 tctcctatggttatacctgcttttgtttttgttggatgtgttgttaccaagaatgcaccattaaatgctgaaaccattttcacagttcttgcaacattga 11806381  T
Q  405 ggaacatgggagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccatt 451  Q
    ||||||||||||||||  ||| | ||||||| |||||||| ||||||    
T  11806380 ggaacatgggagaacctgttagaatgatccctgaggctctatccatt 11806334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 375 - 456
Target Start/End: Original strand, 39523012 - 39523093
Alignment:
Q  375 aaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | ||||||| ||||| || |||||||||||    
T  39523012 aaaccattttcacagttcttgcaacattgaggagcatgggagaacctgttagaatgatccctgaggcactatccattatgat 39523093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 140
Target Start/End: Original strand, 39522631 - 39522692
Alignment:
Q  80 gtaccatttgcaaggatcctacaaaa-ttgtcagtcacagtttatgatttcacaggacgaac 140  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  39522631 gtaccattttcaaggatcaaacaaaaattgtcagtcacaatttatgattgcacaggacgaac 39522692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 263 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 6076391 - 6076234
Alignment:
Q  263 gcacagatcctgagagcttctagttcatttctttattggatgtctcctactgttatatccgccgttgttttccttggatgtgctgtttccaaaagtgcaa 362  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| | ||  |||||||  || |||||| |||| || | |          
T  6076391 gcacagatcctgaaagctactaattcatttctctattggaagtctcctacggttatacctgcttttgtttttgtttgatgtgttgttacctacaccatcc 6076292  T
Q  363 cattgaatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggagaacc 420  Q
     ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6076291 tattaaatgctgaaaccattttcacagtccttgcaacattgaggagcatgggagaacc 6076234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 6076663 - 6076593
Alignment:
Q  77 aatgtaccatttgcaaggatcctacaaaa-ttgtcagtcacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttc 146  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  6076663 aatgtaccattttcaaggatcaaacaaaaattgtcagtcacagtttatgattggacaggacgaacgccttc 6076593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 368 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 33002235 - 33002147
Alignment:
Q  368 aatgctgaaaccgttttcacagttcttgcaacattgaggaacatgggagaaccatttaaattgatcccagaggctctttccattatgat 456  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||  ||| | ||||||| ||||| || |||||||||||    
T  33002235 aatgctgaaaccattttcacagttcttgcaacatcgaagagcatgggagaacctgttagaatgatccctgaggcactatccattatgat 33002147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 80 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 33002608 - 33002541
Alignment:
Q  80 gtaccatttgcaaggatcctacaaaa-ttgtcagtcacagtttatgatttcacaggacgaacgtcttc 146  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  33002608 gtaccattttcaaggatcaaacaaaaattgtcagtcacaatttatgattgcacaggacgaacgccttc 33002541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University