View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7263_high_5 (Length: 406)

Name: NF7263_high_5
Description: NF7263
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7263_high_5
NF7263_high_5
[»] chr3 (29 HSPs)
chr3 (1-406)||(17950069-17950474)
chr3 (1-406)||(18108676-18109081)
chr3 (1-370)||(17942227-17942596)
chr3 (43-406)||(19393386-19393749)
chr3 (8-406)||(19424924-19425322)
chr3 (1-406)||(14895748-14896153)
chr3 (49-406)||(19437195-19437552)
chr3 (1-406)||(19464593-19464995)
chr3 (1-406)||(19414421-19414826)
chr3 (1-381)||(18144452-18144832)
chr3 (1-406)||(18165393-18165798)
chr3 (1-406)||(25463287-25463692)
chr3 (1-404)||(19334248-19334651)
chr3 (2-406)||(18116202-18116606)
chr3 (43-371)||(19351665-19351992)
chr3 (43-406)||(18016259-18016622)
chr3 (1-406)||(19375859-19376264)
chr3 (49-368)||(17726943-17727262)
chr3 (49-368)||(18147105-18147424)
chr3 (49-368)||(19028172-19028491)
chr3 (43-406)||(19381130-19381493)
chr3 (52-402)||(18103587-18103937)
chr3 (245-406)||(19399945-19400106)
chr3 (1-361)||(18873236-18873602)
chr3 (49-369)||(16677493-16677804)
chr3 (49-223)||(19400146-19400320)
chr3 (2-109)||(19461721-19461828)
chr3 (51-102)||(19354256-19354307)
chr3 (9-106)||(19439182-19439279)
[»] scaffold0274 (1 HSPs)
scaffold0274 (1-369)||(2931-3299)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (1-369)||(5677-6045)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (1-369)||(3462-3829)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (49-371)||(13666356-13666678)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (49-406)||(15535770-15536127)
chr4 (247-406)||(2710180-2710339)
chr4 (49-156)||(2709985-2710092)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (266-364)||(8459827-8459925)
chr8 (5-106)||(8460082-8460183)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 17950474 - 17950069
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  17950474 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttaaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagaaaaa 17950375  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17950374 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtcctcctgtgaaattattgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagttatgt 17950275  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17950274 cttcagcaatcgaattatttgacaaaaaaagttgacaagctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 17950175  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17950174 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtttatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 17950075  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  17950074 ggaacc 17950069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 18109081 - 18108676
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  18109081 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattatgacaagttcttccaactatgatgaattgatcctgagaaggagttgtaagaaaaa 18108982  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18108981 tcaactctataggacattggtgatatgttcgagagtcctcctgtgaaattattatgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 18108882  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18108881 cttcagcaatcgaattatttgacaaaaaaagttgagttgctatactttctataaggctcaagaacttatttgtatctaccaacgaaattcacgagctcga 18108782  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18108781 taagtcaagcatctcgagagacttttgtgtatatatccagaatgggaagtttggaccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtagagttgaaaagga 18108682  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  18108681 ggaacc 18108676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17942596 - 17942227
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| | |   |  | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  17942596 ttcaccagacagcctattactccataggttcaagacttccagttctgacaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaa 17942497  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||  ||||   || |||||||||||  ||||| |||||||    
T  17942496 tcaattctattggacattggtgatatgttcgggagtcctcctgtgaaattattgtgatccaacaataaagtggaacaatttagtgtaaggttggatatgt 17942397  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||        || |  || ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17942396 cttcagcaatcgaattatttgacaaataaatttcattgggtattctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaacgaaattcctgagctcga 17942297  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtattt 370  Q
    ||| ||||| | ||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17942296 taaatcaagaagttgtagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattt 17942227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19393749 - 19393386
Alignment:
Q  43 ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacct 142  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||  | |||||| |||||||| |||||||| |||    
T  19393749 ttctgacaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttataagacaaatcaacccaatctgccattggagatatgtttgggagtcctcct 19393650  T
Q  143 gtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggcta 242  Q
    ||||||||| |||||| |||  ||||   |  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||        || || || ||    
T  19393649 gtgaaattattgtgatccaaccataaaaagaaacaatttagagttaggttagatatgtcttcagcaatcgaattgtttgacaaaataatttcaccggata 19393550  T
Q  243 tactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccagga 342  Q
    | |||||| |||| || |||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||  |  ||||| ||||| |||||||| ||    
T  19393549 ttctttctataagccttgagaacttatttctatttaccagcgaaattcctgagctcgataagtcgagtatttgcaatgacttctgtgtatatatccatga 19393450  T
Q  343 tggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  19393449 tggaaagtgtgggcctagatttgtatttctcaacaaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacc 19393386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19425322 - 19424924
Alignment:
Q  8 gatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactc 107  Q
    |||||| ||||||| || | ||||||| ||| ||| |||  ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||     
T  19425322 gatagcttattacttcataagttaatggaatataaatctttcaagttcttccaactatgtggaattgatcccgagaatgagttgtaagacaaatcaactg 19425223  T
Q  108 tataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagc 207  Q
     ||| | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||   ||| | || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  19425222 cataagccattgttaatatgttcgggagtcctcctgtgaaattattgttatccaatcctaaattggaacaatttagtgttaggttggatatgtcttcagc 19425123  T
Q  208 aatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtca 307  Q
    |||| |||| ||||||       | |||   | ||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||     
T  19425122 aatcaaattgtttgacaaaataaggtgatctgttattctttctacaaggctcgagaacttatttctatgtaccaatgaaattcccgagctcgataagtcg 19425023  T
Q  308 agcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtat--agttgaaaaggaggaac 405  Q
    ||  |||  || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||   |||||  |||||||||||||||||    
T  19425022 agactttgcagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttggcccttgatttgtactgctcaatgaaa--aggtatggagttgaaaaggaggaac 19424925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Original strand, 14895748 - 14896153
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||| |||||||| || || | | ||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | || | |    
T  14895748 ttcaccagacagcctatttctacacaagataatgtattgtaaatctgtcaagttcttccaactatgtggaatttctcctgagaaggagttgaatgacaca 14895847  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||   |  || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| |||   |||      ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14895848 tcaacatgagtggtcattggtgatatgtttgggagtcctcctgtgaaattgttgtgatccaaccttaaaaacaaacaatttagtgttaggttagatatgt 14895947  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||| |||| |       ||| |  || ||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||    
T  14895948 cttcagcaatcgaattgtttgtcaaaataagttcattgggtattctttctacaaggctcgagaacttatttctatccacaaacgaaattcctgagctcga 14896047  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||| ||   ||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||    
T  14896048 taagtcgagatcttgcagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattactcaatgataggtgagagagttgaaaagga 14896147  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  14896148 ggaacc 14896153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 49 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19437552 - 19437195
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||  ||| |||||||||| |||||||| |||  ||||    
T  19437552 caagttcttccaactatgcggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaatcaactatttgggcaattagtgatatgtttgggagtcctcctacgaaa 19437453  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatacttt 248  Q
    ||| |||||| |||  ||||   || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       ||| |  || ||| ||||    
T  19437452 ttattgtgatccaagaataagatggaacaatttagtgttaggttagatatgtcttcagcaatcgaattgtttgacaaactaagttcattgggtattcttt 19437353  T
Q  249 ctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaa 348  Q
    || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||   ||  || ||| |||| || |||||||| ||||||||    
T  19437352 ctataaggctcaagaacttatttctatctaccaacgcaattctcgagctcgataagtcgagagattgtagtgacgtttgggtatatatccaagatggaaa 19437253  T
Q  349 gtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
     | |||||||||| |||||||| |||| ||||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  19437252 ctgtgggccttgagttgtatttttcaatgaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacc 19437195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19464995 - 19464593
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  19464995 ttcaccagatagcctattactccacaagttaatgtaatttaatcct---aagttcttccaactatatggaattgttcctgagaaggagttgtaagacaaa 19464899  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||| |||  ||||   || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  19464898 tcaactctaaaagccattggtgatatgtttgggagtcctccagtgaaattattgtgatccaagaataatgaggaacaatttagtgttaggttagatatgt 19464799  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |  |||||||| |||| |||||        ||| | ||| ||| |||||| ||||| | || || ||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||    
T  19464798 cagcagcaatcaaattgtttgataaaaaaagttcataggatattctttctataaggattgaaaagttacttttatctaccaacaaaattgcggagatcga 19464699  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||| ||   ||  |  ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  | || ||  | ||||||||||||    
T  19464698 taagtcgagttcttgcaatgacttctgtgtatatattcaagatggaaagtttgggccttgatttatattgctcaaaaacaggtgagagagttgaaaagga 19464599  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  19464598 ggaacc 19464593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19414826 - 19414421
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaa-ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||| | ||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  19414826 ttcaccagatagcctattactccacaggttcaag-actgtcagttctttcaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaa 19414728  T
Q  100 atcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatg 199  Q
    ||||||    | |   |||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||||| |||| ||||  ||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  19414727 atcaacaaactcgacaattggtgatatgtttggaagtccacctgtgaaactattgtgatccaaaaataatgcggaacaattcagtgttaggttagatatg 19414628  T
Q  200 tcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcg 299  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||       ||| |     ||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  19414627 tcttctgcaatcaaattgtttgacaaataaagttcatcatatattccttctataaggctcgagaacttatttctatctacgaatgaaattcccgagctcg 19414528  T
Q  300 ataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagg 399  Q
    ||||||| || |  |  ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |   | |||||||||||    
T  19414527 ataagtcgagaacatgcagtaacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccatgatttgtatttcttaatgaaaggtaagagagttgaaaagg 19414428  T
Q  400 aggaacc 406  Q
     ||||||    
T  19414427 gggaacc 19414421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 18144832 - 18144452
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaa-ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaa 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || | | ||||| | ||||  ||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||| || || ||||| ||    
T  18144832 ttcaccagacagcctattactccatagattcaag-aatgtcagttctttcaagttcttccaactatatggaattgatcctcagaatgaattgtaagacaa 18144734  T
Q  100 atcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatg 199  Q
    ||||||   ||||| |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||||| |||   ||  |  | ||||||||||| |||||||||||||    
T  18144733 atcaacataataggccattggcgatatgtttggtagtcctcctgtgaaattattgtgatccaaccttatgtacgaacaatttagtgttaggttagatatg 18144634  T
Q  200 tcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcg 299  Q
    |||||||||||| |||| ||||||        || ||  | ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  18144633 tcttcagcaatccaattgtttgacaaaataatttcactaggtattctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaacgaaattcccaagctcg 18144534  T
Q  300 ataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaag 381  Q
    ||| ||| ||   ||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18144533 atatgtcgagatgttgcagtgacttctgtgtatatatccaagatgggaagtttgggccttgatttgtatttctcaaagaaag 18144452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 18165798 - 18165393
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | | |||||| || |||   |  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||    
T  18165798 ttcaccaaatagcctattactccacaagctaatgtgatataaaattttcaaattcttccaactatgtggaattgttcctgagaaggagttgaaagacaaa 18165699  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||   || || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||  ||| ||   ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18165698 tcaacaaaattggccattggtgatatgtttgggagtcctcctgtgaaattattgtgatccaaacgtaagtcaaaacaatttagtgttaggttagatatgt 18165599  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    ||||| |||||||||| ||||||       |||| |  | ||| |||||| |||||  |  |||||||||| |||||| ||| |||||||| ||  ||||    
T  18165598 cttcaacaatcgaattgtttgacaaaataagttgtccagttattctttctataaggtccttgaacttatttttatctagcaatgaaattcctgaattcga 18165499  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||| ||   ||  || || || ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||  |  ||||||||||||||    
T  18165498 taagtcgagatcttgcagtgatttctgtgtatatatccaagatggaaagtgtgggccttgagttgtatttttcaatgaaaggagagatagttgaaaagga 18165399  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  18165398 ggaacc 18165393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 25463692 - 25463287
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |      
T  25463692 ttcaccagatagcctattattccacaagttaatgtattgtaaatctttcaagttcttccaaccatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacatg 25463593  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||| | | || |||||||||||| || || ||||| | |||||||||| || ||| ||| | ||||   | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25463592 tcaactatttgggccattggtgatatatttggaagtcctcttgtgaaattattgcgatccaactctaaccatgaacaatttagtgttaggttagatatgt 25463493  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    || ||| ||||||||| ||||||       |   ||  | ||| ||| |  | | |||||| ||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||    
T  25463492 ctccagaaatcgaattgtttgacaaaataagagaaccaggtattcttccaatcaagctcgaaaacttatttctatccaccgatgaaattcccgagctcga 25463393  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    |||||| ||   ||  || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||||||||||    
T  25463392 taagtcgagatattgcagtgacttctgtgtatatatccaagaaggaaagtttgggccttgatttgtatttttcaatgaaagttgagagagttgaaaagga 25463293  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  25463292 ggaacc 25463287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 19334651 - 19334248
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatg-taattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaa 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| | | | || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  19334651 ttcaccagacagcctattactccataggttcagg-agtgatagttctttcaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaa 19334553  T
Q  100 atcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatg 199  Q
    |||||||    ||| ||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||| ||| || |||  ||||      ||||||||||| |||||| ||||||    
T  19334552 atcaactacccaggccattggtgataagtttgggagtcctcttgcgaaattattgttatccaaccataagaacaaacaatttagtgttaggttggatatg 19334453  T
Q  200 tcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcg 299  Q
    ||||||||||||||||| ||||||       |   |  |||||  |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| | |    
T  19334452 tcttcagcaatcgaattgtttgacaaaataagagaattggctactctttctataaggttcgagaacttatgtctatctaccaatgaaattcccgagtttg 19334353  T
Q  300 ataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagg 399  Q
    |||| || || | ||  |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  | |||||||||||    
T  19334352 ataactcgagaacttgcaatgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtatttcccaatgaaaggtgaaagagttgaaaagg 19334253  T
Q  400 aggaa 404  Q
    |||||    
T  19334252 aggaa 19334248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 18116606 - 18116202
Alignment:
Q  2 tcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaat 101  Q
    |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||  ||| | |  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18116606 tcaccagacagtctattactccacaagttaatgtaaaataaatattccaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaat 18116507  T
Q  102 caactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtc 201  Q
    ||| || |||||  | ||   ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||    || | ||  || | ||||||||||||| ||||||||    
T  18116506 caattccataggcaaatgacaatatgtttgggagtcctcctgtgaaattattgtgatccagccttaccacgtaaccaattagtgataggtttgatatgtc 18116407  T
Q  202 ttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgat 301  Q
    ||||||||| ||||| ||||||       ||| |   | ||| |||||| ||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18116406 ttcagcaattgaattgtttgacaaataaagttcaaccggtattctttctataaggttcaagaacttctttctatctaccaatgaaattcccgcgctcgat 18116307  T
Q  302 aagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggag 401  Q
    | ||| ||   ||  || | ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| | |||||||| ||||    
T  18116306 atgtcgagatattgaagtgtcttctgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatatgtatttctcaaagacaggtgggagagttgaaagggag 18116207  T
Q  402 gaacc 406  Q
    |||||    
T  18116206 gaacc 18116202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 19351992 - 19351665
Alignment:
Q  43 ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacct 142  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||| | |  | |  |||||||| ||| |||||||| |||    
T  19351992 ttctgacaagttcttccaactatgtggaattgatcttgagaaggagttgtaagataaatcaactatctcagcctctggtgataggtttgggagtcctcct 19351893  T
Q  143 gtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggcta 242  Q
    ||||||||| |||||| |||   ||||||   |||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||  |||| ||||||       ||| | |   ||    
T  19351892 gtgaaattattgtgatccaaccttaactccaaacaattaagtgttaggt-agatatgtcttccgcaatgaaattgtttgacaataatagtttataaagta 19351794  T
Q  243 tactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccagga 342  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||  |||  || ||||||||||| |||||||| ||    
T  19351793 ttctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaatgaaattcccgtgctcgatatgtcgagattttgcagtgacttttgtgtatatatccaaga 19351694  T
Q  343 tggaaagtttgggccttgatttgtatttc 371  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  19351693 tggaatgtttgggccttggtttgtatttc 19351665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 43 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 18016622 - 18016259
Alignment:
Q  43 ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacct 142  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||  |    | | ||||||||| ||| |||||||| |||    
T  18016622 ttctgacaagttcttccaactatgtggaattgatcttgagaaggagttgtaagataaatcaacaatcgcaggctttggtgataggtttgggagtcctcct 18016523  T
Q  143 gtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggcta 242  Q
    ||||||||| | |||| |||   |||| | | |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||         | | ||| ||    
T  18016522 gtgaaattattatgatccaaccttaacaccgaacaattaagtgttaggttagatatatcttcagcaatcgaattgtttgacaaaacaatataaaaggata 18016423  T
Q  243 tactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccagga 342  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||  |||  || || || ||||| |||||||| ||    
T  18016422 ttctttctataaggctcgagaacttatatctatctaccaatgaaattcccgcgctcgatatgtcgagattttgcagtgatttctgtgtatatatccaaga 18016323  T
Q  343 tggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtat--agttgaaaaggaggaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  |||| |||||  |||||  ||||||||||||||||||    
T  18016322 tggaaagtttgggccttgagttatattgttcaatgaaag--ggtatggagttgaaaaggaggaacc 18016259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19376264 - 19375859
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |  |  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||| |      
T  19376264 ttcaccagatagcctattactccataggttcaactctttcaattctgacaagttcttccaactatgtggaattgatccagagaaggagttgaaagacacg 19376165  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||   || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||   | ||||   |||| ||||||||||||||    
T  19376164 tcaacatgattggtcattggtgatatgtttgggagtccacctgtgaaattattgtgatccaaatgtaacaatgaacaagaaagtgttaggttagatatgt 19376065  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||       ||  || |  ||| |||||| ||||  |||  ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  19376064 cttcagaaattgaattgtttgacagaaaaagtacaccgcgtattctttctataagattcgtaaacttatttctatctaccaataaaattcccgagctcca 19375965  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaagga 400  Q
    ||||   ||       || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |   | ||||||||||||    
T  19375964 taagcggagatcaaacagtgacttttgtgtatatatccaagatggaaagtttgggccttgatttgtattactcaatgacaggtaagagagttgaaaagga 19375865  T
Q  401 ggaacc 406  Q
    ||||||    
T  19375864 ggaacc 19375859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Original strand, 17726943 - 17727262
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||| |  | | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  17726943 caagttcttccaactatctggaattgatcctgagaaggaattgtaagacaaatcaactgttaaagccattggtgataggtttgggagtcctcctgtgaaa 17727042  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatacttt 248  Q
    ||| |||||| |||  |||| | || |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||       |   || || ||| || |    
T  17727043 ttattgtgatccaacaataagtaggaacaaattagtgttaggttagatatgtcttcaacaattgaattgtttgacaaaataagaaaaccgggtattctct 17727142  T
Q  249 ctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaa 348  Q
    || |||| ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||  |||  |  ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  17727143 ctataagtctcgaaaacttttttgtatctaccaatgtaattcccgagttcgataagtcgagattttgcaatgacttttgtgtatatatccaagatggaaa 17727242  T
Q  349 gtttgggccttgatttgtat 368  Q
    ||||| |||| |||||||||    
T  17727243 gtttgagcctggatttgtat 17727262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 18147424 - 18147105
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||    | ||  |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18147424 caagttcttccaagtatgcggaattgatcctgagaaggagttgtaggacaaatcaacaaactcggcaattggtgatatgtttggaagtccacctgtgaaa 18147325  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatacttt 248  Q
     || ||| || |||| ||||   || |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||       ||| |   | ||| ||||    
T  18147324 ctattgttatccaaaaataatgaggaacaattcagtgttaggttagatatgtcttctgcaatcgaattgtttgacaaaataagttcagtagatattcttt 18147225  T
Q  249 ctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaa 348  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |  |  || ||||||||||| |||||||| |||| |||    
T  18147224 ctataaggctcgagaacttatttctatctacgaatgaaattcctgagcttgataagtcgagaacatgcagtgacttttgtgtatatatccaagatgaaaa 18147125  T
Q  349 gtttgggccttgatttgtat 368  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  18147124 gtttgggccttgatttgtat 18147105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 368
Target Start/End: Original strand, 19028172 - 19028491
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||| |  | | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  19028172 caagttcttccaactatctggaattgatcctgagaaggaattgtaagacaaatcaactgttaaagccattggtgataggtttgggagtcctcctgtgaaa 19028271  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatacttt 248  Q
    ||| |||||| |||  |||| | || |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||       |   || || ||| || |    
T  19028272 ttattgtgatccaacaataagtaggaacaaattagtgttaggttagatatgtcttcaacaattgaattgtttgacaaaataagaaaaccgggtattctct 19028371  T
Q  249 ctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaa 348  Q
    || |||| ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||  |||  |  ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  19028372 ctataagtctcgaaaacttttttgtatctaccaatgtaattcccgagttcgataagtcgagattttgcaatgacttttgtgtatatatccaagatggaaa 19028471  T
Q  349 gtttgggccttgatttgtat 368  Q
    ||||| |||| |||||||||    
T  19028472 gtttgagcctggatttgtat 19028491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19381493 - 19381130
Alignment:
Q  43 ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacct 142  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    | || | ||||||||||||| |||||||||| |    
T  19381493 ttctgacaagttcttccaactatgcggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaatcaacaaactcggccgttggtgatatgtttgggagtccactt 19381394  T
Q  143 gtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggcta 242  Q
    ||||||||| |||||| || |  ||||   | ||||   |||| ||||||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||||       |||  | || ||    
T  19381393 gtgaaattattgtgatccagacttaaccatgaacaagaaagtgttaggttagacatgtctacagaaattgaattctttgacagaataagttcgctgggta 19381294  T
Q  243 tactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccagga 342  Q
    | |||||| ||||  |||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||   ||  || ||||||||||| ||||||||  |    
T  19381293 ttctttctataagattcgtaaacttatttctatctaccaacgaaattaccgcgctcgataagtcgagatctttcagtgacttttgtgtatatatccaaca 19381194  T
Q  343 tggaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||  | ||||||||||||||||||    
T  19381193 tggaaagtgtgggccttgatttgtattactcaatgacagttgagagagttgaaaaggaggaacc 19381130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 52 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 18103937 - 18103587
Alignment:
Q  52 gttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaatta 151  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |  | ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18103937 gttcttccaactatgaggaattgttcctgagaaggagttgtaagacaaatcgatttcaaaggccattggtgatatgtttgggagtcctcctgtgaaatta 18103838  T
Q  152 ctgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctg 251  Q
     |||||| || |  |||      ||||||||||| ||| |||||||| ||||||  |||| |||| ||||||        |||| ||| ||| |||||      
T  18103837 ttgtgatccacacttaaaaacaaacaatttagtgttagcttagatatatcttcaaaaatcaaattgtttgacaaaagaatttgaaaggatattctttcga 18103738  T
Q  252 taaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtt 351  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| || | ||  || ||||||||||| ||||||||  |||||||||     
T  18103737 taaggctagagaacttctttctatctacaaacgaaattcccgagctcaatatgtcgagaacttgcagtgacttttgtgtatatatccaaaatggaaagtg 18103638  T
Q  352 tgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggagg 402  Q
    || ||||||||||||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||||    
T  18103637 tgagccttgatttgtattactcaatgacaggtgagagagttgaaaaggagg 18103587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 245 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 19400106 - 19399945
Alignment:
Q  245 ctttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatg 344  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||   ||  || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  19400106 ctttctataagattcgagaacttatttctatctacaaacgaaattcccgagcttgataagtcgagatgttgcagtgacttttgtgtatatatccaagatg 19400007  T
Q  345 gaaagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||  | ||||||||||||||||||    
T  19400006 gaaagtttgggccttgatttgtatttcccaatgaaaggtgagagagttgaaaaggaggaacc 19399945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Original strand, 18873236 - 18873602
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaa-ttctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaa 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| | | | | | | ||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| ||    
T  18873236 ttcaccagatagcctattactccacaggttcaag-actatcagttctttcaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggaattgtaagacaa 18873334  T
Q  100 atcaactctataggacattggtgat------atgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggtta 193  Q
    ||||| | | |     |||| ||||      ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||  |||  |||   |  ||||||||||| || ||||    
T  18873335 atcaattattttctcaattgctgatccaactatgtttgggagtcctcctgtgaaattattgtgatctaaacttaagcagaaacaatttagtgttatgtta 18873434  T
Q  194 gatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccg 293  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||       | | |  || ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |    
T  18873435 gatatgtcttcagcaatcaaattgtttgacaaaataagataattgggtattctttctataaggctcgagaacttatttctatttaccaacgaaatttcgg 18873534  T
Q  294 agctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttga 361  Q
     |||||||| ||| ||  |||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18873535 cgctcgatatgtcgagattttccagtgacttctgtgtatagatccaagatggaaagtttgggccttga 18873602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 16677804 - 16677493
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||     ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16677804 caagttcttccaactatgtggaattattcccgagaaggagttgtaagacaaatcaactactcgggcaattggtgatatgttcgggagtcctcctgtgaaa 16677705  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttg-acaggctatactt 247  Q
    ||| | |||| |||   ||||   | |||||||| || ||||||||||||||||||   ||| ||||| ||||||       |||  |||   ||| |||    
T  16677704 ttattatgatccaaccctaaccatgaacaatttaatgttaggttagatatgtcttcgaaaatggaattgtttgacaaaagaagttccacaaa-tattctt 16677606  T
Q  248 tctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaa 347  Q
    |||||||||||||||||||         |||| || ||||| || ||||| |||||||| ||   ||  |  ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  16677605 tctgtaaggctcgagaact---------ctacgaatgaaatgcctgagcttgataagtcgagatattgcaatgacttttgtgtatatatccatgatggaa 16677515  T
Q  348 agtttgggccttgatttgtatt 369  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16677514 agtttgggccttgatttgtatt 16677493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 49 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 19400320 - 19400146
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  19400320 caagttcttccaactatgcggaattgatcctgagaaaaagttgtaagacaaatcaacatgatagaccattggtgatatgtttgggagtcttcctgtgaaa 19400221  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgac 223  Q
     || |||||| |||   |||      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  19400220 ctattgtgatccaaccttaaaattaaacaatttagtgttaggttagatatgtcttcagcaatagaattgtttgac 19400146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 19461828 - 19461721
Alignment:
Q  2 tcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaat 101  Q
    |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||  ||| | |  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19461828 tcaccagacagtctattactccacaagttaatgtaaaataaatattccaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaat 19461729  T
Q  102 caactcta 109  Q
    ||| ||||    
T  19461728 caagtcta 19461721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 19354307 - 19354256
Alignment:
Q  51 agttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatc 102  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  19354307 agttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaatc 19354256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 19439279 - 19439182
Alignment:
Q  9 atagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaact 106  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||  ||| |||  ||||||| | ||| ||| |||||||| || ||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  19439279 atagcctattactccacaagttaatgtaacataaatctttcaagttcctccaattatatggaattgatcttgagacggagttgtaagacaaatcaact 19439182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Original strand, 2931 - 3299
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| | | ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  2931 ttcaccagacagcttattactccacaagataatgtaagttaattctaacaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaa 3030  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||| |  ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||| |||   ||    |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  3031 tcaactattaaggccattgatgatatgtttgggagtcctcccttgaaattattgtgatccaaccttagaaagaaacaatttagtgttaggttagatatgt 3130  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||| |  || ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  3131 cttcagcaatcgaattgtttgacaaattaagttcattggatacgctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaatgaaattccagagctgga 3230  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatt 369  Q
    ||| |  ||   ||  || ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3231 taaatagagatcttgaagtgacttttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtatt 3299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 6045 - 5677
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| | | ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  6045 ttcaccagacagcttattactccacaagataatgtaagttaattctaacaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaa 5946  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||| |  ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||| |||   ||    |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  5945 tcaactattaaggccattgatgatatgtttgggagtcctcccttgaaattattgtgatccaaccttagaaagaaacaatttagtgttaggttagatatgt 5846  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||| |  || ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  5845 cttcagcaatcgaattgtttgacaaattaagttcattggatacgctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaatgaaattccagagctgga 5746  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatt 369  Q
    ||| |  ||   ||  || ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  5745 taaatagagatcttgaagtgacgtttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtatt 5677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Original strand, 3462 - 3829
Alignment:
Q  1 ttcaccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaa 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| | | ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  3462 ttcaccagacagcttattactccacaagataatgtaagttaattctaacaagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaa 3561  T
Q  101 tcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaattactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgt 200  Q
    |||||| |  ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||| |||   ||    |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  3562 tcaactattaaggccattgatgatatgtttgggagtcctcccttgaaattattgtgatccaaccttagaaagaaacaatttagtgttaggttagatatgt 3661  T
Q  201 cttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatactttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcga 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||       ||| |  || ||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  3662 cttcagcaatcgaattgtttgacaaattaagttcatcggatacgctttctataaggctcgagaacttatttctatctaccaatgaaattccagagctgga 3761  T
Q  301 taagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgatttgtatt 369  Q
    ||| |  ||   ||  || ||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3762 taaatagagatcttgaagtgac-tttgtgtatatatccaggctgaaaagtttgggccttgatttgtatt 3829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 371
Target Start/End: Original strand, 13666356 - 13666678
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||| | ||  || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  13666356 caagttcatccaactgtgtggaattgatcctgagaaagagttgtaagacaaatcaattatagcggccattggtgatatgtttgggagtcctcctgtgaag 13666455  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacag-gctatactt 247  Q
    ||| |||||| |||   ||| |||  |||||| | || || ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||       | | | || | |||  ||    
T  13666456 ttattgtgatccaaccttaagtcgaaacaattcattgttaagttagatatgtcttcagaaattgaattctttgacaaataaagctcaaagtggtatg-tt 13666554  T
Q  248 tctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaa 347  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||| |||||||||||||  || | ||  || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  13666555 tctataaggcttgagaacttatttttgtctacctatgaaattccggagctcgataagttgagaacttgcagtgacttttgtgtgtatatccatgatggaa 13666654  T
Q  348 agtttgggccttgatttgtatttc 371  Q
    | | ||||||||||||||||||||    
T  13666655 aatatgggccttgatttgtatttc 13666678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 15536127 - 15535770
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||     | ||||||||||||| |||||||| |||||  ||    
T  15536127 caagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagaaaaatcaaccataacaacccttggtgatatgtttgggagtcctcctgtataa 15536028  T
Q  149 ttactgtgatgcaaatataactcggtacaatttagtgataggttagatatgtcttcagcaatcgaattatttgacnnnnnnngttgacaggctatacttt 248  Q
    ||| |||| | |||   ||||||   || ||| | || ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||       ||| |  || ||| ||||    
T  15536027 ttattgtggtccaaccttaactccaaaccattaactgttaggttagatatgtcttcagcaatgaaattgtttgacaaaaaaagtttatcgggtattcttt 15535928  T
Q  249 ctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaa 348  Q
       ||||| | |||||||||| | | ||||| || ||||||||||||||||||||||| || |  |  || |  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  15535927 taataaggtttgagaacttatctctgtctactaatgaaattcccgagctcgataagtcgagaacatgcagtgttttttgtgtatatatccaagatggaaa 15535828  T
Q  349 gtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  |||| |    |||||||||||||||||||    
T  15535827 gtttgggccttgatttgtattgcttaataaaaggtcaattagttgaaaaggaggaacc 15535770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 247 - 406
Target Start/End: Original strand, 2710180 - 2710339
Alignment:
Q  247 ttctgtaaggctcgagaacttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatgga 346  Q
    |||| |||| || |||||||||||| |||||||  | |||||||| |||||||||||||| || | ||  |  || ||||||||  ||||||| ||||||    
T  2710180 ttctataagtcttgagaacttatttctatctacggaggaaattcctgagctcgataagtcgagaaattgcaatgatttttgtgtacatatccaagatgga 2710279  T
Q  347 aagtttgggccttgatttgtatttctcaacgaaagttggtatagttgaaaaggaggaacc 406  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||| | | ||||||||||||||||||    
T  2710280 aagtttggaccttgagttgtatttttcaatgaaagttcggagagttgaaaaggaggaacc 2710339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 49 - 156
Target Start/End: Original strand, 2709985 - 2710092
Alignment:
Q  49 caagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaactctataggacattggtgatatgttcgggagtccacctgtgaaa 148  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||  |   | ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  2709985 caagttcttccaactatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaatcaacttcaagtgccattggtgatatgtttgggagtcctcctgtaaaa 2710084  T
Q  149 ttactgtg 156  Q
    ||| ||||    
T  2710085 ttattgtg 2710092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 266 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 8459925 - 8459827
Alignment:
Q  266 ttatttgtatctaccaacgaaattcccgagctcgataagtcaagcatttcgagagacttttgtgtgtatatccaggatggaaagtttgggccttgattt 364  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    ||| || || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8459925 ttatttctatctaccaatgaaattcccgagctcgatatgtctaattcttctagtgatttctgtgtataaatccaagatggaaagtttgggccttgattt 8459827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 8460183 - 8460082
Alignment:
Q  5 ccagatagcctattactccaaaggttaatgtaatgtaattctgacaagttctttcaactatgtggaattgttcctgagaaggagttctaagaaaaatcaa 104  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||| | |  || | || | ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8460183 ccagatagcctattactccataagttaatgtaaaataaatgttccaggctcgtccaaatatgtggaattgatcctgagaaggagttgtaagacaaatcaa 8460084  T
Q  105 ct 106  Q
    ||    
T  8460083 ct 8460082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University