View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7267_high_2 (Length: 603)

Name: NF7267_high_2
Description: NF7267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7267_high_2
NF7267_high_2
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (24-589)||(13446681-13447250)
chr5 (24-587)||(13426027-13426590)
chr5 (24-589)||(13419135-13419699)
chr5 (113-420)||(13412958-13413265)
chr5 (138-463)||(13453764-13454089)
chr5 (131-420)||(13393562-13393851)
chr5 (174-420)||(13385377-13385623)
chr5 (26-420)||(13389050-13389444)
chr5 (121-426)||(13373039-13373344)
chr5 (121-426)||(13378835-13379140)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (118-426)||(47601119-47601427)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (121-360)||(28430528-28430767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 13447250 - 13446681
Alignment:
Q  24 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447250 gatacatggttgattcatgtcgttcttgcgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 13447151  T
Q  124 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447150 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 13447051  T
Q  224 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13447050 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttggtc 13446951  T
Q  324 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446950 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 13446851  T
Q  424 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgt----ta 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||    
T  13446850 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaattttcattatttcagaaattgataatgttaatta 13446751  T
Q  520 atcaagaaactaatattgtacaacgttttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 589  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446750 atcaagaaactaataatgtacaacattttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 13446681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 13426590 - 13426027
Alignment:
Q  24 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||||| || || | ||    ||||    || ||||| ||||||    
T  13426590 gatacatggttgattcatgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatcttgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtga 13426491  T
Q  124 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 223  Q
    |||||   |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13426490 tggcagcgtcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcct 13426391  T
Q  224 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  13426390 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtc 13426291  T
Q  324 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 423  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  13426290 atatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctga 13426191  T
Q  424 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatca 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  13426190 ctcgtttctagtaagccgcgatccagatcagatgcaggtatatgattcatttgattgatttgcgaa-tttcattatttcagaaatcgagaatgttaatca 13426092  T
Q  524 agaaactaatattgtacaacgtttt-ataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacac 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  13426091 agaaactaatattgtacaacgttttaataggctgcaatgggtactttgaatggtattatcgacac 13426027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 13419699 - 13419135
Alignment:
Q  24 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| | | || |||    ||||    ||  |||| ||||||    
T  13419699 gatacatggttgattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatcttgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtga 13419600  T
Q  124 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 223  Q
    ||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13419599 tggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcct 13419500  T
Q  224 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 323  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  13419499 cttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggcc 13419400  T
Q  324 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 423  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13419399 atatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctga 13419300  T
Q  424 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatca 523  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  | ||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  13419299 ctcgtttctagtaagccgcgatcctgatcagatgcaggtatatgattcatttgattcatttgtgaa-ttaaaatattttagaaattggcaatggtaatca 13419201  T
Q  524 agaaactaatattgtacaacgttttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 589  Q
    | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  13419200 ataaactaatattgtacaacatttcatagactgcaatgggtactttgaatggtattattgacacag 13419135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 113 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13413265 - 13412958
Alignment:
Q  113 aagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatg 212  Q
    |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||      
T  13413265 aagtatcgtgatggaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaat 13413166  T
Q  213 gtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttgg 312  Q
     ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||    
T  13413165 ttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttgg 13413066  T
Q  313 tggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacac 412  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  13413065 tggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacac 13412966  T
Q  413 ttaggagc 420  Q
    ||||||||    
T  13412965 ttaggagc 13412958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 138 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 13454089 - 13453764
Alignment:
Q  138 atggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctgg 237  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||||||  || | |||||| ||||| |||||    
T  13454089 atggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgg 13453990  T
Q  238 agtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaa 337  Q
      | || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  13453989 gataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaa 13453890  T
Q  338 tttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaa 437  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  13453889 ttcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcatttctaataa 13453790  T
Q  438 gccgcgatccagaacagatgcaggta 463  Q
    |||| |||||| | |||||| |||||    
T  13453789 gccgtgatccaaagcagatgaaggta 13453764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 131 - 420
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393851
Alignment:
Q  131 atcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttcttt 230  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |||||   ||| | |||||| ||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  231 gcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggc 330  Q
    | || ||  | || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttggg 13393761  T
Q  331 tgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 420  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || || || || |||||||||||| || |||||||    
T  13393762 tgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagc 13393851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 174 - 420
Target Start/End: Original strand, 13385377 - 13385623
Alignment:
Q  174 actttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggact 273  Q
    |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  13385377 acttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggact 13385476  T
Q  274 cgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaatt 373  Q
    |||||| |||||| |  || | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13385477 cgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaatt 13385576  T
Q  374 agtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 420  Q
    ||||| ||  |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13385577 agtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagc 13385623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 420
Target Start/End: Original strand, 13389050 - 13389444
Alignment:
Q  26 tacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatg 125  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||| || |||| ||||||||  ||| || ||||   ||||    ||  |||| ||| ||||    
T  13389050 tacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatg 13389149  T
Q  126 gcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctct 225  Q
    | || | ||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  |||||    
T  13389150 gaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgcagatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctct 13389249  T
Q  226 tctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcat 325  Q
     ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||| || |||||| |   |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  13389250 cctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcac 13389349  T
Q  326 atggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 420  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  || || || |||||||| || || || || || || |||||||||||||||||||||||    
T  13389350 atggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagc 13389444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 121 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 13373344 - 13373039
Alignment:
Q  121 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 220  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | ||||||||  |||| ||||| ||||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
T  13373344 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 13373245  T
Q  221 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 320  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||| ||||| ||| | | | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || || |||||||||||| | |    
T  13373244 cctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 13373145  T
Q  321 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 420  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || || || || || || ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||||||    
T  13373144 gtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 13373045  T
Q  421 agactc 426  Q
     |||||    
T  13373044 tgactc 13373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 121 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 13379140 - 13378835
Alignment:
Q  121 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 220  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| |    
T  13379140 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 13379041  T
Q  221 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 320  Q
    ||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  | | |||||||||| | ||||| |||||  || ||||||| || || |||||||||||| | |    
T  13379040 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 13378941  T
Q  321 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 420  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||| || ||||| ||  | |||||||| || |||| |||||||||    
T  13378940 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagc 13378841  T
Q  421 agactc 426  Q
     |||||    
T  13378840 tgactc 13378835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 118 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 47601427 - 47601119
Alignment:
Q  118 tcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgcc 217  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | |     
T  47601427 tcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctact 47601328  T
Q  218 ggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggac 317  Q
    | |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  47601327 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggac 47601228  T
Q  318 ttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttagg 417  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||    
T  47601227 ttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagg 47601128  T
Q  418 agcagactc 426  Q
    ||| |||||    
T  47601127 agctgactc 47601119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 121 - 360
Target Start/End: Original strand, 28430528 - 28430767
Alignment:
Q  121 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 220  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||  | |||||   |||||||||  |||||||  ||||| |||||||||||| ||| | |    
T  28430528 tgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatgctgcagct 28430627  T
Q  221 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 320  Q
    ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||| | | | |||||||||| || || |||    || |  |||| || || ||||||||||||||||    
T  28430628 cctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttggtggacttg 28430727  T
Q  321 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaa 360  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28430728 gtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaa 28430767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University