View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7267_high_3 (Length: 493)

Name: NF7267_high_3
Description: NF7267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7267_high_3
NF7267_high_3
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (25-475)||(26192209-26192659)
chr4 (26-281)||(26176214-26176469)
chr4 (45-474)||(26179931-26180361)
chr4 (277-475)||(26175237-26175435)
chr4 (60-474)||(26162134-26162548)
chr4 (86-376)||(25929249-25929539)
chr4 (63-419)||(25648361-25648717)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (92-462)||(32189237-32189610)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 26192659 - 26192209
Alignment:
Q  25 ctaccaactccgtagaagatctcccaattcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  26192659 ctaccaactccgtagaagatctcccaattcctaacttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagttttgatgatcttcacgttggaaatgt 26192560  T
Q  125 aatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattctt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192559 aatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccatacctctcaaaaaaagaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattctt 26192460  T
Q  225 caactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatct 324  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192459 caactcttttcaatccctgaagaatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatct 26192360  T
Q  325 gtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaac 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192359 gtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaac 26192260  T
Q  425 tacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgt 475  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26192259 tacccctctacaaaagtacactgttttagaagtatcacatgatattgatgt 26192209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 26 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 26176469 - 26176214
Alignment:
Q  26 taccaactccgtagaagatctcccaattcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgta 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26176469 taccaactccgcagaagatctcccaattcctaacttggatcatacagaagctttcaagacaggatattttagtttggatgatcttcacgttggaaatgta 26176370  T
Q  126 atgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttc 225  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26176369 atgaccttccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcaaaaaaagaggccaactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttc 26176270  T
Q  226 aactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcactt 281  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26176269 aactcttttcaatccctaaagaatctcttcaaaccaaatccatgagaggagcactt 26176214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 45 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 26180361 - 26179931
Alignment:
Q  45 ctcccaat-tcctaatttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccg 143  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  26180361 ctcccaatctcctaacttggatcgtacagaagctttcaaggtaggatttttcaatttggatgatctttatgttggaaatgtaatgacccttcaatttccc 26180262  T
Q  144 gtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctg 243  Q
    |||||||  ||||||||||  |||||       ||||| |||||||||||| |  | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  26180261 gtccaagtggtttctccttttctctcaaaaaaagaggctgactccattcctcttgcaatgtcacaacttccaagtgttcttcaactcttatcaatccctg 26180162  T
Q  244 aagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtc 343  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||| |    |||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||    
T  26180161 aagattctcctcaagctaaatccatgataaattcacttggagagtgtgaatcggaaaccattacaggggagacaaagacttgtgccaactctctagagtc 26180062  T
Q  344 catgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtac 443  Q
    |||||||||||||||| |||| ||  |||||||| | | ||||  ||||||||||||||| | ||| |||||||| | | ||  |||| |||| ||||||    
T  26180061 catgctcgaatttgttaacacgatctttggttcagatgccaaaattagtattctaaccaccaacaaaccctcaccgacagctgtccctttacagaagtac 26179962  T
Q  444 accgttttagaagtatcacatgatattgatg 474  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  26179961 accattttggaagtatcccatgatattgatg 26179931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 277 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 26175435 - 26175237
Alignment:
Q  277 cacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttc 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||     
T  26175435 cacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaagatctgtgccaattcttaagagcccatgcttgaatttgttgacacaattattagttt 26175336  T
Q  377 aaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcacatgatattgatgt 475  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26175335 aaacgtcaaatatagtattctgaccaccagcaacccctcaaccagaactatccctctacaaaagtacaccattttagaagtatcacatgatattgatgt 26175237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 60 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 26162548 - 26162134
Alignment:
Q  60 ttggatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctc 159  Q
    |||||||  |||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||| |    
T  26162548 ttggatcgcacagaagctttcaaggtaggatttttcaatttggatgatctttatgttggaaatgtaatgacccttcaatttcccatccaagagatttcac 26162449  T
Q  160 cttacctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagc 259  Q
     || ||||||       ||||| ||||| |||||| || | |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||  |||||||||||    
T  26162448 gtttcctctcaaaaaaagaggctgactcaattcctctcgcaatgtcacaactcccaagtgtttttcaacttttctcaatccctgaagattctcctcaagc 26162349  T
Q  260 caaatccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgtt 359  Q
     |||||||||  |||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |  ||||  || || ||||||||||||||||||||||||    
T  26162348 taaatccatgttaggatcacttgaacagtgtgaagcggaaaccattacaggggagacaaagacttgtgtaaactccctagagtccatgctcgaatttgtt 26162249  T
Q  360 gacacaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtat 459  Q
    ||||| || ||||||||| |||  ||| ||| |||||| || || | ||| |||||| | | | | | |||| |||| || |||||| |||| |||||||    
T  26162248 gacacgatcattggttcatacgcgaaacataatattctcactaccaccaaaccctcatcgacagccatccctttacagaattacaccattttggaagtat 26162149  T
Q  460 cacatgatattgatg 474  Q
    |||||||||||||||    
T  26162148 cacatgatattgatg 26162134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 86 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 25929539 - 25929249
Alignment:
Q  86 aggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgac 185  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||  || ||| ||       ||||| |||    
T  25929539 aggatttttcaatttggatgatcttcatgttggaaatgtaatgaccctccaatttccaatccaagagatttctaatttcctttcgagaaaagaggctgac 25929440  T
Q  186 tccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaag 285  Q
    || |||||| |||| || ||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||      
T  25929439 tcaattcctctctcaatttcacaactcccaagtgttctcgaactcctttcaatccccgaagactctcctcaagcaaaatcaatgagagaaacacttgagc 25929340  T
Q  286 agtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttc 376  Q
    | ||  |||  ||| |||| ||||||||| | || | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25929339 aatgtcaagcagaacccgtcacaggggagtccaagacctgtgccaactctatagagtccatgcttgaatttgttgacaaaataattggttc 25929249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 63 - 419
Target Start/End: Original strand, 25648361 - 25648717
Alignment:
Q  63 gatcatacagaagctttcaagacaggatatttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctcctt 162  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||  |    
T  25648361 gatcacacagaagctttcaagttaggctttttcggtttggatgatcttcatgttggaaatgtaatggccctccaatttccggtccaaaaagttcctcaat 25648460  T
Q  163 acctctcnnnnnnngaggccgactccattcctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaa 262  Q
     ||| ||       |||||  |||| |||||||||||  | ||| ||||| ||||  |||| || ||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  25648461 tcctttcgaaaaaggaggctaactcaattcctttctcactctcataactcacaagggttctacatctcttgtcaatccctcaagattctccacaagccaa 25648560  T
Q  263 atccatgagaggagcacttgaagagtgcgaaggggaaaccgttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgac 362  Q
    ||| ||||||  | |||||||| | || ||||  || |  || | ||||||||| |  || |||| ||| ||  ||||||| |||||  |||||||||||    
T  25648561 atctatgagaaaaacacttgaacattgtgaagctgacagagtcagaggggagaccaggatgtgtgtcaactccgtagagtctatgcttaaatttgttgac 25648660  T
Q  363 acaattattggttcaaacgtcaaatatagtattctaaccacgagcaacccctcaccc 419  Q
    ||||| ||||||||| | | |||||||  |||||| || || | |||||| ||||||    
T  25648661 acaataattggttcagaagccaaatatgatattctcacaaccaacaacccatcaccc 25648717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 9e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 92 - 462
Target Start/End: Original strand, 32189237 - 32189610
Alignment:
Q  92 tttcagtttggatgatcttcacattggaaatgtaatgaccctccaatttccggtccaagaagtttctccttacctctcnnnnnnngaggccgactccatt 191  Q
    ||||| |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||| || ||| ||       ||||||||||| ||     
T  32189237 tttcaatttgaatgatcttcgtgttggaaatgtaatgaccctccaatttccggttcaaaaaattcctcatttcctttcaaaaaaggaggccgactcaatg 32189336  T
Q  192 cctttctcgatgtcacaactcccaagtattcttcaactcttttcaatccctgaagcatctcctcaagccaaatccatgagaggagcacttgaagagtgcg 291  Q
    ||| ||||  | ||||||||| ||||  |||| || ||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||||  ||||||  | |||||||| |||| |    
T  32189337 cctctctcactctcacaactcacaagagttctacatctcttgtcaatccctcaagattctccacaagccaaatatatgagaaaaacacttgaacagtgtg 32189436  T
Q  292 aaggggaaacc---gttacaggggagacaaaaatctgtgccaattctctagagtccatgctcgaatttgttgacacaattattggttcaaacgtcaaata 388  Q
    ||   |  | |   || | ||||||||| |  || |||| ||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||| | | ||||||    
T  32189437 aaaaagccatcatagtcaaaggggagaccaggatgtgtgtcaactctttagagtccatgcttgaattcgttggcacaataattggttcagaagccaaata 32189536  T
Q  389 tagtattctaaccacgagcaacccctcacccagaactacccctctacaaaagtacaccgttttagaagtatcac 462  Q
    |  |||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||| || || |||||| |||| ||||||||||    
T  32189537 tgatattctcacaaccagcaacccatcacccacaaccacccctctccagaaatacaccattttggaagtatcac 32189610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University