View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7270_low_1 (Length: 818)

Name: NF7270_low_1
Description: NF7270
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7270_low_1
NF7270_low_1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (16-808)||(14950823-14951616)
chr8 (162-797)||(15124197-15124832)
chr8 (16-778)||(5284039-5284802)
chr8 (130-802)||(5304916-5305588)
chr8 (131-794)||(5312129-5312790)
chr8 (153-797)||(5291515-5292159)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (130-808)||(31527506-31528184)
chr6 (414-496)||(21177706-21177788)
chr6 (359-504)||(21297785-21297929)
chr6 (363-473)||(21260091-21260205)
chr6 (340-504)||(21263930-21264095)
chr6 (325-446)||(33722788-33722898)
chr6 (409-473)||(21109146-21109210)
[»] scaffold0272 (1 HSPs)
scaffold0272 (455-504)||(19913-19962)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (455-504)||(39775-39824)
[»] scaffold0719 (2 HSPs)
scaffold0719 (364-423)||(5899-5958)
scaffold0719 (455-504)||(5840-5889)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 14951616 - 14950823
Alignment:
Q  16 catttatttatctgttttctttaacccgggtatgtttatctaacattattcaaccttggaacattgattaaatatttctctttaacgagttatatatatt 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14951616 catttctttatctgttttctttaacccgggtatgtttatctaacattattcaaccttggaacattgattaaatatttctctttaacgagttatatatatt 14951517  T
Q  116 caggtgaaacttcagagccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggt 215  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14951516 caggtgaaacttctgagccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggt 14951417  T
Q  216 taactctctactaagtttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaattt 315  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14951416 taactctctactcagtttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcagacatggcctatcaaaaattt 14951317  T
Q  316 gcgcaagcatgggaatcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14951316 gcgcaagcatgggaatcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacgaagagtttggttctttggtctatagttagatcttacctaaaagaaaacatat 14951217  T
Q  416 taatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatct 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14951216 taatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctgatactctatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatct 14951117  T
Q  516 caaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactc-aaagaggtcaggtat 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14951116 caaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaaagaggtcaggtat 14951017  T
Q  615 gaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattac 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14951016 gaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgaggcactcggccggagaaattgtgaattac 14950917  T
Q  715 attgcagttgatgcttatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttctattgatgtcc 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14950916 attgcagttgatgcttatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttctattggtgtcc 14950823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 162 - 797
Target Start/End: Original strand, 15124197 - 15124832
Alignment:
Q  162 acaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggttaactctctactaagtttaggttacacaaaggctttagctcttgaa 261  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||| |  |||||||||||    
T  15124197 acaaactgaattaggtcatgctacttttcttagcaagttgattttctcttgggttaattcattactcagtttaggttactcaaagccactagctcttgaa 15124296  T
Q  262 gacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatttgcgcaagcatgggaatcccttgtaagagaaaggactaagaacgata 361  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||  || || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  15124297 gacattccttcccttgtttctgaagatgaagcaaacatggcttataaaaaatttgttcatgcttgggaatcacttgttagagagaggactaagaacaata 15124396  T
Q  362 caaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttc 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15124397 caaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttc 15124496  T
Q  462 acctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtcactaaagtc 561  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15124497 acctctaatactctatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtcactaaagtc 15124596  T
Q  562 tttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtatgaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaa 661  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15124597 tttgagtcggtatctcaaagacattggttttttaactcaaggaggtcaggtatgaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaa 15124696  T
Q  662 agctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattacattgcagttgatgcttatagaatgggagaatttccatggtggtttca 761  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15124697 agctttctagctcggcaaggaaaagacactcggtcggagaaattgtgaattacattgcagttgattcttatagaatgggagaatttccatggtggtttca 15124796  T
Q  762 tatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttc 797  Q
    |||  |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  15124797 tataacatggacttctgcattgcaactttttctttc 15124832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 5284802 - 5284039
Alignment:
Q  16 catttatttatctgttttcttta-acccgggtatgtttatctaacattattcaaccttggaacattgattaaatatttctctttaacgagttatatatat 114  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| | |||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  ||||||||||    
T  5284802 catttaattatcggtttactttagagccggctatgtttttctaacactactcaaccttggaacattgattaattgtttctctttaatggattatatatat 5284703  T
Q  115 tcaggtgaaacttcagagccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttggg 214  Q
     ||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284702 gcaggtgatatttctgagccattgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacaggactaggccatgctacttttctcagcaagttgattttctcttggg 5284603  T
Q  215 ttaactctctactaagtttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatt 314  Q
    |||| |||||||| || ||||||||| ||||| |  ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5284602 ttaattctctactcagattaggttactcaaagccactagatcttgaagacataccttcccttgtttctgaagatgaagcagacatggcttatcaaaaatt 5284503  T
Q  315 tgcgcaagcatgggaatcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacata 414  Q
     |  |  || |||||||| ||||| ||||| | ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||||||||||||||    
T  5284502 cgttcgtgcttgggaatcacttgttagagacaagacaaagaataatacaaagagtttggttctttggtctataattagaactttcttaaaagaaaacata 5284403  T
Q  415 ttaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5284402 ttaatagcattttatgcattaatcagaactatttctgctgtagtttcacctcttatactttatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggcagatc 5284303  T
Q  515 tcaaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtat 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  || | || ||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  5284302 tcaaacaaggtctttccatagttggtattttaattctaaccaaattagttgattctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaggaggtcaggaat 5284203  T
Q  615 gaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattac 714  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5284202 gaaaatgagatcagctcttatggtggcaatttatcaaaagcaactaaagctttctagctcggcaaggacaagacactcggccggtgaaattgtgaattac 5284103  T
Q  715 attgcagttgatgcttatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctg 778  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5284102 attgtagttgatgcatatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatgggcttctg 5284039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 130 - 802
Target Start/End: Original strand, 5304916 - 5305588
Alignment:
Q  130 gagccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggttaactctctactaa 229  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |    
T  5304916 gagccactgatagatcagaaagttgaaacaaaacaaacaggactaggctgtgctacctttctcagcaagttaattttctcttgggttaattctttactca 5305015  T
Q  230 gtttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatttgcgcaagcatggga 329  Q
    |||| |||||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||  || || |||||    
T  5305016 gttttggttactcaaagccattagatcttgaagacataccttcccttgtttctgaagatgaagcagacatggcttataaaaaatttgttcatgcttggga 5305115  T
Q  330 atcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttat 429  Q
    ||| ||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5305116 atcacttgttagagagaggacaaagaataatacaaagagtttggttctttggtctatagtaagaactttcttaaaagaaaacatattaatagcattttat 5305215  T
Q  430 gcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtcttt 529  Q
    |||||||||||||||||  | ||||   |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  5305216 gcattaatcagaactatttcggttgccatttcacctcttatactctatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggcagatctcaaacaaggtctta 5305315  T
Q  530 ccatagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtatgaaaatgagatcagc 629  Q
    |||||||| ||||| || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5305316 ccatagtttgttttctgattctcaacaaagttttggagtctttgtctcagagacattggtttttcaactcaaggaggtcaggaatgaaaatgagatcagc 5305415  T
Q  630 tctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattacattgcagttgatgct 729  Q
    | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||     
T  5305416 tttgatggcagcagtttatcaaaagcagctaaagctttctagcccggcaagaacaagacacttggccggcgaaattgtgaattacattgtagttgatgca 5305515  T
Q  730 tatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttctattg 802  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  5305516 tatagaatgggagaattcccatggtggtttcatataacatggacttgtgcattgcaacttgttctttccattg 5305588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 131 - 794
Target Start/End: Original strand, 5312129 - 5312790
Alignment:
Q  131 agccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggttaactctctactaag 230  Q
    |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  5312129 agccactgatggatcagaaagttgaaacaaaacaaacaggactaggccgtgctacctttctcagcaagttgattttctcttgggttaattctttactcag 5312228  T
Q  231 tttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatttgcgcaagcatgggaa 330  Q
    |||||||||| ||||| | |||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||     
T  5312229 tttaggttactcaaagccattagatcttgaagacataccttcccttgcttctgaagatgaagcagacatgacatatcaaaactttgcgcatgcatgggat 5312328  T
Q  331 tcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatg 430  Q
    |||||||||||||| | |||  | ||  || | | ||| ||||||||||||||| |  ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5312329 tcccttgtaagagagaagacagataaaaattccaggagcttggttctttggtctgttattagaacttacttaaaagaaaacatagtaatagcattttatg 5312428  T
Q  431 cattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtctttc 530  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5312429 cattaatcagaactatttctgttgtagtttcacctctaatactctatgcttttgttaactacgcaaatagaactgaggcagatctcaaacaaggtctttc 5312528  T
Q  531 catagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtatgaaaatgagatcagct 630  Q
     |||||||||||| || || |||| ||| |  | ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5312529 aatagttggttttctgattctcaccaaattggtcgagtctctgtctcaacgacattggtttttt--ctcaaggaggtcaggaatgaaaatgagatcagct 5312626  T
Q  631 ctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattacattgcagttgatgctt 730  Q
     | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||  |||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |    
T  5312627 ttgatggtggcagtttatcgaaagcagctaaagctttcaagcatggcaaggacaagacactcaaccggcgaaattttgaattacattgcaattgatgcat 5312726  T
Q  731 atagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttct 794  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||    
T  5312727 atagaatgggagaatttccatggtggtttcatataacatggacttgtgcattgcaacttgttct 5312790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 153 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 5292159 - 5291515
Alignment:
Q  153 tgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggttaactctctactaagtttaggttacacaaaggcttta 252  Q
    |||||| |||||||||| | || | | |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||| ||||| |  |     
T  5292159 tgaaactaaacaaacaggattaggccgtgctacttttcttagcaagttgaatttctcttggattaattctttactcagtttaggttactcaaagccgctt 5292060  T
Q  253 gctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatttgcgcaagcatgggaatcccttgtaagagaaaggacta 352  Q
    | ||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||   | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  5292059 gatcttgaagatataccttccgttgtttctgaagatgaagctgacatgtcgtatcaaaaatttgttaatgcttgggaatcacttgtgagagagaggacaa 5291960  T
Q  353 agaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgt 452  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | ||    
T  5291959 agaataatacaaagagtttggttctttggtctatagttagaactttcttgaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaataagaactgtttcggt 5291860  T
Q  453 tgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtctttccatagttggttttttggttgtc 552  Q
    || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  5291859 tgcagtttcacctcttatactctatgcttttgttaactactcaaatagaaccgaggcagatctcaaacaaggtctttccatagttggtattttgattctc 5291760  T
Q  553 actaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtatgaaaatgagatcagctctaatggtagcagtttatcaaa 652  Q
    || ||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||    
T  5291759 accaaagtttttgagtctttatctcaaaggcattggttttttaactcaaggaggtcaggaatgaaaatgagatcagctcttatggtggcggtttaccgaa 5291660  T
Q  653 agcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattacattgcagttgatgcttatagaatgggagaatttccatg 752  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5291659 agcagttaaagctttctagctcggcaaggcagagacactcggccggtgaaattgtgaattacattgcagttgatgcatacagaatgggagaatttccatg 5291560  T
Q  753 gtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttc 797  Q
    |||||||||||   ||||||||| || ||| |||||| |||||||    
T  5291559 gtggtttcatacaacatggacttgtgcatttcaacttattctttc 5291515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 130 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 31528184 - 31527506
Alignment:
Q  130 gagccactgctagctcagaaagttgaaacaaaacaaacagaactaagtcatgctacttttctcagcaagttgattttctcttgggttaactctctactaa 229  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||  ||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||| | || |    
T  31528184 gagccactactagctcagaaatgtgaaacaaaacaaacgggactaagcaatgctaccttgctcagcaagttagttttctcttgggttaactctttgctta 31528085  T
Q  230 gtttaggttacacaaaggctttagctcttgaagacattccttctcttgtttctgaagatgaagcggacatggcctatcaaaaatttgcgcaagcatggga 329  Q
    ||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  |||  || |||||||| |||| ||| | ||||||    
T  31528084 gtttaggatactcaaagccactagctcttgaagacatacctacccttgtttctgaagatgaagcaaacactgcgtatcaaaattttgtgcatgaatggga 31527985  T
Q  330 atcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttat 429  Q
     || |||| |||  | |||| |||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| | | ||| || |||||||||||||||||||||| |||    
T  31527984 gtctcttggaaggaagaggagtaagaacagtacaaaaaatttggttctttggtctatagttaaaacttacttacaagaaaacatattaatagcattctat 31527885  T
Q  430 gcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaactgaggaagatctcaaacaaggtcttt 529  Q
    ||| || ||||||||||  |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||| | |||||||||    
T  31527884 gcactactcagaactatttctgttgtagttttacctctaattctctatgcttttgttaactactcaagtagaaccgagggaaatctcagagaaggtcttt 31527785  T
Q  530 ccatagttggttttttggttgtcactaaagtctttgagtctctgtctcaaagacattggttttttaactcaaagaggtcaggtatgaaaatgagatcagc 629  Q
    |||||||||||||| || || |||| ||| |  | |||||| | || || |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  31527784 ccatagttggttttctgattctcaccaaattagtcgagtctttttcccagagacattggttttttaactcaaggaggttaggaatgaaaatgagatcagc 31527685  T
Q  630 tctaatggtagcagtttatcaaaagcagctaaagctttcaagctcggcaaggatgagacactcggccggagaaattgtgaattacattgcagttgatgct 729  Q
    ||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  31527684 tctgatggtggcagtttatgagaagcagctaaagctttctagctcgggaaagataagacactcggccggtgaaattgtgaattacattgcagttgatgca 31527585  T
Q  730 tatagaatgggagaatttccatggtggtttcatatggcatggacttctgtattgcaacttgttctttctattgatgtcc 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | || | ||||||||||| || |||| |||||    
T  31527584 tatagaatgggagaatttccatggtggtttcatataacatggacttgtatactacaacttgttctgtccattgctgtcc 31527506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 414 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 21177788 - 21177706
Alignment:
Q  414 attaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaa 496  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  21177788 attaatggcattttatgcattaatcagaactatatctgttttagtttcacctctaatactctatgctattgttaactactcaa 21177706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 359 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 21297929 - 21297785
Alignment:
Q  359 atacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagt 458  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||   || ||| ||   ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  21297929 atacaaagaatttggtt-tttggtctgtagttagagtttagctataatccaacatattaatagcagtttatgcataaatcagaactatctctgttgtagt 21297831  T
Q  459 ttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaact 504  Q
    ||||| ||||||| ||||  || ||||||| |||||||||||||||    
T  21297830 ttcacatctaatattatactctattgttaattactcaaatagaact 21297785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 363 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 21260205 - 21260091
Alignment:
Q  363 aaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaa----gaaaacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagt 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||    ||||||| ||||| || |||||||||||||  ||||||||| | |||||||||    
T  21260205 aaagagtttggttctttggtctatagttagaacttactaaaaattaagaaaacacattaaaagtattttatgcattacacagaactattgttgttgtagt 21260106  T
Q  459 ttcacctctaatact 473  Q
    || ||||||||||||    
T  21260105 ttgacctctaatact 21260091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 340 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 21264095 - 21263930
Alignment:
Q  340 agagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcattttatgcattaatca 439  Q
    ||||| ||||||  |||| |||| |||||||||  ||||| || | |||||||| | || ||| ||   |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21264095 agagagaggactttgaacaatactaagagtttgtatcttttgtttgtagttagaacttagctataatccaacatattaatagcattttatgaattaatca 21263996  T
Q  440 gaactatagctgttgtagtttcacctctaatactatatgcttttgttaact-actcaaatagaact 504  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||  | ||| || ||||| ||| ||||||||||||||    
T  21263995 gaactatttctattgtagtttcacctctaatcttctattctattgttgactaactcaaatagaact 21263930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 33722898 - 33722788
Alignment:
Q  325 tgggaatcccttgtaagagaaaggactaagaacgatacaaagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagcat 424  Q
    |||||||| |||||  |||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||  || |         |||||||||||| |||    
T  33722898 tgggaatcacttgttggagagaggaccaagaacaatacaaagagtttagttctttggactgtagttaga--atcc---------aacatattaatatcat 33722810  T
Q  425 tttatgcattaatcagaactat 446  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  33722809 tttatgcattaatcagaactat 33722788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 409 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 21109210 - 21109146
Alignment:
Q  409 aacatattaatagcattttatgcattaatcagaactatagctgttgtagtttcacctctaatact 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   ||| |||| ||||||||||| ||||    
T  21109210 aacatattaatagcattttatgcattaatcataattacttctgctgtaatttcacctctattact 21109146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0272 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0272
Description:

Target: scaffold0272; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 19962 - 19913
Alignment:
Q  455 tagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaact 504  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  19962 tagtttcacctctaatactctatactattgttaactaatcaaatagaact 19913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 455 - 504
Target Start/End: Original strand, 39775 - 39824
Alignment:
Q  455 tagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaact 504  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  39775 tagtttcacctctaatactctatactattgttaactaatcaaatagaact 39824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0719 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0719
Description:

Target: scaffold0719; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5958 - 5899
Alignment:
Q  364 aagagtttggttctttggtctatagttagatcatacctaaaagaaaacatattaatagca 423  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| |  || |||||||||||||| ||||||||    
T  5958 aagagtatggttctttggtctctagttagaactaacttaaaagaaaacataataatagca 5899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0719; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 455 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 5889 - 5840
Alignment:
Q  455 tagtttcacctctaatactatatgcttttgttaactactcaaatagaact 504  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || |||||||||| ||||||||||||    
T  5889 tagtttcacctctaatactctaaactattgttaactaatcaaatagaact 5840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University