View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7282_low_1 (Length: 1135)

Name: NF7282_low_1
Description: NF7282
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7282_low_1
NF7282_low_1
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (594-1125)||(33861425-33861965)
chr1 (594-1125)||(33918957-33919497)
chr1 (17-591)||(29254870-29255464)
chr1 (17-554)||(13263774-13264321)
chr1 (438-568)||(9981375-9981505)
chr1 (423-585)||(29254657-29254820)
chr1 (464-591)||(17238399-17238527)
chr1 (464-591)||(6632008-6632136)
chr1 (478-591)||(6631316-6631429)
chr1 (465-591)||(17237705-17237832)
chr1 (423-523)||(13264371-13264472)
chr1 (543-594)||(19990273-19990324)
chr1 (543-594)||(47966992-47967043)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (21-547)||(32526833-32527376)
chr4 (446-596)||(32527453-32527604)
chr4 (549-595)||(27110485-27110531)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (59-593)||(30617392-30617946)
chr2 (478-591)||(41320009-41320122)
chr2 (465-587)||(13545291-13545414)
chr2 (427-591)||(13544598-13544762)
chr2 (464-591)||(41320703-41320831)
chr2 (516-583)||(11169280-11169347)
chr2 (517-597)||(8143321-8143402)
chr2 (514-591)||(15555016-15555093)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (478-591)||(52362640-52362753)
chr3 (487-591)||(16674246-16674350)
chr3 (464-566)||(16673555-16673658)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (464-595)||(41516456-41516588)
chr5 (543-591)||(8469813-8469861)
chr5 (465-528)||(41517157-41517221)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (432-574)||(14125165-14125308)
chr6 (46-132)||(14125355-14125439)
chr6 (295-346)||(14125605-14125656)
chr6 (549-595)||(2479292-2479338)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 594 - 1125
Target Start/End: Original strand, 33861425 - 33861965
Alignment:
Q  594 tttttagaatatacatgtagtaagcggttcgaataataatattaattgtgtttcaatataagctaattttgacatgtcttagcaatatttgactacctta 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33861425 tttttagaatatacatgtagtaagcggttcgaatactaatattaattgtgtttcaatataagttaattttgacatgtcttagcaatatttgactacctta 33861524  T
Q  694 aaactaaagttgtataaaactaacaagtaaaatagaccactt-----------cttaagtggtagaaggtaaaaggataaaagatgtagatctcgttagg 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33861525 aaactaaagttgtataaaactaacaagtaaaatagaccacttaaacaaaatttcttaagtggtagaaggtaaaaggataaaagatgtagatctcattagg 33861624  T
Q  783 ttgttcttgtcttgcaagatttaagcaagtcttttgcaatgaagaactttggttatgcaaagaaaatccttggcatgagaattacttgtgagttgtgaca 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33861625 ttgttcttgtcttgcaagatttaagcaagtcttttgcaatgaagaactttggttatgcaaagaaaatccttggcatgagaattacttgtgagttgtgaca 33861724  T
Q  883 atatgaatggtaaaattgtggttgtctcaacgaaattacattgagaaggtgttatggactttacatgagaaaatacaaatgtatcagtactctactctat 982  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33861725 atatgaatggtaaa-ttgtggttgtctcaacgcaattacattgagaaggtgttatggactttacatgagaaaatacaaatgtatcagtactctactctat 33861823  T
Q  983 agtcatttcaaattgagttcagaataatgccctacaagtgaaaagatcaagaagatatagagatggttccatatgcatccacaaagatagctttgtgtat 1082  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  33861824 agtcatttcaaattgagttcagaataatgccctacaagtgaaaagatcaagaagatatagagatggttccatatgcatccac-aagatagttttgtgtat 33861922  T
Q  1083 gttaaggcatgcacaaggccgtatattgctcatattattggag 1125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33861923 gttaaggcatgcacaaggccgtatattgctcatattgttggag 33861965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 594 - 1125
Target Start/End: Complemental strand, 33919497 - 33918957
Alignment:
Q  594 tttttagaatatacatgtagtaagcggttcgaataataatattaattgtgtttcaatataagctaattttgacatgtcttagcaatatttgactacctta 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33919497 tttttagaatatacatgtagtaagcggttcgaatactaatattaattgtgtttcaatataagttaattttgacatgtcttagcaatatttgactacctta 33919398  T
Q  694 aaactaaagttgtataaaactaacaagtaaaatagaccactt-----------cttaagtggtagaaggtaaaaggataaaagatgtagatctcgttagg 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33919397 aaactaaagttgtataaaactaacaagtaaaatagaccacttaaacaaaatttcttaagtggtagaaggtaaaaggataaaagatgtagatctcattagg 33919298  T
Q  783 ttgttcttgtcttgcaagatttaagcaagtcttttgcaatgaagaactttggttatgcaaagaaaatccttggcatgagaattacttgtgagttgtgaca 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33919297 ttgttcttgtcttgcaagatttaagcaagtcttttgcaatgaagaactttggttatgcaaagaaaatccttggcatgagaattacttgtgagttgtgaca 33919198  T
Q  883 atatgaatggtaaaattgtggttgtctcaacgaaattacattgagaaggtgttatggactttacatgagaaaatacaaatgtatcagtactctactctat 982  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33919197 atatgaatggtaaa-ttgtggttgtctcaacgcaattacattgagaaggtgttatggactttacatgagaaaatacaaatgtatcagtactctactctat 33919099  T
Q  983 agtcatttcaaattgagttcagaataatgccctacaagtgaaaagatcaagaagatatagagatggttccatatgcatccacaaagatagctttgtgtat 1082  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  33919098 agtcatttcaaattgagttcagaataatgccctacaagtgaaaagatcaagaagatatagagatggttccatatgcatccac-aagatagttttgtgtat 33919000  T
Q  1083 gttaaggcatgcacaaggccgtatattgctcatattattggag 1125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33918999 gttaaggcatgcacaaggccgtatattgctcatattgttggag 33918957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 591
Target Start/End: Original strand, 29254870 - 29255464
Alignment:
Q  17 cataaatacctctcccaattcaataagtgttttcagtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattataaattctacaaattatat---------tg 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||    
T  29254870 cataaatacgtctcccaattcaaaaagttttttcagtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattacaaattctacaaattatataaattatattg 29254969  T
Q  108 ctttcaacttcgattgcaaagcactactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatacataaaaccaatggcagagaatgggagcatgtagagacgagg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29254970 ctttcaacttcgattgcaaagcaccactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatacataaaaccaatgacagagaatgggagcatgtagagacgagg 29255069  T
Q  208 ctgtggagtgcaaggtaaacccaccattctaactcctgtcatgatc------caatcaaaagaaatatggatggtatattccctcnnnnnnnn----tat 297  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||             |||    
T  29255070 ctgtggagtggaaggtaaacctaccattctaactcctgtcatgatcaatatccaatcaaaagaaatatggatggtatattccctaaaaaaaaaaaaatat 29255169  T
Q  298 ggatggtatatacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagttnnnnnnntt-gttattttaactgaaattaaaaacaaacacatttaagagtg 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29255170 ggatggtatatacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagttaaaattttttgttattttaactgaaattaaaaacgaacacatttaagagtg 29255269  T
Q  397 agtttaagaggaacgagatttttgtgtaattaagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacattt 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29255270 agtttaagaggaacgagatttttgtttaattaagggagaataattggagaatgtctttatttggatggagatccaaaaagaggtcatatgattaacattt 29255369  T
Q  497 aaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  29255370 aaaactatcattcaagccattagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttggtgtaagtctagaaacttactcttagagtcaatatatccctcc 29255464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 13264321 - 13263774
Alignment:
Q  17 cataaatacctctcccaattcaataagtgttttcagtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattataaattctacaaattatattgctttcaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  13264321 cataaatacctctcccaattcaaaaagtgttttccgtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattacaaattatataaattattttgctttcaact 13264222  T
Q  117 tcgattgcaaagcactactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatacataaaaccaatggcagagaatgggagcatgtagagacgaggctgtggagt 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13264221 tcgattgcaaagcaccactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatatataaaaccaatggtagagaatgggagcatgtagagacgaggctgtggaat 13264122  T
Q  217 gcaaggtaaacccaccattctaactcctgtcatg------atccaatcaaaagaaatatggatggtatattccctc----nnnnnnnntatggatggtat 306  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||            ||||||||||||    
T  13264121 ggaaggtaaacctaccattctaactcctgtcatgatcaatatccaatcaaaagaaatatggttggtatattccctcaaaaaaaaaaaatatggatggtat 13264022  T
Q  307 atacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagtt-nnnnnnnttgttattttaactgaaattaaaaacaaacacatttaagagtgagtttaaga 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13264021 atacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagttaaaaaaatttgttattttaactgaaattaaaaacgaacacatttaagagtgagtttaaga 13263922  T
Q  406 ggaacgagatttttgtgtaattaagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacatttaaaactatc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13263921 ggaacgagatttttgtgtaattaagggagaataattggagaaagtctttatttggatggagat-caaaaagaggtcacatgattaacatttaaaactatc 13263823  T
Q  506 attcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaa 554  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13263822 attcgaaccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttggagtaa 13263774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 438 - 568
Target Start/End: Original strand, 9981375 - 9981505
Alignment:
Q  438 aattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaag 537  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9981375 aattggagaaagtctttatcaggatggagatccaaaaagaggtcacatgtttaacatttaaaattatcattcaagtcgttagattaaaatacaatgaaag 9981474  T
Q  538 gttgtgatttagagtaagtctaaaaacttac 568  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9981475 gttgtgatttggagtaagtctacaaacttac 9981505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 423 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 29254820 - 29254657
Alignment:
Q  423 taattaagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagagg-tcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagat 521  Q
    |||||||  |||||||||  |||||||| |||||  ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  29254820 taattaaaagagaataatcagagaaagtatttatgaggaaggagattcaaaaagagggtcacatgattaacaattaagactatcattcaagccgttagat 29254721  T
Q  522 taaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatat 585  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  29254720 taaaatataatgaaaggttatgatttggagtaagtctacaaacttactcttggagttaaaatat 29254657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 464 - 591
Target Start/End: Original strand, 17238399 - 17238527
Alignment:
Q  464 gagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaa 562  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| || || |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||    
T  17238399 gagatccaaaaagatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaaaccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataa 17238498  T
Q  563 acttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17238499 acttactcttggagtcaaaatatccctcc 17238527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 464 - 591
Target Start/End: Original strand, 6632008 - 6632136
Alignment:
Q  464 gagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaa 562  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| || || |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||    
T  6632008 gagatccaaaaagatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaaaccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataa 6632107  T
Q  563 acttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||    
T  6632108 acttactcttggagtctaaatatccctcc 6632136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 478 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 6631429 - 6631316
Alignment:
Q  478 ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagt 577  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6631429 ggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaagccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataaacttacccttggagt 6631330  T
Q  578 taatatatccctcc 591  Q
     || ||||||||||    
T  6631329 caaaatatccctcc 6631316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 465 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 17237832 - 17237705
Alignment:
Q  465 agatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaa 563  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| || || |||||||||||||  ||||||||| |  |||| ||||||||||| |||    
T  17237832 agatccacaaagatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaaaccattagattaaaataagatgaaaggtggatatttggagtaagtctataaa 17237733  T
Q  564 cttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||    
T  17237732 cttactcttgcagtcaaaatatccctcc 17237705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 423 - 523
Target Start/End: Original strand, 13264371 - 13264472
Alignment:
Q  423 taattaagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagagg-tcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagat 521  Q
    |||||||  |||||||||  || ||||| |||||  ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  13264371 taattaaaagagaataatcagataaagtatttatgaggaaggagattcaaaaagagggtcacatgattaacaattaagactatcattcaagccgttagat 13264470  T
Q  522 ta 523  Q
    ||    
T  13264471 ta 13264472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 19990324 - 19990273
Alignment:
Q  543 gatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcccct 594  Q
    ||||| ||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19990324 gatttggagtaagtctttagacttactcttggagtcaatatatccctcccct 19990273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 47967043 - 47966992
Alignment:
Q  543 gatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcccct 594  Q
    ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47967043 gatttggagtaactttaaacacttactcttggagtcaatatatccctcccct 47966992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 32527376 - 32526833
Alignment:
Q  21 aatacctctcccaattcaataagtgttttcagtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattataaattctacaaattatat---------tgcttt 111  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||||||    
T  32527376 aatacccctcccaattcaaaaagtgttttcagtcttttttttgaatattatcataaggttgcattacaaattctacaaattatataaattatattgcttt 32527277  T
Q  112 caacttcgattgcaaagcactactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatacataaaaccaatggcagagaatgggagcatgtagagacgaggctgt 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32527276 caacttcgattgcaaagcaccactggttatccaaaaaagaaagaaatattaatacataaaaccaatggcagagaatgggagcatgtagagacgaggctgt 32527177  T
Q  212 ggagtgcaaggtaaacccaccattctaactcctgtcatgat------ccaatcaaaagaaatatggatggtatattccctcnnnnnnnntatggatggta 305  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||    
T  32527176 ggagtggaaggtaaacctaccattctaactcttgtcatgattaatatccaatcaaaagaaatatggatggtatattccctaaaaaaaaatatggatggta 32527077  T
Q  306 tatacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagttnnnnnnntt--gttattttaactgaaattaaaaacaaacacatttaagagtgagtttaa 403  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32527076 tatagaaattcaattgggcgagttacttatataatggagttaaattttttttgttattttaactgaaataaaaaacgaacacatttaagagtgagtttaa 32526977  T
Q  404 gaggaacgagatttttgtgtaattaagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacatttaaaacta 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32526976 gaggaacgagatttttgtgtaattaagggagaataattggagaaagtctttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacatttaaaacta 32526877  T
Q  504 tcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgattt 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32526876 tcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgattt 32526833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 446 - 596
Target Start/End: Original strand, 32527453 - 32527604
Alignment:
Q  446 aaagtttttatttggatggagatccaaaaagagg-tcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtga 544  Q
    ||||| |||||  ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32527453 aaagtatttatgaggaaggagattcaaaaagagggtcacatgattaacaattaagactatcattcaagctgttagattaaaatataatgaaaggttgtga 32527552  T
Q  545 tttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctccccttt 596  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||    
T  32527553 tttggagtaagtctacaaacttactcttagagtcaaaatatctctccccttt 32527604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 549 - 595
Target Start/End: Original strand, 27110485 - 27110531
Alignment:
Q  549 gagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcccctt 595  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27110485 gagtaactttaaacacttactcttggagtcaatatatccctcccctt 27110531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 30617946 - 30617392
Alignment:
Q  59 cttcgaatattatcataaggttgcattataaattctacaaattatat---------tgctttcaacttcgattgcaaagcactactggttatccaaaaaa 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30617946 cttcgaatattatcataaggttgcattacaaattctacaaattatataaattatattcctttcaacttcgattgcaaagcaccactggttatccaaaaaa 30617847  T
Q  150 gaaagaaatattaatacataaaaccaatggcagagaatgggagcatgtagagacgaggctgtggagtgcaaggtaaacccaccattctaactcctgtcat 249  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  30617846 gaaataaatattaatacataaaaccaatgacagagaatgggaacatgtagagacgaggttatggagtggaaggtaaacctaccattctaactcctctcat 30617747  T
Q  250 gatc------caatcaaaagaaatatggatggtatattccctcnnnnnnnn--tatggatggtatatacaaattcaattgggcgagttacttatataatg 341  Q
    ||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617746 gatcaatatccaatcaaaagaaatatggatggtatattccctcaaaaaaaaaatatggatggtatataccaattcaattgggcgagttacttatataatg 30617647  T
Q  342 gagttnnnnnnn---ttgttattttaactgaaattaaaaacaaacacatttaagagtgagtttaagaggaacgagatttttgtgtaattaagggagaata 438  Q
    |||||          |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617646 gagttaaaaaaaaatttgttattttaactgaaattaaaaacgaacacatttaagagtgagtttaagaggaacgagatttttgtgtaattaagggagaata 30617547  T
Q  439 attggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaagaggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaagg 538  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30617546 attggagaaagtctttgtgtggatggagatccaaaaagaggtcacatggttaatatttaaaactatcattcaagctgttagattaaaatacaatgaaagg 30617447  T
Q  539 ttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcccc 593  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  30617446 ttgtgatttagagtaagtctagaaacttactttttgagtcaatatatccctcccc 30617392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 478 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 41320122 - 41320009
Alignment:
Q  478 ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagt 577  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41320122 ggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaagccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataaacttactcttggagt 41320023  T
Q  578 taatatatccctcc 591  Q
     || ||||||||||    
T  41320022 caaaatatccctcc 41320009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 465 - 587
Target Start/End: Original strand, 13545291 - 13545414
Alignment:
Q  465 agatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaa 563  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||   |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||    
T  13545291 agatccacaaagatggtcatatgattaacaattaaaacccacatttaagccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataaa 13545390  T
Q  564 cttactcttggagttaatatatcc 587  Q
    |||||||||||||| || ||||||    
T  13545391 cttactcttggagtcaaaatatcc 13545414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 427 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 13544762 - 13544598
Alignment:
Q  427 taagggagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaa 525  Q
    ||||||||| ||| |||||||| | |||||  | ||| ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||  |||| || |  ||||||||||    
T  13544762 taagggagattaaatggagaaaatatttataagaatg-agatccaaaaaaatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaaactattagattaaa 13544664  T
Q  526 atacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    |||  ||||||||| | ||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||    
T  13544663 ataagatgaaaggtggagatttggaataagtctataaacttactcttgaagtcaaaatatccctcc 13544598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 464 - 591
Target Start/End: Original strand, 41320703 - 41320831
Alignment:
Q  464 gagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaa 562  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |  |||| || || |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||    
T  41320703 gagatccaaaaagatggtcgcatgattaacaattaaaattcacatttaaaccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataa 41320802  T
Q  563 acttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  41320803 acttactattggagtcaaaatatctctcc 41320831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 516 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 11169347 - 11169280
Alignment:
Q  516 ttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatat 583  Q
    ||||||||||||   ||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  11169347 ttagattaaaatgagatgaaaggtggagatttagagtaaatctataaacttattcttggagtcaatat 11169280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 517 - 597
Target Start/End: Original strand, 8143321 - 8143402
Alignment:
Q  517 tagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactc-ttggagttaatatatccctcccctttt 597  Q
    |||||||||| | |||||| || |||||||| |||||| || ||| | |||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  8143321 tagattaaaacataatgaagggatgtgatttggagtaactcaaaagagttactccttggagtcaaaatatccctcccctttt 8143402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 514 - 591
Target Start/End: Original strand, 15555016 - 15555093
Alignment:
Q  514 cgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    |||| |||||||||| |||| | || |||||||| |||||| |  ||| | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  15555016 cgttggattaaaataaaatggagggatgtgatttggagtaacttaaaagagttactcttggagttaaaatatccctcc 15555093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 8e-24; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 478 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 52362753 - 52362640
Alignment:
Q  478 ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagt 577  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  52362753 ggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaagccattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaggtctataaacttactcttggagt 52362654  T
Q  578 taatatatccctcc 591  Q
     || ||||||||||    
T  52362653 caaaatatccctcc 52362640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 487 - 591
Target Start/End: Original strand, 16674246 - 16674350
Alignment:
Q  487 attaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatc 586  Q
    ||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||  |||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||    
T  16674246 attaacaattaaaactcacatttaagccattagattaaaataagatgaaaggtgtagatttggagtaagtctataaacttactctttgagtcaaaatatc 16674345  T
Q  587 cctcc 591  Q
     ||||    
T  16674346 tctcc 16674350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 464 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 16673658 - 16673555
Alignment:
Q  464 gagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaa 562  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |  |||| || || |||||||||||||  ||||||||| |  |||| ||||||||||| ||    
T  16673658 gagatccaaaaagatggtcacatgattaacaattaaaattcacatttaaaccattagattaaaataagatgaaaggtggatattttgagtaagtctataa 16673559  T
Q  563 actt 566  Q
    ||||    
T  16673558 actt 16673555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 2e-18; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 464 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 41516588 - 41516456
Alignment:
Q  464 gagatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaatacaatgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaa 562  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| || |  |||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||    
T  41516588 gagatcaaaaaagatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaaactattagattaaaataagatgaaaggtggagatttggagtaagtctataa 41516489  T
Q  563 acttactcttggagttaatatatccctcccctt 595  Q
    |  ||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  41516488 atatactcttagagtcaaaatatccctcccctt 41516456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 543 - 591
Target Start/End: Original strand, 8469813 - 8469861
Alignment:
Q  543 gatttagagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcc 591  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||    
T  8469813 gatttagagtaagtctataaatttactcttggagtcaaaatatccctcc 8469861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 465 - 528
Target Start/End: Original strand, 41517157 - 41517221
Alignment:
Q  465 agatccaaaaaga-ggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaata 528  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||||||||||    
T  41517157 agatccacaaagatggtcacatgattaacaattaaaactcacatttaagccattagattaaaata 41517221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 7e-18; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 432 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 14125308 - 14125165
Alignment:
Q  432 gagaataattggagaaagtttttatttggatggagatccaaaaa-gaggtcacatgattaacatttaaaactatcattcaagccgttagattaaaataca 530  Q
    ||||||||||||||||||| |||||   ||  |||||  ||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||    ||||||||||| ||||||||| |    
T  14125308 gagaataattggagaaagtatttatgaagaatgagatttaaaaaggaggttacattattaacaattaaaactaatgatcaagccgttaaattaaaataaa 14125209  T
Q  531 atgaaaggttgtgatttagagtaagtctaaaaacttactcttgg 574  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  14125208 atgaaaggtagcgatttggagtaagtctataaacttacttttgg 14125165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 46 - 132
Target Start/End: Original strand, 14125355 - 14125439
Alignment:
Q  46 ttttcagtcttttcttcgaatattatcataaggttgcattataaattctacaaattatattgctttcaacttcgattgcaaagcact 132  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14125355 tttttagtcttttcttcaaatattatcattaggttgcactataaat--tataaattacattgctttcaacatcgattgcaaagcact 14125439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 295 - 346
Target Start/End: Original strand, 14125605 - 14125656
Alignment:
Q  295 tatggatggtatatacaaattcaattgggcgagttacttatataatggagtt 346  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14125605 tatggatggtatattcaaaatcaattgggcaagttacttatataatggagtt 14125656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 549 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 2479338 - 2479292
Alignment:
Q  549 gagtaagtctaaaaacttactcttggagttaatatatccctcccctt 595  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2479338 gagtaactttaaacacttactcttggagtcaatatatccctcccctt 2479292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University