View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7286_low_4 (Length: 291)

Name: NF7286_low_4
Description: NF7286
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7286_low_4
NF7286_low_4
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-291)||(29112981-29113274)
chr2 (7-172)||(20272254-20272420)
chr2 (79-184)||(18534674-18534779)
chr2 (7-133)||(24561976-24562102)
chr2 (75-172)||(24562081-24562179)
chr2 (75-142)||(6093693-6093760)
chr2 (27-131)||(24840741-24840841)
chr2 (7-133)||(18534762-18534888)
chr2 (4-126)||(6093775-6093897)
chr2 (81-131)||(22331619-22331669)
chr2 (85-126)||(45618713-45618754)
chr2 (75-131)||(22331582-22331638)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (1-291)||(75749-76042)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (1-291)||(40040326-40040620)
chr3 (1-291)||(37917577-37917871)
chr3 (19-291)||(14181231-14181511)
chr3 (75-172)||(11401433-11401531)
chr3 (75-184)||(38377022-38377132)
chr3 (7-164)||(5229219-5229376)
chr3 (8-133)||(38376918-38377043)
chr3 (174-283)||(20419910-20420022)
chr3 (10-131)||(11401512-11401633)
chr3 (7-133)||(17392277-17392403)
chr3 (75-128)||(17759694-17759747)
chr3 (75-128)||(19061014-19061067)
chr3 (49-133)||(11516746-11516830)
chr3 (7-128)||(8603561-8603682)
chr3 (75-131)||(17759657-17759713)
chr3 (75-131)||(19060977-19061033)
chr3 (75-184)||(11516809-11516920)
chr3 (75-143)||(17392228-17392298)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (72-259)||(12134993-12135181)
chr4 (3-133)||(14570191-14570321)
chr4 (7-133)||(54364677-54364803)
chr4 (75-184)||(5371908-5372017)
chr4 (75-172)||(14570115-14570212)
chr4 (75-184)||(54364782-54364892)
chr4 (75-184)||(19558179-19558288)
chr4 (75-145)||(17376770-17376837)
chr4 (7-129)||(17376665-17376787)
chr4 (51-144)||(19082332-19082425)
chr4 (47-133)||(19558267-19558353)
chr4 (52-184)||(19623372-19623506)
chr4 (85-169)||(5371881-5371966)
chr4 (75-180)||(13595398-13595505)
chr4 (7-131)||(12134857-12134981)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (3-133)||(247055-247185)
scaffold0005 (75-172)||(247164-247261)
[»] scaffold0090 (5 HSPs)
scaffold0090 (75-184)||(5854-5964)
scaffold0090 (43-131)||(35950-36038)
scaffold0090 (75-112)||(1474-1511)
scaffold0090 (7-129)||(1369-1491)
scaffold0090 (7-129)||(5749-5871)
[»] scaffold0231 (3 HSPs)
scaffold0231 (10-131)||(14075-14196)
scaffold0231 (75-145)||(14214-14284)
scaffold0231 (75-133)||(14177-14235)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (70-184)||(20821801-20821916)
chr1 (1-131)||(20821929-20822055)
chr1 (75-146)||(77253-77324)
chr1 (77-135)||(33396196-33396254)
chr1 (7-131)||(33396237-33396362)
chr1 (75-133)||(20821890-20821948)
chr1 (85-133)||(77226-77274)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (75-184)||(28719301-28719411)
chr7 (79-184)||(4483575-4483680)
chr7 (47-146)||(8564771-8564870)
chr7 (75-184)||(21676242-21676352)
chr7 (7-131)||(44306328-44306453)
chr7 (75-142)||(16382400-16382467)
chr7 (76-142)||(45148432-45148498)
chr7 (75-131)||(16369688-16369744)
chr7 (7-133)||(4483663-4483789)
chr7 (75-133)||(16382446-16382504)
chr7 (47-133)||(28719390-28719476)
chr7 (47-144)||(16369586-16369683)
chr7 (75-144)||(16369651-16369720)
chr7 (75-131)||(21676168-21676224)
chr7 (73-131)||(44306432-44306490)
chr7 (75-180)||(9641740-9641847)
chr7 (7-131)||(16382485-16382609)
chr7 (7-131)||(21676063-21676187)
chr7 (79-131)||(39293034-39293086)
chr7 (75-131)||(44306471-44306527)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (77-184)||(11964797-11964904)
chr5 (75-184)||(20455307-20455416)
chr5 (75-142)||(21108398-21108465)
chr5 (7-131)||(21108446-21108570)
chr5 (7-169)||(20455202-20455365)
chr5 (51-131)||(11764749-11764828)
chr5 (7-133)||(11964885-11965011)
chr5 (118-184)||(20833288-20833354)
chr5 (75-119)||(14342977-14343021)
chr5 (76-110)||(14343051-14343085)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (75-172)||(23220559-23220657)
chr6 (75-184)||(21930743-21930853)
chr6 (75-135)||(16135179-16135239)
chr6 (75-142)||(29161768-29161835)
chr6 (94-165)||(18104730-18104802)
chr6 (75-142)||(11374109-11374176)
chr6 (9-133)||(23220636-23220759)
chr6 (75-131)||(29161657-29161713)
chr6 (75-144)||(11374072-11374141)
chr6 (75-131)||(22594781-22594837)
chr6 (75-133)||(4172879-4172937)
chr6 (75-133)||(4228488-4228546)
chr6 (81-131)||(22594750-22594800)
chr6 (17-133)||(16135218-16135334)
chr6 (77-113)||(21930983-21931019)
chr6 (75-131)||(29161694-29161750)
chr6 (7-108)||(17084463-17084564)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (75-145)||(11543400-11543470)
chr8 (75-172)||(22312527-22312625)
chr8 (75-184)||(25756798-25756908)
chr8 (77-142)||(19332885-19332950)
chr8 (75-172)||(24238403-24238501)
chr8 (7-131)||(20177089-20177214)
chr8 (7-131)||(20221816-20221941)
chr8 (75-145)||(25608906-25608976)
chr8 (78-172)||(45560431-45560525)
chr8 (53-171)||(16000899-16001018)
chr8 (75-184)||(25294815-25294925)
chr8 (81-142)||(17265745-17265806)
chr8 (173-256)||(18119380-18119464)
chr8 (75-133)||(25756887-25756945)
chr8 (1-130)||(3845245-3845372)
chr8 (75-133)||(19332846-19332904)
chr8 (73-131)||(20177193-20177251)
chr8 (73-131)||(20221920-20221978)
chr8 (75-176)||(16000858-16000959)
chr8 (7-64)||(25609050-25609107)
chr8 (75-131)||(19332809-19332865)
chr8 (75-131)||(25608957-25609013)
chr8 (27-130)||(22312607-22312710)
chr8 (27-133)||(11543449-11543555)
chr8 (77-130)||(3845356-3845409)
chr8 (75-131)||(20177232-20177288)
chr8 (75-131)||(20221959-20222015)
chr8 (173-228)||(24383243-24383299)
[»] scaffold0079 (2 HSPs)
scaffold0079 (75-165)||(5408-5499)
scaffold0079 (75-131)||(5334-5390)
[»] scaffold1204 (2 HSPs)
scaffold1204 (75-142)||(1470-1537)
scaffold1204 (75-133)||(1433-1491)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (8-145)||(11504-11642)
[»] scaffold0183 (2 HSPs)
scaffold0183 (75-146)||(9659-9730)
scaffold0183 (75-133)||(9709-9767)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (82-145)||(8462-8525)
[»] scaffold0601 (1 HSPs)
scaffold0601 (7-92)||(2210-2295)
[»] scaffold0174 (1 HSPs)
scaffold0174 (27-131)||(21212-21316)
[»] scaffold0317 (3 HSPs)
scaffold0317 (75-165)||(15098-15189)
scaffold0317 (75-133)||(15061-15119)
scaffold0317 (7-131)||(14956-15080)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (75-133)||(255650-255708)
scaffold0009 (75-180)||(98355-98462)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (177-229)||(1295-1348)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 29113274 - 29112981
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29113274 tgtgaagtattttctcctttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttattgaattatatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttaattga 29113175  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29113174 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatttgttgatgattgcacatatgctaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 29113075  T
Q  201 tgtgatagcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgtt---ggtgaatccacatatgctaattttgatggtgatatt 291  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  29113074 tgtgatagcatgtttatgtttttttgttggccgaacatgttgaatattgattgttggtggtgaatccacacatgataattttgatggtgatatt 29112981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 20272420 - 20272254
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||   | ||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20272420 gtattttctcctttacttggattgtgagaaattgtatgatgttattgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtga 20272321  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||    
T  20272320 tattgtcggtgaatgcatatatgctaagtgttggtgattttgttggtgattgcatatatgttaaatg 20272254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 79 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 18534779 - 18534674
Alignment:
Q  79 tgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggt 178  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  |||| |||||| |||||||||||||| ||| |    
T  18534779 tgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatgacgatgagttggtgattgcatatatgttaaatgattgat 18534680  T
Q  179 gatgat 184  Q
    ||||||    
T  18534679 gatgat 18534674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Original strand, 24561976 - 24562102
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||  || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  24561976 gtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 24562075  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  24562076 tattgttggtgaatacatatatgttaa 24562102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Original strand, 24562081 - 24562179
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||| ||||||    
T  24562081 ttggtgaatacatatatgttaattgattttgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgctaaatg 24562179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 6093760 - 6093693
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| || || ||||||    
T  6093760 ttggtgaatacatatatgctgattgattgtgatattgtcgacgaatgcatatatgctaggtgatggtg 6093693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 24840841 - 24840741
Alignment:
Q  27 attgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||  ||||    | |||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  24840841 attgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatgtatat----tgattgattgtgatatggtttgtgaatgcatat 24840746  T
Q  127 atgtt 131  Q
    |||||    
T  24840745 atgtt 24840741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18534888 - 18534762
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  18534888 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 18534789  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||| | | ||||| ||||||||||||    
T  18534788 tattcttgatgaatacatatatgttaa 18534762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 6093897 - 6093775
Alignment:
Q  4 gaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattg 103  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  ||||| | |||   | | |||||||| ||||||||      
T  6093897 gaagtattttctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttattgttgaatattgcatatatgttaattgatga 6093798  T
Q  104 tgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
     |||||||| ||||||| |||||    
T  6093797 ggatattgttggtgaatacatat 6093775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 22331669 - 22331619
Alignment:
Q  81 aatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  22331669 aatacatatatgttgattgattgtaatattgttggtgaatacatatatgtt 22331619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 126
Target Start/End: Original strand, 45618713 - 45618754
Alignment:
Q  85 catatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  45618713 catatatgttaattgatggtgatattgttggtgaatgcatat 45618754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 22331638 - 22331582
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||    
T  22331638 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatgtgtt 22331582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 76042 - 75749
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  76042 tgtgaagtattttatcctttatttggattgtgagaaacaatatgatgttgttgaattatatgatgaagttgatattcgtgaatacatatgtgctaattga 75943  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  75942 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatttgttgatgattgcatatatgctaaatgtttggtgaagattatttgatgaatgaat 75843  T
Q  201 tgtgatagcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgt---tggtgaatccacatatgctaattttgatggtgatatt 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    |||||||||| |||||   ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  75842 tgtgatagcatgtttatgttttgttcttggtcgataccgttgaatattaattgttggtggtgaatcgacacatgttaattttgatggtgatatt 75749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 173; Significance: 5e-93; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 40040326 - 40040620
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  40040326 tgtgaagtattttctcctttatttggatggtgataaatcatatgatgttgttgaattatatgatgaagttgatatttgtgaataaatatatgctaattga 40040425  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40040426 ttgtgataatgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggcgatttgttgatgattgcatatatgctaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 40040525  T
Q  201 tgtga-tagcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgt---tggtgaatccacatatgctaattttgatggtgatatt 291  Q
    |||||  | |||| |||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||   |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  40040526 tgtgacaaacatggttattttttgttgttgattgaacatgttaaatatagattgttggtggtgaatccgcacatgctaattttgatgatgatatt 40040620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Original strand, 37917577 - 37917871
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37917577 tgtggagtattttctcctttatttggatggtgagaaatcatatgatgttgttgaattatatgatgaagttgatattggtgaataaatatatgctaattga 37917676  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaat 200  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37917677 ttctgataatgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatgacaatttgttgatgattgcatatatcctaagtgtttggtgatgattatttgatgaattaat 37917776  T
Q  201 tgtga-tagcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgt---tggtgaatccacatatgctaattttgatggtgatatt 291  Q
    | |||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  37917777 tttgacaaacatggttatgttttgttgttggtcgaacatgttaaatatagattgttagtggtgaatccacacgtgctaattttgatggtggtatt 37917871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Original strand, 14181231 - 14181511
Alignment:
Q  19 ttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtga 118  Q
    ||||||||| |||| ||||  || |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  14181231 ttatttggaatgtgggaaatcatatgatgttgatgaattatatgatgaagttgatattggtta-tacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtga 14181329  T
Q  119 atgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaattgtga------tagcatg 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||    
T  14181330 atgcatatatgttaagtaatggcgatttgttgatgattgcatatatgctaaatgtttggtgatgattatttgatgaatgaattgtgacaaattaaacatg 14181429  T
Q  213 tttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgt---tggtgaatccacatatgctaattttgatggtgatatt 291  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||||   |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  14181430 tttatgttttgttgttggttgaatatgttaaatgttaattgtaggtggtcaatccacacatgctaattttgatagtgatatt 14181511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 11401531 - 11401433
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||| ||||||    
T  11401531 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgctaaatg 11401433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 38377022 - 38377132
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||      
T  38377022 ttggtgaatacatgtatgttaattgattgtgatattgtcagtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatgctaaatag 38377121  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  38377122 ttgatgatgat 38377132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Original strand, 5229219 - 5229376
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||  |||||||||  |||||||  |||| || | | | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  5229219 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaatcgtatggagttgttgaacaatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttgattgattgtga 5229318  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatat 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||    
T  5229319 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgattgcatatat 5229376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 8 - 133
Target Start/End: Original strand, 38376918 - 38377043
Alignment:
Q  8 tattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgat 107  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||  || ||||||||||  |||||| | ||||||| ||||    
T  38376918 tattttctcctttacttggattttgagaaataatatgatgttgttgaatcatatgataaagtcgatgttggtgaatatgtatatgttgattgattatgat 38377017  T
Q  108 attgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  38377018 attgttggtgaatacatgtatgttaa 38377043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 174 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 20420022 - 20419910
Alignment:
Q  174 ttggtgatgattatttgatgaatgaattgtgat-agcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgt---tggtgaatccacata 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||   |||||||  || |||    
T  20420022 ttggtgatgattatttgatgaatgatttgtgataaacatgtttattttttgttgtt-gttgaacatgttaaatgttgattgtggatggtgaaatcatata 20419924  T
Q  270 tgctaattttgatg 283  Q
    ||||||||||||||    
T  20419923 tgctaattttgatg 20419910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 11401633 - 11401512
Alignment:
Q  10 ttttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatat 109  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||| | ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  11401633 ttttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactatatgataaagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgatggtgatat 11401534  T
Q  110 tgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||| ||||||| ||||||||||    
T  11401533 tgttggtgaatacatatatgtt 11401512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 17392403 - 17392277
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| | |||||||||   | || |||| ||||||||| ||| |||||| || || ||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  17392403 gtattttctcctttacttgaaatgtgagaaatcttatgttgttattgaattatgtgaagaagttgatgttagtgaatacatatatgttgatttattgtga 17392304  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    | |||| ||||||| ||||||||||||    
T  17392303 tgttgttggtgaatacatatatgttaa 17392277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 128
Target Start/End: Original strand, 17759694 - 17759747
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatat 128  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17759694 ttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 17759747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 128
Target Start/End: Original strand, 19061014 - 19061067
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatat 128  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19061014 ttggtgaatacatatatgttcattgattgtgatattgtcggagaatgcatatat 19061067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 133
Target Start/End: Original strand, 11516746 - 11516830
Alignment:
Q  49 tgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  11516746 tgttgaactatgtgaaaaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgattgagatgttgttggtgaatacatatatgttaa 11516830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8603682 - 8603561
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||  |||| || |||   ||| ||||| || ||||||||   ||    
T  8603682 gtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatgtgttaattgataagga 8603583  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatat 128  Q
    |||||| ||||||| |||||||    
T  8603582 tattgttggtgaatacatatat 8603561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 17759657 - 17759713
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  17759657 ttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 17759713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 19060977 - 19061033
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  19060977 ttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 19061033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 11516809 - 11516920
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattga-ttgtga-tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||| ||||| ||||||||| | |||| ||||||| | |||| ||| |  ||||||| ||||||    
T  11516809 ttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgttgttggtgattgcatatatatcaagtgatggtgaattgttggtgaatacatatatgctaaatg 11516908  T
Q  173 tttggtgatgat 184  Q
     |||||||||||    
T  11516909 attggtgatgat 11516920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 17392298 - 17392228
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattg-attgtg-atattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga 143  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  17392298 ttggtgaatacatatatgttaattgaattgtgaatgttgttggtgattgcatatatgtcaagtgatggtga 17392228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 72 - 259
Target Start/End: Original strand, 12134993 - 12135181
Alignment:
Q  72 atattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaat 171  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  12134993 atatttgtgaatacatatatgttaattgattgtgataatgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggcgatttgttgatgattgcatatatgctaaat 12135092  T
Q  172 gtttggtgatgattatttgatgaatgaattgtga-tagcatgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgttggtg 259  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  12135093 gtttggtgataattatttgatgaatgaattgtgacaaacatgtttatgttttgttgttggttgaatatgttaaatgttgattgttggtg 12135181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 14570321 - 14570191
Alignment:
Q  3 tgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgatt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  14570321 tgaagtattttctcctttattttgattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgata 14570222  T
Q  103 gtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  14570221 gtgatatggttggtgaatacatatatgttaa 14570191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Original strand, 54364677 - 54364803
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  54364677 gtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgatttattgtga 54364776  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  54364777 tattgttggtgaatacatatatgttaa 54364803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 5371908 - 5372017
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtt 174  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||  ||||||| |||||| |    
T  5371908 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgatttcatatatgctaaatgat 5372007  T
Q  175 tggtgatgat 184  Q
    || |||||||    
T  5372008 tgatgatgat 5372017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 14570212 - 14570115
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| || ||||||| ||||||    
T  14570212 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatttgtcggtgagtgcatatatgctaaatg 14570115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 54364782 - 54364892
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || || ||||  | ||| ||||||||||||||     
T  54364782 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatgacgattttgttggcgtttgcatatatgttaaatga 54364881  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  54364882 ttgatgatgat 54364892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 19558288 - 19558179
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtt 174  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||| |    
T  19558288 ttggtgaatacatatatgttaatggattgttatattgtcgatgaatgcagatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgattgcatatatgctaaatgat 19558189  T
Q  175 tggtgatgat 184  Q
    || |||||||    
T  19558188 tgatgatgat 19558179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 145
Target Start/End: Original strand, 17376770 - 17376837
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17376770 ttggtgaatacatatatg---attgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatt 17376837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 129
Target Start/End: Original strand, 17376665 - 17376787
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||  || ||  |||||| |||||||||||  |||| || ||||| ||| |||||||| | |||||||||||    
T  17376665 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggggttgttaaattatatgatttagttgatgttggttaatgcatatatgttgattgattgtga 17376764  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatg 129  Q
    |||||| ||||||| ||||||||    
T  17376765 tattgttggtgaatacatatatg 17376787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 144
Target Start/End: Original strand, 19082332 - 19082425
Alignment:
Q  51 ttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat 144  Q
    ||||||||||||||| |||  || |||||||||  ||||||  |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||    
T  19082332 ttgaattatatgatgtagtcgatgttggtgaatgtatatatattaattgatggtgatattgttggtgaatgtatatatgctaaatactggtgat 19082425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 19558353 - 19558267
Alignment:
Q  47 gttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||  |||||||  |||| || ||| | ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19558353 gttgttgaaccatatgatatagttgatgttgattaatacatatctgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaa 19558267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 184
Target Start/End: Original strand, 19623372 - 19623506
Alignment:
Q  52 tgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattg-attgtg-atattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggtt 149  Q
    |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || ||| || |||| ||||| |||||||| || |||||||||||| | |||    
T  19623372 tgaactatgtgaagaagttgatattggtgaatacagatatgttaattgaatcgtgaatgttgttggtgattgcatataagtcaagtaatggtgaattgtt 19623471  T
Q  150 gatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgat 184  Q
    | ||  |  ||||||| |||||| |||||||||||    
T  19623472 ggtggatacatatatgctaaatgattggtgatgat 19623506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 169
Target Start/End: Original strand, 5371881 - 5371966
Alignment:
Q  85 catatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat-tggttgatgattgtatatatgttaa 169  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | || ||||| | |||| ||| || |||||||||||    
T  5371881 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaa 5371966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 180
Target Start/End: Original strand, 13595398 - 13595505
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgat--attgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||| ||||||| | | |||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | |||  ||| || ||||||||||| ||    
T  13595398 ttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgtcaagtaacggtgaattgtttgtgaatgcatatatgttaagtg 13595497  T
Q  173 tttggtga 180  Q
    ||||||||    
T  13595498 tttggtga 13595505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 12134857 - 12134981
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  |||| || |||   ||| ||| |||| ||||||||   ||    
T  12134857 gtattttctcttttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatctatgttaattgatgaaga 12134956  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||| | ||||||| ||||||||||    
T  12134957 tattattggtgaatacatatatgtt 12134981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 133
Target Start/End: Original strand, 247055 - 247185
Alignment:
Q  3 tgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgatt 102  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||     
T  247055 tgaagtattttctcctttattttgattgtgagaaatagtatgatgttgttgaattttatgatgaagttgatattggtgaatacatatatgttgattgata 247154  T
Q  103 gtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  247155 gtgatatggttggtgaatacatatatgttaa 247185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Original strand, 247164 - 247261
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| || ||||||| ||||||    
T  247164 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatttgtcggtgagtgcatatatgctaaatg 247261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 5)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 5854 - 5964
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||     
T  5854 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatcttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatgctaaatga 5953  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  5954 ttgatgatgat 5964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 131
Target Start/End: Original strand, 35950 - 36038
Alignment:
Q  43 tgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||    
T  35950 tgatgatgttgaattatatgatgcagttgatattggtgaaaatatatatgttgattgattgagatattgttagtgaatacatatatgtt 36038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 112
Target Start/End: Original strand, 1474 - 1511
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1474 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgt 1511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 129
Target Start/End: Original strand, 1369 - 1491
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| |  ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  1369 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 1468  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatg 129  Q
    |||||| ||||||| ||||||||    
T  1469 tattgttggtgaatacatatatg 1491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 129
Target Start/End: Original strand, 5749 - 5871
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| |  ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  5749 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgacgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 5848  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatg 129  Q
    |||||| ||||||| ||||||||    
T  5849 tattgttggtgaatacatatatg 5871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 3)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 131
Target Start/End: Original strand, 14075 - 14196
Alignment:
Q  10 ttttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatat 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14075 ttttctcctttatttggattgtgagaaatagtgtgatgttgttgaattatatgatatagttgatgttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatat 14174  T
Q  110 tgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
     || ||||||| ||||||||||    
T  14175 ggttggtgaatacatatatgtt 14196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 145
Target Start/End: Original strand, 14214 - 14284
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  14214 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatattcggtgcatgcatatatgttaagtgatgatgatt 14284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 14177 - 14235
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  14177 ttggtgaatacatatatgttgatcgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaa 14235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 70 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 20821916 - 20821801
Alignment:
Q  70 taatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgtta 168  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||| ||    
T  20821916 taatgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgcta 20821817  T
Q  169 aatgtttggtgatgat 184  Q
    |||| ||| |||||||    
T  20821816 aatgattgatgatgat 20821801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 20822055 - 20821929
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||    ||||||| | |||||    
T  20822055 tgtgaagtattttctcctttatttggattgtgagaaatagtgtgatgttgttgaattatatgataaagttgatgtaggtga----atatatgttgattga 20821960  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||||||| || ||||| | ||||||||||    
T  20821959 ttgtgatatggttggtgagtacatatatgtt 20821929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 146
Target Start/End: Original strand, 77253 - 77324
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattg 146  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  77253 ttggtgaatacacatatgttaattgattgtgatattgtgggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattg 77324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 77 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 33396254 - 33396196
Alignment:
Q  77 ggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagt 135  Q
    |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33396254 ggtgaatacatatatgttgaatgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagt 33396196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 33396362 - 33396237
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttgga-ttgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtg 105  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  |||| || |||     | |||||||| |||||||||  |    
T  33396362 gtattttctcatttacttggaattgtgagaaataatatgatgttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatgttgcatatatgttaattgattagg 33396263  T
Q  106 atattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33396262 atattgtcggtgaatacatatatgtt 33396237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 20821948 - 20821890
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||| |||||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  20821948 ttggtgagtacatatatgttgattgattatgataatgttggtgaatacatatatgttaa 20821890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 85 - 133
Target Start/End: Original strand, 77226 - 77274
Alignment:
Q  85 catatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  77226 catatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacacatatgttaa 77274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 28719411 - 28719301
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||| ||||||     
T  28719411 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgctaaatga 28719312  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  28719311 ttgatgatgat 28719301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 79 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 4483680 - 4483575
Alignment:
Q  79 tgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggt 178  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||| ||| |    
T  4483680 tgaatacatatatgttaatggattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgattgcatatatgctaaatgattgat 4483581  T
Q  179 gatgat 184  Q
    ||||||    
T  4483580 gatgat 4483575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 146
Target Start/End: Original strand, 8564771 - 8564870
Alignment:
Q  47 gttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattg 146  Q
    ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8564771 gttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattg 8564870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 21676242 - 21676352
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||| ||||||  |||||| ||||||     
T  21676242 ttggtggatacatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtcaagtgatggtgattttgttggtgattgcgtatatgctaaatga 21676341  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  21676342 ttgatgatgat 21676352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 44306328 - 44306453
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttgga-ttgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtg 105  Q
    |||||||||| |||| ||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| | ||| |||||     
T  44306328 gtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgtt 44306427  T
Q  106 atattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| | |||| || ||||||||||    
T  44306428 atattattggtggatacatatatgtt 44306453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 16382467 - 16382400
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16382467 ttggtggatacatatatgttaattgagtgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtg 16382400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 45148498 - 45148432
Alignment:
Q  76 tggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  45148498 tggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttaagtgatggtg 45148432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 16369688 - 16369744
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16369688 ttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 16369744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 4483789 - 4483663
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  4483789 gtattttcccctttatttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 4483690  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||    
T  4483689 tattgttgttgaatacatatatgttaa 4483663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 16382504 - 16382446
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  16382504 ttggtgaatacatatatgtttattgattgtgatattgttggtggatacatatatgttaa 16382446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 28719476 - 28719390
Alignment:
Q  47 gttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28719476 gttgttgaactatatgatagagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaa 28719390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 144
Target Start/End: Original strand, 16369586 - 16369683
Alignment:
Q  47 gttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat 144  Q
    |||||||||||||||||   |||| || ||||||||  |||||||  |||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  16369586 gttgttgaattatatgacttagttgatgttggtgaacgcatatatattaattgatggttatattgttggtgaaggcatatatgttaattgatggtgat 16369683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 144
Target Start/End: Original strand, 16369651 - 16369720
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat 144  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  16369651 ttggtgaaggcatatatgttaattgatggtgatattgttggtgaacgcatatatgttaattgatggtgat 16369720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 21676168 - 21676224
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  21676168 ttggtgaatacatatatgttgattgattgcaatattgttggtgaatgcatatatgtt 21676224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 131
Target Start/End: Original strand, 44306432 - 44306490
Alignment:
Q  73 tattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  44306432 tattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgtt 44306490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 9641847 - 9641740
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgat--attgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||| ||||||| | | |||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||| | |||  ||| || ||||||||||| ||    
T  9641847 ttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagtgcatatatgtcaagtaacggtgaattgtttgtgaatgcatatatgttaagtg 9641748  T
Q  173 tttggtga 180  Q
    ||||||||    
T  9641747 tttggtga 9641740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 16382609 - 16382485
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  |||| || |||   | |||||||||| | ||  |||||||    
T  16382609 gtattttctcctttacttggattatgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgatatattgtga 16382510  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  16382509 tattgttggtgaatacatatatgtt 16382485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 21676063 - 21676187
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| || |||   ||| |||||||| ||||||||   ||    
T  21676063 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaataatgcatatatgttaattgatgagga 21676162  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  21676163 tattgttggtgaatacatatatgtt 21676187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 131
Target Start/End: Original strand, 39293034 - 39293086
Alignment:
Q  79 tgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  39293034 tgaataaatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 39293086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 44306471 - 44306527
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||    
T  44306471 ttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 44306527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 77 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 11964904 - 11964797
Alignment:
Q  77 ggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttg 176  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||| |||    
T  11964904 ggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatcgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgattgcatatatgctaaatgattg 11964805  T
Q  177 gtgatgat 184  Q
     |||||||    
T  11964804 atgatgat 11964797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Original strand, 20455307 - 20455416
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtt 174  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||  ||||||| |||||| |    
T  20455307 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgatttcatatatgctaaatgat 20455406  T
Q  175 tggtgatgat 184  Q
    || |||||||    
T  20455407 tgatgatgat 20455416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 21108465 - 21108398
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  21108465 ttggtgaatacatatatgttgattgagtgtgatattgtcggtgaatacatatatgttaagtgatggtg 21108398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 21108570 - 21108446
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  |||| || |||   | |||||||||| | |||||||||||    
T  21108570 gtattttctcctttacttggattgtgagaaagtatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgaatattacatatatgttgattgattgtga 21108471  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  21108470 tattgttggtgaatacatatatgtt 21108446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 169
Target Start/End: Original strand, 20455202 - 20455365
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||    ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  20455202 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaactgaatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 20455301  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat-tggttgatgattgtatatatgttaa 169  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| | || ||||| | |||| ||| || |||||||||||    
T  20455302 tattgttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgttggtgaatgcatatatgttaa 20455365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 131
Target Start/End: Original strand, 11764749 - 11764828
Alignment:
Q  51 ttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11764749 ttgaattatgtgaagaagttgatattggtgaatacatatatattga-tgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 11764828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 11965011 - 11964885
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||   | ||| ||||||||| || || ||  |||| || ||| | ||| |||||||| | ||||| |||||    
T  11965011 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattgtatgaagttgttgaactaaataatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgagtgtga 11964912  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11964911 tattgtcggtgaatacatatatgttaa 11964885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 184
Target Start/End: Original strand, 20833288 - 20833354
Alignment:
Q  118 aatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtttggtgatgat 184  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||| |||||| ||| |||||||    
T  20833288 aatgcatatatgttaagtgatggtgatgtgttggtgattgcatatatgctaaatgattgatgatgat 20833354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 119
Target Start/End: Original strand, 14342977 - 14343021
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaa 119  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  14342977 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaa 14343021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 110
Target Start/End: Original strand, 14343051 - 14343085
Alignment:
Q  76 tggtgaatacatatatgctaattgattgtgatatt 110  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14343051 tggtgaatacatatatgttaattgattgtgatatt 14343085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 67; Significance: 8e-30; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 23220657 - 23220559
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  23220657 ttggtgaatacatatatgttaattgattatgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttgatgattgcatatatgctaaatg 23220559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 21930853 - 21930743
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || || |||| |||||| ||||||| ||||||     
T  21930853 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaactgatggcgattttgttggtgattgcatatatgctaaatgg 21930754  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  21930753 ttgatgatgat 21930743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 16135239 - 16135179
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagt 135  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16135239 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagt 16135179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Original strand, 29161768 - 29161835
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29161768 ttggtgaatacatatatgttgattgattgggatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtg 29161835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 94 - 165
Target Start/End: Original strand, 18104730 - 18104802
Alignment:
Q  94 taattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatg 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||    
T  18104730 taattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 18104802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Original strand, 11374109 - 11374176
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11374109 ttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtg 11374176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 23220759 - 23220636
Alignment:
Q  9 attttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgata 108  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||  || ||| ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||||    
T  23220759 attttctcctttacttgaattgtgagaaattatatga-gttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtgata 23220661  T
Q  109 ttgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||    
T  23220660 ttgttggtgaatacatatatgttaa 23220636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 29161657 - 29161713
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29161657 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 29161713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 144
Target Start/End: Original strand, 11374072 - 11374141
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat 144  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||   |||||||||| | ||||||||    
T  11374072 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatatgtatatgttaattgatggtgat 11374141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 22594781 - 22594837
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  22594781 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattattggtgaatacatatatgtt 22594837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 4172879 - 4172937
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4172879 ttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatatacgttaa 4172937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 4228488 - 4228546
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4228488 ttggtgaatgcatatatgttaaatgatggtgatattgttggtgaatgcatatacgttaa 4228546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 131
Target Start/End: Original strand, 22594750 - 22594800
Alignment:
Q  81 aatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  22594750 aatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgtt 22594800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 16135334 - 16135218
Alignment:
Q  17 atttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggt 116  Q
    ||||| |||||||||||||||   | ||  ||| ||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | ||||| ||||||||||| |||    
T  16135334 atttacttggattgtgagaaattgtatggagttattgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttgattgactgtgatattgttggt 16135235  T
Q  117 gaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||| ||||||||||||    
T  16135234 gaatacatatatgttaa 16135218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 21931019 - 21930983
Alignment:
Q  77 ggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtc 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21931019 ggtgaatacatatatgctaaatgattgtgatattgtc 21930983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 29161694 - 29161750
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  29161694 ttggtgaatacatatatgttgatggattgagatattgtcggtgaatatatatatgtt 29161750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 108
Target Start/End: Original strand, 17084463 - 17084564
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| | |||||||||||    
T  17084463 gtattttctcatttacttgtattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagtttatgttgattaatgcatatatgttgattgattgtga 17084562  T
Q  107 ta 108  Q
    ||    
T  17084563 ta 17084564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11543470 - 11543400
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11543470 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatt 11543400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22312625 - 22312527
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||    
T  22312625 ttggtgaatacatatatgtcaattgattgtaatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatgttaaatg 22312527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 25756908 - 25756798
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||  ||||||| ||||||     
T  25756908 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgccggtgaatgcatatacgttaagtgatggtgattttgttgatgattacatatatgctaaatga 25756809  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  25756808 ttgatgatgat 25756798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 142
Target Start/End: Original strand, 19332885 - 19332950
Alignment:
Q  77 ggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19332885 ggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtg 19332950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 24238501 - 24238403
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| || |||| |||||| ||||||| ||||||    
T  24238501 ttggtgaatacatataagttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagggattgtgattttgttggtgattgcatatatgctaaatg 24238403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 20177089 - 20177214
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttgga-ttgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtg 105  Q
    |||||||||| |||| ||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| | ||| |||||     
T  20177089 gtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgtt 20177188  T
Q  106 atattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| | |||| || ||||||||||    
T  20177189 atattattggtggatacatatatgtt 20177214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 20221816 - 20221941
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttgga-ttgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtg 105  Q
    |||||||||| |||| ||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| | ||| |||||     
T  20221816 gtattttctcctttacttgaaattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgatgaagtcgatgttggtgaatacatatatgttgattaattgtt 20221915  T
Q  106 atattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| | |||| || ||||||||||    
T  20221916 atattattggtggatacatatatgtt 20221941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 25608976 - 25608906
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    ||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25608976 ttggtgaatacatatgtgttgattggttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatt 25608906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 172
Target Start/End: Original strand, 45560431 - 45560525
Alignment:
Q  78 gtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||  |||| ||| || ||||||| ||||||    
T  45560431 gtgaatacatatattttaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatttgttaagtgaaggtgatgtgttggtgaatgcatatatgctaaatg 45560525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 53 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 16001018 - 16000899
Alignment:
Q  53 gaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgat-tggttga 151  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| || | ||| | ||||     
T  16001018 gaattatgtgatgaagttggtattagtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttgagtgattgagatgttgttgg 16000919  T
Q  152 tgattgtatatatgttaaat 171  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  16000918 tgattgcatatatgtcaaat 16000899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 25294925 - 25294815
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatgttaaatgt 173  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||| || ||||||| || ||||||||||  ||||||| ||||||     
T  25294925 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttggtgaattcatatacgttatgtgatggtgattttgttgatgattacatatatgctaaatga 25294826  T
Q  174 ttggtgatgat 184  Q
    ||| |||||||    
T  25294825 ttgatgatgat 25294815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 17265806 - 17265745
Alignment:
Q  81 aatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17265806 aatatatatatgttaattgagtgtgatattttcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtg 17265745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 256
Target Start/End: Original strand, 18119380 - 18119464
Alignment:
Q  173 tttggtgatgattatttgatgaatgaattgtgatag-catgtttatgttttgttgttggtcgaacatgttgaatattgattgttg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||    
T  18119380 tttggtgatgattatttgatgaatgattgatgacaaacatgtttatgttttgttgtttgttgaacatgttaaatgttgattgttg 18119464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 25756945 - 25756887
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  25756945 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatatttttggtgaatacatatatgttaa 25756887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 130
Target Start/End: Original strand, 3845245 - 3845372
Alignment:
Q  1 tgtgaagtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattga 100  Q
    ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||   | ||  ||||||||| ||||||||  |||| ||| || | | | |||||||| ||| |||    
T  3845245 tgtgatgtattttctcctttacttggattgtgagaaattgtatggagttgttgaactatatgatatagttgataatgattagtgcatatatgttaagtga 3845344  T
Q  101 ttgtgatattgtcggtgaatgcatatatgt 130  Q
    | |||||||||  |||||||||||||||||    
T  3845345 tggtgatattg--ggtgaatgcatatatgt 3845372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 19332846 - 19332904
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    ||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19332846 ttggtaaatacatatatgttgattggttgtgatattgtgggtgaatacatatatgttaa 19332904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 131
Target Start/End: Original strand, 20177193 - 20177251
Alignment:
Q  73 tattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  20177193 tattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgtt 20177251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 131
Target Start/End: Original strand, 20221920 - 20221978
Alignment:
Q  73 tattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  20221920 tattggtggatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgtt 20221978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 16000959 - 16000858
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatgtt 174  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||| ||| |  ||||||| ||||| ||    
T  16000959 ttggtgaatacatatatgttgagtgattgagatgttgttggtgattgcatatatgtcaaataatggtgaattgttggtgaatacatatatgctaaatatt 16000860  T
Q  175 tg 176  Q
    ||    
T  16000859 tg 16000858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 25609107 - 25609050
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgat 64  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||||    
T  25609107 gtattttctcctttacttggattgtgagaaatagtatgatgttgttgaactatatgat 25609050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 19332809 - 19332865
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  19332809 ttggtgaatacatatatgttgattgattgagatattgttggtaaatacatatatgtt 19332865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 25609013 - 25608957
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  25609013 ttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatgtgtt 25608957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 22312710 - 22312607
Alignment:
Q  27 attgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
    ||||||||||| | | ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  22312710 attgtgagaaatagtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgtgatattgttggtgaatacatat 22312611  T
Q  127 atgt 130  Q
    ||||    
T  22312610 atgt 22312607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 11543555 - 11543449
Alignment:
Q  27 attgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
    ||||||||||| | | ||  ||||||||| ||||||||  |||| || ||| | ||| |||||||| |  |||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  11543555 attgtgagaaatagtatggagttgttgaactatatgatatagttgatgttgattaatgcatatatgttggttgattgttatattgttggtgaatacatat 11543456  T
Q  127 atgttaa 133  Q
    |||||||    
T  11543455 atgttaa 11543449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 130
Target Start/End: Original strand, 3845356 - 3845409
Alignment:
Q  77 ggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgt 130  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  3845356 ggtgaatgcatatatgtcaattgatgttgatattgttggtgaatgcatatatgt 3845409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 20177232 - 20177288
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||    
T  20177232 ttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20177288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 20221959 - 20222015
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||    
T  20221959 ttggtcaatacatatatgttgattgattgtgatattattgatgaatacatatatgtt 20222015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 173 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 24383299 - 24383243
Alignment:
Q  173 tttggtgatgattatttgatgaatgaattgtgat-agcatgtttatgttttgttgtt 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  24383299 tttggtgatgtttatttgatgaatgattggtgataaacatgtttatgttttgatgtt 24383243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 75 - 165
Target Start/End: Original strand, 5408 - 5499
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatg 165  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||    
T  5408 ttggtgaataaatatatgtcaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgattttgttggtgattgcatatatg 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 131
Target Start/End: Original strand, 5334 - 5390
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  5334 ttggtgaatacatatatgtggattgattgtgatattgttgttgaatgcatatatgtt 5390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold1204
Description:

Target: scaffold1204; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 75 - 142
Target Start/End: Original strand, 1470 - 1537
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtg 142  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  1470 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgatattatcggtgaatgcgtatatgttaagtgatggtg 1537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 1433 - 1491
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1433 ttggtgaatacatatatgttgattggttgtgatattgttggtgaatacatatatgttaa 1491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11642 - 11504
Alignment:
Q  8 tattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagtt-aatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||   | ||| |||||||| |||||| ||  |||| ||| ||| | ||| |||||||| | | |||| ||||    
T  11642 tattttctcctttacttggattgtgagaaagtgtatgaagttgttgagttatattatatagttgaatgttgattaatgcatatatgttgactgatggtga 11543  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11542 tattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatt 11504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 75 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 9730 - 9659
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattg 146  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9730 ttggtcaatacatatatgttaattgattgtcatattgtcggtgagtgcatatatgttaagtgatgatgattg 9659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 9767 - 9709
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  9767 ttggtgaatatagatatgttgattgattgtgatattgttggtcaatacatatatgttaa 9709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 82 - 145
Target Start/End: Original strand, 8462 - 8525
Alignment:
Q  82 atacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgatt 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8462 atacatatatgttaattgattgtggcattgtcggtgaatgcatatatgttaagtgatggtgatt 8525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0601 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0601
Description:

Target: scaffold0601; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 7 - 92
Target Start/End: Original strand, 2210 - 2295
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatg 92  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||| || |||||||    
T  2210 gtattttctcctttacttggattgtgagaaataatatgatgttgttgaattatatgataaagtcgatgttggtgattagatatatg 2295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0174 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0174
Description:

Target: scaffold0174; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 131
Target Start/End: Original strand, 21212 - 21316
Alignment:
Q  27 attgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatat 126  Q
    ||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||| ||||  || ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||| |||||    
T  21212 attgtgagaaatagtatgatgttgtggaattatatgataaagtcgatgttgatgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttagtaaatacatat 21311  T
Q  127 atgtt 131  Q
    |||||    
T  21312 atgtt 21316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 3)
Name: scaffold0317
Description:

Target: scaffold0317; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 165
Target Start/End: Original strand, 15098 - 15189
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtga-ttggttgatgattgtatatatg 165  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||| ||| ||| || |||| |||||| |||||||    
T  15098 ttggtgaatacatatatgttaattgattgtgataatttcggtgaatgtgtatatgttaagtgatgatgattttgttggtgattgcatatatg 15189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 15061 - 15119
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15061 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatgttaa 15119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0317; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 131
Target Start/End: Original strand, 14956 - 15080
Alignment:
Q  7 gtattttctcatttatttggattgtgagaaacaatgtgatgttgttgaattatatgatgaagttaatattggtgaatacatatatgctaattgattgtga 106  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||  || ||  ||||||||| ||||||||  |||| || | | | ||| |||||||| |||||||| ||||    
T  14956 gtattttctcctttacttgaattgtgagaaattatatggagttgttgaactatatgatatagttgatgtcgattaatgcatatatgttaattgatggtga 15055  T
Q  107 tattgtcggtgaatgcatatatgtt 131  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  15056 tattgttggtgaatacatatatgtt 15080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 133
Target Start/End: Original strand, 255650 - 255708
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgatattgtcggtgaatgcatatatgttaa 133  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  255650 ttggtgaatacatatatgttgattgattgtgatattgttggtgaatacatatatcttaa 255708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 180
Target Start/End: Original strand, 98355 - 98462
Alignment:
Q  75 ttggtgaatacatatatgctaattgattgtgat--attgtcggtgaatgcatatatgttaagtaatggtgattggttgatgattgtatatatgttaaatg 172  Q
    |||||||||| ||||||| | | |||||||| |  ||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||| | |||| ||| || ||||||||||| ||    
T  98355 ttggtgaatatatatatgttgaatgattgtggtgaattgttggtgagttcatatatgtcaagtaatggtgaattgttggtgaatgcatatatgttaagtg 98454  T
Q  173 tttggtga 180  Q
    ||||||||    
T  98455 tttggtga 98462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 1348 - 1295
Alignment:
Q  177 gtgatgattatttgatgaatgaattgtgat-agcatgtttatgttttgttgttg 229  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  1348 gtgatgattatttgatgaatgattggtgataaacatgtttatgttttgatgttg 1295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University