View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7288_low_1 (Length: 925)

Name: NF7288_low_1
Description: NF7288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7288_low_1
NF7288_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-908)||(43348691-43349593)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 872; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 872; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 43349593 - 43348691
Alignment:
Q  8 tcgaagaatatgaagaagccacaacagtagtggttactttggagatagttacttgcattttttaggttgaatttttcatatttaaaa--gagtccatccc 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  43349593 tcgaacaatatgaagaagccacaacagtagtggttactttggagatagttacttgcattttttaggttgaatttttcatatttaaaacagagtccatccc 43349494  T
Q  106 agctacccaacaaacaagttgaaccatcttttctaaggactttgacaaatacaatttcaacatttataattattacttatcccaagcctataggaactaa 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349493 agctacccaacaaacaagttgaaccatcttttctaaggactttgacaaaaacaatttcaacatttataattattacttatcccaagcctataggaactaa 43349394  T
Q  206 taatcaattattattagcaaaagaaattattcttaatcaaagaaaaacaataccaaatacaagaaaccactgcacagatatgcataatcaattgaattat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349393 taatcaattattattagcaaaagaaattattcttaatcaaagaaaaacaataccaaatacaagaaaccactgcacagatatgcataatcaattgaattat 43349294  T
Q  306 ggcatcactcatcaattggcaatgccaaaatatttaagaacaaaacaaaagtgtgtctgtctcacaaaacaaaggtacatatatattgaacttgcatgaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349293 ggcatcactcatcaattggcaatgccaaaatatttaagaacaaaacaaaagtgtgtctgtctcacaaaacaaaggtacatatatattgaacttgcatgaa 43349194  T
Q  406 tcaaagaaagtttctctataattttaatttacttttacatataagctcctcatagaataaaaacaattctatactactaattatatataattaacaagac 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349193 tcaaagaaagtttctctataattttaatttacttttacatataagctcctcatagaataaaaacaattctatactactaattatatataattaacaagac 43349094  T
Q  506 aattttcttcttctaaaataaaagaaagcatgaataagcacgcttacccaaaagccaatagcatgatcaccaacataatgatagaattagagtattcttc 605  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349093 aattttcttcttataaaataaaagaaaacatgaataagcactcttacccaaaagccaatagcatgatcaccaacataatgatagaattagagtattcttc 43348994  T
Q  606 ttcttggtttaccatgagaattgttgatggaaaaaagtttctttaaaaccttcaacatcaccaacatactaggcttgttcttggtttgaataagagcatt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348993 ttcttggtttaccatgagaattgttgatggaaaaaagtttctttaaaaccttcaacatcaccaacatactaggcttgttcttggtttgaataagagcatt 43348894  T
Q  706 gttggtattatcaattgttaaggatctatactcaaccacatcctcattgaaaacctcccacaataaatccattggaacctcttcatcttctaattctttt 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348893 gttggtattatcaattgttaaggatctatactcaaccacatcctcattgaaaacctcccacaataaatccattggaacctcttcatcttctaattctttt 43348794  T
Q  806 cttgttttctttccattttgtatagatgaaaagctattcctttgaccctttaagaccaaattttcttcatagcaatctttttgatctcttaggagttgtt 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348793 cttgttttctttccattttgtatagatgaaaagctattcctttgaccctttaagaccaaattttcttcatagcaatctttttgatctcttaggagttgtt 43348694  T
Q  906 ggt 908  Q
    |||    
T  43348693 ggt 43348691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University