View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7290_high_3 (Length: 513)

Name: NF7290_high_3
Description: NF7290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7290_high_3
NF7290_high_3
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-495)||(16752073-16752567)
chr2 (4-260)||(16756557-16756813)
chr2 (262-483)||(16756839-16757060)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (30-482)||(7969919-7970365)
chr7 (25-480)||(37576741-37577190)
chr7 (184-260)||(37586325-37586401)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (30-482)||(17583127-17583573)
chr1 (30-482)||(17591034-17591480)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (30-482)||(28474487-28474933)
chr5 (30-482)||(32762627-32763073)
chr5 (30-480)||(32767527-32767971)
chr5 (58-495)||(32739745-32740176)
chr5 (25-495)||(32656080-32656544)
chr5 (25-297)||(32558078-32558344)
chr5 (23-256)||(32709809-32710042)
chr5 (25-452)||(32662010-32662431)
chr5 (33-480)||(32651840-32652281)
chr5 (30-479)||(25469202-25469645)
chr5 (115-451)||(32857961-32858291)
chr5 (58-102)||(32857916-32857960)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (58-383)||(21524205-21524524)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 495
Target Start/End: Original strand, 16752073 - 16752567
Alignment:
Q  1 agagagacaatagattacagtcagaagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752073 agagagacaatagattacagtcagaagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcat 16752172  T
Q  101 cagaggtgttgtccaaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752173 cagaggtgttgtccaaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatga 16752272  T
Q  201 tgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgcttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752273 tgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgcttt 16752372  T
Q  301 ggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacagg 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752373 ggtccaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtatcaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacagg 16752472  T
Q  401 ttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataacttgcacaaacccc 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752473 ttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataacttgcacaaacccc 16752567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 260
Target Start/End: Original strand, 16756557 - 16756813
Alignment:
Q  4 gagacaatagattacagtcagaagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcag 103  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  16756557 gagacaatcgattacattcagaagaggaagcatgaagaagaatgcatctatgtgccatgttattgccccctttcaggttgtgactttgttgcttcatcag 16756656  T
Q  104 aggtgttgtccaaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgc 203  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    |||||  ||||||||||||||||||||||||| |     
T  16756657 aggtgttgtccgaccatttcagccataaacacgaggattctcaaatcaatttttattatggattttcttttcttgtctccttgaagtctgatgatgaagt 16756756  T
Q  204 aattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactat 260  Q
     ||| ||||||||||||||  |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16756757 cattgttcttcaagagaaacgtagtggcaaagtatttattctcaataatagtactat 16756813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 262 - 483
Target Start/End: Original strand, 16756839 - 16757060
Alignment:
Q  262 actacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgca 361  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||||    
T  16756839 actatgcttttgggaaatgcagtcaatatttgttgctttggtccaactgcttctgtgtccgagtatagttatgatatatcggctaggtctcagaaatgca 16756938  T
Q  362 aactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctct 461  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||| | || || |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||    
T  16756939 aactgaaattacactcgtttgcaaagaatttgcatcaagttactttagcaactctttcatcagagttccttgtgattccaattggttcttctgaacctct 16757038  T
Q  462 caagctagaaatttgcataact 483  Q
    | |||| | |||||||||||||    
T  16757039 cgagcttgtaatttgcataact 16757060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 7970365 - 7969919
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7970365 gaagcatgaagaagaatgcatctatgtaccatgttactgtcccctttcaggttgtgactttgttgcgtcatcagaagtgttgtccaaccatttcagccat 7970266  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||| |||  | ||| ||||||||||| || |||| |    
T  7970265 aaacatggggattctcaaatcgaattttcttatggtcactccttcattgtctccttgatgtctaatggtgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgacg 7970166  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    | |||||||||||||| | ||| | ||||||      |  |||||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||  |||| | ||||||||||||    
T  7970165 gaaaactatttattctaaataacaatactat------gagtttgggaaaagcagtcaatatttgctgcattggtcctaactcttctgggtccgagtatag 7970072  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| | |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  7970071 ttatgatatatcggctaagtctgagatatgcaaactgaaattacagtcttttgcgaagaacgtccaacagtttactttagcaactctttcatcagagttc 7969972  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataac 482  Q
    ||| ||||||||  | |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  7969971 cttgtgattccatttcgttcttctgaacctctcaagctagacatttgcataac 7969919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 480
Target Start/End: Original strand, 37576741 - 37577190
Alignment:
Q  25 aagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttca 124  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||| |||  || ||||| |||||  |  ||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||    
T  37576741 aagatgaaccatgaagaacaatgcatccatgagccgtgttactgccctctgccagattgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtctaagcatttca 37576840  T
Q  125 gcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaata 224  Q
    || ||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||  ||  | |||||||||||||||||| |||||||  | ||| |||||||||||||  |    
T  37576841 gccataaacacggggattctcagaccaagttttcttatggtctgtccgttattgtctccttgaagtctaatgatgaaactattgttcttcaagagaataa 37576940  T
Q  225 tgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgag 324  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||      |||||| || |||||| |||||||||| ||| || ||| |||  ||||  ||| ||||    
T  37576941 tgttggcaaactatttattctcaataatagtactat------gctttttggaaatgcaatcaatatttgttgcattagtccaaagtcttctcagtacgag 37577034  T
Q  325 tatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccag 424  Q
    | | |||||| ||||  ||| || |||||   |||||||| |||||| || || ||||  | |||||| |||| | ||||||||  ||||||||||  ||    
T  37577035 tgtggttatgatatattggctagatctcaagcatgcaaaccgaaatttcagtcgtttgcgaagaatgtgcaacggtttactttatcaactctttcattag 37577134  T
Q  425 agttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcata 480  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  37577135 agttccttgtgattccatttggttcttctgaacctctcgagctagaaatttgcata 37577190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 260
Target Start/End: Original strand, 37586325 - 37586401
Alignment:
Q  184 ttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactat 260  Q
    ||||||||| |||||||    ||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37586325 ttgaagtctaatgatgaaagtattcttctttaagagaaaaatgatagaaaactatttattctcattaatagtgctat 37586401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Original strand, 17583127 - 17583573
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||| ||||||| ||||| |||| ||| || |||||  ||||||||||||| |||||| ||    
T  17583127 gaagcatgaagaaaaatgcatctacgtaccatgtgactgccccctttcaggatgtgactttgctgcatcgtcagaattgttgtccaaccacttcagccat 17583226  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| || ||||||    
T  17583227 aaacatggtgattctcaaatcaaattttcttatggtcagtccttcactgtctccatgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgatg 17583326  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    | |||||||||||||||| |||||| | |||      ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||  ||  |||| |||||||| |||||    
T  17583327 gtaaactatttattctcaataatagaagtat------gcttttgggaaatgcagtcaatctttgctgcattggtcctaactcttctgagtccgactatag 17583420  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||     
T  17583421 ttatgatatattggctaggtctcagatatccaaactgaaattacagtctttcgtgaagaacgtccaacaggttcctttagcaactctttcatcagagttg 17583520  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataac 482  Q
    ||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  17583521 cttgtgattccatttggttcttctgaacctctcaagctagatatttgcataac 17583573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Original strand, 17591034 - 17591480
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| || | |||||| |||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  17591034 gaagcatgaagaagaatgcgtctacgtactatgttactgccccctttcaggatgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatttcaggcat 17591133  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||| | |||||||  ||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||||||| || ||||||    
T  17591134 aaacatggggattctataatcaaattttcttatggttactccttcactgtctccttgaagtctaatgatgaaattattgttcttcaagaggaaaatgatg 17591233  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    | |||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||  ||  |||| |||||| | ||||     
T  17591234 gtaaactatttattctcaataatag------aactacgcttttgggaaatgcagtcaatctttgctgcattggtcctaactcttctgagtccaactataa 17591327  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| ||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||  | ||| |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||     
T  17591328 ttatgatatattggctaggtctcagaattgcatactgaaattacagtcttttgcgaagaacgtccaacaagttactttagcaactctttcatcagagttg 17591427  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataac 482  Q
    ||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  17591428 cttgtgattccatttggttcttctgaacctctcaagctagatatttgcataac 17591480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Original strand, 28474487 - 28474933
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    ||||||||||||  ||||||||||  | |||||||| |||||  |||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  28474487 gaagcatgaagacgaatgcatctactttccatgttactgccctctttctggttgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatttcagccat 28474586  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| ||  ||| |    
T  28474587 aaacatggggattctcgaatcaaattttcttatggtcactccttcaatgtctctttgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcaagaggaaactgagg 28474686  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    |||||||||||||||||| ||||||       || || |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||  ||  |||| ||||||||||||||    
T  28474687 gcaaactatttattctcaataatag------aaccacacttttgggaaatggagtcaatatttgctgcattggtcctaactcttctgagtccgagtatag 28474780  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| | ||| |||||| ||||| |||||| ||||| |||| |||||||     
T  28474781 ttatgatatattggctaggtctcagatatgcaaactgactttacagtcttttgtgaagaacgtccaagaggttgctttagcaactccttcatcagagttg 28474880  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataac 482  Q
    ||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28474881 cttgtgattccatttggttcttccgaacctctcaagctagatatttgtataac 28474933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 482
Target Start/End: Original strand, 32762627 - 32763073
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |  | |||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    
T  32762627 gaagcatgaagaggaatgcatctacgaactatgttactgccccctttcaggttgtgactttgctgcatcatcagaagtgttgtccaaccatgtcagccat 32762726  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| |||||||  | ||| | ||||||||| || ||||||    
T  32762727 aaacacagggattctcacatcaaattttcttatggtggctccttcattgtctccttgaagtctaatgatgaaaccattgtccttcaagaggaaaatgatg 32762826  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||       ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||  ||  |||| ||||| ||||||||    
T  32762827 gcaaactgtttattctcaataatag------aactacacttttaggaaatgcagtcaatatttgctgcctcggtcctaactcttctgagtctgagtatag 32762920  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||  ||| |||||| |||||||||| |||||||     
T  32762921 ttatgatatattggctagctctcagatatgcaaactgaaattacagtcttttgtgaagaacgtccaacgtgttgctttagcaactctttcatcagagttt 32763020  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataac 482  Q
    ||| ||||||||  || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  32763021 cttgtgattccatttgcttcttccgaacctctcaagctagatatttgcataac 32763073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 30 - 480
Target Start/End: Original strand, 32767527 - 32767971
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    ||||||||||||  ||||||| || || | |||||| |||||||||| ||||||||  |||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||       
T  32767527 gaagcatgaagacgaatgcatatacgtactatgttactgccccattttaggttgtggctttgctgcaacatcagaagtgttgtccaaccatttcagccga 32767626  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||||  | |||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||| |||||  ||||| | || ||| ||||||| ||| || ||||||    
T  32767627 aaacaccggaattctcaaatcaaatttaattatggtcactccttcattgtctccttaaagtccaatgatcaagccattgttcttcaggaggaaaatgatg 32767726  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||  ||  | || ||||||||||||||    
T  32767727 gcaaactatttattctcaataatagtactat------acttttaggaaatgcagtctatatttgctgcattggtcctaactcctctgagtccgagtatag 32767820  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||    
T  32767821 ttatgatatattggctaggtctcagacatgcaaactgaaattacagtcttttgtgaaaaatgtccagcagtttactttagcaactcttccatcagagctc 32767920  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcata 480  Q
    ||| ||||||||  ||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  32767921 cttgtgattccagttggctcttctgaaccactcaagctagaaatttgcata 32767971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 58 - 495
Target Start/End: Original strand, 32739745 - 32740176
Alignment:
Q  58 ccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaatttt 157  Q
    |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||||  |||||||| |||||||| |  |||||| || ||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  32739745 ccatgttactgtcccttttcaggatgtgactttgttgaatcatcagaagtgttgtctatgcatttctgccataaacatggggattcgcaaatcaaatttt 32739844  T
Q  158 cttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtac 257  Q
    || |||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||  | ||| |||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  32739845 ctaatggtcaatccttcgttatctccttgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcgagaggaaaatgatgacaaactatttattctcaataatagtac 32739944  T
Q  258 tatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagaga 357  Q
    ||      || | || || ||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||||||| | ||||  ||| | |||||||| |    
T  32739945 ta------cgttgttaggaaatgctgtcaatatttgctgctttggtccagacgcttctgagtctgagtatagttacgatatattggctacgtctcagata 32740038  T
Q  358 tgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaac 457  Q
    || ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  | |||||||  |||    
T  32740039 tgtaaactgaaattacactcttttgccaagaatgtccaacagattactttagcaaatctttcatcaaagttccttgtgattccatttagttcttctgaac 32740138  T
Q  458 ctctcaagctagaaatttgcataacttgcacaaacccc 495  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  32740139 ctctcaagttagaaatttgcataacttgcgcaaccccc 32740176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 32656544 - 32656080
Alignment:
Q  25 aagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttca 124  Q
    |||| ||| |||||| || |||||||| |||| || ||||| || || |||||| ||||||  |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||    
T  32656544 aagaggaatcatgaaaaagaatgcatccatgtgccctgttactgtcctatttcaagttgtggctttgttgcatcatccgaagtgttgtctaagcatttca 32656445  T
Q  125 gcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaata 224  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||| | |||||  | ||| || |||||||| ||      
T  32656444 gcgataaacacaaggattctcaaatcaaattttcttatggtgactccttcaatgtctccttgaagtctaaggatgaaaccattgtttttcaagaggaaag 32656345  T
Q  225 tgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgag 324  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||||||| |||||  |||||||||||||  |||||| |||  ||| |||||| ||     
T  32656344 ttatggcaaactatttattctcaataatag------agctacgcttttgggaaatgctatcaatatttgctgtattggtccaaactctttcgagtctgaa 32656251  T
Q  325 tatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccag 424  Q
    | |||||| | ||||  ||  ||||||||||  |||||  |||||||||| ||||| |  | ||||||||||  ||||   |||| |||||||||  | |    
T  32656250 tgtagttacgatatattggttaggtctcagatgtgcaacttgaaattacagtctttcgcgaagaatgtccaatcggttgtattagcaactctttcgtcgg 32656151  T
Q  425 agttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcataacttgcacaaacccc 495  Q
    |||| ||| ||||||||  ||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32656150 agttgcttgtgattccatttggttcttttgaagctctcaagctagaaatttgcataacttgcataaacccc 32656080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 25 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 32558344 - 32558078
Alignment:
Q  25 aagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttca 124  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  32558344 aagaggaaacatgaagaagaatgcatctatgtgccatgttactgtcccgttaaaggttgtgattttgttgcctcattagaagtgttgtccaaccatttca 32558245  T
Q  125 gcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaata 224  Q
     | ||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| ||| ||||||| ||   | ||||||||||| || |    
T  32558244 accataaacacggggactctctaatcgaattttcttatggtcactccttcactgtctcgttgaattctaatgatgaagctgctgttcttcaagaggaaaa 32558145  T
Q  225 tgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgc 297  Q
    |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||      |||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  32558144 tgatgggaaactatttactctcaataatagtactat------gcttctgggaaatgcagtcaatattagctgc 32558078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 256
Target Start/End: Original strand, 32709809 - 32710042
Alignment:
Q  23 agaagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccattt 122  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  32709809 agaagaagaagcatgaagaagaatgtatgtatgtgccatgttactgtcccctttcaggttgtgactttgttgcctcatcagaagtgttgtccaatcattt 32709908  T
Q  123 cagcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaa 222  Q
    |||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| | |||| || || ||| ||||||||||| ||    
T  32709909 cagccataaacacaaggattttcaaagcacattttcttatggtcactccttcattgtctccttaaagtttaatgacgaagccattgttcttcaagaggaa 32710008  T
Q  223 tatgatggcaaactatttattctcattaatagta 256  Q
    | ||  |||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  32710009 tgtgtcggcaaactgtttatcctcaataatagta 32710042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 32662431 - 32662010
Alignment:
Q  25 aagacgaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttca 124  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  |||||  ||||| | ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||    
T  32662431 aagaggaagcatgaagaagaatgcatccatgtgccatgttgctgccctgtttcaagctgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtctaagcatttca 32662332  T
Q  125 gcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaata 224  Q
    || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||| | | |||||| |||||||  | ||| || |||||||| ||      
T  32662331 gcgataaacacggggattctcatatcaaattttcttatggtcactccttaattgtctacatcaagtctaatgatgaaaccattgtttttcaagaggaaac 32662232  T
Q  225 tgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgag 324  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||||        |||| |||||||| |||||  |||||||||||||  |||||| |||  ||| |||||| ||     
T  32662231 ttatggcaaactatttattctctataatag------agctacacttttgggaaatgctatcaatatttgctgtattggtccaaactctttcgagtctgaa 32662138  T
Q  325 tatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccag 424  Q
    ||||| |||  ||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||| || | |||| ||||  ||| | || | ||||| |||  |||    
T  32662137 tatagatattatatattggctaggtctcagatgtgcaaactgaaattgcagtcttttgcaaaggatgttcaacgtgttgcgttcgcaactccttcctcag 32662038  T
Q  425 agttccttatgattccaaatggttcttc 452  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||    
T  32662037 agttccttttgattccatttggttcttc 32662010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 32652281 - 32651840
Alignment:
Q  33 gcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaataaa 132  Q
    ||||||| || |||||||| |||  |||||||| |||||  || || ||||| | |||||||| |||||||| ||| |||  || |||||||||||||||    
T  32652281 gcatgaaaaagaatgcatccatgcgccatgttactgccctgttccaagttgtcactttgttgcatcatcagaagtgctgtataagcatttcagcaataaa 32652182  T
Q  133 cacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggca 232  Q
    ||   |||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||| |  | ||| || ||||||||     | ||||||    
T  32652181 caaagggatactcaaatcaaatttttttatggtcattccttcattgtctccttgaagtctaacgatcaaaccattgtttttcaagaggcgggttatggca 32652082  T
Q  233 aactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagtta 332  Q
    ||||||||  ||||| |||||  |||||      ||   |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||   || |||||| || ||||||||    
T  32652081 aactatttgatctcagtaataaaactat------gcaaatgggaaatgcagtcaatatttgcggcattggtccaaacttttacgagtctgaatatagtta 32651988  T
Q  333 tggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttcctt 432  Q
    || ||||  ||| |||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||  | | || ||||||  ||||||| || || ||||||| |||||||||||    
T  32651987 tgatatattggctaggtctgagatgtgcaaactgaaattacagtcttttggtaaggatttccaacgtgttacttcagcaaatctttcatcagagttcctt 32651888  T
Q  433 atgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcata 480  Q
     ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  32651887 gtgattccatttggttcttctgaacctctgaagctagaaatttgcata 32651840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 30 - 479
Target Start/End: Original strand, 25469202 - 25469645
Alignment:
Q  30 gaagcatgaagaaaaatgcatctatgtcccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaat 129  Q
    |||||||||| || |||| |||||||  |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||| ||| |||||| |||||| ||| |     
T  25469202 gaagcatgaaaaagaatgtatctatgagccatgttactgccccttttcaggttgtgacttcgttgcatcatcagaagtgctgtccagccattttagccaa 25469301  T
Q  130 aaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatg 229  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||  |  || |||||||||||||| | ||||    
T  25469302 aaacacggggattctcaaaataaattttcttatgatcactccttcattgtctccttgaattctaatgatgaaaccgttgttcttcaagagaaaaacgatg 25469401  T
Q  230 gcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatag 329  Q
    || || ||||||| ||||  |||| ||||||      | ||||||| || || |||||| |||||||| |||||| |||  |||| |||||| |||||||    
T  25469402 gccaattatttatcctcaaaaatattactat------gtttttgggaaacgcggtcaatgtttgctgcattggtccaaaatcttctgagtccaagtatag 25469495  T
Q  330 ttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttc 429  Q
    ||||  |||    ||  | ||| |||   |  | |||||||| ||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||   |||||||||| || |||||    
T  25469496 ttataatattttagcttgttctaagatgagtgagctgaaatttcacacttttgcgaagaatgtccaacgggttactttgaaaactctttcatcaaagttc 25469595  T
Q  430 cttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgcat 479  Q
    ||| ||||||||  ||||| |||  |||||||| || |||||||||||||    
T  25469596 cttgtgattccatttggtttttctgaacctctcgagatagaaatttgcat 25469645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 115 - 451
Target Start/End: Original strand, 32857961 - 32858291
Alignment:
Q  115 aaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaattttcttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttc 214  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| | | |||  | ||| ||||||    
T  32857961 aaccatttcagctttaaacacagggattctcaaatccaattttcgtatggtcactccttcattgtctccttgaagtctaaagttgaaaccattgttcttc 32858060  T
Q  215 aagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttc 314  Q
    || || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |      |  ||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||  ||  |||     
T  32858061 aaaaggaaaatgatggcaaactatttattctcaataatagtactct------gagtttaggaaatgcagttaatatttgttgcattggtcctaactcttg 32858154  T
Q  315 cgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaact 414  Q
     || ||| ||||||||| || ||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |   | ||||||| | ||||||||| ||||    
T  32858155 tgaatccaagtatagttctgatatatcggctaggtctcagatatgcaaattgaaattacagtcttttgtgaaatacgtccaacggtttactttagcaact 32858254  T
Q  415 ctttcaccagagttccttatgattccaaatggttctt 451  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||||    
T  32858255 ctttcatcagagtgccttgtgattccatttggttctt 32858291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 58 - 102
Target Start/End: Original strand, 32857916 - 32857960
Alignment:
Q  58 ccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatca 102  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  32857916 ccatgttactgccccctttcaggttgtgactttgttgcatcatca 32857960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 58 - 383
Target Start/End: Original strand, 21524205 - 21524524
Alignment:
Q  58 ccatgttattgccccatttcaggttgtgattttgttgcctcatcagaggtgttgtccaaccatttcagcaataaacacgaggattctcaaatcaaatttt 157  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  21524205 ccatgttactgccccctttcaggttgtgactttgttgcatcatcagaagtgttgtcaaaccatttcagctttaaacacagggattctcaaatcaaatttt 21524304  T
Q  158 cttatggtcaatctttcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtac 257  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||||||| | | |||  | ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21524305 cgtatggccactccttcattgtctccttgaagtctaaagttgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgatggcaaactatttattctcaataatagtac 21524404  T
Q  258 tatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagaga 357  Q
    |||      |  ||| || |||||||| |||||||| ||| ||||||  ||  |||  |||||| |||||||||||| ||||  ||| |||||| ||| |    
T  21524405 tat------gagtttaggaaatgcagttaatatttgttgcattggtcataactcttttgagtccaagtatagttatgatatattggctaggtctgagata 21524498  T
Q  358 tgcaaactgaaattacactcttttgt 383  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||    
T  21524499 tgcaaattgaaattacagtcttttgt 21524524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University