View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7292_high_9 (Length: 351)

Name: NF7292_high_9
Description: NF7292
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7292_high_9
NF7292_high_9
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (26-343)||(21005948-21006265)
chr6 (31-341)||(20903234-20903544)
chr6 (26-343)||(20921838-20922149)
chr6 (247-297)||(21005850-21005900)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-343)||(41336390-41336714)
[»] scaffold0557 (2 HSPs)
scaffold0557 (96-343)||(5728-5981)
scaffold0557 (96-344)||(5070-5324)
[»] scaffold0115 (2 HSPs)
scaffold0115 (96-343)||(46924-47177)
scaffold0115 (96-286)||(47840-48039)
[»] scaffold0442 (2 HSPs)
scaffold0442 (134-342)||(9160-9374)
scaffold0442 (96-344)||(8435-8689)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-158)||(2589508-2589640)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 21006265 - 21005948
Alignment:
Q  26 tgcaaccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagta 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21006265 tgcaaccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagta 21006166  T
Q  126 ctcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacactaggagttg 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21006165 ctcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacactaggagttg 21006066  T
Q  226 gaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaatcatagt 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21006065 gaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcaggatagatttgacgctgcatgttttgattgacattgtgatttggaatcatagt 21005966  T
Q  326 actcgtgttgttcttctc 343  Q
    |||| |||||||||||||    
T  21005965 actcatgttgttcttctc 21005948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 31 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 20903544 - 20903234
Alignment:
Q  31 ccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagtactcat 130  Q
    ||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  20903544 ccccttgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatcctggagttgcaaccatgttcataactggcattggagtactcat 20903445  T
Q  131 caatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacactaggagttggaacc 230  Q
    || || ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||   |||||||| |||||||||||||    
T  20903444 cattgtagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaacc 20903345  T
Q  231 atagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcg 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||| | |||||| ||| ||| |||   |||||||||||||||||||||     
T  20903344 atagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccggtgtagatttgatgttgcatgctttgattaacaccctgatttggaatcatagtactca 20903245  T
Q  331 tgttgttcttc 341  Q
    |||||||||||    
T  20903244 tgttgttcttc 20903234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 20922149 - 20921838
Alignment:
Q  26 tgcaaccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagta 125  Q
    |||| ||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  20922149 tgcacccccttgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatccgggagtggcaaccatgttcataactggcattgaatta 20922050  T
Q  126 ctcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacactaggagttg 225  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||      | || |||||||||||||    
T  20922049 ctcatcattgaggtattcatcatggtgtttctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacctgaggatgca------agtttacactaggagttg 20921956  T
Q  226 gaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaatcatagt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| ||| ||||| |  ||||||||||||||||||    
T  20921955 gaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgataccgtgatttggaatcatagt 20921856  T
Q  326 actcgtgttgttcttctc 343  Q
    |||| |||||||||||||    
T  20921855 actcatgttgttcttctc 20921838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 247 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 21005900 - 21005850
Alignment:
Q  247 tgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||||    
T  21005900 tgttcttgttttgttgaacacttgcatggtagatttgaggctgcatgtttt 21005850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 41336714 - 41336390
Alignment:
Q  19 agctagctgcaaccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtat 118  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  41336714 agctatctgcacccccttgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcat 41336615  T
Q  119 tgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacacta 218  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||   |||||||| |    
T  41336614 tgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacacca 41336515  T
Q  219 ggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| ||| |||||||  |||||||||||    
T  41336514 ggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaa 41336415  T
Q  319 tcatagtactcgtgttgttcttctc 343  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  41336414 tcatagtactcatgttgttcttctc 41336390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0557
Description:

Target: scaffold0557; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 96 - 343
Target Start/End: Original strand, 5728 - 5981
Alignment:
Q  96 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 195  Q
    |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||     
T  5728 gcaaccatgttcataacttgcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagacttgaa 5827  T
Q  196 gttg------catgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 289  Q
      ||      ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||    
T  5828 actgaatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgacgttg 5927  T
Q  290 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttgttcttctc 343  Q
    |||| ||| ||| |||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5928 catgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtactcatgttgttcttctc 5981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 96 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 5324 - 5070
Alignment:
Q  96 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 195  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  5324 gcaaccatgttcgtaactggcattaaagcactcatcattgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagacttgag 5225  T
Q  196 gt------tgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 289  Q
            ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||     
T  5224 acagcacgtgcatgttttcattaacacttggagttggaaccatagtactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggtagatttgacgcta 5125  T
Q  290 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttgttcttctca 344  Q
    |||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  5124 catgctttaattaacactgtgatttagaatcatagtattcatgttgttcttctca 5070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 96 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 47177 - 46924
Alignment:
Q  96 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 195  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||  |||||| ||||| || |||||||||||| |||||||    
T  47177 gcaaccatgttcataactggcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttactgttctgttgttgattaaaacttgaagtgtagacttgag 47078  T
Q  196 gttgcatgt------tagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 289  Q
      |||||||      |   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||| ||    
T  47077 actgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcacgatgatgttcttgtattgttgaacacttccagggtagatttgacgttg 46978  T
Q  290 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttgttcttctc 343  Q
    |||| ||| ||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  46977 catgctttgattaacaccgtgatttggaatcatggtactcatgttgttcttctc 46924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 286
Target Start/End: Original strand, 47840 - 48039
Alignment:
Q  96 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 195  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  47840 gcaaccatgttcataactggcattaaagtaatcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagcgtagacttgag 47939  T
Q  196 ---------gttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacg 286  Q
               ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||    
T  47940 actgctgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccataatactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttacaagctagatttgacg 48039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0442
Description:

Target: scaffold0442; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 134 - 342
Target Start/End: Original strand, 9160 - 9374
Alignment:
Q  134 tgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgt------tagaattaacactaggagttgga 227  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||      |   |||||||||||||||||||    
T  9160 tgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttcttgattaacacttgaagtgtagacttgaaactgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttgga 9259  T
Q  228 accatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctgcatgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtac 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| | |||||| ||| ||| |||  || |||||||||||||||||    
T  9260 accatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgaagttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtac 9359  T
Q  328 tcgtgttgttcttct 342  Q
    || ||||||||||||    
T  9360 tcatgttgttcttct 9374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 96 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 8689 - 8435
Alignment:
Q  96 gcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgag 195  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |   |||||||  |||||||||||||||| | |||||| | |||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  8689 gcaaccatgttcataactggcattaatacactcatcgttgaagtattcatcatggttttgctcttttgttgttgattaacacttgaggtgtagacttgag 8590  T
Q  196 gttgcatgt------tagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacactttcagaatagatttgacgctg 289  Q
      |||||||      |   ||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||  | ||||||||| ||    
T  8589 actgcatgtgcatgttttgatttacactaggagtttgaaccatagtactcacaatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggttgatttgacgttg 8490  T
Q  290 catgtttttattgacattgtgatttggaatcatagtactcgtgttgttcttctca 344  Q
    |||| ||| ||| |||  ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  8489 catgctttaattaacaccgtgatttagaatcatagtattcatgttgttcttctca 8435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 2589640 - 2589508
Alignment:
Q  26 tgcaaccccttgttggccataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagta 125  Q
    |||| ||||||||||  |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  | || ||||||  ||||||| |  ||||||    
T  2589640 tgcatccccttgttgatcatagaaattctgctccatttgaggttgcatgttttggttaaatccaggagtaggaatcatgttgctaactggcaaagaagta 2589541  T
Q  126 ctcatcaatgaagtattcatcatgttgttgctc 158  Q
    || ||||  ||||||||||||||| || |||||    
T  2589540 cttatcatggaagtattcatcatggtgctgctc 2589508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University