View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7293_low_2 (Length: 653)

Name: NF7293_low_2
Description: NF7293
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7293_low_2
NF7293_low_2
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-636)||(25535105-25535740)
chr7 (1-587)||(25514701-25515294)
chr7 (1-596)||(25527113-25527711)
chr7 (486-578)||(25538156-25538248)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 25535740 - 25535105
Alignment:
Q  1 agtcgacgttctcagcaacaactcgtccaactgtgttcacctgcaatgctatcattgctgcaatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535740 agtcgacgttctcagcaacaactcgtccaactgtgttcacctgcaatgctatcattgctgcaatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgattt 25535641  T
Q  101 gtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535640 gtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcttattgtgatgagggccgcattgacgcggct 25535541  T
Q  201 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535540 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattg 25535441  T
Q  301 aggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaatgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535440 aggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaatgt 25535341  T
Q  401 tgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgagcaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25535340 tgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgagcaa 25535241  T
Q  501 gaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttgttca 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25535240 gaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttgctca 25535141  T
Q  601 ggtttggnnnnnnnnccgaggcttgggacttgtttc 636  Q
    |||||||        |||||||||||||||||||||    
T  25535140 ggtttggaaaaaaaaccgaggcttgggacttgtttc 25535105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 587
Target Start/End: Original strand, 25514701 - 25515294
Alignment:
Q  1 agtcgacgttctcagcaacaactcgtccaactgtgttcacctgcaatgctatcattgctgcaatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| | ||| |||| ||  || |||||| ||||  |||||||||||||    
T  25514701 agtcggcgttctcagcaacgactcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgctccacgcaaaaagacacaaccaagctcttgattt 25514800  T
Q  101 gtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggct 200  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25514801 gtacgagttcttctttaacttgtttaaaattgttcctaacattgtctctcataactttgttatcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggct 25514900  T
Q  201 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  25514901 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcaccggttacctatcagattatcaccaaagctttgatcagtgctggtcgtattg 25515000  T
Q  301 aggatgcccgtgacatcttggttaagatgttatacacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcatatctgcttgtattcaac------tggg 394  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||  ||| || ||||||||||| ||||||      |||     
T  25515001 aagatgcccgtgacatcttgtttaagatgttatccacgggccatgtggatttaactgtg--tgacaatctcttatctgcttgtcttcaactgacagtggt 25515098  T
Q  395 aaatgttgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtgagtgtcacttatatacattggtttttt 494  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||| || ||||  |||    
T  25515099 aaattttgataaggctaatgagcttattgatgaccttaagaggtggtgtccgaattattacaacggcgttgtgagtgccacttatatgcagtggtgcttt 25515198  T
Q  495 gagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgt---atgatgagacctaaaacttgcaatatgctcttg 587  Q
    |  |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  25515199 gtacaaagaagagagaaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtacgatgatgagacctgaaacttgcaatattctcttg 25515294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 25527711 - 25527113
Alignment:
Q  1 agtcgacgttctcagcaacaactcgtccaactgtgttcacctgcaatgctatcattgctgcaatgcaccgtgcgaaaagatacaatgaagctcttgattt 100  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| || ||||| | ||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||    
T  25527711 agtcggcgttctcagcaacgaatcgtccgacggtgttcacctgcaacgccatcatcggtgccatgcaccgcgcaaaaagacacaacgaagctcttgattt 25527612  T
Q  101 gtacgagttcttctttaacctctttaaaattgctcctaacattgtctcttataactttgttatcaatgcctattgtgatgagggccgcattgacgcggct 200  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||     
T  25527611 gtacgagttcttctttaactcgtttaaaattactcctaacattgtctcttataactttatgatcaacgcatattgtgatgagggctgcattgatgcggcc 25527512  T
Q  201 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggccgatgcatctatcaaaccctcacccgttacttaccgcattatcaccaaatgtttgatcagtgctggtcgtattg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || |  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  25527511 ctcgatgtttttcggaaaatgaaggctgatgcatctatcaaaccctcactggttacctatcagattatcaccaaatgtatgatcaatgctggtcgtattg 25527412  T
Q  301 aggatgcccgtgacatcttggttaagatgttat---acacgggccatgcggatttcactgtgtatgctaatatcatatctgcttgtattcaactgggaaa 397  Q
    |||| ||| ||||||| | | || |||||||||   || |||| ||| | |||| | | ||||||  |||| | | ||  ||||||  ||||||||||||    
T  25527411 aggacgccagtgacatttggtttgagatgttattagactcgggtcataccgattcctcggtgtataataatctgacattggcttgttctcaactgggaaa 25527312  T
Q  398 tgttgataaagctaatgagcttattgatgagcttaagaggtggtgtccgaattattacattggcgatgtgagtgtcacttatatacattggttttttgag 497  Q
    | | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||  ||| | |||||||| |||||| ||  |||||||| || ||    
T  25527311 tttggataaggctaatgagtttattgatgagcttaagataaggtgtccatattaccaccatggtgttgtgagtgccacttacatgaattggtttcttaag 25527212  T
Q  498 caagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaatatgctcttggagattttg 596  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || | ||||||||| |||||    
T  25527211 caaggaagagataaggacgccatggagtgttataagtctttattgaaccgcaagtgtaggatgagacctgaaactggcgatgttctcttggaggttttg 25527113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 486 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 25538248 - 25538156
Alignment:
Q  486 tggttttttgagcaagaaagagataaggaggctatggagtgttataactccttattgaaccgcaagtgtatgatgagacctaaaacttgcaat 578  Q
    ||||||||| || | | |||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  25538248 tggttttttaaggagggaagagaaaaggaagccatggagtcttatgactccttattgaaccacaagtttaggatgagacctgaaacttgcaat 25538156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University