View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7297_low_1 (Length: 2523)

Name: NF7297_low_1
Description: NF7297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7297_low_1
NF7297_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (11-2505)||(3682743-3685237)
chr2 (2338-2388)||(38483656-38483706)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2338-2491)||(30117943-30118096)
chr4 (361-500)||(30119928-30120067)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 2447; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 2447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 2505
Target Start/End: Complemental strand, 3685237 - 3682743
Alignment:
Q  11 gatggacatcagagcgtagagtattcagacggttgtttgcgtttgttgaaccatatgaagtaatatgctcggatccctgtcttacatccatctcagatgc 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3685237 gatgcacatcagagcgtagagtattcagacggttgtttgcgtttgttgaaccatatgaagtaatatgctcggatccctgtcttacatccatctcagatgc 3685138  T
Q  111 tgaatcaagaaaagcgagcatcttaagggcgctataatagtacatcatccccctgactgtgcgagacaatgtttgacctctataagatacccaaaggcga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3685137 tgaatcaagaaaagcgagcatcttaagggcgctataatagtacatcatccccctgactgtgcgagacaatgtttgacctctgtaagatacccaaaggcga 3685038  T
Q  211 aggtccaaggattttgttgtccagatatcatcctcgtctttcaagccctctctatgcattctttccataaaattgttccattcatcttcataaatcttct 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3685037 aggtccaaggattttgttgtccagatatcatcctcgtctttcaagccctctctatgcattctttccataaaattgttccattcatcttcataaatcttct 3684938  T
Q  311 gcaaataaaacagagtagtaatgccatcctcattctcctttcgaagagactctttgctatacaaaacttcctcatcataatacggggtcaaaacactgaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684937 gcaaataaaacagagtagtaatgccatcctcattctcctttcgaagagactctttgctatacaaaacttcctcatcataatacggggtcaaaacactgaa 3684838  T
Q  411 agccatcattttttcaacatagggagcacggggaatgttcataaacaaagaattgctaaagaaagcaatccgccgtcgagcctcaagattcaacggaaca 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684837 agccatcattttttcaacatagggagcacggggaatgttcataaacaaagaattgctaaagaaagcaatccgccgtcgagcctcaagattcaacggaaca 3684738  T
Q  511 ttgtgcattgcgtctcttgaagtgagaattgtagacaaccttctgagctgcctggcaaagacttcatctccggcatcaggaaactcaatagcattttcaa 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684737 ttgtgcattgcgtctcttgaagtgagaattgtagacaaccttctgagctgcctggtaaagacttcatctccggcatcaggaaactcaatagcattttcaa 3684638  T
Q  611 agagcagtcccccttctgttgttggaccttgtagcgccaggccttcctcaattagctgggcggcggtcttcttcacctttgaaaatcttcgaatacacaa 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684637 agagcagtcccccttctgttgttggaccttgtagcgccaggccttcctcaattagctgggcggcggtcttcttcacctttgaaaatcttcgaatacacaa 3684538  T
Q  711 ttcatacaaggcttgcaacaaatttacagccttattcaaatctttgtctggctgtatcgaaattttaaccagttcagtaaccttagcatgtagctctggt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684537 ttcatacaaggcttgcaacaaatttacagccttattcaaatctttgtctggctgtatcgaaattttaaccagttcagtaaccttagcatgtagctctggt 3684438  T
Q  811 agcagagacatcttgtacgcttctgttaactttcccacctgaatgtagtagtctatgtccctgaatatattagtcacaatggagaactctaccttatcaa 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684437 agcagagacatcttgtacgcttctgttaactttcccacctgaatgtagtagtctatgtccctgaatatattagtcacaatggagaactctaccttatcaa 3684338  T
Q  911 ctttaagaatcatacaaaataagtacttaatgctatcataagcttcaatgacagcacaccggcgatactcattcttgcacatcttcaaccatagtgacct 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684337 ctttaagaatcatacaaaataagtacttaatgctatcataagcttcaatgacagcacaccggcgatactcattcttgcacatcttcaaccatagtgacct 3684238  T
Q  1011 gtcaggctcattttccagctcttttgcctgactgagagcacacagtagctcattgctgagaaggaaacacggccatcgaattaccctaatgtcccagcaa 1110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684237 gtcaggctcattttccagctcttttgcctgactgagagcacgcagtagctcattgctgagaaggaaacacggccatcgaattaccctaatgtcccagcaa 3684138  T
Q  1111 tttggtggcagttccaggagctctagttctcgatcactgattatatcttcctccctgaaagtaatgattatctcattccatattaaggcaaacctggtag 1210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684137 tttggtggcagttccaggagctctagttctcgatcactgattatatcttcctccctgaaagtaatgattatctcattccatattaaggcaaacctggtag 3684038  T
Q  1211 catccacttggcttgattcaatttttgtgaagggttgaccaagtccgtatcgtaatttcaaccgatggatggcatcacgaaccttcctcagcatcgttgc 1310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3684037 catccacttggcttgattcaatttttgtgaagggttgaccaagtccgtatcgtaatttcaaccgatggatggcatcacgaaccttcctcagcatcgttgc 3683938  T
Q  1311 ttgctggcttagaagcttctcctctggcatcagattgaactgcattgcactggcaaagtgctggaatcggagcctgagttgtgagatattccggatttca 1410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683937 ttgctggcttagaagcttctcctctggcatcagattgaactgcattgcactggcaaagtgctggaatcggagcctgagttgtgagatattccggatttca 3683838  T
Q  1411 cccaaatgcgagaacaggccaatcgtgccaccaataaaggaagagaaaatcgaataccatatttgcaaatccatgaagtataccaacacaacaggtaacc 1510  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683837 cccaaatgtgagaacaggccaatcgtgccaccaataaaggaagagaaaattgaataccatatttgcaaatccatgaagtataccaacacaacaggtaacc 3683738  T
Q  1511 atagcaaaacaactgcaactctgttggtgttattgaaaaactcatgccatctataattgatgcccctaagtttcaacagagccttagtgggagcaacaag 1610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683737 atagcaaaacaactgcaactctgttggtgttattgaaaaactcatgccatctatagccgatgcccctaagtttcaacagagccttagtgggagcaacaag 3683638  T
Q  1611 aggtttgaattgaagaaagtaactgaatgaaaattttgcagccaatactccaatccagaaaaaactaaacttcacattatccataagcccttgtctcaca 1710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3683637 aggtttgaattgaagaaagtaactgaatgaaaattttgcagccaatactccaatccagaaaaaactatacttcacattatccataaggccttgtctcaca 3683538  T
Q  1711 ccccggcccacaaaaatccgggtatgaaaccaccatgtcaaccagtatactattctccagtctgattcctcaatgaagttccgtatacacggcaatacga 1810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683537 ccccggcccacaaaaatccgggtatgaaaccaccatgtcaaccagtatactattctccagtctgattcctcaatgaagttccgtatacacggcaatacga 3683438  T
Q  1811 acagtacacatgccaacatctctggtaatagaaagcagaagacaatcttaagaaatgtataaatcctctgatttgccgcatcagaccaatttcgtttaga 1910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683437 acagtacacatgccaacatctctggtaatagaaagcagaagacaatcttaagaaatgtataaatcctctgatttgccgcatcagaccaatttcgtttaga 3683338  T
Q  1911 acccttctcaatccaaatcaatccataaaacaccccaaacaaaacagtccacgttatagcagccaaacccttggccaccatccttactccacgccaagcc 2010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683337 acccttctcaatccaaatcaatccataaaacaccccaaacaaaacagtccacgttatagcagccaaacccttggccaccatccttactccacgccaagcc 3683238  T
Q  2011 gtctctctagtaaccaaactatattgagttccagcatcaagcacagattgaagtaccctaagaccaccccaagtgataaacaaagtaaacattttgactt 2110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683237 gtctctctagtaaccaaactatattgagttccagcatcaagcacagattgaagtaccctaagaccaccccaagtgataaacaaagtaaacattttgactt 3683138  T
Q  2111 gaacatcctttctctctaatgcttgccaaggatacgtagtaccctcccaagcaacaataatagcaccttgcatgaacaaaatcaacataacccataacct 2210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683137 gaacatcctttctctctaatgcttgccaaggatacgtagtaccctcccaagcaacaataatagcaccttgcatgaacaaaatcaacataacccataacct 3683038  T
Q  2211 gtcaaaactcttgtaaatattccaaaatgacctttgttcaacatacccagttttcccaacccttttatccttaggtgtagtcccaaaaaagctagactca 2310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3683037 gtcaaaactcttgtaaatattccaaaatgacctttgttcaacatacccagttttcccaacccttttatccttaggtgtagtcccaaaaaagctagactca 3682938  T
Q  2311 aaattcaaaggccatctaagtttcttcaaacacctcctactccaaaaatactcatttatatcatcataattcctccatgcagaatgtggtgctttaccat 2410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3682937 aaattcaaaggccatctaagtttcttcaaacacctcctactccaaaaatactcatttatatcatcataattcctccatgcagaatgtggtgctttaccat 3682838  T
Q  2411 ttctactactatcaacttcaatcttaatagtattgtaaattggcataacaacagatttcaaaaatccatattcaccggaaactgttggcaaaaat 2505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3682837 ttctactactatcaacttcaatcttaatagtattgtaaattggcataacaacagatttcaaaaatccatattcaccagaaactgttggcaaaaat 3682743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 2338 - 2388
Target Start/End: Complemental strand, 38483706 - 38483656
Alignment:
Q  2338 aaacacctcctactccaaaaatactcatttatatcatcataattcctccat 2388  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38483706 aaacacctcttactccaaaaatactcatttatatcatcataatttctccat 38483656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 4e-21; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 2338 - 2491
Target Start/End: Complemental strand, 30118096 - 30117943
Alignment:
Q  2338 aaacacctcctactccaaaaatactcatttatatcatcataattcctccatgcagaatgtggtgctttaccatttctactactatcaacttcaatcttaa 2437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||| || ||  | |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  30118096 aaacacctcctactccaaaaatactcattaatatcatcataatttctccaagcactatgaggagcagttccatttctactattatcaacctcagtcttaa 30117997  T
Q  2438 tagtattgtaaattggcataacaacagatttcaaaaatccatattcaccggaaa 2491  Q
    |||| |  ||||| ||| | |||||| | ||||||||  |||  ||||||||||    
T  30117996 tagtttcataaataggcttcacaacaaaattcaaaaaagcattctcaccggaaa 30117943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 30120067 - 30119928
Alignment:
Q  361 tctttgctatacaaaacttcctcatcataatacggggtcaaaacactgaaagccatcattttttcaacatagggagcacggggaatgttcataaacaaag 460  Q
    |||||||| || || ||||| ||||  ||||| || || | |||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||| |||| || |||||||| |  |    
T  30120067 tctttgctgtataatacttcttcattgtaataaggtgttagaacactgaaagccagcattttctcaacttggggagcatggggcatattcataaaaagtg 30119968  T
Q  461 aattgctaaagaaagcaatccgccgtcgagcctcaagatt 500  Q
    | ||||| ||||||||||||| |||||  ||||| |||||    
T  30119967 agttgctgaagaaagcaatcctccgtctggcctctagatt 30119928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University