View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7298_high_1 (Length: 558)

Name: NF7298_high_1
Description: NF7298
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7298_high_1
NF7298_high_1
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (18-558)||(14112216-14112756)
chr6 (18-558)||(14016820-14017360)
chr6 (18-558)||(13890800-13891329)
chr6 (18-245)||(13860810-13861037)
chr6 (163-528)||(13873221-13873583)
chr6 (18-260)||(14027106-14027348)
chr6 (18-245)||(13943024-13943251)
chr6 (18-245)||(14086645-14086875)
chr6 (162-440)||(14026857-14027132)
chr6 (20-317)||(13470718-13471015)
chr6 (369-558)||(13861116-13861305)
chr6 (301-554)||(14086411-14086661)
chr6 (229-555)||(13470999-13471319)
chr6 (390-558)||(13942804-13942972)
chr6 (391-554)||(14048917-14049080)
chr6 (22-260)||(13872936-13873174)
chr6 (164-258)||(13873150-13873244)
chr6 (162-245)||(13471004-13471087)
chr6 (492-558)||(14026781-14026847)
chr6 (301-350)||(13861021-13861070)
chr6 (301-345)||(13942996-13943040)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 14112756 - 14112216
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  14112756 tttctttggatctctaagaaacctaagaaaccttgatctttcaaattgttattttggcggacgaattcctattccattggggtctctttcacatttgaaa 14112657  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    ||| | ||||||||    |||  ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | |||  |||||    
T  14112656 tacataaatctttccaacaatcgtctagatggtgtgattcctaatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaataatggtttgg 14112557  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | | ||||| |     |||   ||  ||||||  || ||||||||| |||||||    
T  14112556 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctttccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaatggttttgaaggaagcattccatctcaaattggaaa 14112457  T
Q  318 gcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtct 417  Q
    |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14112456 gcttacaaatctacaagagctttatcttggaagaagggatgctgatagtgctctgacaattggcaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtct 14112357  T
Q  418 aatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatag 517  Q
    ||||| || |||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| | ||    
T  14112356 aatctaacctctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgataaatttaatagttggtttcaaatggttggtaagttaccaaaactaagag 14112257  T
Q  518 aactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||    
T  14112256 aactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatc 14112216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 14017360 - 14016820
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  14017360 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcaatttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaa 14017261  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    |||||| |||||||    ||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||| ||||||    
T  14017260 tacttggatctttccaacaatcatctagatggtgtgattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaccaatgatttgg 14017161  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaattta---ttaaaaggaaaaataccatctcaacttgg 314  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||| |     ||  |    ||  |||||| ||| ||||||||||||||    
T  14017160 atggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagccacaacattggtttggaaggaagaattccatctcaacttgg 14017061  T
Q  315 aaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttg 414  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||| | || |  | | |  ||    ||| ||| |||  |||   || || | |||||||||||||||||||    
T  14017060 aaagcttacaaacctacaagagctttatcttgaaggaggatacgtttttagatttctaacagttgacaac--gac-gaacccagtggaggtcagtggttg 14016964  T
Q  415 tctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactga 514  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| || ||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  14016963 tctaatcttaattctttaacccatcttcacatgtcgtcgatatctaatcttaataaatctaatagttggttgcaaatggttggtaagttaccaaaactga 14016864  T
Q  515 tagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
     ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  14016863 gagaactaagtttaagagattgtggcctttctgatcattttatc 14016820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 558
Target Start/End: Original strand, 13890800 - 13891329
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||    
T  13890800 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcttattgcggttttggaggacaaattcctattcaatttgagtcactttaccatttgaaa 13890899  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    ||||||||  ||||  | ||| |||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||    
T  13890900 tacttgaaaatttccggcaatgatctggatggtttgattcctca---acttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatcttagccgcaatcttttgg 13890996  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||  |||||||||  || || ||||||||||| || |||||||||||    
T  13890997 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctccttggaaattcttttaatggaaaaataccttcacaacttggaaa 13891096  T
Q  318 gcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtct 417  Q
    |||||| ||||||||||| ||| || | ||| ||    ||  |  || | |||| |||||||  ||| |   ||||||||  |||||||  ||||| |||    
T  13891097 gcttaccaacctacaagagcttcatttcggagga---tatagtcttagttctctaacaattgacaacgg---agatcacaacggaggtc--tggttatct 13891188  T
Q  418 aatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||| ||  |||||||||||  ||| |||||||||| ||| |||||||| ||    
T  13891189 aatcttacttctttaacccatcttcacatgttgtcaatatctagtcttgataaatccaatagttggttgcaaatggttggtaagctactaaaactgagag 13891288  T
Q  518 aacta-agtt--taagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
    ||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  13891289 aactagagttaataagt---tgtggcctttctgatcattttatc 13891329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Original strand, 13860810 - 13861037
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| || || |||||||||    
T  13860810 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgtcattttggaggacaaattcatattcaatttgagtctctttcgcatttgaaa 13860909  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||    
T  13860910 tacttgaatctttcgtggaatcatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaattttttgg 13861009  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13861010 aaggaagcattccatctcaacttggaaa 13861037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 163 - 528
Target Start/End: Original strand, 13873221 - 13873583
Alignment:
Q  163 caacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagt 262  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||| | | ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  13873221 caacttgaaaatctctccaacttgaaatttcttcatctcaaaaacaatgatttggaaggaaggattccatcccaacttggaaatctctccaacttgcaat 13873320  T
Q  263 atttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatga 362  Q
     | | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |  ||| |||    
T  13873321 ttcttgatctctttggaaattctttaaaaggaaaaataccatatcaacttggaaagcttacaaacctacaagatctttatcttggaggaggatatggtga 13873420  T
Q  363 taatgctctgacaattggaaac-agtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaa 461  Q
    || | |||||| |||||  ||| ||    ||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  13873421 tagtactctgataattgacaacgag----gatcacagtggaggtaagtggttgttgaatctaacttctttaacccatcttcagatgttgtcaatatctaa 13873516  T
Q  462 tattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagttta 528  Q
    | ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13873517 tcttgatagatttaatagttggttgcaattggttggtaagctaccaaaactgaaagaactaagttta 13873583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 14027348 - 14027106
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  14027348 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgtcattttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaa 14027249  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    ||||||||||||||    |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||    
T  14027248 tacttgaatctttccaacaatcttctagatggtttgattcctcatcaacttggaggtctctccaacttgcaatttcttgatctcagccacaattatttgg 14027149  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgca 260  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14027148 aaggaagcattccatgtcaacttggaaatctctccaacttgca 14027106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 13943251 - 13943024
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  13943251 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgttattttcgaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaa 13943152  T
Q  118 tacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttgg 217  Q
    |||||||||||||| |  |||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||    
T  13943151 tacttgaatctttcctacaatcttctagatggtttgattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaattatttgg 13943052  T
Q  218 aaggaagcattccatctcaacttggaaa 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13943051 aaggaagcattccatctcaacttggaaa 13943024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 14086875 - 14086645
Alignment:
Q  18 tttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaa---aattcctattccattggagtcactctcacatttg 114  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |   ||||||||||| ||||||||| || |  ||||||    
T  14086875 tttctttggatctctgagaaacctaagataccttgatctttcatattgcaattttgaaggagatcaaattcctattcaattggagtctcttttgcatttg 14086776  T
Q  115 aaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | |    
T  14086775 aaatacttgaatctttcatggaattatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaatgact 14086676  T
Q  215 tggaaggaagcattccatctcaacttggaaa 245  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  14086675 tggaaggaagtattccatatcaacttggaaa 14086645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 162 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 14027132 - 14026857
Alignment:
Q  162 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcag 261  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14027132 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaattatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaa 14027033  T
Q  262 tatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatg 361  Q
    | | | |||||   ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||      ||| ||    
T  14027032 tttcttgatctccatggaaatttttttaaaggaaaattaccatctcaacttggaaagcttacaaacctacaagagctttatcttggaaatgaatatggtg 14026933  T
Q  362 ataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 440  Q
    ||| || |||||| ||||  |||||    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026932 atagtggtctgactattgacaacag---ggatcacaacggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 14026857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 20 - 317
Target Start/End: Original strand, 13470718 - 13471015
Alignment:
Q  20 tctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaata 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||| || || |||||||||||    
T  13470718 tctttggatctctaagaaacctaagataccttgatctttcaggttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattcgagtctctttctcatttgaaata 13470817  T
Q  120 cttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaa 219  Q
    |||||||||||||   ||   ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||    
T  13470818 cttgaatctttcaaacaaccgtctagatggtgttattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaggaacaatcgtttggaa 13470917  T
Q  220 ggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaa 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| | || || | ||| | |||||     |||||   || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13470918 ggaagcattccaactcaacttggaaatctcttcgacatggaatatcttgatctccaccgaaatagttttaaaggaaaaataccatctcaacttggaaa 13471015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 369 - 558
Target Start/End: Original strand, 13861116 - 13861305
Alignment:
Q  369 tctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgat 468  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||    
T  13861116 tctgacaattgacaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgat 13861215  T
Q  469 agatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||    
T  13861216 aaatttaatagttggttaaaaatggttggtaagttaccaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatc 13861305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 301 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 14086661 - 14086411
Alignment:
Q  301 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtg 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||  ||||     ||||||||||    
T  14086661 ccatatcaacttggaaagcttacgaacctacaagagctttatcttggaagaaagtatgaagatagtgctctgacaattgacaacaag---gatcacagtg 14086565  T
Q  401 gaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||  ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  14086564 gaggtcagtggttgtctaatctaacttctttaacccatcttcgcctgatgtgaatatctaatcttgataaatttaatagttggtttcaaatggttggtaa 14086465  T
Q  501 gataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattt 554  Q
    | || ||||||| | |||||||||||||||  | |||| ||||||| |||||||    
T  14086464 gttaacaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttcttatcattt 14086411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 229 - 555
Target Start/End: Original strand, 13470999 - 13471319
Alignment:
Q  229 ccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||| |     |||   ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13470999 ccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctataataatttggaaggaaatattccatctcaacttggaaagcttacaaacc 13471098  T
Q  329 tacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttc 428  Q
    ||||| | |||||||||||| ||    |||||  |  || |||||| || |  |||     |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  13471099 tacaaaagctttatcttggaggat---atgattttggtgatctgactatggacaacga---agatcacagtagaggtcagtggctgtctaattttacctc 13471192  T
Q  429 tttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagttta 528  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13471193 tttaacccatcttcacatgtcgtcgatatcaaatctttatagatttaatagttggttggaaacagttggtaagctaccaaaactgatagaactaagttta 13471292  T
Q  529 agtgaatgtggcctttctgatcatttt 555  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||    
T  13471293 agaaattgtggcctttctgatcatttt 13471319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 390 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 13942972 - 13942804
Alignment:
Q  390 agatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaa 489  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||  ||    
T  13942972 agatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatcttaataaatctaatagttggttgaaa 13942873  T
Q  490 acggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
    | |||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||    
T  13942872 atggttggtaagttaccaaatctaagagaactaagtttaagatattgtgacctttctgatcattttatc 13942804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 391 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 14049080 - 14048917
Alignment:
Q  391 gatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaa 490  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14049080 gatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtcgtcaatattgaatcttgatagatttaatagtttgttggaaa 14048981  T
Q  491 cggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattt 554  Q
     |||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||  || |||| |||||||||||||||    
T  14048980 tggttggtaagctaccaaaattgggagaactaaatttaacagattgtgacctttctgatcattt 14048917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 260
Target Start/End: Original strand, 13872936 - 13873174
Alignment:
Q  22 tttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaatact 121  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||   |||    ||||| ||||||||| | |||| ||| ||||| ||  | ||||||||||| |    
T  13872936 tttggttctctaagaaacataagataccttgacctttcacgttgtcgctttggtggaaaaatttcaattcaatttgagtctcttccgcatttgaaatatt 13873035  T
Q  122 tgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaagg 221  Q
    ||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | | |||| ||||||| ||  |||||||||| |||||    
T  13873036 tgagtctttcctcgaatgatctcgatggtttgattcctcatcaacttggaaatctctccaatgttcgatttattgatctaagcaacaatcatttagaagg 13873135  T
Q  222 aagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgca 260  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13873136 aagcattccatctaaactcggaaatctctccaacttgca 13873174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 164 - 258
Target Start/End: Original strand, 13873150 - 13873244
Alignment:
Q  164 aacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttg 258  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13873150 aactcggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaatcgtttggaaggaagcataccatcccaacttgaaaatctctccaacttg 13873244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 162 - 245
Target Start/End: Original strand, 13471004 - 13471087
Alignment:
Q  162 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaa 245  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13471004 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctataataatttggaaggaaatattccatctcaacttggaaa 13471087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 492 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 14026847 - 14026781
Alignment:
Q  492 ggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatc 558  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||    
T  14026847 ggttggtaagttaccaaaactgagagaactaagtttacaaaattgtggcctttctgatcattttatc 14026781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 301 - 350
Target Start/End: Original strand, 13861021 - 13861070
Alignment:
Q  301 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaag 350  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13861021 ccatctcaacttggaaagcttgtgaacctacaagagctttatcttggaag 13861070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 301 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 13943040 - 13942996
Alignment:
Q  301 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatctt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13943040 ccatctcaacttggaaagcttacaaacctacaagagctttatctt 13942996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University