View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7300_low_7 (Length: 459)

Name: NF7300_low_7
Description: NF7300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7300_low_7
NF7300_low_7
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-440)||(30669693-30670116)
chr2 (17-443)||(30661013-30661439)
chr2 (17-444)||(30633284-30633711)
chr2 (17-218)||(30631179-30631380)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (24-443)||(10411740-10412159)
chr1 (40-419)||(10421403-10421785)
chr1 (17-429)||(10417474-10417889)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (17-439)||(35404572-35404997)
chr5 (24-419)||(35364858-35365256)
chr5 (83-419)||(35374463-35374799)
chr5 (17-205)||(35752808-35752996)
chr5 (24-151)||(35421666-35421793)
chr5 (24-151)||(35435011-35435138)
chr5 (177-223)||(35385043-35385089)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (101-419)||(13563438-13563758)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (91-208)||(29625129-29625246)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 440
Target Start/End: Original strand, 30669693 - 30670116
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30669693 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatttaacatttcttcaaaagctcagcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 30669792  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30669793 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttctctttggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 30669892  T
Q  217 ttgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttgg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30669893 ttgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttgg 30669992  T
Q  317 taatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttg 416  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30669993 tactattccatcttccctaggaaatctttcatcactcgaaaagctttcatttcgacaaaatcacttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttg 30670092  T
Q  417 tcagttttgacatggctgtctcta 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  30670093 tcagttttgacatggctgtctcta 30670116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 443
Target Start/End: Original strand, 30661013 - 30661439
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30661013 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 30661112  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30661113 gttggtcttttgaaaggattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 30661212  T
Q  217 ttgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttgg 316  Q
    ||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30661213 ttaggttagctttgaataaactcattggaagagttcctgcatactttggatcaatgatgcaacttactgagttgtctcttggtcacaataatctagttgg 30661312  T
Q  317 taatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttg 416  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30661313 tactattccatcttccctaggaaatctttcatcactcgaaaagctttcatttctacaaaatcacttggaaggaagcataccatattctttgggcaggttg 30661412  T
Q  417 tcagttttgacatggctgtctctaagt 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  30661413 tcagttttgacatggctgtctctaagt 30661439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 444
Target Start/End: Original strand, 30633284 - 30633711
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30633284 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 30633383  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30633384 gttggtcttttgaaaggattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 30633483  T
Q  217 ttgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttgg 316  Q
    ||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30633484 ttaggttagctttgaataaactcattggaagagttcctgcatactttggatcaatgatgcaacttactgagttgtctcttggtcacaataatctagttgg 30633583  T
Q  317 taatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttg 416  Q
    || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30633584 tactattccatcttccataggaaatctttcatcactcgaaaagctttcatttcttcaaaatcaattggaaggaagcataccatattctttgggtaggttg 30633683  T
Q  417 tcagttttgacatggctgtctctaagtg 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30633684 tcagttttgacatggctgtctctaagtg 30633711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 17 - 218
Target Start/End: Original strand, 30631179 - 30631380
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30631179 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 30631278  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30631279 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttagtaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 30631378  T
Q  217 tt 218  Q
    ||    
T  30631379 tt 30631380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 24 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 10412159 - 10411740
Alignment:
Q  24 ggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtc 123  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10412159 ggtggtactcttggaccatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtc 10412060  T
Q  124 ttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaattgattt 223  Q
     |||||| ||||||| ||||||||||||| ||   ||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  10412059 gtttgaagcgattgcaagttcttgacttaagatttaaccatcttcttggagagattcccatagagctcgctaactgcacaaatatcaaggtaatttgttt 10411960  T
Q  224 acctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttggtaatatt 323  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  10411959 agctttcaatcaactcattggaagaattcctgcatgctttgggtaaatgatgcaacttactgagttgtttcttagttacaataatctagttggtactatt 10411860  T
Q  324 ccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttgtcagttt 423  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  10411859 ccatcttccctaggaaatctttcatcactcaaaatgctttcatttcaacaaaatcacttggaagaaagcataccttattctttgggtaggttgtcaggtt 10411760  T
Q  424 tgacatggctgtctctaagt 443  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10411759 tgacatggctgtctctaagt 10411740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 40 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 10421785 - 10421403
Alignment:
Q  40 catccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaaacgattgcg 139  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||     
T  10421785 catcattgagaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgttgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgca 10421686  T
Q  140 agttcttgactta---ggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaattgatttacctttcaataaa 236  Q
    ||||||| |||||      |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| || |    |||||| ||    
T  10421685 agttcttcacttaaccaacaacaacaaacttcaaggagagattcctatggagctcagtaattgcataaatatcaaagtaattaatctgggcttcaatcaa 10421586  T
Q  237 ctcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttggtaatattccatcttccctag 336  Q
    |||||||||||| ||||  ||   |||||||||||||||||||||| |   |||   ||  ||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  10421585 ctcattggaagaattccaacaaggtttgggtcaatgatgcaacttattgaattgaaactcagtgccaataatctagttggtactatcccatcttccctag 10421486  T
Q  337 gaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttgtca 419  Q
    | |||  |||||||||  ||   || ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  10421485 gtaatgcttcatcacttcaatggctatcacttacacaaaatcacttggaaggaagcatacctgattctttgggtaagttgtca 10421403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10417889 - 10417474
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||  ||    |||  ||| ||  ||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  10417889 aacattgggtggtactcttggaccatccttgggaaatctaacatttctcagaatacttaaacttaaaaaagttgacttgtatggtaaaattccaaaacaa 10417790  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
     |||||| |||||| ||||||| ||||||||  ||| ||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  10417789 attggtcgtttgaagcgattgcaagttcttgtgttaagatttaaccatcttcaaggagagattcccatagagctcactaattgcacaaatattgaggtaa 10417690  T
Q  217 ttgatttacctttcaataaac---tcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctct-tggtcacaataatctag 312  Q
    |||||||  | || ||| |||   |||  |||||| ||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||   |||  |||   |||| ||||||||||    
T  10417689 ttgattttgcattgaatcaactgatcacaggaagaattcccacatggtttggatcaatgatgcaacttactacattgattctcaagtca-aataatctag 10417591  T
Q  313 ttggtaatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtag 412  Q
    ||||||  ||||||||| || | |||||| ||||||||||  ||| |||    ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10417590 ttggtaccattccatctaccttgggaaatgtttcatcactacaaacactagattttacagaaaatcacttggaaggaagcataccttattctttgggtag 10417491  T
Q  413 gttgtcagttttgacat 429  Q
    ||||||||  |||||||    
T  10417490 gttgtcaggcttgacat 10417474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 439
Target Start/End: Original strand, 35404572 - 35404997
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||  ||  ||    |||  ||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  35404572 aacattgggtggcactcttggaccatcattgggaaatctaacctttcttacaattctaaaacttagaaaggtcaacttgtatggtggaattccaaaacaa 35404671  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaa 216  Q
    ||||||  |||||| ||||||| ||||||| ||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  35404672 gttggttgtttgaagcgattgcaagttctttacttagaccaaaaccatcttcaaggagagattcccatagagctctctaattgctcaaatatcaaggtaa 35404771  T
Q  217 ttgatttacctttcaataaac---tcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagt 313  Q
    || ||||  |  |||||  ||   |||  |||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||   |||| | | |||  |||| |||| ||    
T  35404772 ttaattttgcactcaatggactgatcaccggaagagttcccacatggtttggatcaatgatgcaacttactaaattgtatttaggtgccaatgatctggt 35404871  T
Q  314 tggtaatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtagg 413  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || | ||  || || || |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35404872 tggtactattccatcttccctagcaaatttttcatcactccaattgctagcacttccagaaaatcactttgaaggaagcataccttattctttgggtagg 35404971  T
Q  414 ttgtcagttttgacatggctgtctct 439  Q
    ||||||  ||||||||  ||||||||    
T  35404972 ttgtcaagtttgacatatctgtctct 35404997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 419
Target Start/End: Original strand, 35364858 - 35365256
Alignment:
Q  24 ggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtc 123  Q
    ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35364858 ggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtc 35364957  T
Q  124 ttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaa---caatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaattga 220  Q
     |||||| ||  ||| | ||||| |||||   |||||   ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |    
T  35364958 gtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacagcaaacttcaaggagagattcctatggagctcactaattgctcaaatatcaaagtaattaa 35365057  T
Q  221 tttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtcacaataatctagttggtaat 320  Q
    | |    |||||| |||||||||||||| ||||  ||   |||||||||||||||||||| | | | |||   ||  ||  ||||||||||||||||| |    
T  35365058 tctgggcttcaatcaactcattggaagaattccgacaaggtttgggtcaatgatgcaactcattcgattgaaactccgtggcaataatctagttggtact 35365157  T
Q  321 attccatcttccctaggaaatatttcatcact-caaaatactttcattttcacaaaatcgcttggaaggaagcataccatattctttgggtaggttgtca 419  Q
    || ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||| || ||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  35365158 atcccatcctccctaggaaatgtttcatcactccaaaata-tatcacttacacaaaatcacctggaaggaagcatacctgattctttgggtaagttgtca 35365256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 419
Target Start/End: Original strand, 35374463 - 35374799
Alignment:
Q  83 aaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattccc 182  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| || |||||||   ||||||||||| |  ||||||||||||| || ||| ||||     
T  35374463 aaatgttaatttgcatggtgaaattccaagtcaggttggtcgtttaaagcgattgcatcttcttgacttaagcgacaacaatcttcatggtgaggttcct 35374562  T
Q  183 atagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaattgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaactta 282  Q
    || || ||| |||||||||| |  ||||||| ||||  ||||    |||||  |||||  |||||| ||||   ||  ||||||||||||||||||||||    
T  35374563 atggaactctctaactgcacgaccatcaagggaatttttttaggaatcaatcgactcaccggaagaattccgaaatggtttgggtcaatgatgcaactta 35374662  T
Q  283 cttggttgtctcttggtcacaataatctagttggtaatattccatcttccctaggaaatatttcatcact-caaaatactttcattttcacaaaatcgct 381  Q
    ||    ||  ||| | |  ||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||||||| | ||| ||  |||||||| ||    
T  35374663 ctcaactgaatctcgttgccaataatctagttggtactattccatcatccatgggaaatgtttcatcactccaaaata-tatcacttggacaaaatcact 35374761  T
Q  382 tggaaggaagcataccatattctttgggtaggttgtca 419  Q
    || ||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||    
T  35374762 tgaaaggaagaataccttgttctttgggtatgttgtca 35374799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Original strand, 35752808 - 35752996
Alignment:
Q  17 aacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaa 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||   |   ||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||    
T  35752808 aacattgggtggcactcttggaccatctttgggtaatttaacatttctcagattactccgacttagaaatgttaacttgcatggtgaagttccaaaacaa 35752907  T
Q  117 gttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgcacaaa 205  Q
    ||||||  |||||| || |||| |||| |||||||| | |||||||||||| |||||||  |||| |  |||||||  |||||||||||    
T  35752908 gttggttgtttgaagcggttgcaagttgttgacttaagcaacaacaatcttaaaggagaagttcctaccgagctcaaaaactgcacaaa 35752996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 151
Target Start/End: Original strand, 35421666 - 35421793
Alignment:
Q  24 ggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtc 123  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||   ||| |||   ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  35421666 ggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtc 35421765  T
Q  124 ttttgaaacgattgcgagttcttgactt 151  Q
    |||||||  | |||| ||||||||||||    
T  35421766 ttttgaagaggttgcaagttcttgactt 35421793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 151
Target Start/End: Original strand, 35435011 - 35435138
Alignment:
Q  24 ggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcaaaagctccgcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtc 123  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||   ||| |||   ||||| ||  || | ||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  35435011 ggtggtactcttggaccatccttaggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtc 35435110  T
Q  124 ttttgaaacgattgcgagttcttgactt 151  Q
    |||||||  | |||| ||||||||||||    
T  35435111 ttttgaagaggttgcaagttcttgactt 35435138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 177 - 223
Target Start/End: Original strand, 35385043 - 35385089
Alignment:
Q  177 attcccatagagctcactaactgcacaaatatcaaggtaattgattt 223  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  35385043 attcctatagagatcactaactgcacaaatatccaggtaattcattt 35385089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 419
Target Start/End: Original strand, 13563438 - 13563758
Alignment:
Q  101 tgaaattccaacacaagttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagctcactaactgc 200  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||||  |||||| | |||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||    
T  13563438 tgaaattccaaaagaagttggtcgtttgaagtgattgcaaattcttgacttaaaaaagaacaatattcaaggagagattccgatagagctcgctaattgc 13563537  T
Q  201 acaaatatcaaggtaattgatttacctttcaataaactcattggaagagttcctgcatactttgggtcaatgatgcaacttacttggttgtctcttggtc 300  Q
    || ||||||||| |||||||| |      |||| |||||| ||||||||||||    |  |||| |||||||||||| ||||||  ||||  ||||| |     
T  13563538 actaatatcaagataattgatatgtggagcaatcaactcactggaagagttcccatgtggtttgagtcaatgatgcagcttactatgttgcttcttgatg 13563637  T
Q  301 acaataatctagttggtaatattccatcttccctaggaaatatttcatcactcaaaatactttcattttcacaaaatcgc--ttggaaggaagcatacca 398  Q
     |||||||||||||| || ||| ||| ||||| | || |||||||| || ||| ||    |  ||||| || | |||| |  |||||||||||||||||     
T  13563638 gcaataatctagttgatactatcccaccttccttggggaatatttcgtctctccaacacataacatttgcatataatcacttttggaaggaagcatacct 13563737  T
Q  399 tattctttgggtaggttgtca 419  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13563738 tattctttgggtaggttgtca 13563758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29625246 - 29625129
Alignment:
Q  91 acttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaaacgattgcgagttcttgacttaggaaacaacaatcttcaaggagagattcccatagagct 190  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||| | | ||  ||||||  |||||    | ||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  29625246 acttgcatggtgaaattccaagtcaagttggccgtttgaagcaactggaagttctcaacttaaccgataacaaacttcaaggagagattcctacagagct 29625147  T
Q  191 cactaactgcacaaatat 208  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  29625146 cacaaactgcacaaatat 29625129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University