View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7309_high_23 (Length: 270)

Name: NF7309_high_23
Description: NF7309
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7309_high_23
NF7309_high_23
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (17-252)||(11170603-11170838)
chr6 (22-252)||(11275992-11276222)
chr6 (32-252)||(11209440-11209660)
chr6 (17-248)||(11196756-11196987)
chr6 (17-248)||(11199921-11200152)
chr6 (17-252)||(11161170-11161405)
chr6 (17-248)||(11156303-11156534)
chr6 (110-252)||(11241346-11241488)
chr6 (22-252)||(11133032-11133262)
chr6 (37-197)||(11314688-11314848)
chr6 (17-63)||(11241511-11241557)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (17-252)||(921-1153)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-102)||(12528558-12528622)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Original strand, 11170603 - 11170838
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  11170603 tcgagtttatgttttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccagtggccttaa 11170702  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170703 cattgatatcaccattctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 11170802  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170803 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 11170838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 22 - 252
Target Start/End: Original strand, 11275992 - 11276222
Alignment:
Q  22 tttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaacattg 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  11275992 tttatgcttcctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctccaatggccttaacattg 11276091  T
Q  122 atatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcaagt 221  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  11276092 atatcaccattctcaaaagtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaatatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcgtgt 11276191  T
Q  222 caaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||    
T  11276192 taaagccatatgcaattgcagctgcagtagg 11276222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 32 - 252
Target Start/End: Original strand, 11209440 - 11209660
Alignment:
Q  32 ctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaacattgatatcaccat 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||    
T  11209440 ctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcctgcaatagccttaacattgatatcaccat 11209539  T
Q  132 tctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcaagtcaaggccata 231  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  11209540 cctcaaatgtgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaatatgaaaacatttctacgtccatgattaaatggtttcatgccaaagccata 11209639  T
Q  232 tgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  11209640 tgcaattgcagctgcagtagg 11209660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 248
Target Start/End: Original strand, 11196756 - 11196987
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    |||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| |||||||    
T  11196756 tcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaa 11196855  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  11196856 cattgatagcaccgttctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcaaaaatgaaaacatgtctacatccatgattaaaaggttt 11196955  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcag 248  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11196956 catgtcaagaccatatgcaattgcagctgcag 11196987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 248
Target Start/End: Original strand, 11199921 - 11200152
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    |||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| |||||||    
T  11199921 tcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaa 11200020  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11200021 cattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacatccagagtaccaccacctaaataaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaaaggttt 11200120  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcag 248  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11200121 catgtcaagaccatatgcaattgcagctgcag 11200152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Original strand, 11161170 - 11161405
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    |||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||| |||||||    
T  11161170 tcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccctaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaa 11161269  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  11161270 cattgatagcaccaatctcaaatgtgagaatagacacgtccaaagtaccaccacctaaataaaaaatgaaaacatgtatacatccatgattaaaaggttt 11161369  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
    || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11161370 catgtcaagaccatatgcaattgcatctgcagtagg 11161405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 248
Target Start/End: Original strand, 11156303 - 11156534
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| |||||||    
T  11156303 tcgattttatacttcctcgagaactcattcacaaaatggttcaccattgtattatcaaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctcctgcaatcgccttaa 11156402  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  11156403 cattgatagcacctttctcaaatgtgagaatggacacgtccaaagtaccacctcctaaatcaaaaatgaaaacatgtttacatccatgattaaaaggttt 11156502  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcag 248  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11156503 catgtcaagaccatatgcaattgcagctgcag 11156534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 110 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 11241488 - 11241346
Alignment:
Q  110 gccttaacattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaa 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  11241488 gccttaacattgatagcaccattctcaaatgtgagaatggacacgtccagagtaccaccacctaaatcgaaaattagaacatgtctacatccatgattaa 11241389  T
Q  210 atggtttcaagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
      | ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11241388 gagttttcatgttaaggccatatgcaattgcaactgcagtagg 11241346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 252
Target Start/End: Original strand, 11133032 - 11133262
Alignment:
Q  22 tttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaacattg 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||| |||    ||    
T  11133032 tttatgcttcctcaagaactctttcacgaaatggttcaccattgtgttatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtatctccagcagtggctttagtggtg 11133131  T
Q  122 atatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggtttcaagt 221  Q
    ||  ||   || || ||||| |||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||| | ||    |||||||||| ||||||  ||    
T  11133132 attccattcttatcgaatgtgagaatagacacatccaatgtaccacctcctaaatcaaaaacaaaaacatgtttatggtcatgattaaacggtttcttgt 11133231  T
Q  222 caaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  11133232 caagaccatatgcaattgcagctgctgtagg 11133262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11314848 - 11314688
Alignment:
Q  37 gaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaacattgatatcaccattctca 136  Q
    |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||   || |||| |||| |||||  |||||||||||    
T  11314848 gaacacttccacaaaatatttcaccattgtattattgaagtcttgtcccccaaggtgagtgtctccgccaacggccctaactttgatggcaccattctca 11314749  T
Q  137 aatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctac 197  Q
    | ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||    
T  11314748 agtgtgagaatagacacatccaaagtaccgccacccaaatcgaagatgaaaacatttctac 11314688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 11241557 - 11241511
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccat 63  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11241557 tcgattttatacttcctcgagaactctttcacaaaatggttcaccat 11241511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 252
Target Start/End: Original strand, 921 - 1153
Alignment:
Q  17 tcgagtttatgctttctcaagaactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctccattaatggccttaa 116  Q
    |||| ||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||   ||| |||||||    
T  921 tcgattttatacttccttaagaacactttcacaaaatggttcaccattgcgttatcaaagtcttgccccctgaggtgagtgtctcctacaatagccttaa 1020  T
Q  117 cattgatatcaccattctcaaatgttagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctacatccatgattaaatggttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||     |||||||    
T  1021 cattgatatcaccattctcaaatttgagaacagacacgtccaaagtaccaccacctaagtcaaaaatgaaaacatttctatgtccatg---tgatggttt 1117  T
Q  217 caagtcaaggccatatgcaattgcagctgcagtagg 252  Q
       ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1118 tgtgtcaaagccatatgcaattgcagctgcagtagg 1153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 102
Target Start/End: Original strand, 12528558 - 12528622
Alignment:
Q  38 aactctttcacaaaatggttcaccattgcattatcaaagtcttgtcccccgaggtgagtgtctcc 102  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  |||||||||||| | ||| || ||||||||||||||    
T  12528558 aactctttcacaaagtgattcaccattcgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtctcc 12528622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University