View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7311_low_18 (Length: 433)

Name: NF7311_low_18
Description: NF7311
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7311_low_18
NF7311_low_18
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-433)||(9336155-9336579)
chr1 (9-433)||(9363062-9363486)
chr1 (57-433)||(9243572-9243964)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (319-433)||(556-667)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (319-433)||(15911438-15911549)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 433
Target Start/End: Original strand, 9336155 - 9336579
Alignment:
Q  8 ggctagattattctcactccaataaatgaggcacaagactagtaggaaactgtctttctaaggggtcaaagtcattatagcattgacctggacttggaaa 107  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336155 ggctagactattctcactccaataaatgaggcacaagactagtaggaaactgtctttctaaggg-tcaaagtcattatagcattgacctggacttggaaa 9336253  T
Q  108 ttttggttgtctagcacttcgatttacccttggaggaatatgcaaattaatgatatatagctaagagaatcaagctcgacacaaccttagtcacacatag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336254 ttttggttgtctagcacttcgatttacccttggaggaatatgcaaattaatgatatatagctaagagaatcaagctcgacacaaccttagtcacacatag 9336353  T
Q  208 aaagatacgaaatgatttgcagtcacaatactttttccttgatgatcatgataacaataacattagtgctaataccgctgcatgggaatgcccagaaaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9336354 aaagatacgaaatgatttgcagtcatattactttttccttgatgatcatgataacaataacattagtgctaataccgctgcttgggaatgcccagaaaat 9336453  T
Q  308 ccctactattagatgtcccttcaatttatcttgtaaccatcataacaagaagattcttgacataccttcttatccgatacgtataaaactcctcataaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  9336454 ccctactattagatgtccctttaatttatcatgtaaccatcataacaagaagattcttgaaataccttcttatccagtacctataaaactcctcataaat 9336553  T
Q  408 cacattaactacacatcgcaagtatt 433  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  9336554 tacattaactacacatcgcaagtatt 9336579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 433
Target Start/End: Original strand, 9363062 - 9363486
Alignment:
Q  9 gctagattattctcactccaataaatgaggcacaagactagtaggaaactgtctttctaaggggtcaaagtcattatagcattgacctggacttggaaat 108  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9363062 gctagactattctcaccccaataaatgaggcactagactagtaggaaactgtctttctaagga-tcaaagtcattatagcattgacctggccttggaaat 9363160  T
Q  109 tttggttgtctagcacttcgatttacccttggaggaatatgcaaattaatgatatatagctaagagaatcaagctcgacacaa-ccttagtcacacatag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||| ||| ||||||||||||    
T  9363161 tttggttgtctagcacttcgatttacccttggaggaatatgcaaattaatgataaatagctaagaggatcaaacacgacacaaacctcagtcacacatag 9363260  T
Q  208 aaagatacgaaatgatttgcagtcacaatactttttccttgatgatcatgataacaataacattagtgctaataccgctgcatgggaatgcccagaaaat 307  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9363261 aaagatacaaaatgatttgcagtcacattactttttccttgatgatcatgataacaataacattagtgctaataccgcttcttgggaatgcccagaaaat 9363360  T
Q  308 ccctactattagatgtcccttcaatttatcttgtaaccatcataacaagaagattcttgacataccttcttatccgatacgtataaaactcctcataaat 407  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  9363361 ccctactattggatgtcccttcaatttatcatgtaaccatcataacaagaagattcttgaaataccttcttatccaattcctataaaactcctcataaat 9363460  T
Q  408 cacattaactacacatcgcaagtatt 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  9363461 cacattaactacacatcgcaagtatt 9363486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 57 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 9243964 - 9243572
Alignment:
Q  57 ctgtctttctaaggggtcaaagtcattatagcattgacctggacttggaaattttggttgtctagcacttcgattt------acc-----------cttg 139  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |      | |           ||||    
T  9243964 ctgtctttctcaggg-tcaaactcatcatagcattgacctggacttggaaattttggttgtctagcacttcgaagtcatcatagcattggcgtggacttg 9243866  T
Q  140 gaggaatatgcaaattaatgatatatagctaagagaatcaagctcgacacaaccttagtcacacatagaaagatacgaaatgatttgcagtcacaatact 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9243865 gaggaatatgcaaattaatgatatatagctaagagaatcaagctagatacaacctcactcacacatagaaagatatgaaatgatttgcagtcacaatact 9243766  T
Q  240 ttttccttgatgatcatgataa---caataacattagtgctaataccgctgcatgggaatgcccagaaaatccctactattagatgtcccttcaatttat 336  Q
    |||||||| |||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||    
T  9243765 ttttccttcatgatcattataacagcaataacattagtgctaataccgctgcttgggaatgcccagaaaatccctaccattggatgtcccttcaaactat 9243666  T
Q  337 cttgtaaccatcataacaagaagattcttgacataccttcttatccgatacgtataaaactcctcataaatcacattaactacacatcgcaagtatt 433  Q
    ||||||||   |||||||| |||||||||||  ||||| |||||||  | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9243665 cttgtaac---cataacaacaagattcttgaactacctgcttatccagtccctataaaactcctcataagtcacattaactacacatcgcaagtatt 9243572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 433
Target Start/End: Original strand, 556 - 667
Alignment:
Q  319 gatgtcccttcaatttatcttgtaaccatcataacaagaagattcttgacataccttcttatccgatacgtataaaactcctcataaatcacattaacta 418  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||| |||||||||   |||||||  ||||| |||||||  | |  ||||||||||||||||    |||||||||    
T  556 gatgtcctttcaatctatcttgtacacatgataacaaga---ttcttgaactacctgcttatccagtcccaataaaactcctcataagggtcattaacta 652  T
Q  419 cacatcgcaagtatt 433  Q
    |||||||||||||||    
T  653 cacatcgcaagtatt 667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 319 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15911549 - 15911438
Alignment:
Q  319 gatgtcccttcaatttatcttgtaaccatcataacaagaagattcttgacataccttcttatccgatacgtataaaactcctcataaatcacattaacta 418  Q
    ||||||| |||||| |||||||||  ||| |||||||||   |||||||  ||||| |||||||  | |  ||||||||||||||||    |||||||||    
T  15911549 gatgtcctttcaatctatcttgtacacatgataacaaga---ttcttgaactacctgcttatccagtcccaataaaactcctcataagggtcattaacta 15911453  T
Q  419 cacatcgcaagtatt 433  Q
    ||||||||| |||||    
T  15911452 cacatcgcatgtatt 15911438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University