View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7317_low_16 (Length: 409)

Name: NF7317_low_16
Description: NF7317
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7317_low_16
NF7317_low_16
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-398)||(2865337-2865734)
chr6 (1-398)||(2884527-2884924)
chr6 (1-398)||(2859952-2860349)
chr6 (1-388)||(2909395-2909781)
chr6 (1-379)||(2832688-2833066)
chr6 (1-379)||(2842554-2842932)
chr6 (1-379)||(2829148-2829526)
chr6 (16-379)||(14578259-14578622)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (41-367)||(1801152-1801475)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (213-283)||(6318517-6318587)
chr4 (222-361)||(44396419-44396558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (86-142)||(2178195-2178251)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 2865337 - 2865734
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865337 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 2865436  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865437 ctcggcaacatcagctggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 2865536  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865537 agaaccttgaatgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 2865636  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgcttttccttttctct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2865637 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgcttttccttttctct 2865734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 2884527 - 2884924
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884527 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagactcagcatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 2884626  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884627 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 2884726  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884727 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 2884826  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgcttttccttttctct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2884827 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgcttttccttttctct 2884924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 2859952 - 2860349
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2859952 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 2860051  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860052 ctcggcaacatcagctggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 2860151  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2860152 agaaccttgaacgcttgatagctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 2860251  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgcttttccttttctct 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2860252 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttaccttgcttttccttttctct 2860349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Original strand, 2909395 - 2909781
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  || ||| |||||||||||||||    
T  2909395 ttgcatcctccttttcctttttctttgaaatctcaagagattgaatcaaattcttcacgcaagtctcaacatcttcaatgatcgtctttggcatcaaatt 2909494  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2909495 ctcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcatcatgagactcaacatctaagtagttctttgca 2909594  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2909595 agcatcttgaacacttgatagctacaataggacatttcaatgtgcatatccatccttcccctccttataagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 2909694  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattgctttt 388  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| || |||||    
T  2909695 ttgtg-aaattatgatcctttctcctccacatgttgaccaaattccatcaataaaattcaacaaacccgaatgtgttacctttctttt 2909781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 2832688 - 2833066
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2832688 ttgcttcctcctcatcctttttctttgcaatctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaactttcaaaatcttcagtgattgactttggcatcaaatt 2832787  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  | |||    
T  2832788 ctcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcatcatgagtctcaacatctaagtagtttcttgca 2832887  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2832888 agaaccttgaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccattcttcccctccttataagagcaggatcaagtttgtccacaaaatttg 2832987  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 379  Q
    ||||||||||||| ||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  2832988 ttgtgaaaattattatcctctctgatccacatgctgaccaaattccatcaatgaaattcaacaaaccagaaagagttac 2833066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 2842932 - 2842554
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2842932 ttgcttcctcctcatcctttttctttgcaatctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaactttcaaaatcttcagtgattgactttggcatcaaatt 2842833  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
     || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||  | |||    
T  2842832 ttcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctcttccaacaacttttcaataattggaaataaatcatcatgaaactcaacatctaagtagtttcttgca 2842733  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2842732 agaaccttaaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccattcttcctctccttataagagcaggatcaagtttatccacaaaattag 2842633  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 379  Q
    ||||||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2842632 ttgtgaaaattatgatcctctctgatccacatgctgaccaaattccatcaataaaattcaacaaacccgaaagagttac 2842554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 2829526 - 2829148
Alignment:
Q  1 ttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaatt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| ||||||     | |||||||||||||||||    
T  2829526 ttgcttcctcctcatcctttttctttgcattctcaagagattgaatcaaactcttcaaacaagtttcaaaatcttcatcaattgactttggcatcaaatt 2829427  T
Q  101 ctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagca 200  Q
     || |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||    
T  2829426 ttcagcaacatcagcaggtgtcatattagtcttttccaacaatttttcaataattggaaataaatcatcatgagactcaacatcccaatagttctttgca 2829327  T
Q  201 agaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattag 300  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2829326 agcaccttgaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccatccttcccctcctaattagggcaggatcaagtttgtccacaaaatttg 2829227  T
Q  301 ttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 379  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  2829226 ttgtgaaaattatgatcctctctcctccacatgcagaccaaatcccatcaataaaattcaacaaaccagaaagagttac 2829148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 14578622 - 14578259
Alignment:
Q  16 ccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagc 115  Q
    |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |   | || |||||||||||||| || |||||||| ||    
T  14578622 cctttttctttgcattctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaagtttcaagatcttcagcaattgattttggcatcaaattttcagcaacatctgc 14578523  T
Q  116 aggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgct 215  Q
    |||||  |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||    
T  14578522 aggtgttatattagtctctcctattaacttttcaataattggaaacaaaccatcatgagactcaacatcccaataattctttgcaagcactttgaatgct 14578423  T
Q  216 tgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatga 315  Q
    | ||| |||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  14578422 tcatagctacaatatgacatttcaatatgcatatccatccttcccctcctaataagagcatgatcaagtttatccacaaagttggttgtgaaaattatga 14578323  T
Q  316 tccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 379  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  14578322 tcctttctcctccacatgccgaccaaattccatcgataaaattcaacaaaccagaaagagttac 14578259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 1801475 - 1801152
Alignment:
Q  41 ttgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaac 140  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||  |    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |  || |||||    
T  1801475 ttgaatcaaattcttcaaactagtctcgacatcttcattcacagacttaggcatcaaattctcagcaacatcagcaggtgtcatattaataacttccaac 1801376  T
Q  141 aacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttcta 240  Q
    || |   ||||      |||||||| |   || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||| || |||| | | | |||||| || |  || |    
T  1801375 aaatcaccaatttcatcaaacaaataa---tgtgactcaatatccaaataattcttaacaagaaccttaaaagcttcaaaacaacaataagataactcaa 1801279  T
Q  241 tgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgacca 340  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||| |  |||||    
T  1801278 cgtgtttatccatccttcctgtcctaataagagctggatcaagtttctccacaaaattcgtcgtgaaaattataatcctctcccctccacacgcggacca 1801179  T
Q  341 aattccatcaatagaattcaacaaacc 367  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  1801178 aattccatcaataaaattcaataaacc 1801152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 213 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 6318587 - 6318517
Alignment:
Q  213 gcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaag 283  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6318587 gcttgatagctacaataagacatttctatgttcttatccatccttcccctcctgatgagagcaggatcaag 6318517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 222 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 44396558 - 44396419
Alignment:
Q  222 ctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgtt 321  Q
    |||||||| || | ||| || ||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||  || | || ||    
T  44396558 ctacaataagaaagttcaatatgtttgtccattctacccctccttataagtgcaggatcaagcttctccacataatttgttgtgaaaacaattaaccttt 44396459  T
Q  322 ctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaa 361  Q
    | |||||||| | |||||| || ||||||||  |||||||    
T  44396458 cacctccacaagctgaccatataccatcaatgaaattcaa 44396419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 86 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 2178251 - 2178195
Alignment:
Q  86 ctttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaa 142  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  2178251 ctttggcatcaaattttcagcaacatcagctggtgtcatattagtctctaccaacaa 2178195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University