View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7320_high_20 (Length: 336)

Name: NF7320_high_20
Description: NF7320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7320_high_20
NF7320_high_20
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (2-320)||(30079024-30079342)
chr2 (2-320)||(30135953-30136271)
chr2 (2-320)||(30020618-30020936)
chr2 (2-320)||(30039759-30040077)
chr2 (2-320)||(30109237-30109555)
chr2 (2-320)||(30233897-30234215)
chr2 (1-320)||(30102707-30103026)
chr2 (2-280)||(30120976-30121254)
chr2 (2-316)||(30221363-30221677)
chr2 (2-316)||(30009339-30009653)
chr2 (25-316)||(30277171-30277462)
chr2 (2-316)||(30065836-30066150)
chr2 (25-316)||(30186824-30187115)
chr2 (35-312)||(30249581-30249858)
chr2 (35-320)||(30168856-30169141)
chr2 (35-316)||(30787931-30788206)
chr2 (167-262)||(31803250-31803345)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (180-316)||(30271385-30271521)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Original strand, 30079024 - 30079342
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079024 cactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30079123  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30079124 agtaggaagatgataaagatgatgcaaacgatttctgaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaatcacagtta 30079223  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079224 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 30079323  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30079324 gtatggaatgggtggtgtg 30079342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30136271 - 30135953
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136271 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30136172  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30136171 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctgaaatcgtagcaaaaggaagttttgataaaatttcctaccgtgctgcttctcaaattacagtta 30136072  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136071 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttaaatgaaattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 30135972  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30135971 gtatggaatgggtggtgtg 30135953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Original strand, 30020618 - 30020936
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020618 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30020717  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30020718 agtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaaagaagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagtta 30020817  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020818 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactgacattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 30020917  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  30020918 gtatggaataggtggtgtg 30020936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30040077 - 30039759
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30040077 cactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30039978  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30039977 agtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagtta 30039878  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30039877 tgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatattcattgttggggt 30039778  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30039777 gtatggaatgggtggtgtg 30039759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30109555 - 30109237
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30109555 cactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30109456  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30109455 agtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagtta 30109356  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30109355 tgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatattcattgttggggt 30109256  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30109255 gtatggaatgggtggtgtg 30109237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30234215 - 30233897
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30234215 cactgttgcggaggcaaatgaacttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30234116  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30234115 agtaggaagatgataaagatgatgcaaaagatttctgaactcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgtgctgcttctcaaatcacagtta 30234016  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30234015 tgccgtttggtagaggttatgaggcccttgaatcaagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatattcattgttggggt 30233916  T
Q  302 gtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30233915 gtatggaatgggtggtgtg 30233897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30103026 - 30102707
Alignment:
Q  1 tcactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagct 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103026 tcactgttgctgatgcaaatgaatttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagct 30102927  T
Q  101 aagtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtt 200  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  30102926 aagtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaaagaagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagtt 30102827  T
Q  201 acgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttgggg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30102826 acgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgtttaatgatattatactgtcattgaaggatcctagcatcttcattgttgggg 30102727  T
Q  301 tgtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  30102726 tgtatggaattggtggtgtg 30102707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 2 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 30121254 - 30120976
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121254 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgttctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 30121155  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  30121154 agtaggaagatgacaaacatgatgcaaacgatttctgaactcgtagcagaaagaagttttgataaaatttcataccgtgctgcttctcaaatcacagtta 30121055  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcc 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30121054 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactgacattgaaggatcc 30120976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 316
Target Start/End: Original strand, 30221363 - 30221677
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    ||||||||| || |||||  || ||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || ||     
T  30221363 cactgttgctgaggcaaagaaacttattgacactcagggccatgaaaaatctcaatgttctatgagatattttcccaatctgtgcacaaggcatcaactg 30221462  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    |||| ||| |  | ||||||||| ||   ||||||| || |  | ||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||| |||||||| | ||||| |    
T  30221463 agtaggaaaagcaaaaagatgatacatgagatttctgaagttctcgcagaaggaaaatttgacagaatttcttaccgtgcttcttctcaattgacagtca 30221562  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    |||| || ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||  ||| |||    
T  30221563 cgccatttggtcgaggttatgaggccctggactccagaacatcaatgttgaatgagattatgctggcattgaagaatcctaacatcttcatgattgcggt 30221662  T
Q  302 gtatggaatgggtgg 316  Q
    |||||| ||||||||    
T  30221663 gtatgggatgggtgg 30221677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 316
Target Start/End: Original strand, 30009339 - 30009653
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    |||| |||| || |||||| || | ||||||| ||||| || ||||| || |||| | |||||| || | ||||||||| || |||||||||| |||||     
T  30009339 cacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaataggtcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgcgcacaaggcatcagctg 30009438  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    || |||||||| | ||||||||| |||| ||||||| || || ||| ||||||||  ||||| | ||| |||||||| ||| |||  ||| | ||| | |    
T  30009439 agcaagaagattaaaaagatgatacaaaagatttctgaagtcatagtagaaggaaaatttgacagaatatcttaccgtgcttctttgcaagtaacaatca 30009538  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    | || |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||    
T  30009539 caccattcggtagaggttatgaggccctgcactcaagaacatcaatgctgaatgagattatgcttgcattgaaggatcctaacatcttcattattggtgt 30009638  T
Q  302 gtatggaatgggtgg 316  Q
    |||||| ||||||||    
T  30009639 gtatgggatgggtgg 30009653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 25 - 316
Target Start/End: Original strand, 30277171 - 30277462
Alignment:
Q  25 ttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgat 124  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || || ||| ||| |||||||||||| || || |||||||  | ||||   ||    
T  30277171 ttattgacacagaaggccatgcaaaagctcaatgttccatgggacacttccctaatctgtacacaaggcaccaacttagcaagaagaccaaaaaggcaat 30277270  T
Q  125 gcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgag 224  Q
     |||  ||||||| |  || ||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||| ||| |||||||     
T  30277271 acaagagatttctgatgtcctagaagaaggaaaatttgagagaatttcttaccgcactgcttctcaagtcacagtcacaccgttcgggagaagttatgaa 30277370  T
Q  225 gcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgggtgg 316  Q
    ||||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| || || |||| ||||| ||||||||    
T  30277371 gccctggactctaggacatcaatgttgaatgagattatgctggtattgaaggatcctaacatcttcgttattagggtctatgggatgggtgg 30277462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 316
Target Start/End: Original strand, 30065836 - 30066150
Alignment:
Q  2 cactgttgcagatgcaaatgaaattattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagcta 101  Q
    |||| |||| || |||||| || | ||||||| ||||| || ||||| || |||| | |||||| || | ||||||||| || |||||||||| |||||     
T  30065836 cacttttgcggaggcaaataaactaattgacaatgaagaccttgcaataggtcaacgttctatgcgaaactttcccaatctgagcacaaggcatcagctg 30065935  T
Q  102 agtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagtta 201  Q
    || |||||||| | ||||||||| |||| ||||||| || || ||| ||||||||  ||||| | ||| |||||||| ||| |||  ||| | ||| | |    
T  30065936 agcaagaagattaaaaagatgatacaaaagatttctgaagtcatagtagaaggaaaatttgacagaatatcttaccgtgcttctttgcaagtaacaatca 30066035  T
Q  202 cgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggt 301  Q
    | || |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||  |||| ||    
T  30066036 caccattcggtagaggttatgaggccctgcactcaagaacatcaatgctgaatgagattatgcttgcattgaaggatactaacatcttcataattggtgt 30066135  T
Q  302 gtatggaatgggtgg 316  Q
    |||||| ||||||||    
T  30066136 gtatgggatgggtgg 30066150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 25 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 30187115 - 30186824
Alignment:
Q  25 ttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgat 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||  |||||||| |||||||||||||||| || || | | |||  | |||||||      
T  30187115 ttattgacagtgaaggccatgcaaaagctcagtgctctatgggccaccttcccaatctgtgcacaaggcaccaactgagcagggagaccaaaaagatgtc 30187016  T
Q  125 gcaaacgatttctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgag 224  Q
    ||||   |||||||| ||| |||| || ||||  || || ||| ||||||||||  ||||||| ||| | |||||  || | || |||||||||||||||    
T  30187015 gcaagatatttctaatatcctagccgatggaaaattcgacaaagtttcttaccgtactgcttcgcaagtgacagtctcgtcatttggtagaggttatgag 30186916  T
Q  225 gcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgggtgg 316  Q
    ||  | || |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| || ||||| ||||||||    
T  30186915 gctttggactccagaacattagtgttggatgagattatgctggcattgaaggatcctaacttcttcattattggtgtttatgggatgggtgg 30186824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 312
Target Start/End: Original strand, 30249581 - 30249858
Alignment:
Q  35 tgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatt 134  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||  | |||||||   |||  ||||    
T  30249581 tgaaggtcatgcaaaagctcagtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaagaacaaaaagatgtcacaagagatt 30249680  T
Q  135 tctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaat 234  Q
    ||| || || | ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |  |||| | ||| ||  |||||||||||| |||||| || |    
T  30249681 tctgaagtcctcgcacaaggaaaatttgacaaaatttcttaccgttctgcttctcaagtggcagtcaagccatttagtagaggttatggggccctggact 30249780  T
Q  235 ccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgg 312  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30249781 ctagcacatcaatgttgagtgagattatgatggcattgaataatcctaacatcttcattattggggtgtatgggatgg 30249858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 35 - 320
Target Start/End: Original strand, 30168856 - 30169141
Alignment:
Q  35 tgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatt 134  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||  | |||  | || |||  ||||    
T  30168856 tgaaggccatgcaaaagttcaatgttctataggacactttcccaatctgtgcacaaggcaccagctgagcaggaagaccaaaaacttaatacaagagatt 30168955  T
Q  135 tctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaat 234  Q
    ||| || || ||||||||||||  ||||| | ||||||||||||   |||||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||||||| || || |    
T  30168956 tctgaagtcctagcagaaggaaaatttgacagaatttcttaccgtcttgcttctcaagtgacagtctcgccattttgtagaggttatgaggctctggatt 30169055  T
Q  235 ccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgggtggtgtg 320  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |  ||| ||| ||| | || | |||||||||   ||||||||| || ||||||||||||    
T  30169056 caagaacatcaatgttgaatgagattctgatggaattaaagaaccccaacatcttcataagtggggtgtacgggatgggtggtgtg 30169141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 316
Target Start/End: Original strand, 30787931 - 30788206
Alignment:
Q  35 tgaaggccatgcaaaagctcaatgctctatgagacattttcccaatttgtgcacaaggcaccagctaagtaagaagatgataaagatgatgcaaacgatt 134  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||| |||| |||||||| || ||||| | |||||  | |||||||   |||  ||||    
T  30787931 tgaaggtcatgcaaaagctcagtgttctatgagacactgtcccaatctgtgtacaaggcatcaactaagcaggaagaacaaaaagatgtcacaagagatt 30788030  T
Q  135 tctaaaatcgtagcagaaggaagttttgataaaatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaat 234  Q
    ||| || || | ||||||||||  ||  | |||||||||||||| |||||||||| | | ||| | | ||| ||   |||   |||||||||| | || |    
T  30788031 tctgaagtcctggcagaaggaaaattctacaaaatttcttaccgtgctgcttctcgagtgacaatcaagccatt---tag---ttatgaggccttggact 30788124  T
Q  235 ccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatcctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgggtgg 316  Q
    |||  ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  30788125 ccaacacatcaatgttgagtgagattatgctagcattgaagaatcctaacatcttcattattggggtgtatgggatgggtgg 30788206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 167 - 262
Target Start/End: Original strand, 31803250 - 31803345
Alignment:
Q  167 aatttcttaccgcgctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattat 262  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||| |||||    
T  31803250 aatttcttaccgtggtgcttctaaaatcacaattacgccattcagtagaggttatgaggctctagattctagaacatcaatgttgcatgaaattat 31803345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 180 - 316
Target Start/End: Original strand, 30271385 - 30271521
Alignment:
Q  180 gctgcttctcaaattacagttacgccgttcggtagaggttatgaggcccttgaatccagaacatcaatgttgaatgagattatactggcattgaaggatc 279  Q
    ||||||||||||   || || ||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||    
T  30271385 gctgcttctcaagggacggtcacgccatttggtagaggatatgaggccctagactctagaacatcaatattgaatgagattatgctagaattgaagaatc 30271484  T
Q  280 ctagcatcttcattgttggggtgtatggaatgggtgg 316  Q
    ||| |||||| ||  |||||||| |||| ||||||||    
T  30271485 ctaacatctttatgattggggtgcatgggatgggtgg 30271521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University