View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7320_low_20 (Length: 408)

Name: NF7320_low_20
Description: NF7320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7320_low_20
NF7320_low_20
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-390)||(47299187-47299567)
chr7 (15-390)||(47292585-47292960)
chr7 (15-390)||(47267288-47267663)
chr7 (10-390)||(47242377-47242764)
chr7 (10-390)||(47283250-47283633)
chr7 (10-390)||(47256505-47256888)
chr7 (10-376)||(47278671-47279040)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-390)||(32731048-32731431)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Original strand, 47299187 - 47299567
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattga 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47299187 gatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcgaatgtggtgcattga 47299286  T
Q  110 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaatgg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47299287 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaattg 47299386  T
Q  210 tatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaatgga 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299387 tatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattagaatctccctattccacacaggttgaatgga 47299486  T
Q  310 aggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47299487 aggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccatcgtatggtt 47299567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 15 - 390
Target Start/End: Original strand, 47292585 - 47292960
Alignment:
Q  15 acatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaag 114  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47292585 acatcattcgtacctctttatccgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcaaatgtggtgcattgacgaag 47292684  T
Q  115 gtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaatggtattt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47292685 gtgaaatggaaccaagagacgaagcgcagctatgtcagaagctctaaagaagaaagatcgatgaactagagaagcagtatcttcttccttaatggtattt 47292784  T
Q  215 ggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaatggaaggtc 314  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47292785 ggcgaaaaaatttgtttgtattcaagatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattagaatctccctattccatacaggttgaatggaaggtc 47292884  T
Q  315 gatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  47292885 gatgtgctcctcgagccatttctgcccatgcagtcatgaattgtctcaaaccagctgcatcacccaatgtatggtt 47292960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 15 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 47267663 - 47267288
Alignment:
Q  15 acatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattgacgaag 114  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  47267663 acatcattcgtatctcgtcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtacaatggcgaag 47267564  T
Q  115 gtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaatggtattt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||     | ||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  |  ||||||| |||||| || ||||||    
T  47267563 gtgaaatggaaccaagagacgaagcacaacaatgtctgaagtcctaaagaagaaagattgatgaactagggttgtggtatcttcttccttgattgtattt 47267464  T
Q  215 ggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaatggaaggtc 314  Q
    | ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  47267463 gacgaaaaaatttgttcgtattcatgatggttgcatgtaatgtgtggtgggtctcttgccattagaatctccctattccatacaggttgaatggaaggtt 47267364  T
Q  315 gatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  47267363 tatgtgctcctcgagccatttctgcccaggcattcataaatagtttcaaaccagctccatcgctcattgtatggtt 47267288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 47242764 - 47242377
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaat----gtggtgca 105  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| || ||| |||||||||||| |||    || |||||    
T  47242764 gatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataatatgcagtgataagatcaaattaatgtagtgca 47242665  T
Q  106 ttgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttcctta 205  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||  |||||     ||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||    || |||||||| ||| ||     
T  47242664 atgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcacagctatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttg 47242565  T
Q  206 atg---gtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggtt 302  Q
    |||   |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  47242564 atgtaggtatttggcgaaagtatttgttcgtattcacgatggttgcatgtaatgtatggagggtctcttgccattagaatctccctattccatacaggtt 47242465  T
Q  303 gaatggaaggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47242464 gaatggaaggttgatttgctcctcgagccatttctgcccatgcaatcatgaattgtctcaaaccagctgcatcacccattgtatggtt 47242377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 47283633 - 47283250
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattga 109  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||||||    
T  47283633 gatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactgcaatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattga 47283534  T
Q  110 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta---gagaagcagtatctttttccttaa 206  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| | ||  ||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    || ||||| ||||| ||||||      
T  47283533 cgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatgtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatggactatggtagtagcagcatcttcttccttgt 47283434  T
Q  207 tggtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaat 306  Q
    || |||||| || ||| |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||   ||| || ||||||||    
T  47283433 tgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggttgcaagtaatgcgtggagggtctctagccattaggatctctctgcgccatactggttgaat 47283334  T
Q  307 ggaaggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||||    
T  47283333 ggaaggttgatgtgctcctcgagccatttctgcccagacattcatgaattgtttcaaacctgttgcatcgccaattgcatggtt 47283250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 47256888 - 47256505
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattga 109  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||||  ||    
T  47256888 gatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctacctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcaccga 47256789  T
Q  110 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaatg- 208  Q
      |||||||| |||||||||| ||||||  |  ||||||| ||  | | | |||||||||||||||||||||| |  || |||||||| |||||| |||     
T  47256788 gaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagctatgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgt 47256689  T
Q  209 --gtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaat 306  Q
      |||||||||| ||| |||||||| ||||||  ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  47256688 acgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgatggttgcaagtaatgtatggagggtctcttgccattagaatctccctattccatacaggttgaat 47256589  T
Q  307 ggaaggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  47256588 ggaaggttgatttgctcctcgagctatttctgcccatgcagacacgaattgtcttaaaccagatccatcacccattgtatggtt 47256505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 47279040 - 47278671
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattga 109  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||||||    
T  47279040 gatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactgcaatgcttttgtacggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattga 47278941  T
Q  110 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcag-aagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagta---tctttttcctta 205  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||     ||||||  || ||||  ||||||||||||| ||||||||||  | ||||| |   |||| ||||||     
T  47278940 cgaaggtgaaatggaatcaaacgacgaatctcagctatgcgagtaagcg-taaagaagaaagagtgatggactatggtagcagcaacatcttcttccttg 47278842  T
Q  206 atggtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaa 305  Q
     || |||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  ||||| ||   ||| || |||||||    
T  47278841 ttgatatttgacgaaagtatttgttcgtattcatgatggttgcaagtaacacgtggagggtctcttgccattaggatctctctgcgccataccggttgaa 47278742  T
Q  306 tggaaggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcg 376  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||| | |||||||    
T  47278741 tggaaggttgatgtgctcctcgagccatttctgcccaaacattcataaattgtttcaaacctgttgcatcg 47278671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 32731431 - 32731048
Alignment:
Q  10 gatggacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtgcattga 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||| | |||||||||| ||||| ||||| |||    
T  32731431 gatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcactgataagatcaaatgtagtgcaatga 32731332  T
Q  110 cgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaatg- 208  Q
     ||||||||| ||||||||||  |||||  |  ||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||    || |||||||| ||| || |||     
T  32731331 tgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcgcagctatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttgatgt 32731232  T
Q  209 --gtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggttgcatgtaatgcgtggagggtctcttgccattaaaatctccctattccacacaggttgaat 306  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  32731231 aggtatttggcgaaagtatttgttcgtattcacgatggttgcatgtaatacatggagggtctcttgccattagaatctccctattccatacaggttgaat 32731132  T
Q  307 ggaaggtcgatatgctcctcgagccatttctgcccatgcattcatgaattgtctcaaaccagctgcatcgcccattgtatggtt 390  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32731131 ggaaggttgatttgctcctcgagccatttctgcccatgcagtcatgaattgtctcaaaccagctgcatcacccattgtatggtt 32731048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University