View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7323_low_4 (Length: 542)

Name: NF7323_low_4
Description: NF7323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7323_low_4
NF7323_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-542)||(20956066-20956602)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (12-542)||(27161586-27162122)
chr2 (131-447)||(22910498-22910820)
chr2 (16-226)||(23720136-23720352)
chr2 (16-74)||(22910449-22910507)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-542)||(1976353-1976883)
chr1 (12-542)||(1983719-1984249)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (12-531)||(3619-4144)
scaffold0313 (12-531)||(17776-18301)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (12-531)||(2468-2996)
[»] scaffold1531 (1 HSPs)
scaffold1531 (228-542)||(1373-1685)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (294-447)||(42511-42664)
scaffold0059 (97-154)||(42347-42404)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 20956602 - 20956066
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20956602 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 20956503  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956502 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 20956403  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  20956402 attcacatctgagcttggatcttccacatttagatcaaggccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 20956303  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956302 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 20956203  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||| |||||| |||||    
T  20956202 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcaacagcaacagttgagtcaacattctgaag 20956103  T
Q  506 ttcctcttcagaaattgcagcaacttggggttcatct 542  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20956102 ttcctcttcagagattgcagcaacttggggttcatct 20956066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 542
Target Start/End: Original strand, 27161586 - 27162122
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27161586 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 27161685  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161686 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 27161785  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27161786 attcacatctgagcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 27161885  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161886 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 27161985  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| |||||    
T  27161986 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagcagcagttgagtcaacattctgaag 27162085  T
Q  506 ttcctcttcagaaattgcagcaacttggggttcatct 542  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27162086 ttcctcttcagagattgcagcaacttggggttcatct 27162122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 131 - 447
Target Start/End: Original strand, 22910498 - 22910820
Alignment:
Q  131 attttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgc------acttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaaatctgtgcttgga 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22910498 attttcttgaagttcctgaatcatttaatgagcttcctgaaacacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacattcaaatatgagcttgga 22910597  T
Q  225 tcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctttgagagacaagaa 324  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22910598 tcctccacatttagatcaaagccagtttggttttcagcttgctcaatttcttgagaatccatttcatcatgtccctcactcatcctttgagagacaagaa 22910697  T
Q  325 tttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagca-acttcttgagcagtttgctcagtattttcttcaactt 423  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| | || | |||||  || | || ||||| ||||||||||||||    
T  22910698 tttcagcaacatcatgcatgtcttgatcatcttcctgagatccttcttcagcagcatcaacatatttctt-tgctgctttctcagcattttcttcaactt 22910796  T
Q  424 cattaactttctgaagttgttcag 447  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  22910797 catcaactttctgaagttgttcag 22910820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 23720352 - 23720136
Alignment:
Q  16 cagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacattctg 115  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||| ||    
T  23720352 cagagggcagagatcctgatgcttgaggaatggggtcaactgacatttcattctcctgaggcaagctaggttcagcagttgcatttttctgagcattatg 23720253  T
Q  116 aactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattc 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23720252 aactatgattgcaggattttcttgaagtttctgaatcatttcacgatcttcctgaagcacatcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattt 23720153  T
Q  210 aaatctgtgcttggatc 226  Q
    ||||||| |||||||||    
T  23720152 aaatctgagcttggatc 23720136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 74
Target Start/End: Original strand, 22910449 - 22910507
Alignment:
Q  16 cagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttga 74  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  22910449 cagagggcagagatcctgatgcttgaggaatggggtcaactgacatttcattttcttga 22910507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 542
Target Start/End: Original strand, 1976353 - 1976883
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1976353 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 1976452  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  1976453 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacatgcaa 1976552  T
Q  212 atctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctt 311  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1976553 atctgtgctaggatcttccatatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcgtgtccctcactcattctt 1976652  T
Q  312 tgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 411  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976653 tgagagacaaggatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttataccacaacataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 1976752  T
Q  412 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaagttcctc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1976753 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagcagcagttgagtcaacattctgaagttcctc 1976852  T
Q  512 ttcagaaattgcagcaacttggggttcatct 542  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  1976853 ttcagaaattgcagcaatatggtgttcatct 1976883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 542
Target Start/End: Original strand, 1983719 - 1984249
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1983719 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 1983818  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaa 211  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  1983819 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacatgcaa 1983918  T
Q  212 atctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctt 311  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1983919 atctgtgctaggatcttccatatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcgtgtccctcactcattctt 1984018  T
Q  312 tgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 411  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1984019 tgagagacaaggatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttttgccacatcataagcaacttcttgagcagttggctcagtat 1984118  T
Q  412 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaagttcctc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1984119 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagtatcagttgagtcaacattctgaagttcctc 1984218  T
Q  512 ttcagaaattgcagcaacttggggttcatct 542  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  1984219 ttcagaaattgcagcaatatggtgttcatct 1984249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 4144 - 3619
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4144 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 4045  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4044 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 3945  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  3944 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 3845  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3844 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 3745  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||    
T  3744 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctgaag 3645  T
Q  506 ttcctcttcagaaattgcagcaactt 531  Q
     |||| |||||| ||| || ||||||    
T  3644 gtccttttcagagatttcatcaactt 3619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 18301 - 17776
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18301 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 18202  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18201 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 18102  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18101 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 18002  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18001 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 17902  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||    
T  17901 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctgaag 17802  T
Q  506 ttcctcttcagaaattgcagcaactt 531  Q
     |||| |||||| ||| || ||||||    
T  17801 gtccttttcagagatttcatcaactt 17776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 531
Target Start/End: Original strand, 2468 - 2996
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtttgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2468 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 2567  T
Q  112 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 2667  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttga--ttttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcac 303  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2668 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgtatttttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcac 2767  T
Q  304 tcattcttt-gagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagttt 402  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768 tcattcttttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagttt 2867  T
Q  403 gctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||    
T  2868 gctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctg 2967  T
Q  503 aagttcctcttcagaaattgcagcaactt 531  Q
    ||| |||| |||||| ||| || ||||||    
T  2968 aaggtccttttcagagatttcatcaactt 2996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 228 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 1685 - 1373
Alignment:
Q  228 tccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctttgagagacaagaattt 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1685 tccacatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaatttcttgagaatccatttcatcatgtccctcactcatcctttgagagacaaggattt 1586  T
Q  328 cagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtattttcttcaacttcatt 427  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||   || |  |||||||||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||     
T  1585 cagccacatcatgcatgtcttggtcattttcctgagatgcttcttcaac--tatcaataacttcttgagttgttttctcattatttccttcaacttcatc 1488  T
Q  428 aactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacatcagcaacatcagttgagttaacattatgaagttcctcttcagaaattgcagca 527  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | |  | |||| |||||| |||||||| ||  |||||||| ||| || | ||||||| |||||||||||| ||||    
T  1487 aactttctgaagttgtttagcaggtgaaacaacaacgttctgatcatcagcagcactagttgagtcaactttctaaagttccacttcagaaattgaagca 1388  T
Q  528 acttggggttcatct 542  Q
    |||| |||| |||||    
T  1387 actttgggtacatct 1373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 294 - 447
Target Start/End: Original strand, 42511 - 42664
Alignment:
Q  294 tgtccctcactcattctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttctt 393  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||| | | ||| ||| ||| | |||| |  |    
T  42511 tgtccttcactcattatttaagaaaccaggatttcagccacatcatgcatgtcctgatcatctttctgagattccttttcaacaacatcaacaacgttct 42610  T
Q  394 gagcagtttgctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcag 447  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42611 gaactgttttctcagtattttcttcaacttcaacaactttctgaagttgttcag 42664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 154
Target Start/End: Original strand, 42347 - 42404
Alignment:
Q  97 catttgtttgaacattctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcat 154  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  42347 catttgtttgaacattctgaactatgatttcaggattttcttgaatatcctgaatcat 42404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University