View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7325_high_3 (Length: 754)

Name: NF7325_high_3
Description: NF7325
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7325_high_3
NF7325_high_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-741)||(36221906-36222628)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 741
Target Start/End: Original strand, 36221906 - 36222628
Alignment:
Q  19 atagtagtactagtatatgttttatcatcaaataagaatatgtgtgtacatttcataaaatggataagcaaattggtcctcgaaattgtatttagctgtc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221906 atagtagtactagtatatgttttatcatcaaataagaatatgtgtgtacatttcataaaatggataagcaaattggtcctcgaaattgtatttagctgtc 36222005  T
Q  119 aaaatattctctgatttttgtgaattggtaaatatacatccctaaaactgaaaagtgtcaatcaaaatagtttctctaacttttattattaaggactatg 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222006 aaaataatctctgatttttgtgaattggtaaatatacatccctaaaactgaaaagtgtcaatcaaaatagtttctctaacttttattattaaggactatg 36222105  T
Q  219 acatgctgaaaatatggtcctacgttgatcccacatcaatgacacaaaatcatgaactaatttgcctatgtaatttatgtctctcgaaacgaatttgttg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222106 acatgctgaaaatatggtcctacgttgatcccacatcaatgacacaaaatcatgaactaatttgcctatgtaatttatgtctctcgaaacgaatttgttg 36222205  T
Q  319 gtaattagccaatgcatgattgcaatcaccgataaattagtccctataagttggtctaaatttcgtagtgagattagtcattggcgagctgacattgatg 418  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36222206 gtaattagtcaatgcatgattgcaatcaccgataaattagtccctataagttggtctaaatttcgtagtgagattagtcattggcgagctggcattgatg 36222305  T
Q  419 tgtgatcaatgtgtaatgtgacatgttcaattatatgtcatagcctataatgttggaagttaacagagagctcattttgaatgacatttgaaattccgag 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222306 tgtgatcaatgtgtaatgtgacatgttcaattatatgtcatagcctataatgttggaagttaatagagagctcattttgaatgacatttgaaattccgag 36222405  T
Q  519 aaccaattcaaacatcaaaaacctactatgactatgttgctgaaatatgatgaacttgatttaattttgtctttgcagtattagttgtgaagtgggaaga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36222406 aaccaattcaaacatcaaaaacctactatgactatgttgctgaaatatgatgaacttgatttaattttgtctttgcagtattagttgtgaagtaggaaga 36222505  T
Q  619 aataaaagcaactaaactaagatatgccannnnnnnnatggtgaaaaaagttgaatgtgtatatgaactgaagaacctaccaagatagccccaagagggt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222506 aataaaagcaactaaactaagatatgccattttttttatggtgaaaaaagttgaatgtgtatatgaactgaagaacctaccaagatagccccaagagggt 36222605  T
Q  719 caagccaccaatagaatttgatg 741  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  36222606 caagccaccaatagaatttgatg 36222628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University