View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7325_low_4 (Length: 800)

Name: NF7325_low_4
Description: NF7325
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7325_low_4
NF7325_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-788)||(45549013-45549783)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 788
Target Start/End: Original strand, 45549013 - 45549783
Alignment:
Q  19 ctaatatcagcttgctactttggtcttgactgtcttgatgattaccttgaagaataccaaacgggatgtt-agtctgaaaagtgcttctgcagtgttgac 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45549013 ctaatatcagcttgctacgttggtcttgactgtcttgatgattaccttgaagaataccgaacgggatgtttagtctgaaaagtgcttctgcagtgttgac 45549112  T
Q  118 gaataattgactcgtgaccaaaatccacttgaggtggttttcactttctgttagtggttgttggatgctcatcttttgattttgttgtttcacacccatt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45549113 gaataattgactcgtgaccaaaatccacttgaggtggttttcactttctgttagtggttgttggatgctcatattttgattttgttgtttcacacccatt 45549212  T
Q  218 ctgttttcctgaactcctgtgatattaaacaaactaggtaaaatctagaactcaagttgtttccattcatccatgtttagttagttatactcaccaattg 317  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45549213 ctgccttcctgaactcctgtgatattaaacaaactaggtaaaatctagaactcaagttgtttccattcatccatgtttagttagttatactcaccaattg 45549312  T
Q  318 tttttcttttatggtatgcaacttcactggtcttgaatccctcatgtgctgcctcaggaacagcttgatcttgcaaattggttcctatcggttgcacagc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45549313 tttttcttttatggtatgcaacttcactggtcttgaatccctcatgtgctgcctcaggaacagcttgatcttgcaaattggttcctatcggttgcacagc 45549412  T
Q  418 ttggtattgctataaataaaattaagttcaacaacaaagggttatatattttagttcgtgaaagacatatcatgtaactgttagatttatattatgtaat 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45549413 ttggtattgctataaatcaaattaagttcaacaacaaagggttatatattttagttcgtgaaagacatatcatgtaactgttagatttatattatgtaat 45549512  T
Q  518 ttatgttcatatgacataaattggcggttttagatcctactcagtcagtgcttaccaaatcattggccgattcttgtaaatcttcactcttgccagcatt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45549513 ttatgttcatatgacataaattggcggttttagatcctactcagtcagtgcttaccaaatcattggccgattcttgtaaatcttcactcttgccagaatt 45549612  T
Q  618 gtacaacgtagaagtaggaagcagttcatgttctgtgaatatgctaaaccttttttggtctgctccatttaagacattcaattttccagatgctctacca 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45549613 gtacaacgtagaagtaggaagcagttcatgttctgtgaatatgctaaaccttttttggtctgctccatttaagacattcaattttccagatgctctacca 45549712  T
Q  718 ctagcttcttgttcatttcttctactcaacatttgttcaatcttttcaggctttattttcttgatgtccat 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45549713 ctagcttcttgttcatttcttctactcaacatttgttcaatcttttcaggctttattttcttgctgtccat 45549783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University